余继登，字世用，交河人。万历五年(1577)的进士。改封庶吉士，授职为检讨。参与撰修《会典》，晋升修撰，入宫讲授经书。不久，提升为右中允，充任日讲官。当时经筵进讲长期停顿，侍臣没有办法向皇上讲忠言。余继登与同官冯琦一起呈递《通鉴》的讲义，告诫时政缺陷、失误。历任少詹事兼侍读学士，充当正史副总裁。事后晋升为詹事负责翰林院。两宫受灾，与诸位讲官援引《洪范五行传》诚挚劝谏。没有答复。晋升礼部右侍郎。
万历二十六年(1598)，他以左侍郎身份负责礼部事务。陕西、山西发生地震，南京遭雷火，西宁的钟不敲自鸣，绍兴地下涌淌血水。余继登在此年底分类上奏，顺便恳请罢除一切害民的苛刻开采之事。当时未被采纳。雷击了太庙的树，再次请求皇上亲自到京郊祭祀、祭庙，册立嫡长子，停征矿税，撤除宦官使者。神宗下优诏答复知道了。
不久晋升为本部尚书。当时准备讨伐播州杨应龙。余继登奏请罢免四川的矿税，用来资助士兵的粮饷。并再次上奏“：近来星迹失度，水旱相继为害，白天看见太白星，上天不和顺啊。凿山开矿，裂地求砂，导致狄道地方山崩地震，地气不和顺啊。百姓穷困，再加苛求，钱财空乏，又索求珠宝，奸民像蚂蚁般聚集，太监嚣张，朝廷内外阻隔，上下没有交流，人心不和睦啊。凶暴的气息凝聚不散，结成怨毒之形，山陵河谷变迁，高低易位，这是阴气压阳气、邪气干扰正气、下级背叛上级的气象。我不能感动皇上，劝谏越多皇上越厌烦，所以苍天就用非常的变故，警戒提醒陛下，陛下又对此还能恬然不有所作为吗？”神宗仍不理会。
余继登亲自部署部中事务，奏请册立太子并加冠完婚。多次上疏，因为恳请无效，忧郁成疾。每当谈及此事，就流泪说“：大礼不举行，我作为礼官死不瞑目。”患病三个月，接连上奏请求退休，神宗不同意。恳请停止俸禄，也不被批准。最终死于任上。追赠太子少保，谥号文恪。
余继登朴实、正直，办事慎重、严密，很少言谈、嬉笑。遇上大事，谏议侃侃而发。居家廉洁。学士曾朝节曾到过他家，庭径长满蓬蒿。当他病重，去探视他，见他身盖粗布被，用羊皮盖着脚部。他的小儿子参加童生考试，夫人请他出面讲一句话，他最终没有答应。