徐从治，字仲华，浙江海盐人。母亲梦见天神在庭院内挥舞兵戈，醒来时就生下了他。徐从治考中万历三十五年(1607)进士，任命为桐城知县。一直做到济南知府，因为政绩不同于常人而调任兖东副使，驻守沂州。
天启元年(1621)，徐鸿儒在郓州造反，接连攻陷邹县、滕县、峰县。徐从治抓获了潜伏在沂州的徐鸿儒的党徒，杀了他。请求回到家乡。起用原总兵杨肇基主持军事，自己进献攻击敌人主力的策略，于是消灭了徐鸿儒，详情参见《赵彦传》。
徐从治机警敏捷善于应变，他对付强盗主张围剿而不主张招抚，所以往往能消灭他们。不久以右参政的职衔分派镇守济南。记载功劳，徐从治第一，提升右布政使，监督江南漕运。妖贼又一次兴起，巡抚王惟俭上奏挽留徐从治，仍让他防守沂州。巡按大臣主张招抚，跟徐从治意见不合，于是告假回家。
朝廷内外商量征调，崇祯初年，以原官阶整顿蓟州兵备。蓟州军队长时间发不出军饷，士兵们在遵化把巡抚王应豸给包围了。徐从治一个人骑着马跑进来，暗中部署夷丁、标兵，分别把守四个大门，按兵不动，登上城门高喊道：“给你们三个月的粮食，赶快回归防地，否则将攻打你们！”众人应声而散。他应付事变的办法多跟上述情形类似。后提升官级为左布政使，第二次请求告假回家。
天启四年(1624)起用他整顿武德军备。孔有德在山东造反，巡抚余大成传文征召徐从治监军。第二年正月快马赶往莱州，而登州已经失陷了。剥夺了余大成的官籍，于是提拔徐从治为右副都御史代替他，跟登莱巡抚谢琏同时受命。下诏让谢琏驻守莱州，徐从治驻守青州，管理安排部队的军粮。徐从治说：“我驻守青州，不足以安定莱州的人心；驻守莱州，足以维持整个山东的命脉。”于是跟谢琏一起在莱州办公。
孔有德是辽阳人。跟耿仲明、李九成、毛承禄等人都是毛文龙手下的士兵。毛文龙死后，他们就跑到登州。登莱巡抚孙元化长期在辽阳做官，一向以为辽阳人可以任用，于是起用毛承禄为副将，孔有德、耿仲明担任游击，李九成为偏裨，而且大量接收辽人为帐前卫兵。这一年，大凌河新城被围困，兵部发布檄文征召孙元化派遣精锐出海，直奔耀州盐场，以示牵制敌人，孔有德谎称风向不对，改由陆路到宁远。十月的最后一天，孔有德跟李九成的儿子、千总李应元带领一千多人出发了，经过一个多月抵达吴桥，县里的人罢市，大伙找不到吃的，一个士兵跟生员发生争吵，孔有德鞭打那士兵，众士兵非常不满。李九成先携带着孙元化的银子买马满足上面的要求，资财用完了没有办法偿还，正好到了吴桥。听说众人都很怨恨，于是跟李应元密谋，劫持孔有德，相互之间发生了暴乱。攻陷陵县、临邑、商河，伤害齐东一带，包围了德平。不久离开，攻陷青成、新城，整顿部队向东进发。
余大成是江宁人。不懂军事，起初担任职方时，曾经上奏揭发大学士刘一火景的私信，被他赶跑了。后来又因为有事情得罪了魏忠贤，余大成被剥夺官籍回了家，有清正、廉洁的名声。而当他巡抚山东时，白莲教妖贼势力正兴旺，又碰上逃兵的兵变，都不能讨伐。等到听说孔有德叛乱，就假装得病一连几天都不出门，万不得已时只得派遣中军沈廷告知参将陶廷钅龙前往抵抗，而他们都战败逃跑了。余大成很慌张，于是决定招抚，而这时孙元化的部队也到来了。
孙元化这人，就是原来号称善长西洋大炮的那位，到此时也主张招抚，发布檄文告知贼人经过的地方不要半路截击他们。贼人长驱直入，没有人敢向他们放一支箭。贼人假装向孙元化投降。孙元化的部队行经黄山馆就又返回了，贼人于是抵达登州。孙元化派部将张焘率领辽阳兵驻扎城外，总兵张可大率领南方兵抵抗敌人。孙元化还想招降贼人，贼人不答应。天启五年(1625)正月在城东发生战斗，辽阳兵急速撤退，南方兵于是被打败了。张焘的士兵很多投降了敌人，敌人把他们送回来了，老百姓纷纷请求拒绝让他们进城。孙元化不听，贼人于是进入城内。傍晚时分，城内发生大灾，中军耿仲明、都司陈光福等人引导敌人从东门进城，登州城于是被攻陷。张可大战死了。孙元化自刎没有死成，跟参议宋光兰、合事王征以及政府官员全部被抓获了。余大成快马进入莱州。
当初，登州被包围时，朝廷降了余大成、孙元化三级官，命令他们惩办贼寇。等到登州失守，革了孙元化的职，而让谢琏代替他。孔有德占领登州后，推举李九成做首领，自己为老二，耿仲明为老三。使用巡抚的印章发布檄文征收州县的粮饷，催促孙元化给余大成写信要求招抚说：“给我登州一个郡，就和解。”余大成把这事报告给朝廷。皇帝愤怒了，下令将余大成革职，而让徐从治代替他。
在这之前，敌人攻占黄县，知县吴世扬战死。到这时，敌人进攻莱州，徐从治、谢琏跟总兵杨御蕃等人分别防守各城墙。杨御蕃是杨肇基的儿子。杨肇基，是与徐从治在邹县、滕县共同剿灭妖贼的人。杨御蕃累积战功一直做到通州副总兵。碰上登州失陷，兵部尚书熊明遇奏请让他代理总兵官，全部统领山东兵，跟保定总兵刘国柱、天津总兵王洪加倍急行军赶往莱州。在新城碰到贼人，王洪先逃跑了。杨御蕃抵抗了二天，不能获胜，突围出来，于是进入莱州，徐从治、谢琏依靠他围剿贼寇。敌人攻不下莱州，分派兵力攻占平度，知州陈所问自缢身死。匪徒加倍攻打莱州，发射孙元化制造的西洋大炮，每天在城墙下面打洞，很多城墙都倒塌了。徐从治等人往地洞里投火灌水，挖地道的死亡无数。派敢死队在部队的掩护下出击，摧毁敌人炮台，斩杀俘获颇丰。而熊明遇最终被余大成的招抚建议所迷惑，命主事张国臣为赞画前往安抚他们，说：“安抚在山东的辽阳人。”因为张国臣也是辽阳人的缘故。张国臣先派被废黜的将领金一鲸进入敌营，不久张国臣也进去了，替贼寇传递信件，派金一鲸回来报告说：“不要出兵破坏安抚的局面。”
徐从治等人知道他们是在欺骗，喝退金一鲸，派遣秘使三次上疏，说贼寇不能够招抚。最后说：“州城被围困已有五十天，形势异常危险，日日夜夜都在盼望援兵，终究没有盼来，知道一定是被安抚的意见耽误了。张国臣写信给我，里面抄录了皇帝的诏书圣旨和兵部的告示，这才知道兵部大臣已根据张国臣的报告，通报皇帝知道了。张国臣乡土观念浓厚，狠心欺骗皇上而丧失国土。当初派遣金一鲸进敌营，何尝出现过停兵不攻城的事情？如果敌人真的停止攻击，或者稍稍退兵，我军有什么理由不乐意招抚呢。只不过张国臣借招抚为敌人解围，而敌人实际上是利用招抚作为缓兵之计。金一鲸接受敌人的贿赂，对增援部队就谎称敌人有数万人，不可轻易进兵；对各守城将领就谎称敌人用西洋大炮攻打，城将要失陷了，全靠他招抚，敌人才没有攻打。那个金一鲸三次进入敌营，每次进入，敌人的攻击更加迅猛。而张国臣却说敌人是因我用绳索坠部队下城攻击，导致他们的进攻。这是让敌人随心所欲地攻击我军，而我军不能向敌人放一支箭，就像孙元化断送登州城，然后才能够完成张国臣的招抚吗？当敌人经过青州时，余大成拥有士兵三千人，剿灭敌人是很容易的。孙元化写信给他说：‘敌人已经投降了，你的部队不要向东进军了’，余大成于是停止部队不再追击，使敌人蔓延开来。现在贼寇把我等看作是孙元化，这才替敌人解释，说吴桥事变是有原因的，他们一路上不动用武力没有杀人，听到皇帝的诏书就停止了抢劫掠夺。想要欺骗谁？朝廷之中充斥着张国臣的谎言，一定要说一纸文书胜过了十万兵，增援部队不到来，我就知道是这个缘故了。我即使是死了也要变成厉鬼来杀贼，绝对不敢用招抚来欺骗皇上，混淆国家大事，使国土沦陷，而戕害无辜的生命啊。”奏疏递入，没有回报。
这个时候，外围的形势日益紧张，刘国柱、王洪和山东的增援部队都驻扎在昌邑不敢前进，两个抚臣都被围困在莱州城内。于是朝廷决定另设总督一人，让兵部右侍郎刘宇烈兼任。调集蓟门、四川的部队，让总兵邓王己统领，调集密云部队，让副将牟文绶统领，让右布政使杨作辑监军，前往增援莱州。三月，刘宇烈、杨作辑、刘国柱、王洪、邓王己以及来做监督的宦官吕直，巡按御史王道纯，义勇副将刘泽清，新兵参将刘永昌、朱廷禄，监纪推官汪惟效等人一起云集昌邑。邓王己、刘国柱、王洪、刘泽清到莱州，骑兵二万五千人，士气非常旺盛。但刘宇烈没有谋略，各部队都很怯懦，抵达沙河，每天十来个人在一起商量招抚，放回了被抓获的匪徒陈文才，于是敌人完全知道了我军的虚实，更加利用招抚来愚弄我军，却偷偷地派部队绕到我军的后面，一举焚烧了我军的辎重。刘宇烈害怕了，于是逃到青州，撤换三个将领让士兵找吃的，邓王己等人在半夜撤军，敌人乘虚而入，大败。王洪、刘国柱逃往青州、潍县，邓王己逃往昌邑，刘泽清在莱州城迎击敌人，打伤二个指头，也失败了，逃往平度，只有杨作揖还能保全部队。这次失败，引起了整个朝廷的混乱，而熊明遇看到政府军不能作战，更加坚定了他招抚的决心。
在这以前，登州总兵张可大死后，让副将吴安邦代替他，吴安邦尤其胆小愚笨。奉命驻扎宁海，谋求收复登州。耿仲明扬言举城投降，吴安邦信以为真，把部队驻扎到离登州城二十五里的地方。中军徐树声攻城被俘虏了，吴安邦跑回宁海。登州城既不能收复，而敌人围困莱州城已经很长时间了，谢琏、徐从治、杨御蕃日夜坚守等待救援。到了四月十六日，徐从治被炮火击中身亡，莱州人非常悲痛，守城将士都哭了。
在南京做官的山东籍人士，联合上疏攻击刘宇烈，请求增派部队。于是调集三千昌平兵，让总兵陈洪范统帅。陈洪范也是辽阳人，熊明遇每天踮起脚跟盼望，说：“去吧，他们是可以招抚的。”天津旧将孙应龙，大声对众人说：“仲明兄弟跟我很有交情，我能叫他把孔有德、李九成捆绑过来。”巡抚郑宗周给了他二千兵，从海上前往。耿仲明听说这事，用匣子装了别人的头写信哄他说：“这是孔有德的头。”孙应龙率领水军抵达水城，匪徒把他迎入城内，突然把他捆绑起来，杀了他，没有一个人能够逃脱。贼人得到巨舰，势力更加嚣张。岛帅黄帅进攻不利就返回了。敌人于是攻占了招远，包围莱阳。莱阳知县梁衡坚守，敌人失败离开了。
刘宇烈重新回到昌邑，陈洪范、牟文绶等人也到了。莱州推官屈宜阳请求进入敌营讲和，匪徒假装对他很礼貌，屈宜阳派人回来说贼人已俯首听命。刘宇烈得到上面的同意后，于是写信告示贼人解围。贼人邀请刘宇烈，刘宇烈害怕不敢前往。营将严正中抬他到河边，贼人把他接走了，而让屈宜阳回到莱州城，只要莱州城内的文武官员出城门宣读告示，包围就可以解除。杨御蕃不同意。谢琏说：“包围已快六个月了，既然已经没有办法对付他们，还不如权且听他们的。”于是偕同监督军队的宦官徐得时、翟升，知府朱万年出城。孔有德等伏在地上叩头，泪流满面。谢琏劝慰了很久才回去，第二天又叫屈宜阳进城，请谢琏、杨御蕃一起出城。杨御蕃说：“我是将门的后代，只知道杀敌人，不知道招抚的事情。”谢琏等人于是出城。孔有德抓住他们，突然发动攻击，还叫朱万年呼喊城内的士兵投降。朱万年高喊道：“我就要死了，你们一定要固守。”对敌人骂不绝口然后死去。敌人把谢琏和二名宦官送到登州囚禁，严正中、屈宜阳都死了。
当初，招抚的意见兴盛，只有徐从治不同意。刘宇烈等各位将领相信了，而以尚书熊明遇为首。徐从治战死，谢琏也因而被俘。于是整个朝廷都愤怒了，逮捕刘宇烈下狱，调集关外的精锐部队围剿，废除总督和登莱巡抚的官职，专门任命徐从治的代理人朱大典带兵作战。熊明遇被判处主张招抚误国罪，罢官回家，于是杜绝了招抚的议论。八月，朱大典联合各路兵救援莱州。刚一交战，敌人就被打得大败，包围解除了。孔有德逃往登州，李九成杀死谢琏和二个宦官。朱大典包围登州，李九成战死，攻破登州城，追击剿灭敌人。孔有德、耿仲明从海上逃走了。活捉毛承禄等人，杀死李应元，贼人全部平定。详情见《朱大典传》。下诏追赠徐从治为兵部尚书，赐予祭奠下葬，封荫锦衣百户，建“忠烈祠”。