樊一蘅，字君带，宜宾人。他的父亲樊垣做过常德知府。一蘅考中万历四十七年(1619)进士，被派出任安义知县、襄阳知府，后来逐渐做到吏部郎中，告假回乡了。
崇祯三年(1630)秋，一蘅改任榆林兵备参议。流贼当中有很多榆林人，这里又长期灾荒，饥饿的百姓更加相互拉扯地去当强盗。一蘅安抚残存人口，整治军备，讨伐、斩杀了申在庭、马丙贵，平定了不沾泥。历次受到荐举，先升为监军副使，又升为右参政，负责巡视关南。总兵曹文诏败亡以后，各路贼兵进逼西安。总督洪承畴命令一蘅监督左光先、张应昌的官兵，连败贼寇，打跑了混天星。贼兵逼近汉中，瑞王告急，一蘅和副将军罗尚文一起赶往援救。正好承畴的大部队来了，贼兵于是撤退了。一蘅被提升为按察使，然后和副将马科、贺人龙一起屡次在汉中挫败祁总管，降服了他。
十二年朝廷提拔一蘅为右佥都御史，接替郑崇俭巡抚宁夏，被人弹劾，罢官回家去了。十六年冬季，受到推荐，朝廷起用他担任兵部右侍郎，准备让他总督川、陕军务，因为道路阻隔，命令没能传到他手上。
顺治元年(1644)，福王在南京即位，重新发布了以前的任命令。当时张献忠已经占领了整个四川，只有遵义没有失守，一蘅与王应熊在这里避难。接到任命以后，一蘅传檄召各府原先的将领来会师出兵。这时正好巡抚马乾收复了重庆，松潘副将朱化龙、同知詹天颜攻杀贼将王运行，收复了龙安、茂州。一蘅于是起用旧将甘良臣当总统，让侯天锡、屠龙任副职，集结参将杨展，游击马应试、余朝宗所带领的散兵，凑起三万人。第二年三月攻打叙州，应试、朝宗抢先登上城墙，杨展等人跟着上去，斩获几千首级。伪都督张化龙逃走，于是官兵收复了叙州城。一蘅于是在江面上犒劳了部队。
当初，马乾收复重庆时，贼将刘廷举逃走向张献忠求救。献忠命令他的养子刘文秀攻打重庆，水陆并进。副将曾英与参政刘麟长从遵义赶来增援，与部将于大海、李占春、张天相等夹击，打败了几万贼兵。曾英顿时威名大振，别的将领都归属到他的麾下，有官兵二十多万，听从一蘅的调遣。
杨展收复叙州以后，贼将冯双礼来犯，每战必败，孙可望就带领大部队来增援他。双方隔江相持了一个月，官兵粮食用完了，一蘅只好退驻古蔺州，杨展退驻江津。贼兵折到羊子岭阻截朱化龙及佥事蔡肱明，化龙率领几百名番人骑兵直冲贼兵的队伍，贼兵惊散了，死尸躺满了山谷。化龙因为兵力孤单，又回去防守旧地了。别的将领当时也在摩泥、滴水连连打败贼兵。
一蘅于是命令杨展、应试攻打嘉定、邛州、眉州，原总兵官贾连登及其中军杨维栋攻打资阳、简州，天锡、高明佐攻打泸州，占春、大海防守忠州、涪州。其他占有城镇接受一蘅征调的将领，洪雅县有曹勋及监军副使范文光，松潘、茂州有监军佥事詹天颜，夔州、万县有谭弘、谭诣。一蘅于是移驻纳溪，居中调度，与督师应熊在泸州相会后传令各位将官刻期并进。献忠这时很有些怕了，把境内的居民全给杀掉了，把自己的金银都投入江水里，大焚宫室，火一连几个月没有熄灭，打算放弃成都逃往四川北部。
第二年春天，杨展占领了上川南部的全部地盘，屯兵嘉定，与曹勋等相互声援。同时应熊及王祥在遵义，马乾、曾英在重庆都驻扎重兵。贼寇的势力日益减弱，只有保宁、顺庆为贼将刘进忠把守着，进忠又几次吃败仗。献忠恼火了，派遣孙可望、刘文秀、王尚礼、狄三品、王复臣等攻打四川南部的府县。应熊、一蘅急忙下令让杨展、天锡、化龙、应试及顾存志、莫宗文、张登贵在犍为、叙州连营抵挡。贼兵接连作战不利，曾英、王祥乘机进兵成都，献忠赶紧召回可望等人。后来又听说大清部队进入四川境内，刘进忠投降了，献忠十分害怕。七月，便放弃成都进入顺应，不久逃入西充的凤凰山里。到十二月，大清部队覆压而来，射死了张献忠，贼兵投降、败亡的有二三十万人。可望率领残兵向南逃走，突然之间抵达重庆。曾英出其不意战败，死在了长江里。贼兵于是打下了綦江，应熊到毕节卫躲避去了。过了一个月，贼兵打下遵义，进入贵州境内。大清部队追赶到重庆，巡抚马乾败死，就又打进遵义。因为缺饷，大清部队凯旋而回。
此后王祥等又收复了保宁等两个府，一蘅再次驻兵于长江之上，制定了恢复整个四川的计划，然后向永明王上书讲了善后事宜及各将的功绩。永明王任命一蘅为户、兵二部尚书，加官太子太傅，对王祥、杨展、天锡等人也不同程度地进行了加官进爵。当时应熊已死，宗室朱容藩、原偏沅巡抚李乾德都以总制身份来到四川，杨乔然、江尔文以巡抚身份来了，大家各自设立衙门，官多于民。各员大将袁韬占领着重庆，于大海占着云阳，李占春占着涪州，谭诣占据巫山，谭文占据万县，谭弘占据天字城，侯永锡占据永宁，马应试占据芦卫，王祥占据遵义，杨展占据嘉定，朱化龙、曹勋仍然占据着原先的地盘。摇天动、黄龙等各家部队占据着夔州、夹江两岸，李自成的余党李赤心等十三家兵也驻扎在建始县。一蘅的军令执行不下去，仅仅能保住叙州一府而已。
顺治五年，容藩自称是楚王的世子，在夔州设立行宫，称王设官。当时乔然已升任总督，范文光、詹天颜分别升任川南、川北巡抚，吕大器以大学士的身份来督师，大家都讨厌容藩，打算杀掉他。六年春天，容藩就被占春打败，逃走后死在云阳。原先杨展和王祥有矛盾，派自己的儿子杨瞡新去攻打王祥。瞡新先袭击、杀死了应试，然后跟王祥开战，败回。乾德羡慕杨展富有，劝说袁韬、大定杀掉杨展，瓜分了他的财产。一蘅批评了乾德，各镇将领也都气愤不平，于是官军内部开始离心离德了。
秋季九月里，孙可望派白文选攻杀了王祥，收降了他的二十多万部队，占领了整个遵义、重庆。一蘅更加孤立无助了。七年秋天，可望又派刘文秀大败武大定的军队，长驱直入来到嘉定。大定、袁韬都投降了，乾德投水自杀了。文秀的部队继而东下，谭弘、谭诣、谭文都投降了。占春、大海向大清投降了。第二年正月，文秀回到云南，留下文选把守嘉定，刘镇国留守雅州。三月，大清部队南征，文选、镇国挟持曹勋撤走，文光、天颜、化龙相继死掉。一蘅当时已经不过问军事，避居在山中，这年九月也生病去世了。明朝在四川的文武将吏至此全部死去了。