鲁迅与南京的关系相当不浅，虽然他在南京只是前后五个年头，比起留学日本的七年来，时间要少些。他于前清光绪戊戌（一八九八）年闰三月十一日从绍兴出发，经过杭州上海，于十七日到了南京。四月初五日写信给家里，说往江南水师学堂考试，作论文一篇，题为“武有七德论”，考取为试习生，将来有缺可补二班。他所进的是水师的管轮班，即是后来所谓轮机科，但是他在那里只留了半年，于十月中回到家里，那时他因为学堂里太是“乌烟瘴气”，已经退了学了。到了十一月二十四日又动身往南京去，改入江南陆师学堂附设的矿路学堂，十二月十七日家信附寄功课单一纸回来，可以证明已经考进学校了。至辛丑（一九〇一）年十二月初八日起毕业大考，壬寅（一九〇二）年正月决定派赴日本留学，二月十五日乃离南京赴上海，转往东京去了。
那时前清政府还是用科举取士，考试八股文和试帖诗，知识分子想求“上进”，只有走这一条道，才算是正路，此外如无钱捐官，只好去学幕，做“师爷”去了。学校还全然没有，不过顺了办“江南制造局”的潮流，在南京杭州等处办了几个特殊的“书院”，教授格致等所谓西学，不过还是需要膳费，穷人没法进去，只有关于军事的，因为中国一直说“好男不当兵”，投考的人很少，所以特别不收膳费，而且每月还给津贴，这种机关当然不能称为书院，所以改称“学堂”。鲁迅前后所进的便正是这种学堂，他之所以进去也并不是因为志愿当海陆军人，实在只为的可以免费读书罢了。水师既然是乌烟瘴气，结果只好改考陆师，恰巧其时开办矿路学堂，附设在陆师学堂里面，鲁迅便往那里去报考，论性质本与“格致书院”近似，大概因为附在陆师的缘故吧，名称也就不叫书院而称学堂了。
鲁迅在南京这四年的修业，对于他的影响的确不算小。关于文史方面的学问，这一部分的底子他是在家里的时代所打下的，但是一般的科学知识，则是完全从功课上学习了来，特别是关于进化论的学说，虽然严幾道的《天演论》原是赫胥黎一篇论文译本，原名“进化与伦理”，不是通论。星期假日，学生常游之地多是下关码头，（吃茶在江天阁，）鼓楼，台城，夫子庙，（吃点心在得月台，）后湖便难得去了。鲁迅和几个同学可能受了陆师的影响，却喜欢骑马，有一回他从马上摔了下来，碰断了一个门牙。他们又常跑马到明故宫一带去。那时明故宫是满洲人驻防兵的驻所，虽然在太平天国之后，气焰已经下去了不少，但是还存在很大的歧视，至少汉人骑马到那里去是很不平安，要遇着叫骂投石的。鲁迅他们冒了这个危险去访问明故宫，一部分也由于少年血气之勇，但大部分则出于民族思想，与革命精神的养成是很有关系的。我于辛丑八月初到南京，旋考进江南水师学堂，至壬寅二月鲁迅即往日本去，所以我直接知道的事情实在只有这大半年而已。从当年旧日记里引用一节，作为一例。
水师陆师两个学堂都在南京的城北，水师距旧时的仪凤门不远，它有很高的机器厂的烟囱和桅竿，在近地便可望见，从城外进来是在马路的右手。沿着马路前去，前面一处名叫三牌楼，便是陆师学堂所在地，但是从水师往陆师去，中间还有一条便道，要近得不少，只是不能通车而已。水师陆师都是军事学校，校长称为总办，照例是候补道充任，水师既是乌烟瘴气，论理陆师也该相差不远。可是不知怎的，陆师总办比较要好得多，鲁迅在校的后两年，总办俞恪士（名明震）乃是候补道里很开通的人，后来鲁迅对他一直很有敬意，在日记中说及称为“俞师”。现在事隔五十余年，陆师遗址几乎无从查考，水师在国民政府时代闻曾作为海军部官署，恐怕原状也已什不存一了吧。
“十二月二十四日，晴冷。午饭后步行至陆师学堂，道路泥泞，下足为难。同大哥谈少顷，即偕至鼓楼一游，张协和君同去，啜茗一盏而返。予循大路回堂，已四下钟矣。晚大哥忽至，携来赫胥黎《天演论》一本，译笔甚好。夜同阅《苏报》等，至十二下钟始睡。”这里值得说明的，便是张协和这人。鲁迅在学堂的时候，我去访问，在宿舍内见到同住的人，乃是芮石臣，（原名芮体乾，毕业后改姓名为顾琅，）与张协和（名邦华）。后来派往日本留学，在这三人外加了伍仲文（名崇学），本来是“前五名”，又一个人则如鲁迅在《朝花夕拾》中所说，因为祖母哭得死去活来，所以只好中止了。这位张君与鲁迅同班同房间，日本弘文学院同学，浙江两级师范同事，又是教育部同事，直到鲁迅离开北京一直有着交往。张君后来在南京教育部任职，到解放前国民党政府逃往台湾，他这才离开，回到北京，仍旧住在他的旧址：西城松鹤庵二十六号。他的年纪同鲁迅差不多，前年走来看我，还很是康健。现在知道鲁迅在南京时代的事情的人，住在北京的，大概只有我们两人了吧。我就是不敢去烦扰他，他所知道的鲁迅在学堂的情况，一定要比我多得多了。
（《新华日报》）