曾同亨，字于野，吉水县人。父亲曾存仁，为云南布政使。曾同亨考取嘉靖三十八年(1559)的进士。授职为刑部主事。改任礼部，调任吏部文选主事。先例，丞、簿以下的官员，听任胥吏选拔，曾同亨却全都亲自挑选。他与陆光祖、李世达齐名。隆庆初年，任文选郎中，几乎将旧臣举荐任用完了。晋升为太常少卿，因急事请假离去。
万历初年，出任大理少卿。历任顺天府尹，任右副都御史管辖贵州。御史刘台触犯了张居正。曾同亨是刘台的姐夫，给事中陈三谟想将他们一起驱逐，上奏曾同亨羸弱不胜职。诏令调他到南京，于是称病回乡。万历九年(1581)，京城考核纠察官，给事中秦灿、御史钱岱等人又秉承张居正旨意，列上曾同亨的姓名。张居正勒令他休息。
张居正死后，他出任南京太常卿。皇帝召他担任大理卿，调任工部右侍郎。负责督促营建皇帝逝世后的寝宫，节省三十多万两白银。由左侍郎升为尚书。军事器械都从外地输送来，全都不合乎标准，他奏请以半价签收，又请求减少一半的织造额。皇帝都答复可以。汝安王妃请求征收桥税，曾同亨拒绝了。皇帝最终应允了王妃的请求。内府的工匠，隆庆初年人数达到一万五千八百人，不久淘汰了两千五百人，但是宦官却不断增加。曾同亨上奏请求清理、整治。已经得到圣旨，宦官又上奏压制了此事。给事中杨其休上奏争辩，皇帝不接纳。曾同亨的弟弟曾乾亨奏请裁减冗员使经费宽裕些，京城卫戍部队的诸位武臣声称减少了自己的月薪，一片哗然，窥伺着曾同亨走出朝房就围着他叫嚷。曾同亨再次请求退休，没有结果。九门的工程完工，他被加封为太子少保。极力请求离去，皇帝下诏令他乘驿车回乡。启用他任南京吏部尚书，他推辞了。此后很久，再度起用他任原职，他多次推辞之后才就职。税使在当地肆虐百姓，曾同亨极力劝谏。
万历三十三年(1605)，全面考核京官，他与考功郎徐必达正直不徇私情。当年，北都考核拂逆了当政者的意愿，宫中传旨保留给事中钱梦皋等人；南都的考核和曾同亨自己的奏疏，也很久不下发。曾同亨恰好因事进京，于是称病。诏令加封他为太子太保，而后退休。
曾同亨初次进入吏部，严嵩是他的同乡，尚书吴鹏与他父亲同年进士，曾同亨没有做私下拜访。曾在署舍住食，整月不回家。一向与罗汝芳、耿定向相好。尚书杨博痛骂伪儒，曾同亨说：“他们中间多愚昧者，不可以一概斥责。即使表面上借儒学名义，这与卖身进取，恬不知耻的人相比，谁更可恶呢？”他在七十五岁去世。被赠封为少保，谥号恭端。