李三才，字道甫，顺天通州人。万历二年(1574)中进士，授职户部主事，任郎中。与南乐的魏允贞、长垣李化龙以经世致用相互勉励。等到魏允贞因为议论朝廷违背辅臣意思，李三才抗旨为他申辩，被贬为东昌推官。再改任南京礼部郎中。恰好魏允贞、李化龙与邹元标等在南曹做官，愈加来往密切，讲求经世致用，名声更为著名。调任山东佥事。山东多狡猾的大盗，李三才多方设计圈套，将他们一一剿灭逮捕。升河南参议，又升副使。督山东、山西两省学政，提拔为南京通政参议，征召为大理少卿。
万历二十七年(1599)以右佥都御史总管漕运，巡抚凤阳各府。当时矿税使横行各地。李三才所辖范围，由徐州陈增、仪真暨禄收商税，扬州鲁保征收盐课，沿江邢隆征收芦课税，蔓延千里。矿税使任用奸徒，伪造印章，所到之处如追捕叛乱和逃亡者一样，公然抢夺。而陈增尤其过分，公然数次凌辱官吏。唯有李三才正气凛然，压制其肆意行凶的爪牙，而且密令犯死罪的囚犯将他们指为同党，从而将他们捕杀，陈增的气焰才被压下。
而那些不安分的人因为矿税使的缘故，多起来做了强盗。浙江人赵一平用妖术倡议叛乱。事情被发觉，他逃往徐州，改名古元，胡说自己是宋皇室的后代。与其同伙孟化鲸、马登儒聚集亡命之徒，自署官职，预定第二年二月各方起事。计谋被泄露，他们都被逮捕。赵一平逃到宝坻，被抓获。
李三才再次上疏陈明矿税使的害处，说：“陛下喜爱珠玉，老百姓也羡慕温饱；陛下爱护子孙，百姓也恋妻女。为什么陛下要聚集财宝，而不让小民老百姓有一升一斗的需要；想绵延万年，而不让百姓有一天的欢乐呢？自古未有朝廷的政令，天下的情形就到了这种地步，而能幸免没有叛乱的。朝政鄙陋的多，而陛下的病根就在于沉溺于钱财之中。臣请求陛下发善心，罢除天下的矿税。贪欲之心既然丢掉，则朝政可以治理好。”过了一月，皇上没有回答。李三才又上疏，说：“臣为百姓请命，一个多月没有得到回答。听说近日的奏章，凡涉及到矿税，都置之不理，这是国家存亡的关键，一旦众叛亲离，老百姓都成为敌人，风驰尘扬，叛乱的人群四起，陛下安然独处；即使黄金满箱，明珠填屋，谁替你守护呢？”皇上也不答复。万历三十年(1602)，皇上生病，下诏罢矿税，转眼之间又下诏停止罢免矿税。李三才极力陈明国家形势危急，请立刻颁下前面停矿税的诏书，皇上不听。
清口水干涸阻碍了漕运。李三才建议开渠建闸，花费二十万，请求留下漕粮接济。督储侍郎赵世卿力争，李三才于是声称有病请求离去。皇帝讨厌他回避，同意了。淮扬巡按御史崔邦亮，巡漕御史李思孝，给事中曹于汴，御史史学迁、袁九皋交上奏章乞求把李三才留下。史学迁说：“陛下因为陈增的原因，想去掉李三才，托词解除了他的官职。近年来宦官四出，海内沸腾。李盛春的去职因为王虎，魏允贞因为孙朝，前任漕臣李志也是因为矿税事。其他官吏离开岗位的，不可胜数，现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官，想找陈增算帐，陈增避门不出。李三才不当离职可想而知。”皇上对上疏仍不予理睬。李三才于是离开徐州，接连上疏请求找人替代他，未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储，再次请求让李三才留下。皇上于是命令李三才继续任职以等待代替的人，皇上也终究没有派遣代替的人。
第二年九月又上疏说：“近来雷电击中了陵寝，大风拔起了树木，洪水滔天，天变到了极点。赵古元刚被肢解于徐州，赵大荣在亳州被砍头，而睢州的大盗又出现了，人心的离散到了极点，陛上每当有征求时，必定说：‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏，那是国家的福气。所谓皇上瘦弱而天下肥，实际上不是这样。陛下所谓的匮乏，是黄金没有遍地，珠宝玉石没有堆到像天那么高。小民饭都吃不饱，又来搜刮，鞭打没有止尽，道路上全是囚犯，官吏唯有请求罢官，老百姓唯有一死，陛下难道还不引起警惕吗！陛下不要说臣危言耸听、言过其实，真的到了这一步，哪有陛下安身的地方呢！”皇上也不回答。不久，睢州的盗匪被擒获。李三才因此上奏施行几件事，境内安宁。
歙县人程守训以纳财得中书官职，他为陈增的随从。骄横跋扈，所到之处为他举行盛大的仪式，允许人告密，连妇女、儿童也拷问。他害怕李三才，不敢到淮上。李三才弹劾整治他，得到他的赃物数十万。陈增害怕连累到自己，搜查他的奇珍异宝，盗用的龙文、服饰、器物。程守训和他的帮凶都被逮捕受到法律的制裁，远近地方人心大快。
万历三十四年(1606)皇帝的孙子出生。皇上下诏合并矿税，释放囚犯，起用被解职的官员，增补御史，不久却不全部实行。李三才怀疑首辅沈一贯从中作梗，便上疏暗中诋毁沈一贯。接着，他又说：“恩诏已颁布，立刻又中途停止，在路上人们说前几天的新政不过是陛下一时心喜，所以旋开旋闭。”又说：“沈一贯担心沈鲤、朱赓威逼自己。又害怕他们有所争执，暴露了自己的短处，害怕事情不由自己去做，就想从中使坏。他行贿左右的人，多方煽动，致使新政遇到阻力。”皇上得到奏疏，感到很震惊，下诏严厉责问，将他的俸禄停发了五个月。第二年，暨禄死。李三才因而请求下诏将天下的税使全部撤离，皇上不听，命令鲁保兼任暨禄的职务。
当时，顾宪成住在无锡，在东林书院讲学，喜欢品评人物。李三才与他有深交，顾宪成也极信任他。李三才曾经请求增补大僚，选拔科道，录用被贬的官员。因而说：“各大臣只因为议论一有触及到掌权的人，便永远不被任用，他们并没有违背陛下。现在有些人假皇上的威风禁锢大臣，又借他们违抗陛下的名义替自己的罪过掩饰。有负国家有负君王，没有比这个罪更大的了。”意在为顾宪成等人呼吁。不久，又极力陈明朝政的败坏，请求皇上奋发有为，与天下一起有所变化。而且极力说明辽东一带危急，必定难以永保安全。皇上都将其置于一边不加理会。
李三才有雄才大略，在淮上一带干了很久，以抑止税监深得民心。待淮、徐一带发生灾害，他又请求赈恤，减免马价。淮上之人深为崇敬他，逐渐地升至户部尚书。
正好内阁缺人，建议的人认为不应当专门只用文学侍从，应该让地方官也参加补缺，李三才依次被召进朝中。由此忌恨他的人日众，诽谤他的言论四起。工部郎中邵辅忠弹劾李三才表面上是忠臣其实是个大奸贼，表面上正直实质上狡猾，列举他贪污、虚伪、险恶、专横四大罪状，御史徐兆魁接着弹劾。李三才上了四份奏疏为自己极力辩护，而且乞求退休。给事中马从龙，御史董兆舒、彭端吾，南京给事中金士衡相继为李三才申辩。大学士叶向高说李三才已闭门等待治罪，为朝政考虑，应立即定下他的去留问题。皇上一概不予回答。不久，南京兵部郎中钱策，南京给事中刘时俊，御史刘国缙、乔应甲，给事中王绍徽、徐绍吉、周永春、姚宗文、朱一桂、李瑾，南京御史张邦俊、王万祚，又连着上奏弹劾李三才。而给事中胡忻、曹于汴，南京给事中段然，御史史学迁、史记事、马孟祯、王基洪，又上疏为他申说救助。一时间，朝臣聚讼，过了几个月还没有平息。顾宪成于是写信给叶向高，极力称赞李三才廉洁、正直，又写信给孙丕扬极力为他辩护。御史吴亮素与李三才要好，就把两信附在邸报之中，由此议论更为喧哗。乔应甲又上了两疏极力攻击他，列举了李三才十贪五奸之事。皇帝都不闻不管。李三才又再三请求辞职，奏疏上了十五道，过了很久不见命令下来，于是自己就走了。皇上也没有怪罪他。
李三才已在家乡定居，恨他的人害怕他再次被任用。万历四十二年(1614)，御史刘光复弹劾他盗用皇木二十二万根营建私邸，而且说李三才与于玉立遥相呼应，他想任用的，吏部就为他推举。李三才上疏申辩，请求派遣宦官调查。给事中刘文炳、御史李征仪、工部郎中聂心汤、大理丞王士昌，帮助刘光复攻击李三才。李征仪、聂心汤，是三才推举的官吏。李三才气愤异常，自己请求登记家产。工部侍郎林如楚说应当派遣使者检验一下。刘光复再次上疏，并说他侵夺官厂为自己的园苑。御史刘廷元率部属又接着上奏，且潘汝祯又特地上奏弹劾。不久，巡按御史颜思忠也上疏证实了刘光复所说的。李三才更为愤怒，请求各位大臣一同勘查，又乞求皇上亲自审问。皇上于是下诏让李征仪带领给事中吴亮嗣前往。
第二年，刘光复因事被下狱。李三才表面上请求释放他，而极力为东林党人辩白，说：“自从沈一贯伪造妖书，任意杀戮楚王宗族，满朝正直之人将他攻击出廷。接着汤宾尹、韩敬考场作弊，咎由自取，与别人何干。现在的党人动不动就与正直的人为仇敌，王士昌、刘光复尤其厉害，挺身而出，极力为沈一贯、韩敬报仇。乱说一气，百般攻击。就贤明的大臣来说，叶向高走了，王象乾、孙玮、王图、许弘纲走了，曹于汴、胡忻、朱吾弼、叶茂才、南企仲、朱国祯等也走了，近来又将陈荐、汪应蛟攻击走了。以贤明的小臣来说，梅之焕、孙振基、段然、吴亮、马孟祯、汤兆京、周起元、史学迁、钱春等走了，李朴、鲍应鳌、丁元荐、庞时雍、吴正志、刘宗周等走了。与他们意见一致的就留下，不一致的就赶走。陛下只知道各大臣离开了，哪里知道都是党人赶走的呢？现在奸人仇视的正直之人，一是东林人，一是淮抚。所谓东林，是顾宪成读书讲学的地方。与他一起的像高攀龙、姜士昌、钱一本、刘元珍、安希范、岳元声、薛敷教，都是些约束自己、有气节的人，有什么辜负国家的地方？偶然被指为东林，便陷入深渊。如邹元标、赵南星等就因为背上此名，晋升的道路就非常困难。早上申报晚上被任命的，只有史继偕等人。人才的邪与直，实与国家命运相攸关，希望陛下要看清楚。”上疏奏上，众人更加恨他。吴亮嗣等已经去勘察，很久都没有得到什么。宅第并不是刘光复所说的那样，回来汇报后，李三才被降为平民。
天启元年(1621)，辽阳失守。御史房可壮接连上疏请起用李三才。皇上下诏让大臣讨论。通政参议吴殿邦极力说不行，把他指为强盗大臣。御史刘廷宣又推荐李三才，说：“国家既然珍惜他的才干，就用他吧。还议论什么呢？然而广宁已有王化贞，不如让他在山海关任职。”皇上同意他的话，想起用李三才，可是大臣的意见相持不下。詹事公鼐极力认为可用，刑部侍郎邹元标、佥都御史王德完都赞同。不久，王德完迫于众议，就改变了态度。等到安排议定时，邹元标也不敢表态。议论没有结果，事情就搁置下来。三年李三才被起用为南京户部尚书，还没上任就死了。后来，魏忠贤专权，其帮凶、御史石三畏弹劾他，皇上下诏削掉他的名册，夺回封诰。崇祯初年，才将他官复原职。
李三才有雄才大略却爱耍手腕，善于笼络朝廷大臣。巡抚淮上十三年，结交的人遍天下。生性不能坚持廉洁，所以为众人所抨击。其后，攻击李三才的人，如邵辅忠、徐楚魁等人，都是依附魏忠贤的小人。而推崇李三才的，如顾宪成、邹元标、赵南星、刘宗周，都是当时公认的名臣。所以世人认为李三才是贤臣。