海瑞，字汝贤，琼山人，乡试中举。进京都，不久伏宫门之外上书《平黎策》，请求在海南设道置县，以便安定乡土。有识之士认为他很有气魄。他担任南平教谕的时候，御史到学宫去，下属官吏都伏地拜见，只有海瑞是直身作揖，并说：“如果到御史台拜见，当以下属礼拜他，这个厅堂，是师长教士的地方，不应该屈身。”调职为淳安知县。穿布袍吃粟米，让老仆种蔬菜自给。总督胡宗宪曾对人说：“昨天听说海县令替母亲祝寿，买了两斤肉。”宗宪的儿子经过淳安，恼恨驿吏，将他倒吊起来。海瑞说：“以往胡公巡视部属，命令途经处不要铺张供给。现在他的行装华丽，必定不是胡公的儿子。”就把从袋中发现的几千两银子，缴进府库，他飞马报告宗宪，宗宪没有罪责他。都御史鄢懋卿巡视路过，海瑞的供给很简便，抗争说小镇不能容纳车马。懋卿非常恼恨。然而素闻海瑞的声名，只好收敛威风离去，但吩咐巡盐御史袁淳给海瑞和慈溪知县霍与瑕治罪。霍与瑕，是尚书霍韬的儿子，也耿直不谄媚懋卿。当时海瑞已经升任嘉兴通判，却被贬为兴国州判官。很久以后，陆光祖为户部文选郎，提拔海瑞任户部主事。
当时世宗在位已久，不理朝政，深居西苑，专心致意于斋戒。督抚大吏争相呈献吉祥符瑞，礼官动辄上表祝贺。朝廷大臣自从杨最、杨爵被治罪以后，没有敢讲当时政务的。四十五年(1566)二月，海瑞单独上书说：
“我听说君王是天下臣民万物的主宰，他的责任重大。想要称职，也唯有把职责寄托在大臣身上，使他们尽情进言。我冒死请求，替陛下陈述。
“以前的汉文帝本就是贤明君主，贾谊尚且痛哭流涕地进言。这不是苛求，因为文帝性情仁慈近于柔弱，虽然有惠民的好事，也不免懈怠废弃，这是贾谊最忧虑的。陛下天资英武果断，远远超过汉文帝。然而文帝能够扩展仁慈宽容的性情，节制耗费，体恤人民，使天下钱贯腐朽粟粮陈积，几乎终止刑罚。陛下却锐利精明不多久，就被妄念牵移开去，背离刚明的品质而且错误地用人。以至宣称飞升可以求得，一心修炼本性，用尽百姓的脂膏，泛兴土木，二十多年不理朝政，法纪松弛。几年间局势发展，名称礼器混乱。不见两位皇太子，人们认为父子情谊浅薄。因为猜疑诽谤屠戮侮辱大臣，人们认为君臣情谊浅薄。乐于呆在在西苑享乐不归皇宫，人们认为夫妇情谊浅薄。小吏贪污官宦骄横，民不聊生，水旱灾害不断，盗贼日益猖獗。陛下试想现在的天下，是怎么样呢？
“近来，严嵩被罢免相职，严世蕃被判处极刑，一时间大快人心。然而严嵩罢相后如同严嵩没有任相职之前一样，世道不是很清明，远远赶不上汉文帝。大概天下的人对陛下有看法已经很久了。古时人君有过错，依靠大臣匡扶矫正。现在皇上仍然修斋建祭坛，争相敬香，送仙桃献天药，大臣都做表称贺赞颂。建宫殿筑居室，要竭力经营；采集香料收购珠宝，府库开支四出。陛下错误地兴起，大臣们错误地顺从，没有一个人愿意向陛下正确陈述，阿谀之风严重。然而他们内心惭愧、气馁，告退后又背地议论。这种欺骗君主的罪孽又怎样呢？
“天下是陛下的家。没有不顾念家的人，朝廷内外的大臣都为陛下的家奠基则这家坚如磐石。一心修炼本性，这是陛下的心智迷惑。过分苛求武断这是陛下的偏激。说陛下不顾念家，合乎人之常情吗？大臣们徇私损公，谋得一个官职多数因欺诈丧失，多数因不干事而丧失，实在不能合乎陛下的心意。否则，君心臣心偶然不合，就称陛下讨厌刻薄大臣，因此拒绝劝谏。抓住一两个不适当的人，就怀疑成千上百的人都这样，使陛下做出错误的举动，却坦然不见怪，大臣们的罪行大着呢。史书说：‘皇帝犹豫不决则老百姓迷惑，对下情难知晓则君王长期劳累’，这正是呀。
“陛下的失误很多，其中最大的失误是斋祭。斋祭是求长生。自古圣贤传下训诫，修身立命称‘顺应自然保全正命’，没有听到长生的说法。尧、舜、禹、汤、文、武等最圣贤的人，没有能够长命于世，退而言之，也没有见到从汉唐、宋到现在有活着的方士。陛下接受陶仲文的方术，称他为师。陶仲文却已经死了，他不能长生，唯独陛下能长生么？仙桃天药，更加怪诞荒谬。从前宋真宗在乾佑山获得天书，孙..说‘天怎么讲话？哪里来书’。桃子必须采摘才能得到，药必须焙制才能成，现在无缘无故得到这两件东西，是它们有脚可行吗？称‘天赐’有手执掌来交付吗？这是左右奸诈的人，制造荒诞的事来欺骗陛下，陛下错误地相信了，认为是真的，是过失啊。
“陛下又说用刑赏来督导大臣，分派人加以治理，天下没有不能治理的事，那么修炼本性就对自己没有损害吗？太甲说：‘有言论与自己心事相反，必须求证道理；有言论恭顺自己的志趣，必须求证它没有道理。’任用人必须唯唯诺诺与自己不相违抗，陛下的这种方针不好。观察严嵩，有一件不顺从陛下的事吗？过去是一条心，现在是罪魁祸首。梁材守道守官，陛下认为是叛逆，但他历任有声望的，在户部做过官的人至今首推他。然而各位大臣宁愿像严嵩一样恭顺，不取法梁材的叛逆，不是察看陛下的错误，而是暗暗地回避，陛下由此得到什么好处。
“陛下如果能确实知晓斋祭无益，一旦翻然悔悟，天天到正朝，与宰相、侍从、言官商讨天下的利害，清洗数十年累积的过失，置身于尧、舜、禹、汤、文、武圣贤之中，使大臣们自己也洗刷数十年阿谀君王的羞耻，置身于皋、夔、伊、傅的行列，何患天下不能治理好，何患万事不被梳理顺。这只是陛下振作一下的事。放弃它不做，热衷于轻举度世，伤精劳神，在捕风捉影、茫然不知之中寻求修炼本性，我看终身劳苦，却最终一无所成。现在大臣取俸禄而喜好阿谀，小官吏害怕被治罪就闭口不语，我很愤恨。因此冒死罪，愿尽绵薄之力，唯求陛下赐恩。”
世宗接到奏章，非常恼怒，扔到地上，环视左右的人喊：“赶快抓住他，不要让他逃跑了。”宦官黄锦在旁边说：“这个人素有痴名。听说他上奏章的时候，自知触犯皇上该死，就买了一副棺材，告别妻儿，在朝廷等候治罪，童仆也都逃散，没有人留下，他不会逃离。”沉默不语，过会儿又取过奏章阅读，一天读了几遍，被它感动而叹息，将奏疏留在中宫几个月。曾说：“此人可以与比干相配，但是我不是商纣。”遇上过问患病，烦懑不乐，召见内阁大臣徐阶商议传位的事，说：“海瑞所讲的都是实话。我现在病了很久，怎么能巡视朝廷事务。”又说：“我不自我谨慎珍惜，招致这场病患。假使我能到便殿去，怎么会遭此人的骂呢？”于是逮捕海瑞投放到诏狱，追究主使人。不久把他移交刑部，判处死罪。案宗上报后，仍被留在世宗手中。户部司务何以尚揣摸皇帝没有杀海瑞的意思，上书请求释放他。世宗发怒，命令锦衣卫将他杖击百次，禁锢在诏狱，昼夜棒击审讯。过了两个月，皇帝去世，穆宗即位，两人都被释放。
世宗刚死，外界大都不知道。提牢主事听了，以为海瑞将被任用，设宴款待他。海瑞自己疑心要赴刑场，放纵饮用，不顾虑什么。主事就附在他耳边说：“皇帝去世了，先生即将出狱效力了。”海瑞问：“真的？”随即大哭，将吃进的东西全呕吐了，倒在地上，整夜哭泣不停。不久获释，恢复旧职。很快改派到兵部，提拔为尚宝丞，调任大理寺。
隆庆元年(1567)，徐阶被御史齐康弹劾，海瑞说：“徐阶侍从先帝，没有能终止神仙土木的过失，畏惧龙威保全职位，的确有罪。然而自从他执政以来，忧患国事，肚量宽弘，值得称赞。齐康甘心做鹰犬，搏噬好人，他的罪又高过高拱。”人们赞同他的说法。
历任两京左、右通政。隆庆二年(1568)夏天，以右佥都御史身份巡抚应天的十府，下属官吏害怕他的威严，有劣迹的人大都自动免职。有势力的人家用朱丹漆门，听说海瑞来了，又漆成黑色。监理纺织营造的人，被减去众多随从。海瑞锐意革故鼎新，奏请疏浚吴淞、白茆，让河水畅流入海，百姓因此受益，他一贯痛恨大户兼并土地，极力折损豪强，安抚贫穷羸弱。贫民的田地被富户兼并，一概替他们夺回，徐阶罢免相位居住乡里，海瑞一样查问其家里的情况而不宽免。他的命令雷霆万钧，有司惶恐奉行，有势力的豪强为了躲避，逃往其他郡。奸民往往乘机告发，所以大姓人家时常有遭诬告蒙冤屈的。他又裁减邮传冗费。士大夫离开了该地一律不提出供饮食，因此怨言很多，都给事中舒化批评海瑞迂腐不通晓政体，应该把他置于南京的清闲之地，穆宗仍然优待海瑞下诏奖励。不久给事中戴凤翔弹劾海瑞庇护奸民，鱼肉官吏，沽名钓誉扰乱政事，于是调他督职南京粮储。海瑞抚慰吴地刚半年，百姓听说他将离去，哭声载道，绘像在家中祭祀。他即将就任新职，遇上高拱主管吏部，此人一向怀恨海瑞，将他的职务并入南京户部，于是海瑞告病回家。
万历初年，张居正主持朝政，也不喜欢海瑞，指使巡按御史考察他的清廉。御史到山中察看，海瑞真诚地招待他，两人对坐用餐，房舍狭小，御史叹息着离去。张居正害怕海瑞的耿直，虽然朝廷内外交相推荐，他始终不召见海瑞。万历十五年(1587)冬天，居正已死，吏部拟任用他做左通政。神宗很看重海瑞的名声，授予他旧职。第二年正月招他任南京右佥都御史，又改任南京吏部右侍郎，海瑞当年七十二岁，上书陈述衰老将死，愿比附古人尸谏的大义，大略讲：“陛下励精图治，但政治还不理想，原因是贪婪官吏的刑罚轻了。大臣们不能谈论缘由，反而借助待士有礼的说法，对此赞不绝口掩饰其过失。待士有礼，但是百姓又有什么罪刑呢？”于是他列举太祖剥皮囊草的刑罚以及洪武三十年(1397)的定律贪污八十贯处绞刑的例证，称现在应该用这些刑罚惩治贪官。其他方面时政的谋划，话语非常切实。唯独劝皇帝施行酷刑，当时舆论认为不妥。御史梅昆鸟祚弹劾他。神宗虽然认为海瑞的言语过分，但明了他的忠诚，撤了昆鸟祚的职。
神宗屡次打算召用海瑞，执政的人暗中阻拦，于是任命他为南京右都御史。南京各官向来苟且懒惰，海瑞身体力行矫正此风。有位御史偶尔演戏取乐，海瑞打算遵循太祖法令杖责他。百司惶恐，都患其苦。提学御史房寰担心被纠察和揭发，准备先行发难，给事中钟宇淳也鼓动，房寰再次上书对海瑞丑化诋毁。海瑞也多次上书请求退休，神宗安抚挽留，不同意他辞职。万历十五年(1587)，海瑞死在职任上。
海瑞无儿子。死时，佥都御史王用汲进他家察看，发现他用的是穷寒的士人都不能忍受的麻布帐和破竹箱，王用汲哭泣着退下，凑钱给他送葬。百姓罢市。丧事在江上举行，穿戴白衣帽的送葬人夹岸，哭着洒酒祭奠的人百里不绝。神宗追封他为太子太保，谥号忠介。
海瑞生平学行，主要是刚强，因为他自号刚峰，天下人称他为刚峰先生。他曾说：“想天下治理安平，必须推行井田制。不得已就推行限田制，再不行就实行均税制，尚且可以保存古人的遗志。”所以自从任县令到巡抚，他都致力清丈田亩，颁行一条鞭法。主要意思在于利民，不过行事不能说没有偏颇。