徐有贞，字元玉，初名王呈，吴县人。宣德八年(1433)，中进士，被选为庶吉士，授予编修。他长得短小精悍，富有智谋，喜欢功名。凡天文、地理、兵法、水利、阴阳方术之书，他无不深入研究。
当时天下承平既久，边防守备松弛，而西南却用兵不息，徐王呈为此很担忧。正统七年(1442)，他上书提出兵政方面五项建议，皇上很赞赏，但不能采用。十二年，他升为侍讲。十四年秋，火星侵入南斗。徐王呈私下对友人刘溥说：“祸不远了。”他马上命妻子儿女南返。土木之难发生后，成阝王召群臣来问对策。徐王呈大声说：“对应星象，再根据历数，天命已去，只有南迁才能消除灾难。”太监金英呵斥他，胡氵荧、陈循也都认为不可南迁。兵部侍郎于谦说：“提出南迁的人，可斩了他。”徐王呈大为沮丧，不敢再说。
景帝即位后，派十五个科道官员出外募兵，徐王呈代行监察御史之职，前往彰德。敌寇退走后，他被召回，仍任原官。徐王呈急于进取，自从创议南迁，遭内廷讪笑后，很久得不到升迁。他便送给陈循玉带，并使用星术，对陈循说“：公的腰带不久将是玉的。”不久，陈循果然加封为少保，他非常高兴，便屡次推荐徐王呈。而当时朝廷用人多由少保于谦决定，徐王呈托于谦门下之士游说于谦，求国子监祭酒一职。于谦为他向皇上提出，皇上说：“是那个提议南迁的徐王呈吗？此人为人险诈，将会坏学生们的心术。”徐王呈不知道于谦推荐他，以为于谦压制他，所以深怨于谦。陈循劝徐王呈改名，他于是改名为有贞。
景泰三年(1452)，他升为右谕德。黄河在沙湾连续七年决口，前后去治理的人都无功。廷臣共同推荐有贞，于是皇上升他为左佥都御史，去治理黄河决口。有贞到张秋后，审度水势，提出三个对策：一，设置水闸；二，开辟支河；三，疏浚运河。计划定下后，督漕都御史王..因漕运水道淤浅，阻碍漕船，请尽快堵住决口。皇上敕令有贞照王..的建议办。有贞坚持相机行事，说：“临清河道浅，原本就是这样，不是因为黄河决口没有堵住。漕臣只知道堵塞决口是急务，不知道秋冬虽然堵住了，来年春天必定又要决口，徒劳无益。臣不敢图近功。”诏令听从他的意见。有贞于是大集民夫，亲自督率，治理沟渠，修建闸门，从张秋直通到黄河、沁水。旁出的河流不顺的，他又筑九道水坝来拦住。他还另筑大坝，在坝上设水闸，用五百五十五天而完工。命名水渠为“广济渠”，水闸为“通源闸”。在工程还没完工时，皇上因转运粮食为急，工部尚书江渊等人请派中书和文武大臣一道率京军五万人前往助役，定三个月完工。有贞说：“京军一出，每天的费用难以计算，如果遇到涨水则束手坐视，无所施为。现在决口已合，决堤已经坚固，只用沿河的民夫，就足以办事了。”这计划遂撤消了。工程完工后，有贞被召回，佐理都察院事务。皇上从厚慰劳他。后来他又出去巡视曹河。济宁十三州县的河夫多欠官马和其他杂办之征，有关官员催得很急，有贞为他们上书免除。七年秋，山东发大水，河堤多被毁坏，只有有贞所修筑的完好。有贞于是修复旧堤的决口，从临清到济宁，各设减水闸门，水患得以平息。回朝后，皇上召见他，奖赏慰劳有加，进升他为左副都御史。
八年(1457)正月，景帝病危。石亨、张车兀等人策划迎上皇复位，去告诉太常寺卿许彬。许彬说“：这是不世之功。可惜许彬老了，无能为力。徐元玉善于奇策，何不去跟他商量？”石亨即连夜到有贞家。有贞听说后，非常高兴，说“：得先让南城知道这个计划。”张车兀说：“我们暗中通知他。”于是令太监曹吉祥进去告诉太后。辛巳这天晚上，各人又在有贞家中会面。有贞上屋顶观看乾象，马上下来说：“时机已到，不要错过。”当时正有边警，有贞令张车兀诡称要防范非常之事，提兵进入大内。石亨掌大门钥匙，当晚四鼓，他开长安门领进张车兀的军队。入城后，又闭上城门防止外面的军队。当时天色很暗，石亨、张车兀都很害怕，对有贞说“：事情能成功吗？”有贞大言一定成功，催促他们快点行动。到达南城后，门锁住了，便毁墙而入。上皇在灯下一个人出来问是什么事。有贞等人俯伏在地，请上皇登位，于是叫上皇上辇。士兵因为太惶惧而抬不起来，有贞率诸人帮着拉着走。星月突然开朗，上皇问各人的姓名。到东华门后，守门人不让进，上皇说“：朕是太上皇帝。”守门的人返身而逃。上皇于是上奉天门，有贞等人穿着平常衣服拜贺，欢呼万岁。
景帝天明后应当视朝，群臣都已经在宫门下等候。突然听到殿中传来呼噪之声，大臣们都很惊愕。不久各门全部打开，有贞出来对众人说：“太上皇帝复位了。”群臣赶紧入宫拜贺。即日命有贞兼学士，入内阁参预机务，第二天加封他为兵部尚书。有贞对石亨说“：愿得冠带随仁兄之后。”石亨为他向皇上提出，皇上封他为武功伯兼华盖殿大学士，掌文渊阁事务，赐称号为奉天翊卫推诚宣力守正文臣，食禄一千一百石，世袭锦衣卫指挥使，颁给世袭诰券。有贞于是诬陷少保于谦、大学士王文，杀了他们。内阁各大臣几乎全被逐出。陈循素来对有贞有恩，有贞也不救。事权尽归有贞掌握，中外侧目。有贞更进一步发展，随时进去见皇上，皇上对他也倾心委任。
有贞得志后，便想疏远曹吉祥、石亨。他看到皇上对两人已有厌恶的表情，便稍稍压制他们，并暗中对皇上说他们贪婪凶暴的情况，皇上也为之动心了。御史杨蠧上奏弹劾石亨、曹吉祥侵占民田。皇上问有贞和李贤，他们都说杨蠧所奏的属实。有诏书嘉奖杨蠧。石亨、曹吉祥非常怨恨，日夜图谋陷害有贞。皇上正宠爱有贞，经常屏退从人秘密交谈。曹吉祥令小阉官偷听得到，然后故意把听来的话泄露给皇上。皇上吃惊问道：“你从哪儿听到这番话？”。他回答说：”从有贞那听到的。某日说某事，外面没有人没听到的。”皇上从此疏远有贞。正好御史张鹏等人想弹劾石亨别的罪行，奏疏还没上，而给事中王铉泄露给石亨、曹吉祥。两人于是向皇上哭诉，说这实是内阁主使。皇上于是将各御史投进监狱，同时逮捕有贞和李贤。突然雷电和冰雹交作，大风吹断了树木。皇上感悟了，又怕违背了石亨的愿望，于是释放有贞，命他出任广东参政。
石亨等人恨犹未消，总想杀了他。他命人投匿名信，指斥皇上，说是有贞因为怨望而指使其门客马士权这么干的。于是追到德州抓住有贞，与马士权一起关进诏狱，拷打审问，但没有找到证据。正好承天门失火，皇上大赦。石亨、曹吉祥担心有贞被放，便对皇上说：“有贞自己撰写的武功伯诰券上有话说‘缵禹成功’，他又自选武功作为封邑。禹受禅为帝，武功是曹操最初的封地。有贞有志图非份之望。”皇上把这奏书出示司法官员，刑部侍郎刘广衡等人上奏有贞之罪应当斩首，暴尸街头。皇上下诏迁他到金齿为民。
石亨败后，皇上从容对李贤、王翱说“：徐有贞有什么大罪，不过是被石亨等人陷害而已，把他释放回家。”成化初年，给他恢复冠带闲住。有贞被放回来后，还希望皇上再召他，经常仰观天象，说将星在吴地出现，由此他更加自负。他常随身带着铁鞭，屡屡起舞。到听说韩雍征战两广有功后，他才掷鞭叹息说：“孺子也应天象吗？”从此放浪山水之间，过了十几年才去世。
有贞刚出狱时，曾抚着马士权的背说“：你是个义士。将来我要把一个女儿嫁给你。”从金齿回来后，马士权经常前去问候，他绝口不提婚事。马士权辞去，终身不提这件事。人们因此薄有贞而重马士权。