孙钅龙，字文中，父亲孙升，字志高，是都御史孙燧的小儿子。嘉靖十四年(1535)中进士及第，授职为编修，升任过礼部侍郎。严嵩当权，孙升是他的门生，唯独没有依附他。遇上南京礼部尚书空缺，众人都不想去，唯独孙升请求前往。死后，赠封为太子少保，谥号文恪。孙升曾经怀念父亲死于宸濠之难，终身不写宁字，也不替别人写祭文。做官不说别人的过错，当时称为坚定行事的君子。有四个儿子，孙钅龙、孙铤、孙钅宗、孙钅广，孙铤是南京礼部右侍郎，孙钅宗是太仆卿。
孙钅龙考取嘉靖三十五年(1556)的进士，授职为武库主事。
历任武选郎中，尚书杨博很器重他。世宗在宫中斋戒二十年，劝谏的人动辄获罪。孙钅龙请求皇帝接见大臣们，并且极力抨击宠幸的方士，引用赵高、林灵素做比喻。显贵的侍从宦官将奏章藏匿不转交皇帝，孙钅龙称病回乡。
隆庆元年(1567)他出任南京文选郎中。万历初年，调任光禄卿，称病回乡。在家乡住了十年，居住在一座小楼中，宾客很少见他的面。后起用原职，晋升为大理卿。都御史吴时来议论律例，错误很多，孙钅龙极力争辩，皇帝全部听从了批驳的意见。他担任南京吏部尚书，不久改任兵部职，参与机要事务。任命刚下达，遇上陆光祖离职。朝廷一再推举代替的人，才召他担任吏部尚书。
吏部从宋纟熏到陆光祖主事，权力才回归吏部。到了孙钅龙时期，部权守卫得更为坚定。先例，吏部尚书与内阁大臣相遇不回避，后来都回避了。陆光祖争辩，才又恢复旧制。然而暗暗告诫骑马的侍从另选道路走，到了孙钅龙时就径直走了。张位等人心中不平，想剥夺他的权力。建议大的臣僚的空缺，九卿各举荐一个人，一样上奏听侯皇帝裁决，以便杜绝专权。孙钅龙说：“朝廷推举，大臣能共同衡量可否，这是‘在朝廷给人封爵，与众人共同商议’的意思，一次推举多人易开启宠幸之路，不是例制。”给事中史孟麟也这么认为。诏令最终采纳了张位的建议。从此吏部的权力又渐渐分散到九卿手中。
万历二十一年(1593)全面考察京官、朝官，他极力杜绝私人请托。文选员外郎吕胤昌，是孙钅龙的外甥，首先被贬斥。考功郎中赵南星也自己贬责了姻亲。一时间公论不容的人被全部贬责、罢黜，大学士赵志皋的弟弟亦在其中。因此执政大臣都不高兴。王锡爵刚刚回朝担任首辅，想有所庇护。等他到的时候，监察的奏疏已经呈送皇上了，庇护的人也在罢黜之列，也不能不生遗憾。遇上言官弹劾稽勋员外郎虞淳熙、职方郎中杨于廷、主事袁黄，孙钅龙提议贬责袁黄，留用虞淳熙、杨于廷。诏令袁黄正在谋划军务，也留任。给事中刘道隆称虞淳熙、杨于廷不应当留任，于是皇帝严厉责备部臣结党专权。孙钅龙说：“虞淳熙是我的同乡，安贫好学。杨于廷努力处理西部事务，尚书石星极力称道他的才干。现在宁夏刚平定，我不敢视功绩为罪过。况且既然由部里报告处理意见不嫌弃异同。如果知道他没有罪，因为谏官的一句话就驱逐他，欺骗自己欺骗君主，我确实不能容忍。”皇帝认为孙钅龙不认罪，剥夺了他的俸禄，将赵南星降了三级，虞淳熙等人勒令罢免。
于是孙钅龙请求退休，并称赵南星无罪。左都御史李世达认为与自己共同负责监察，而唯独赵南星遭谴责，也替赵南星、虞淳熙等人鸣冤，皇帝都不听。因此佥都御史王汝训，右通政魏允贞，大理少卿曾乾亨，郎中于孔兼，员外郎陈泰来，主事顾允成、张纳升、贾岩，助教薛敷教相继替赵南星鸣冤，而且陈泰来的言辞尤为恳切。它大略说：
“我曾经四次考察京官。丁丑年(1577)，张居正因为守丧未满期而强夺情做官，采纳御史朱琏的计谋，借星象变化考核官吏，钳制众人的口舌。负责部事的方逢时、考功郎中刘世亨调和其中。像蔡文范、习孔教等人都受到纠察停职，不为众人信服。辛巳年(1581)，张居正已成威福之势，王国光只是唯唯诺诺以图谨慎，考功郎中孙惟清和吏科秦耀密谋将提意见的吴中行等各位大臣全部禁锢。现任辅佐大臣赵志皋、张位，抚臣赵世卿也在南北两京接受考察，舆论认为冤枉。丁亥年(1587)，御史王国极力驳斥给事中杨廷相、同僚马允登的邪议。但是尚书杨巍向来模棱两可，考功郎徐一木贾马上进行调停。不辨泾、渭，也被当时的舆论讥讽。只有今年春天的事情，广泛咨询，博采众意，符合实情，合乎情理，失当的谄媚被全部摒弃，贪官污吏必作淘汰；至于孙钅龙割除甥舅的情感，赵南星忍受断绝姻亲交好，没有比这更公正的。首辅王锡爵兼程赴命，有人还怀疑他想干预考察大典。现在他的亲朋故友都不能庇护，对赵南星很久就不甘心了。所以刘道隆的奏章呈上，马上就有指控他专权结党的批示下达。
“因为吏部商议留用一两个僚属就是结党，那么两都的大臣有二十二人被指出过失，内阁大臣商议留用六个人，詹事刘虞夔因是王锡爵的门生而被留用，独可以不称作结党吗？况且吏部的权力归属内阁，从高拱兼管以来，已经不只一天，尚书除张瀚、严清之外，选郎除孙钅广、陈有年之外，没有不奔走遵命的。延及杨巍，到刘希孟、谢廷审的时候就完全威望扫地。尚书宋纟熏想稍作振兴，最终被前任首辅申时行倾轧而死。尚书陆光祖、文选郎王教、考功郎邹观光立志要澄清，辅臣王家屏虚怀纳言，逐渐权衡清楚，只是申时行人虽回到了乡里，置身家院，授意宫廷的太监张诚、田义和舆论界的私交，将王教、邹观光很快贬斥。现在仿效他的故伎，借纠正过失来激起皇帝恼怒，这是宦官与内阁大臣内外勾结，钳制吏部大臣，但是陛下没有察觉。”
奏疏呈送皇宫，皇帝发怒，贬责了于孔兼、陈泰来等人。李世达又上奏救助，皇帝恼怒，将赵南星、虞淳熙、于廷黄全部贬为平民。
孙钅龙上奏称：“吏部虽然以录用人才为职责，他们的进退去留，必须等待上面的指令。权力本来就在皇上，不是吏部专有。现在因为留用两位僚属就是专权，那么所为就没有不是专权的。因为留用两名属吏就是结党，那么所为就没有不是结党的。如果回避专权、结党的嫌疑，畏缩怯懦，使选官的职责从我开始被看轻，是我的大罪过。我任职不力，只好洁身离去，使专权结党的说法最终不在现在明确，后继者又以我为戒，这又是我的大罪过。”坚持恳请告老还乡，皇帝仍不同意。孙钅龙就闭门称病。多次上奏，皇帝仍然下温旨安慰挽留，赏赐他猪羊、酒酱、粮食，并且指令侍郎蔡国珍暂时负责选任官吏的事务，等待孙钅龙康复。孙钅龙坚持卧病多月，上奏十多次，才被批准乘坐驿车回乡。居家三年后去世，赠封为太子太保，谥号清简。
孙钅龙曾说：“大臣不称职，就应当辞职。否则，虽有职位在，也是谨身自守罢了。”他的志向、气节就是如此。