魏学曾，字惟贯，陕西泾阳人。嘉靖三十二年(1553)中进士，授职户部主事，升郎中。有宦官为商人请求支取上万两粮草银。魏学曾坚持认为不可以，于是停止。不久，升为光禄少卿，又升右佥都御史，巡抚辽东。隆庆初年，当地少数民族大举进攻永平。魏学曾进驻山海关，下令诸将王治道等追击至义院口，取得大胜。魏学曾升为右副都御史。于是，他调换将吏，招纳降将，规范屯田二千多顷，数次击败敌人，被朝廷封赏。后因病离任。又起用为兵部右侍郎，提督神枢营，很快改在吏部任职，转为左侍郎。
穆宗皇帝去世，大学士高拱想排挤冯保，嘱咐御史官弹劾他。魏学曾修书大学士张居正，说：“朝廷官吏都说您与冯保有图谋，先帝遗诏也是出自您之手。今天的事情是不应该庇护这个阉官。”张居正大怒。等到高拱被赶出朝廷，满朝的文武都大惊失色。唯独魏学曾高声地说：“皇上登位伊始，就贬逐顾命大臣，诏书出自何人，不能不公开告诉百官。”他要求各位大臣到张居正的府邸争论此事，各大臣大多数不肯去，张居正也以疾病推辞诸臣来访，从此更加与张居正相违悖。魏学曾贬为南京右都御史。没有上任，给事中宗弘暹迎合张居正弹劾他。朝廷下诏让他以过去的官职等候调遣，魏学曾于是回到家乡。张居正死了一年多后，他被起用为南京户部右侍郎。征召为右都御史，督察仓场。不久从南京户部尚书任上退休。
万历十八年(1590)，顺义王扯力克西赴青海，火落赤、真相进犯洮河，副总兵李奎、李联芳先后被杀。朝廷命尚书郑洛经营管理七镇并兼任总督，郑洛坚持推辞任总督之职。第二年春天，内阁大臣王锡爵推荐魏学曾。于是，魏学曾起用为兵部尚书，总督陕西、延、宁、甘肃军务。当时郑洛一心一意主张议和。魏学曾到来后，与他意见不合。陕西巡抚叶梦熊帮助魏学曾。起初，顺义王受封时，叶梦熊因为直言劝谏阻止而获罪。魏学曾也向高拱说不便于这样做。这时，扯力克帮助叛乱，魏学曾、叶梦熊想征讨他们，抨击郑洛不认真对待敌人。恰好扯力克东归，火落赤诸部也迁走，魏学曾上奏认为扯力克虽然归去，暗地里却留了两万精兵在嘉峪，想帮助火落赤、真相。这个话本来是道听途说，朝廷官吏却争相附和。王锡爵心里后悔，上疏奏明，又送信责备叶梦熊。兵部尚书石星以为顺义王既然东归，宣府大(同)事情就很紧急。将郑洛召回商议安抚事宜，不理魏学曾的奏疏。没有多久，河套部落首领土昧明安完成互市交易，要求增加赏赐。魏学曾命令总兵杜桐、神木参将张刚、孤山游击李绍祖出其不意斩杀明安，俘杀四百八十余首级，夺马匹器械无数。魏学曾因功加封为太子少保。而明安的儿子摆言太声明要复仇，号召各部落。
第二年，継拜反叛，于是煽动诸部落叛乱。継拜，西部人，嘉靖中得罪其部落首领，父亲兄弟都被杀死，継拜逃脱投降朝廷，英勇善战屡立战功。前任督抚王崇古、石茂华先后奏请加封他为副总兵，于是多收集一些亡命之徒。其子承恩，是継拜梦到妖物进入他的妻子施的肋骨后而出生的，身体像狼，啼哭像枭，性格凶狠、乖戾。継拜老了，承恩承袭他的爵位。万历十九年(1591)，洮河有警报，御史周弘礻仑推举承恩及指挥土文秀、継拜义子継云等。巡抚党馨下令文秀西援，継拜谒见经略郑洛，表示愿意与儿子承恩一同出师。党馨讨厌他的自荐，故意压制他，継拜因此心生怨气。到金城，看见各镇士兵都出于他的手下。等到击退叛贼，取道塞外回来，敌人骑兵遇到他都避开，于是有轻视中原内外之心。党馨数次裁制継拜，并且按治承恩罪行鞭打了他二十下，継云、土文秀也因为其他原因怨恨党馨。恰好戍卒请求衣服、粮食，很久都没有得到。継拜就唆使军队先锋刘东阳、许朝犯上作乱。万历二十年(1592)二月杀死党馨及副使石继芳，逼迫总兵官张维忠自杀。継云、土文秀杀死游击梁琦，守备马承光、刘东..，自称总兵，推举継拜为主谋，承恩、许朝为左、右副总兵，継云、土文秀为左、右参将。承恩于是攻陷玉泉营、中卫、广武，黄河以西地带望风而降。只有土文秀进攻平虏，参将萧如党坚守不投降。叛贼已经夺取了黄河以西四十七座城堡，而且渡过了黄河，又诱使河套著力兔、宰僧进犯平虏、花马池，陕西全境震动。
魏学曾下令副总兵李日句率游击吴显赶赴灵州，另遣游击赵武赴鸣沙州，沿黄河一带阻止叛贼南渡，自己进驻花马池，正当叛贼的冲要。李煦等渡过黄河，叛将大多逃跑，四十七座城堡全都收复，只有宁夏镇城还被叛贼盘踞。著力兔等部落与明兵叛军遥相呼应，継拜、土文秀进攻赵武于玉泉。継云引导著力兔攻平虏，如薰设下埋伏射死継云。李日句回救赵武，围困才解除。四月，李日句领兵与前任总兵牛秉忠抵达宁夏镇城下。皇上已提拔董一奎为总兵，李贲为副职。不久，又提拔如薰代替董一奎，以麻贵代替李贲。他们还没有到，李日句等已经攻城。叛贼从东西二个门各出骁勇善战的骑兵三千迎战，步兵排列火车为阵营。官军冲上来，夺得战车百辆乘胜追击，将叛军逼入湖内，叛军淹死的不可胜计。副总兵王通作战尤其卖力，他的家丁高益等乘胜进入北门，后因援兵没到而被杀死，王通也负了伤，榆林游击俞尚德力战而死。第二天，许朝、土文秀胁迫庆王登上东城，乞求暂时罢兵，诡称愿意献出首倡叛乱者的脑袋。正好官军粮食吃完了，于是领兵退去，在附近城堡休整。
魏学曾日夜办理粮草，调动延绥、庄浪、兰、靖、榆林的部队。道路遥远，打造的船只也没有准备好，于是驻于花马池，等部队一到就移到灵州。很快，延绥游击姜显谟、都司萧如蕙，甘州前任总兵张杰及麻贵军都到了，又抵达宁夏镇城进攻。叛贼考虑到延绥、榆林兵士出来后，城内空虚，便勾结黄台吉的妻子，命令他儿子舍达夫、侄子火落赤、土昧铁雷攻掠旧安边、砖井堡以牵制官兵。継承恩又以计谋集合叛贼兵力，埋伏在延汉渠，抢掠二百辆运粮的车子。魏学曾从花马池回灵州，被叛贼包围，救援部队到后才解围。麻贵等数次攻城未能攻下，叛贼杀死庆王的妃子，将宫人、金帛一抢而空。朱秉忠在战斗中右腿负伤，于是官军再次将部队撤回。皇上听从尚书石星的建议，赐给魏学曾尚方宝剑督战。正好宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，各位大将刘承嗣、董一奎、李如松先后到来，六月再一次攻城，连战不下。
起初，魏学曾想招降刘东..、许朝，命令他们杀死継拜父子以赎罪，派遣部下叶得新前去。刘东..等四人相约同日同月死，于是折断叶得新的小腿，将他关在狱中。巡抚朱正色听信叛贼诡称请求投降的话，张杰曾总管过宁夏兵，过去与継拜很要好，于是，朱正色派他进城招降。许朝于是命令叶得新与张杰见面，叶得新大骂叛贼，被杀死，张杰也被扣压不让他回去。魏学曾以叛贼要求安抚为之请求，皇帝严厉地予以责备。等到这时，镇城中百户姚钦、武生张遐岭用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。火点后，城外的官军未到，叛贼将与姚钦同谋的人五十余人杀死。姚钦逃了出来，投奔魏学曾。当时，叛贼对外假意要求抚恤以缓兵，暗地里与盗匪勾结，然而粮食已吃完，形势更为不利。七月，魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决黄河大坝让黄河之水灌城，水达到城下。此时，河套盗匪卜失免、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以土昧铁雷为前锋，而另外派遣宰僧领万骑从花马池西沙湃口进攻，声援継拜。麻贵在右沟阻击，其士气稍稍有些挫折，分路赴下马关及鸣沙州。魏学曾命令游击龚子敬扼守沙湃口，征召延绥总兵官董一元捣毁土昧铁雷的巢穴，斩首一百三十余级，盗寇大惊而走。在沙湃口遇上龚子敬，将他重重包围，龚子敬战死，外寇也离开了，叛贼的援军没有了。魏学曾增大坝水决口。八月，黄河决口，大堤毁坏，又修治大堤，城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又进入李刚堡。李如松、麻贵等打败他们，将他们一直追赶到贺兰山。叛贼更加害怕，要求和议，悬而未决时，魏学曾因得罪被罢官。朝廷命令叶梦熊代替他，叶梦熊于是取得成功。
起初，魏学曾遣人招降刘东..、许朝，曾在固原停留十余日等待消息，皇帝责备他玩忽职守。李日句渡黄河又迟了点，松山、河套的盗匪先进入，官军由是再次失利。魏学曾曾上疏要求监军不要参与兵事，皇上命令梅国桢遵守这一点，梅国桢颇不满意。等他来到军队，梅国桢弹劾诸将观望，而定魏学曾玩忽职守罪。给事中许子伟也弹劾魏学曾为招抚所迷惑，耽误了国家大事。梅国桢又说佥事随府从城上逃下，叛贼命令四个人下来捉拿，我军距离咫尺却不敢上前救援，又北边盗匪数万人截断我军粮道，杀戮无数，却隐匿而不上报。皇上于是大怒，将魏学曾逮至京城。魏学曾逮捕不到一个月，宁夏城破，明朝大军乘势而入，叛贼被灭。
魏学曾任事勤劳。灌城招降的计策，本来是他的建议。等到宣报大捷，皇上召见大学士赵志皋、张位，赵、张二位极力为魏学曾辩解，尚书石星以下多说魏学曾无罪。梅国桢也上疏说：“魏学曾应变稍慢，臣请求责备诸将是要振奋士气，而逮捕魏学曾的命令，发自我的上疏，我暗暗地感到悔恨，魏学曾不昭雪，我将受到万世的讥讽。”李如松也说：“魏学曾被逮捕时，三军将士泪如雨下。”叶梦熊也将功劳归于魏学曾。皇帝开始不听，后恢复他的官职。魏学曾在家乡居住数年后死去。叶梦熊因为功劳提拔为右都御史。