方瑛，都督方政之子。正统初年，他以舍人身份随父亲征麓川。父亲战死，方瑛发愤，矢志要报父仇。他初承袭指挥使，后来朝廷论方政战死之功，升他为都指挥同知。
六年(1441)，他随王骥征麓川，率兵六千人突破贼人营垒。贼人穿黄衣的首领正坐在帐幕中，方瑛直向前冲，左右的人斩杀了贼人数百名，踩死无数，遂夷平了贼人之地。方瑛升为指挥使。不久他又随王骥击破贡章、沙坝、阿岭等地蛮人。升为都督佥事，管后军都督府事务，又充任右参将，协助镇守云南。十三年，他又随王骥征麓川，攻破鬼山大寨，留镇云南。
景泰元年(1450)，朝廷认为方瑛有将才，命都督毛福寿去替代他。方瑛回来后，升为都督同知。他刚一抵京，而贵州苗人反叛，道路梗阻，王骥请求让方瑛回来讨伐。这一年四月，他被任为右副总兵，与保定的梁瑶、侍郎侯..将苗人逐个击退。进升为右都督。他又攻破赏改等寨，擒获伪苗王王阿同等人。侯..死，都御史王来取代他总督军务，分道往香炉山击贼。方瑛从龙场进兵，大破贼人，讨平了他们。
三年秋，王来弹劾方瑛违法之事，皇上不问。王来被召回后，命方瑛镇守贵州。这年冬，他讨伐白石崖贼人，俘虏和斩杀二千五百人，招降四百六十个寨。进升为左都督。五年(1454)，四川草塘的苗人黄龙、韦保作乱，自称平天大王，抢掠播州的西坪、黄滩。方瑛与巡抚蒋琳会同川兵进剿，贼人首领全部就擒。便分兵攻克中潮山和三百滩、乖西、谷种、乖立等寨，抓住伪王谷蚁丁等人，斩首一千余人。诏令封他为南和伯。
方瑛为将，纪律严明，赏罚必信，临阵勇敢，善于安抚士兵。士兵都乐于为他效力，因此他屡立战功，廷臣说应将禁军交给他统率，于是皇上把他召回，同石亨一起总督京营军务。第二年，蒋琳上奏说方瑛以前守贵州时，边境安宁，苗蛮畏服，请求派他回贵州。皇上不许。不久，湖广苗人反叛，皇上任方瑛为平蛮将军，率京军去讨伐，而派御史张鹏在他的后面暗中观察。张鹏回来后上奏说方瑛所过之地秋毫无犯，皇上非常高兴。
七年(1456)，贼人首领蒙能攻打平溪卫，都指挥郑泰等人将他击退，蒙能被火枪击伤。方瑛于是进入沅州，连破鬼板等一百六十余寨。他又与尚书石璞移师天柱，率领陈友等人分击天堂等寨，又大破贼人。攻克寨二百七十座，生擒伪侯伯以下一百零二人。当时英宗已经复位，捷报传到朝廷，石璞被召回，方瑛留镇贵州、湖广。方瑛讨伐蒙能余党，攻克铜鼓、藕洞等一百九十五寨，覃洞、上隆等地苗人分别斩他们的首领来归附。皇上嘉奖方瑛之功，进封他为侯爵。天顺二年(1458)，贵东苗人干把猪等人僭称伪号，攻打都匀各卫。皇上命方瑛与巡抚白圭会同川、湖、云、贵的部队讨伐，攻克六百余寨。边境地区全被平定。方瑛前后共攻克近二千座寨，俘虏和斩杀四万余人。平定苗人之功，此前无人能比。不久他在驻镇之地去世，终年四十五岁。皇上非常哀痛，赐谥号为忠襄。
方瑛天姿英杰，通晓古代兵法。他曾向朝廷献上练兵法和阵图，老将多称赞他。为人廉洁，谦和而不自我夸耀。他所到之处，都实行能维护当地社会安静的措施，人民很怀念他，长久不忘。