永历十二年（戊戌）正月，诏以原督师兵部尚书程源为礼部尚书，都御史钱邦芑掌院事；赐故辅臣吴贞毓，范矿等赠恤。
矿总督云贵，驻扎黔省时，孙可望两使李定国，一使白文选将兵赴黔，与矿盟，共申信义扶明之约。矿因从容为定国，文选开陈大义，且曰：“万一可望渝盟奈何？”定国曰：“可望扶明，我则奉之；若其渝盟，我则杀之，无难也！”迨后帝跸安龙，可望强横自恣，无人臣礼，文选燕见矿，有惭色。邦芑巡抚四川时，文选与忠国公王祥盟于乌江，邦芑为执牛耳。后可望袭遵义，王祥走死，文选晤邦芑，亦汗愧不能仰视。邦芑曰：“非公卖国，乃他人卖公耳！”因时间燕言，帝在安龙，主辱臣死，两人泣数行下也。于是文选对邦芑折箭自誓，必杀可望。会定国自粤西入安龙，拥帝而南，居间调护，文选之力居多。可望疑其有阴谋，夺其兵权，幽之别室。而矿已愤卒，莫有为之解者。
可望胁程源为兵部尚书。时邦芑为僧矣。亦传之至，授詹事府正詹。两人遂密连行在旧臣，皆交欢可望镇将。此辈朴鲁武人，酒酣耳熟，辄指可望骂曰：“剥一张贼皮，又生一张贼皮耶！”源又乘间言于可望：“文选骁勇可用，使功莫如使过。”文选以得还兵权。迨交水战胜，文选马宝虽为功首，而开导于平日，与离间逆党，奋发忠义于临时、矿、源、邦芑，其功咸不可泯。至是，帝皆旌之。
时马吉翔用事，颇忌源，芑之来。源功名自许，入朝即发吉翔奸状，吉翔嗾言者劾源曾，臣事可望，非纯臣，源发愤杜门不视事。芑虽掌宪，而督理晋王李定国之军事者为金维新，秩左都御史，位在芑上。以故都御史待命阁下不发，芑亦郁郁浮沉，朝请而已。贞毓与吉翔，仇也，矿亦非吉翔所善。赠恤皆不副望，公论惜之。二月清师取湖南，入武靖、沅、辰，遂至贵阳，安顺巡抚冷孟饪死之。
于是粤西之南太，四川之川南、川东，皆失。自可望败走，朝廷论功行赏，（设）官设吏，率皆宴饮恬愉，争功修怨，绝不以国事为念。部官二人（一名金简字禹藏，越人，入［灵皋按：原本“禹藏人越人……”今姑妄易之］蛮中。其一人惜失其姓名，后死焉）次第进谏，谓：“内患虽除，外忧方棘，伺我者方雁行顿刃，待两虎之一毙一伤以奋其勇，而我酣歌于漏舟，熟睡于积薪之上，能旦夕否乎？二王老于兵事者也，胡亦泄泄如是！”定国疑其劾己，遽于帝前激切陈诉，帝拟杖二臣以谢之，朝士交论共执不可，移时未决，失陷之报踵至，定国始逡巡引罪，二臣乃得免。
四月蜀王刘文秀薨。
文秀之追可望至贵阳也，尽收其溃兵可三万人，练以备边，渐有成局矣。而晋王不悦，请召之还，并召诸将之在边者，与从可望之南犯者，论功罪为分兵多寡之地。是以边警猝至，兵失其将，将不得兵，迄于大溃。文秀先以正月还滇，抑郁不自得，每屏人语曰：“退狼进虎，晋王必败国！”至是病革，上遗表曰：“我死，国事可预知！臣精兵三万人皆在黎雅建越之间，尝窖金二十万，臣将郝承裔知之。臣死之后，若有仓猝，臣妻操盘以待，臣子御驾勺以备{执目}御，请驾幸蜀，以十三家之兵，出营陕洛，庶几转败为功也！”乃薨，晋王恶之。
七月晋王李定国秉黄钺出师。
令李承爵出左路，壁黄草坝，祁三升出中路，壁鸡公背，白文选出右路，壁遵义之孙家坝。自三方告急，屡促定国师期，辄云“有待”盖随妖人贾自明之惑也。自明善幻术，多大言，言上帝助兵，当以某日下为木偶人数百长丈许，执幡幢为行阵，久而无验，时已初秋。定国怒而斩之，而讳其事，乃出兵。帝授以黄钺，凡古命将之礼无不备。先由中路出关岭，后李承爵告急，乃移师黄草坝。有以兵事谏者，曰：“守石关，一夫之力能制胜！”久之逾石关，营于炎遮河。祁三升壁鸡公背之绝顶，粮少运艰，士不宿饱，孙家坝孤悬滇蜀之表，声援不及，识者俱以为忧。
十月，晋王李定国告炎遮河之捷。
十二月，晋王李定国兵溃于炎遮河。于是鸡公背，孙家坝之师俱大溃。
十五日帝出奔。
李定国与清师战于炎遮河之右，小胜，遂不设备。清师骤至，压其营而垒。明日决战，南兵枪炮，北兵弓矢，日中不决。忽大风北来，金枪失火。其地山茅野草，烟焰障天，北兵乘风驰射，定国惊惧，弃众先奔，遂大溃。十三日，变服还滇，请帝出幸，言战守计者，以为书生不足听也。十四日，帝大集诸臣共议所之，蜀王刘文秀之将陈建等举文秀遣表，请幸蜀，定国曰：“蕞尔建昌，何当十万人之至，不如南楚。缓出粤西，急入交趾。”难之者曰：“清兵乘胜逾黄草坝，则临、沅、广南道路中断，且丧败之后，焉能整兵以迎方张之势？不可！”黔国公沐天波进议曰：“自迤西达缅甸，其地粮糗可资，出边则荒远无际，万一追势稍缓，据大理两关之险，犹不失为蒙段也。”帝可其议。明日驾遂发滇，官兵男妇马步从者数十万人，从古乘舆奔播，未有若此之众者。时定国以大兵殿后，国势既摇，人心里叛，艾能奇之子承业纠狄三瞍等数人以骁卒千余伏大寺中，谋劫定国而北。定国觇者知其谋以告，十八日晡时，定国遽率兵千人严队西走，承业等不敢追。
永历十三年（己亥）正月初四日，帝至永昌。
帝发滇时，百官护从，军民泣随者，日行不过三十里。其后兵士乏食，恣取民间，以至所在逃避，御前供奉顿缺，而庶僚贫病，扈跸离次不前者甚众，崎岖过大理，而定国亦至。明日帝行，定国请坚守大理，许之。后数日，白文选以孙家坝南溃之兵至，列阵下关，众尚万余。定国以数百骑赴之，文选愤涕叱定国曰：“人主以全国全师畀王，一旦至此，谁执其咎！”定国惭，南向叩首曰：“帝幸赦臣！”谓文选曰：“上既赦我，愿身一死以赎前罪！”文选收涕谢曰：“王几许人！死敌何益！王行矣！”定国遂行。又数日，清帅平西王吴三桂追文选及之，战于下关，又战于丁当山，文选败，南走入山。晋王李定国败续于磨盘，弃其军走，清师引还。
先是定国闻文选败，遂渡潞江（即古怒江），至磨盘山下（即古罗泯山，蛮云高丽贡），诸将他趋者皆会，胜兵万人，因设三伏以待之。以泰安伯窦民望为初伏，广昌侯高文贵为二伏，总兵王国为三伏。令曰：“须敌至三伏，举炮首尾横击之。”清师至山下，得降者卢桂生言其计，清师乃释马而步，搜伏者。望菁莽丛，积中矢炮雨发。民望不得已举炮出战，三伏亦发炮趋下救之，战于山下，短兵相接，自卯迄午僵尸堵垒。民望血战不己，中流矢死。南兵气沮，犹踞险而守。及闻定国走，将士失望，半夜散去。定国当日坐山颠上，闻信炮失序，大惊曰：“兵败矣！”遂先走。既逾险，问帝安在，知者曰：“帝西行去，去腾越已百里，路界茶山缅甸之间！”定国曰：“我焉从彼跸？而追者及之，君臣俱死无益也！姑他往，以图再举！”遂弃帝而奔。二十四日，帝南行，尚未知磨盘之溃，野次未定，而总兵杨武至，言定国远逃，追者将及，帝遂接淅而行。时渐昏黑，行数里，失道途大谷中，时距故处仅一望耳。宫人窜失，公私囊橐多为杨武劫夺。
二十五日，扈将孙崇雅劫掳杀害尤烈。
二十八日，扈卫靳统武引其众叛去。
以从臣多叛，决意入缅，遂出铁壁关，关外即缅地矣，缅酋使使迎之，自称于国也，曰：“金楼白象王”盖处则楼居，出则乘象，足不履地也。进贡天朝，则称：“缅甸宣慰使臣某，国人称之，则曰：‘某某法，此言而公道主人也。’”至是奉迎具表如常仪，复奏曰：“天王远临，百蛮警畏，请从官以下勿佩戎器！”马吉翔传旨从之。诸从臣皆谏曰：“猛虎所以威百兽者，以有爪牙故也。奈何自弃其防，以启戎心！”不听。是日，帝至芒漠，缅人执礼甚恭，并进衣衿食物。华亭侯王维恭谋拥太子还入关，由茶山出鹤丽，不果。
二月初一日，帝至水次。
缅人舣四舟以待：帝一，后及太子一，司礼监李国泰一，文安侯马吉翔一。浮水东下，即大金沙江，其南与海接，古称黑水，此其一也。从官无舟，或水或陆，听其为计。先在腾越，从官以下及妇寺数尚四千，及至蛮漠，止一千四百五十余人，至是仅六百四十六人而已！十八日帝至井梗，驻跸。
因缅人奏宫室未备，故暂憩也。
二十日，缅酋迎大臣议事。
帝遣马吉翔弟雄飞，及邬昌琦往。及至，酋亦不见，令通事传话，所问者皆神宗时事。二人未习中朝典故，竟不能答，缅人哂焉。最后出神宗时敕书相示，其宝文较今微异，以为伪，又以黔国公沐天波征南将军印验之，无异，遂不言。是役也，行人不才，遂开远蛮以不恭之渐！
三月黔国公沐天波等谋奉帝往就晋王李定国之师，不果。
天波及绥宁伯蒲缨，总兵王启隆等，谋奉帝往护撒孟艮，以就定国，马吉翔不从，遂止。是月也，缅人戕我从官以下数百人：通政司朱蕴金、姜承德，自缢死。自定国率残溃之众，分道入缅，焚掠劫杀，千里相望。缅人遂大发兵守隘，与官军忿怨益甚。至是，从官以下从陆者，不知帝尚为井梗也，竟抵缅都之亚哇城。缅人以为寇至，发兵围之。被杀者过半，余安置远方，后竟无存焉。
四月咸阳侯祁三升帅师迎跸。
三升上表迎帝，缅人请敕止之，谏者曰：“此我君臣出险之一时也！”不听，使丁调鼎及部司杨生芳往，以敕书止之，曰：“朕已航闽，将军善自为计！”三升捧敕痛哭，以为帝真航闽也，遂撒师。
五月初四日，缅人以龙舟鼓乐迎帝次于者梗。
亚哇城下有地名者梗，即大鹧鸪城旧地也。界大金沙大盈沙之间，地饶而险。缅人结草为庐，编竹为城，帝入居之，百官咸聚草次。
初八日，缅人来贡礼仪甚腆。
自溃众四掠，百蛮受荼毒之惨，然未敢诮人主也。三升奉敕撤师之后，缅人以帝威令尚行，恐一旦移跸，纾祸无计，故迎帝优奉，以为缓急自救之策。且潜阻内外，声闻不通，而帝益困矣！
八月十五日，缅酋胁黔国公沐天波执臣礼以见，学士杨在，行人任国玺疏劾之，不报。
缅俗：八月十五日，群蛮贽见，酋张嘉会以享之。至是，寻天波至，胁令从缅制，白衣，椎髻，跣足，领诸海郡及棘夷酋长而拜，以夸示远近。天波归而自白，且曰：“我为皇上屈也！”在等以天波贪生辱国，疏劾之，留中不发。
九月，缅人进禾，帝以廪给从官。
永历十四年（庚子）巩昌王白文选帅师迎跸，次亚哇城，不克而还。
文选自大理之败，间道渡陇川潞江，踵帝以后，以帝且入亚哇城矣。二月中临江，不知帝之所在，还兵南甸者久之。至是，招集流亡，有精兵万余人。是年七月，复至江浒，谕缅人假道迎帝，不许，遂攻之，垂克矣。缅酋惧，求敕止之，文选不奉诏，谓使者曰：“前者祁将军来，诏云：‘已航闽。’若前诏为真，则今敕为赝；使今敕为真，则航闽之后何自而来？君非臣何以威众？臣非君何以使人？蛮人不足信也！”使者曰：“诺！”既去不复至，缅人守益坚，文选望鹧鸪城痛哭引兵去。
九月，帝椎御宝以颁从官之不能举火者。
先是杨武孙崇雅之叛，乘、舆辎重散亡殆尽，至沙漠，惟中宫余金盆银碗各一，又为舆夫盗逃，而庶僚之贫者饥寒褴缕，鸠鹄不足喻也。马吉翔、李国泰以语激帝，怒掷皇帝之宝，令碎之，以济从臣。典玺李国用叩头不敢奉诏；吉翔、国泰竟錾以分饷焉。时吉翔等拥赀自赡，且纵博酣饮，高歌达旦，安寝咫尺，不顾也！更值蛮人来市，无尊卑少长皆短衣岸帽与蛮妇坐地交易，杂以谑笑。中国纪纲荡然，蛮人视之齿冷矣！
永历十五年（辛丑）二月，巩昌王白文选会晋王李定国之师，大败缅兵于锡波。
先是，定国入缅中，余众不过千许，檄调诸将皆以磨盘山之败，心实不相附，遂引而南。至顺蒙界外，界地而食，势实窘迫。会庆国公贺九仪，以全师自广南渡江龙江赴之。精兵万人，攻孟艮，拔其城。地饶鱼稻，诸将稍集，军声复振。久之，九仪以文选先居木邦之南甸，相去二千里，不相闻也。迨攻缅兵还，以不克为耻，知定国取孟艮，并有九仪之众，乃为书诮之，责以大义。定国遂全师而西，会文选于半途，相与刑牲歃血，誓必克缅。缅人知之，拔其豪边牙、边牙果为大将，集兵十五万人，遇于锡波江上。临战，巨象千余，夹以枪炮，阵横二十里，鸣鼓震天，大噪而进。二王之兵不及什一，且戎器耗失，所操惟长刀、手槊、白而已。定国警众横击之，大败缅兵，僵死万计，杀其将边牙果。而边牙犹收余众，栅大榕树林中。荫可百里，其夕鸣鼓竟夜，如列阵，比晓竟走还，无一存者。二王遂渡锡波江，临大金沙江，以垄缅城。
四月，晋王李定国等迎跸不果，引兵还。至亦渺赖山，师大溃。
先是，定国等兵临大金沙江，谕缅人假道入觐，并责其象马行粮为入边之计，缅人不听，尽烧其江船，沿江据险设炮以守。月余，定国等以粮少气阻，缅中耆者曰：“从此而北，至鬼窟山，有大芭蕉林，伐之，作筏可渡。既渡，尚有大居江阻之地饶材木，居民数百家，烧矿冶铁，舟可立具也。”定国从之，浮蕉为梁汔济，伐材设厂，造舟焉。未几缅人断浮桥，捣厂所，而军饥疫作，死亡相继。时军行皆挈眷以行，老幼累累，为累不堪，不得已为还军之策。或曰：“缅中瘴疠，夏秋写甚，加以千里无烟，人何以济？孟艮不可得而返矣！省地民风沙摆古者，在西南海上，行月余可至。其地高凉，其产鱼稻，盍往诸！”定国等乃从之，行至亦渺赖山下，其山亘数百里，登峰一览，竟其西南大海矣。是夕，文选卑将赵得胜憾其拥众，白文选还，且曰：“王毋为贺九仪之续！”文选入山，据险自保数日后，定国不得已引余兵三千间道还孟艮，断后，文选入边，遂迎降于清师。
五月，缅人弑其酋弟为缅王。
自溃兵躏入缅地，其民罹兵火之厄死者几半，国人怼其酋曰：“王迎帝，故帝阶之为祸者，王也。”酋曰：“我迎帝，不迎贼也！贼祸我，帝不祸我，奈何以是为怨乎？”于是上下相猜忌。今定国等来攻，酋之弟守景、迈景，线引蛮众五万人入援，并大出金帛以犒其众，诸蛮奋发。凡为战守，其略一出于酋之弟，国人爱之，遂归心。十三日缚酋置舆中，投之江，立其弟为王，遣弟来告，且索金贺，不报。
六月缅人招大小从臣尽杀之，并围行在，汉人多遭其祸。
前年八月黔国公沐天波屈礼缅酋，其后外来兵迎，缅人大恐，又札迎天波，乞诏谕止之，且许资象马粮糗相助入边。而外兵飘忽，既进速退，是以蛮益轻我。及二王亦渺赖山之溃，蛮尤肆志，然尚未敢为逆也。时清帅平西王吴三桂既留镇，其□固山杨坤谋效黔国公世守滇土，以为磐石之计，必入缅取帝以献，乃可。遂上疏固请严檄缅酋，令获帝自效。缅人于是谋杀从官，以孤帝势，使人来曰：“贼众溃矣，缅土安矣，请天朝大臣诅盟以相信也。”天波欲辞，马吉翔、李国泰曰：“蛮人敬鬼重誓，可往也。”乃行。日向午，缅人以兵三千围行在，索汉无少长贵贱皆饮刃而死，有窜入帝所伏匿者，亦搜而杀之。宫中两贵人及命妇自缢，死者相望，伏尸枕藉。良久，缅人护驾官大呼曰：“毋得惊害老皇帝！”乱始定，移帝他所，缅僧使其徒来进食，数日，帝乃得进。是日赴咒水之会，死知名者：松兹王某，黔国公沐天波，文安侯马吉翔，都督马雄飞，绥宁伯蒲缨，华亭侯王维恭，侍郎蔡士廉、杨在，御史任国玺、邬昌奇，部司杨生芳、郑居诏，学录潘潢，典簿齐应选，总兵魏豹、王起隆，内臣李国泰等。二十四日其自缢行营者：吉王慈煌，王妃张氏，宗臣□漆，戚臣王国玺，锦衣卫官赵鸣鉴、王大雄等二十三人。呜呼！行在诸臣虽贤不肖间殊，其崎岖守死则一。至是同为一邱之貉，而帝已为三桂几上肉矣！缅人何足恨耶？明日，帝惊悸致病，缅人恐帝又不测，无以致辞于三桂，乃迅洁行宫，迎帝复入居之，复贡衣被锦布等物。
十二月初三日，清帅平西王吴三桂帅师临江，缅人执帝以献。
三桂既以大兵临缅城大江，缅人奉金盘一十六枚置馔以迎，即日缅蛮来绐帝曰：“李定国兵又至矣！马步军数万列江浒，索帝甚急！”语未竟，蛮人遂舁帝所坐以行，后宫号哭震天，步从五里外，乘舟渡河，舟大不及陆，三桂使将负帝登岸。帝问曰：“卿为谁？”对曰：“臣平西王前锋章京高得捷也！”帝默然。
初九日，清帅平西王吴三桂以师拥帝还滇。
帝既还滇，三桂遂以捷闻。
晋王李定国薨。
缅自万历中绝贡，且据有木邦，麓川及八百媳妇之地，雄视西南，然与古刺、暹罗两国为世雠。帝自蛮漠舟行，从官云散。有入古剌者，马九功、江国泰等；有入暹罗，绝爱之，妻以女如珍，之已以女为定国计妃（灵皋按：“有入暹逻”至此，语意不明定有脱误，句读未能，姑阙疑待考。）于是间道通殷勤，谋连兵伐缅。九功等亦为古刺招到溃兵，得三千人，亦□书致定国，相与犄角。两国之兵将发，会三桂执帝旋滇，谍者以告。定国闻之，踊号哭，自掷于地者百计，不食三日，自表于上帝以祈死，愤郁致病，七日而薨，暹罗古刺之师失望而返。
永历十六年（壬寅）四月二十五日，吴三桂以帛进帝所，帝遂崩，皇太子及皇侄殉之，明亡。
时在寓中，忽大风霾，黄雾弥天，雷电交作，空中有二龙蜿蜒而逝，滇民无不悲悼焉。是年三桂即进爵为亲王，益甲万余人，移家口于汉中，美厥功也。其后缅蛮至者云：晋王李定国所葬地，至今春草不生，蛮人过之，辄跪拜而去。