艾穆，字和父，平江人。因中乡举任命为阜城教谕，邻郡诸生如赵南星、乔璧星等都前来学习。后进入京城，为国子监助教。张居正知道艾穆的名声，想将他任用为诰敕房中书舍人，艾穆不答应。
万历初年，他升任刑部主事，晋为员外郎。审查陕西囚犯的罪状。当时张居正执法严厉，判决囚犯不到一定数额的人要治罪。艾穆与御史商量，只判决了两人。御史担心不称职，艾穆说：“我决不会用人命来博取官职。”回到朝廷，张居正盛气凌然质问他。艾穆说：“皇上很年幼，小臣要体现皇上重视生命的德行，来帮助成就您公平允当地治法，有罪我也甘心。”作揖退下。
等到张居正父死不服丧，艾穆在家叹息，于是与主事沈思孝上疏劝谏说：“自从张居正不服丧后，妖星突然出现，星光直逼中天。言官曾士楚、陈三谟甘心冒犯清议，率先请求张居正留下，人心顿然泯灭，举国如狂。现在星变没有消失，火灾又起来了。臣怎么敢爱惜生命，不抛头洒血为陛下进言。陛下之所以留下张居正，说是为国家的缘故，而国家所重视的莫过于纲常。首辅大臣是纲常的表率。纲常不顾，社稷怎能安宁？事情偶然为之，是特例。而万世不变的，是先王的制度。现在抛弃先王的制度，而效法近世的特例，像这样怎么能行呢？张居正现在因特例留下，碍着情面就任了。等到国家有大事庆贺、大祭祀，身为首辅，想避开则害了君臣大义，想出来则伤了父子之情。臣不知道陛下怎么安置张居正，张居正又把自己置于何地？徐庶因为母亲去世而向昭烈帝辞职说：‘臣方寸已乱。’张居正难道不是人家儿子而方寸不乱吗？位处人臣之上，却不修凡人的日常礼节，何以面对天下后世！臣听说过古代圣贤的帝王常常用孝来劝诫人，没有听说不让服亲丧的。身为人臣，转移孝道而侍奉君王，没有听说剥夺他人孝行的。用礼义廉耻教育天下唯恐不够，竟然将其剥夺，使天下做人家儿子的，都忘了对父亲养育三年的爱心，纲常沦落了。到那时想用法律整顿，怎么办得到呢？陛下果真眷念张居正，当用道德来爱护他，让他能奔丧尽孝，使他保全大节，那么就纲常树立而朝廷端正，朝廷端正则百官、万民莫不端正，灾变也没有不可消除的。”
当时吴中行、赵用贤请皇上让张居正奔丧，将父亲埋葬后再回到朝廷，而艾穆、沈思孝直接请求让他服三年之丧，所以，张居正尤其恼怒。吴中行、赵用贤杖六十下，艾穆、沈思孝杖八十下，另加手铐，置于诏狱中。过了三天，用木板抬出城门，艾穆派往戍守凉州。由于伤太重不醒人事。不久苏醒过来，于是派往戍守所。艾穆是张居正的乡人。张居正对人说：“昔时严分宜没有同乡攻击他，我不能与严分宜相比。”万历九年(1581)，全面考核官吏，又将艾穆、沈思孝置于考察的名册上。
等到张居正死了，言官争相推荐他。艾穆起用为户部员外郎。任为四川佥事，逐渐升至太仆少卿。万历十九年(1591)秋天，提拔为右佥都御史，巡抚四川。前任崇阳知县周应中、宾州知州叶春及行为义气过人，艾穆推荐他们代替自己，皇上没有回答。已经上任，有人报告播州宣慰使杨应龙叛乱，贵州巡抚叶梦熊请求征讨。四川人大多说杨应龙势力强，不可以轻而易举征讨，艾穆也不想用兵，与叶梦熊意见不同。朝廷命令两位抚臣一同考察，杨应龙不愿到贵州，于是将他逮捕到重庆，对质后按罪当斩，杨应龙贡上物品赎罪，艾穆让他回去了。艾穆生病回乡，没有多久就去世了。后来杨应龙叛乱，议论的人追究艾穆的罪过，皇上夺去他的职务。