顾宪成，字叔时，江苏无锡人。万历四年(1576)在乡试中取得第一。八年中进士，授职户部主事。大学士张居正生病了，朝臣群起为他祈祷，顾宪成不干。同僚代他签名，他拿笔去掉。张居正死后，他改任吏部主事。请假回乡三年，补为验封主事。
万历十五年(1587)考核京城朝官，都御史辛自修掌管考核事宜。工部尚书何起鸣在纠正过失中，辛自修因不对执政大臣之意获罪。给事中陈与郊秉承旨意弹劾何起鸣、辛自修，实际上是攻击辛自修而庇护何起鸣。于是二人都被罢官，并责备了检举何起鸣的四位御史。顾宪成为他们抱不平，上疏申辩，词语中有触怒当权者的地方，被圣旨责备，贬为桂阳州判官。慢慢提为处州推官。母亲死后辞官，服完丧后，补为泉州推官。公正、廉洁被推为第一。
提升为吏部考功主事，任员外郎。恰好有诏书将三位皇子一起封为藩王。顾宪成携同官上疏说：
“皇上因为祖训立嫡长子的条例，想暂时令三位皇子一同封为藩王，以等待有嫡长子就立嫡长子，没有嫡长子立长子。我等三思，‘待’之一字，大不可。太子是天下的根本。预定太子是为了巩固根本。所以有嫡长子就应立嫡长子，没有嫡长子就当立长子，就现在情况而论，等到将来就不对了。我朝建立储君的法律，东宫不一定等待嫡长子，大儿子不一起封王。朝廷大臣已说得很明白了，皇上一概不管，难道皇上的创见能加于诸位圣人之上吗？拥有天下的称天子，天子的长子称太子，天子与天相系，君王与天为一体，太子与父亲相系，父子为一体。太子继承皇位，是天经地义的事，不能将其封爵。现在想同时分封三王，长子之封与什么相系？没有什么相系，则难在名称上，有所相系，则难在其实。
“皇上说是权宜之计。权宜之计，是在万不得已的时候才实行的。长子为太子，诸子为藩王，顺理成章，合情合理，有什么不得已的呢？皇上以祖训为法，子孙以皇上为法。皇上不难创造祖训所没有的，后世难道对承袭什么有难处吗？从此以后，幸好有嫡长子的还可以，若没有，就没有东宫了。如果都像皇上这么英明那也是有幸，若没有，凡是皇子都是太子。这不等于开启了万世的祸患吗？皇后与皇上共同继承宗庙，期望宗庙有合适的人。皇上的长子诸子，就是皇后的长子诸子。恭妃、皇贵妃不得据为私有，统统受尊重。难道一定要像辅臣王锡爵的请求，必须拜皇后为母亲，而后才能称儿子吗？
“况且开始奉圣旨说，稍待二、三年后而已，不久改为二十年，又改在二十一年，然而还是可以等待的。今天说‘待嫡’，不知道等到何年何月。刚刚发布命令又忽然改变，意见屡屡变化而期限更加缓慢。自从一同封王的命令下了之后，叩问皇上分封一事的不可胜数，以至里巷的小老百姓也聚族偷偷地议论，是什么造成这样的呢？人心自有公道，可皇上还在责备辅臣担当这件事。王锡爵早晚赶着等待召见，于是力排众议顺从皇上的旨意，难道这就是所谓担当，一定要以诚感悟、接纳皇上到没有过失的地方，才是真的担当。不这样，皇上都不能把天下怎么样，更何况王锡爵呢？
“皇上圣明，不是小人所能比。而不能谅解的，见到影子就疑心形体，听到响声就疑心声音，即使是我们也有不能替皇上明白的。皇上盛德大业，可与三皇五帝相比。可来这样意外的纷纷议论，不可惜吗？恳求皇上命令皇长子早早成为太子，皇三子、皇五子各就王位。父父子子，君君臣臣，兄兄弟弟。宗庙的长久、国家的安宁，都在这儿。”
顾宪成又送书给王锡爵，反复论辩，后来一同分封的议论遂停止了。
万历二十一年(1593)，京官考察。吏部尚书孙钅龙、考功郎中赵南星将与执政有私交的人全部黜出，实际上是顾宪成左右的。等到赵南星被斥退，顾宪成上奏请求一同罢官，没有得到回报。不久升为文选郎中。他推举的人与执政的都有抵触。先前，吏部缺尚书，王锡爵想用罗万化，顾宪成认为不可以，于是就用了陈有年。后来廷臣推举阁臣，又没有罗万化。王锡爵等很愤怒，罗万化获得推举，正好皇帝同意罢官后才停止。到这时，王锡爵将辞去政务，朝廷大臣推举替代他的人。顾宪成推举前大学士王家屏，违背了皇上的旨意，被削籍遣送回家。事情在陈有年传中。
顾宪成既然被除名，名声更加高，朝廷内外推荐他的上疏超过上百份，皇上都不回答。到万历三十六年(1608)，才起用为南京光禄少卿，顾宪成尽力辞谢不就位。万历四十年死于家乡。天启初年，赠为太常卿。魏忠贤把持朝政，其党人石三畏又弹劾他，遂被夺去赠号。崇祯初年，赠吏部右侍郎，谥号端文。
顾宪成聪明过人，幼年就有志于圣学。既然被削籍在家，更加深入研究，力主排斥王守仁“无善无恶心之体”的学说。无锡旧有东林学院，是宋代杨时讲道的地方，顾宪成与其弟顾允成倡导修复它，常州知府欧阳东凤与无锡知县林宰为之营建。落成后，顾宪成带领志同道合的高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼辈在其中讲学，学者称他为泾阳先生。当时，士大夫的抱负为世不容，于是退隐山林，闻风响应，以致学舍容纳不下。顾宪成曾经说：“在朝廷做官，志向并不在皇上，在边地做官，志向不在民生，居于水边林下，志向不在世道，君子是不这样做的。”所以他在讲学之余，往往议论朝政，品评人物。朝廷之士仰慕他的风范，多和他遥相呼应。由此东林名声大噪，而忌恨的人也多。
等到淮南巡抚李三才被弹劾，顾宪成送信给叶向高、孙丕扬为他恢复名誉。御史吴亮将它刻在邸抄中，攻击李三才的人大哗。而那时于玉立、黄正宾等人依附其间，颇有轻浮好事的名声。徐兆魁之徒于是以此为攻击东林党的口实，徐兆魁在奏疏上攻击顾宪成，肆意诋毁。声称浒墅有条小河，东林党占用其税收作为书院的费用。关使到，东林就以文书招请，假使关使没有应邀前往，也必定给予丰厚的报酬；讲学所至，仆人随从如云，县令令馆舍予以供应，没有二百金办不到；聚会时必定谈论时事，郡邑做事偶然与他们意见不同，必令郡邑改正；受了黄正宾贿赂。他的话没有一句得到证实。光禄丞吴炯上奏为顾宪成一一辩白，因而说：“顾宪成送信救李三才，是有些出格，我尝责怪他，顾宪成也后悔。现在顾宪成被诬告，天下将因此作为讲学的惩戒，闭口不谈孔、孟之道，国家正气从此而耗减，不是小事情啊！”奏疏上后，皇上不予回答。嗣后攻击顾宪成的人没有断绝，等到他死后，还有人攻击。凡是救李三才的，争论辛亥京官考察的，护卫太子的，揭发韩敬科场舞弊的，请勘查熊廷弼的，为张差梃击而抗旨上疏的，最后争论移宫案、红丸案的，违背魏忠贤的人，都被指为东林党人，没有一天不遭到抨击。凭借魏忠贤的邪恶势力，将他们一网打尽。杀的杀，禁的禁，贤明之士再也见不到了。崇祯登基后，渐渐有所任用。但朋党势力已经形成，无耻小人势力大张，使国家受害，明代灭亡后才停止。