王锡爵，字元驭，太仓人。嘉靖四十一年(1562)，在京师会试中获第一名，廷试又得第二名，授职为编修。逐渐官至国子监祭酒。
万历五年(1577)，以詹事身份负责翰林院。张居正服丧期限未满，即出仕为官，准备对吴中行、赵用贤等人施以廷杖。王锡爵邀集同馆的十多人到张居正处请求宽免，张居正径直入内而不理他。吴中行等人既已受到杖罚，王锡爵扶着他们大哭。第二年他晋升礼部右侍郎。张居正才回乡处理丧葬，九卿急忙请求召他回京，唯独王锡爵不签名。不久，他请求探亲而离职。张居正因为王锡爵揭露自己的短处，更加怀恨他，王锡爵因此不出任官职。
万历二十年(1584)冬季，在家中被任命为礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。返回朝廷，他奏请禁止谄谀、抑制钻营角逐、戒除虚浮、节制侈靡、鼓励议政风气、精简工作。皇帝都加以褒扬、接纳。
起初，李植、江东之与大臣申时行、杨巍等人产生矛盾，因为王锡爵负有重望，并且与张居正不和，就极力推举他。等到王锡爵入朝，与申时行结合，他们反而上奏极力排斥李植等人，于是李植等人全部离去。当时申时行任首辅、许国任次辅，三个人都是南畿人，而王锡爵与申时行同时在会试中举，并且在同一郡，在内阁中相处很好。因为申时行性格柔和，而王锡爵性格刚直气盛。万历十六年(1588)，他的儿子王衡考取顺天试的第一名，郎官高桂、饶伸议论此事。王锡爵接连上奏辩驳，话语过于愤恨，饶伸被投入诏狱并从官籍除名，高桂被贬责到边疆。御史乔璧星奏请皇帝告诫王锡爵，务必扩展他的气量，成为美善有涵养的大臣，王锡爵上奏辩解。因此逐渐与朝廷议论抵触。
当时群臣奏请建立皇储的人很多，皇帝都不听。万历十八年(1590)，王锡爵奏请预先教导太子，录用言官姜应麟等人，并请求宽恕以前的巡抚李材，没有答复。曾经因为旱灾，自己陈奏请求罢免官职。皇帝下诏好言挽留。火落赤、真相侵犯西部边疆，议论的人争相请求出动军队，王锡爵主张和平解决，与申时行的意见相合。不久，他与同列争请册立皇储也不成，他关门闭户请求回乡。不久因为母亲年迈，接连奏请回乡探亲。于是皇帝赐给他路费，派遣官员护送。回乡两年，申时行、许国和王家屏相继离开职位，有诏书催促、召见王锡爵。万历二十一年正月，他返回朝廷，是成为首辅。
在此之前有圣旨，这年春季举行册立皇储的大典，告诫朝廷大臣不要轻慢地陈请。朝廷大臣鉴于张有德事件，都表现出沉默。等到此，王锡爵秘密奏请皇帝决定大计。皇帝派遣内侍将亲手写的诏书向王锡爵出示，想等待嫡系的儿子，命令将长子和两个次子暂且一起分封为王。王锡爵惧怕有失皇上的旨意，立即奉诏草拟谕旨。但是他对外又顾虑公众的舆论，于是劝谏：“汉明帝的马后、唐明皇的王后、宋真宗的刘后都抚养诸位妃子的儿子为自己的儿子，请皇帝指令皇后抚育长子，则长子就是嫡系儿子，而且生母不必尊崇位号以致压制了皇贵妃。”也拟谕旨呈送宫中。同列赵志皋、张位都没预先听说。皇帝竟然将前面的谕告下达给了礼官，下令马上准备礼仪。因此整个朝廷哗然。给事中史孟麟，礼部尚书罗万化等人，集体到王锡爵的府第力争。朝廷大臣和劝谏的人，奏章每天几次呈上。王锡爵与赵志皋、张位一起极力奏请皇帝追回先前的诏书，皇帝不依从。不久，劝谏的人更多，而且岳元声、顾允成、钟纳陛、陈泰来、于孔兼、李启美、曾凤仪、钟化民、项德祯等人将王锡爵拦在朝房里，当面与他争辩此事。李腾芳也上书王锡爵。王锡爵奏请在朝廷商议，皇帝不同意。他奏请当面陈述，没有答复。于是他自己弹劾自己的多项失误，请求接受罢免官职的责罚。皇帝迫于公众的舆论，追回并搁置了先前的命令，下令稍候二、三年再商议施行册立的事。王锡爵立即奏请皇帝迅速决定，并说“：过去嫡长子刚出生，已经颁布诏书大赦，诏书称‘祗承宗社’，明显地是像皇太子般待他。现在又疑惑什么而不决定呢？”没有答复。
七月，彗星出现了，有诏令修行、反省。王锡爵便奏请皇帝召见大臣。又劝谏说“：彗星渐渐接近紫微星座，皇帝应慎重起居的时节，对左右放宽刑罚，不要嗜欲以防疾病，散发钱粮以广布皇恩。”过了一个月，他又劝谏说：“彗星已进入紫微星座，不是仅仅靠用人行政能够消弭的，只有建立皇储这一件事可以消除灾祸。天王的星象称帝星，太子的星象称前星。现在前星已经闪耀而皇帝不早做决定，所以招致此灾祸。如果迅速册立皇太子，天象之变就自然消弭。”皇帝都答复知道了，仍坚持等待春季之期的观点。王锡爵的复奏又极力劝谏，并接连上奏恳请。
十一月，皇太后的生辰，皇帝驾御宫门接受朝贺完毕，单独召王锡爵到暖阁，慰劳他说：“卿扶持母亲来京都，的确是忠孝两全。”王锡爵叩头答谢，趁此极力奏请皇帝早日确定国家的根本。皇帝问：“皇后有了儿子，怎么办？”他答复：“这种说法在十年前尚可以，现在嫡长子已经十三岁，尚等待什么？况且从古至今，难道有子弟十三岁了还不读书的事？”皇帝颇为感动。王锡爵于是奏请皇帝多召见大臣面叙，保护圣体。退出后又上奏极力请求，并且劝谏：“外廷认为贵妃利用皇帝的宠爱而居心叵测，这种归罪皇贵妃的说法恐怕令郑氏全族不得安心。希望陛下深思。”皇帝得到奏疏，更加动心，手书诏令告谕王锡爵：“卿每次上奏都提及皇贵妃，为什么？他们屡次劝告我，我知道祖训，后妃不得参与宫外事，怎么敢就依从？”王锡爵上奏称：“现在与皇长子相伴的人，只有皇贵妃的儿子，天下人不怀疑皇贵妃而怀疑谁呢？皇贵妃不引以自责而责备谁？祖训不参与宫外事，是不参与外廷的用人行政之事。就像册立，是陛下的家事，而皇三子又是皇贵妃的亲儿子，陛下该不会与皇贵妃谋划吧？而且皇贵妃长期侍奉圣体，至亲爱贤惠，外廷议论纷纷，没有不归怨她的，我不忍心听说。我一个六十岁的老人，极力辩驳天下人之口，归功于皇贵妃，陛下尚且有疑虑。然而必定像众少年盛气攻击皇贵妃，而陛下反倒心情愉快吗？”奏疏呈入，皇帝点头称是。赵志皋、张位也极力请求。过了几天，于是有了皇子出阁学习的命令。而且皇帝下令广购珠玉珍宝，供作出阁礼仪之物，计值为三十多万两。户部尚书杨俊民等人拿先制进行争辩，给事中王德完等人又极力劝谏。皇帝就亲手写诏书告谕王锡爵，想改变时间。王锡爵婉言奏请，才没有真的改期。第二年二月，皇子出阁的礼仪完成，一切都如同东宫的礼仪，朝廷内外为此感到安慰。
王锡爵在内阁的时候，曾经请求罢除江南的织造，停止江西的陶器贡奉，减少云南的贡金，拨出内府的钱财赈济河南的饥荒。皇帝都没有反对，宠爱之情超过前后的诸位辅臣。他营救李沂，极力争辩不应该施行廷杖，尤其受世人称道。只因为阿谀二王并封之旨意被众人议论。不久，郎中赵南星遭贬斥，侍郎赵用贤放逐回乡，上疏救助的人都遭谴责或贬职，众人都认为是王锡爵所为。虽然他接连上奏自我表白并援救众人，人们最终不能谅解他。于是王锡爵屡次上奏称病请求退休。皇帝不想他离去，为他拨出内库的钱修建斋戒之所，祷祈他痊愈。王锡爵极力推辞，八次上奏皇帝才同意。先已累次加封太子太保，至此命令他改任吏部尚书，进入建极殿，赏赐他路费，乘坐驿车，由行人护送回乡。回乡七年，册立太子，皇帝派遣官员带着敕令向他问候，赏赐他银币、羊、酒。
万历三十五年(1607)，朝廷推举内阁大臣。皇帝已经任用了于慎行、叶向高、李廷机，还想念王锡爵，特意加封他为少保，派遣官员去召唤他。他多次推辞，皇帝不同意。当时，言官锋芒正盛，王锡爵秘密上奏竭立诋毁，其中有“皇上对奏章一概留在宫中，特别鄙夷它们，称之为禽鸟的声音”等话语。言官听说这些后大为愤恨。给事中毅然最先弹劾他，同官胡嘉栋等人也议论不已。王锡爵也自己关门自养，最终推辞而不赴京。又过了三年，他在家中去世，享年七十七岁。赠封为太保，谥号文肃。