万士和，字思节，宜兴人。父亲万吉，为桐庐训导，有学术造诣。万士和为嘉靖二十年(1541)的进士，改任庶吉士，授职为礼部主事。父丧期满，请求就便赡养母亲，改任南京兵部的职务。逐渐迁职为江西佥事，一年裁减上供瓷器上千件。调任贵州提学副使，升任湖广参政。安抚、接纳了二十八寨的叛乱苗民，因功被赏赐银币。营造三殿的工程动工，采集木料的使者交错纷繁。万士和的谋划备至，百姓赖以安宁。调任江西按察使，赴任超过日期，被弹劾而免职。
他出任山东按察使，再调任广东左布政使。政事以往专门由左职决定，万士和称“：朝廷设置左右布政，如同左右手，没有轻重高低。”于是与右使相约分日办事。皇帝召见，任命他为应天府尹，循例调任为右副都御史。督导南京的粮食储备，奏请六项便利百姓的事。隆庆初年，晋升为户部右侍郎，统管仓场。不久，改任礼部职，晋升为左侍郎。称病回乡。
神宗即位，他出任南京礼部侍郎，负责国子监的事务。万历元年(1573)，礼部尚书陆树声离职。张居正采纳了陆树声的建议，召万士和代替他。上任后逐条奏陈崇尚节俭的数件事。又因为灾异与不祥之气屡次出现，奏请关闭宠幸之门，容纳刚直，淘汰冗员、抑制分外求请，大都触犯了当时的禁忌。俺答与部属贡奉马匹，边防大臣奏请增加对他们的官方奖赏。万士和称赏赐有规定的数额，不要依从边防大臣额外的请求，皇帝听从了他的意见。方士倚仗冯保请求封官，万士和坚决不同意。成国公朱希忠去世，张居正同意赠封为王，万士和极力争辩。给事中余懋学议论事情被治罪，万士和称正直的大臣不应当责备。因此屡次抵触张居正。给事中朱南雍乘机弹劾他，他便告病离去。张居正去世后，请他出任南京礼部尚书，他再次上奏延年不赴任。直至他去世了，享年七十一岁。赠封为太子少保，谥号文恭。