王宗沐，字新甫，临海人。嘉靖二十三年(1544)的进士。授职为刑部主事。与同僚李攀龙、王世贞等人，以诗词、文字相互结交友好。王宗沐尤其通晓吏治。历任江西提学副使。修建白鹿洞书院，招引诸生在其中讲学研习。
三次迁官后升任山西右布政使。当时山西连续灾荒，王宗沐趁上京觐见皇帝之机上奏说：“山西诸郡都受荒灾，太原尤其严重。三年来，都是如此，一百多里听不见鸡鸣。父子、夫妇彼此交换以吃饱一餐，称作‘人市’。宗亲的八十五万石俸禄，多年欠缺，因饥饿、瘟疫而死亡的人达二百人。山西是京城的右掖。从故关至真定，从忻、代地区至紫荆，都不到三天的行程。宣、大地区的粮食虽然分派到了各郡，但是运送粮食的人全在太原。饥民一旦聚集，蹂躏、践踏、劫夺，每年供给宣、大两镇六十七万两粮饷，谁替他们采办。这是一件深为忧念之事。各地上奏的水旱灾害以十计，部里评议常常裁减至十分之三，免除的不过是各地应该留存的部分。现在山西存留的是供应的镇关的粮饷。存留却反而比起运还急，因此山西最终没有享受丝毫的宽缓。这是第二件忧心的事。在万山之中开拓疆域，峰岩阻隔，太原的百姓不能到达泽、潞，怎么能到其他地方寻饭吃。唯独真定的米稍稍可以通济。然而背负车运，大致两斗得到一斗，刚至寿阳，价钱就涨了三倍。这是第三件忧心的事。饥民聚众造反，招抚不了他们，必将进行捕杀。小则动用库存的经费，大则要请求调拨内府的资金。与其拨钱奖赏杀强盗的人，不如拨钱使他们不做强盗。这是第四件忧心的事。近来丘富进行诱惑，边地百姓谣传他募人耕田不征收租税。愚昧的百姓知道什么，急迫间无暇选择，八百多里长的边关没有谁要挟他们。他们诱惑聚众，我方因逃亡而空虚。这是第五件忧心的事。”他因而请求延缓征收拖欠的赋税，截留河东新增加的盐课供给宗族的俸禄。不久他改任广西左布政使，又调补山东。
隆庆五年(1571)，给事中李贵和请求开挖胶莱河。王宗沐认为此事难办，不足以振兴漕运，致函给朝廷劝阻此事。他升任右副都御史，总管漕运，兼任凤阳巡抚，极力陈说运粮军士的困苦，请求即刻进行抚恤。又因为黄河经常决堤，漕运通道终于被梗塞，他想恢复海运，上奏称：“自从会通河开通以来，已经很久没人提海运之事。我近来在山东任官，曾经逐条陈述此议。巡抚都御史梁梦龙毅然尝试，无所阻滞，但是有顾虑者总是担心风浪危害。南海域，全国众多的河流汇注那里，渺茫一片没有山岛，连躲避风浪的地方也没有，越往南方海水温度越高，它是蛟龙的巢穴。所以元代的人对海运很惊骇，因而从太仓、嘉定向北航行。如果从淮安向东，经过登、莱，停靠天津，此称为北海，其中岛屿很多，可以避风浪。
又因为它的地势高多礁石，蛟龙出没却没有巢穴。所以登州有海市，由石气与水气相互搏击，映在石上就形成了，石气能够超出水面，因为石头离水近的缘故。北海较浅，就是明显的应验。可以弥补运河的不足，没有比这更便利的事情。”他趁势逐条上奏陈述了七件便利的事情。第二年三月运送十二万石米由淮安入海，五月份抵达天津。陈述功绩时，他与梁梦龙一起晋级，被赏赐金币。但是南京给事中张焕称：“听说有八艘船漂走或沉没了，损失三千二百石米。王宗沐预计有此损失，私下派人买粮补充。米可以补充，人命可以补充吗？王宗沐掩饰视听，不合乎大臣的道义。”王宗沐上奏争辩，请求核查。皇帝下诏施行先前的意见，熟习海运路径以防紧急之事。不久，海运船队抵达即墨，刮起飓风，七艘船翻沉。都给事中贾三近、御史鲍希颜以及山东巡抚傅希挚都称海运不便，因此就废置了。当时是万历元年(1573)。
王宗沐认为徐、邳地区的民俗蛮横、凶悍，很奸诈、狡猾，沿海地区走私的盐贩出没，六安、霍山地区暗中盗矿的人很多，奏请设置守将。又召募豪侠富户的三百多人充当义勇兵，责令他们追捕盗贼，此后都按功授予官职。调任南京刑部右侍郎，改任工部职。不久又升任刑部左侍郎，奉旨巡视宣、大、山西各镇的边防事务。母亲去世后他回乡了。万历九年(1581)，他在京官考核中被罢免，不予进职。在家闲居十多年后去世。被赠封为刑部尚书。天启初年，追授谥号为襄裕。