程灵洗字玄涤，新安海宁人。年轻时以勇力闻名，一日可步行二百多里，善长骑马、游泳。梁朝末年，海宁县、黟县、歙县等和鄱陽郡、宣城郡境内盗贼盛行，县附近深受其害。程灵洗一向被乡邻敬畏服从，前后守长都一直让他招募年轻人，捉拿盗贼。
侯景之乱时，程灵洗聚集众人占据黟县、歙县抵抗侯景。侯景的部队据有新安，新安太守湘西乡侯萧隐前去依附程灵洗，程灵洗被奉为盟主。梁元帝在荆州秉承皇帝旨意，程灵洗又派使者抄小路上表。刘神茂从东陽建议抵抗侯景，程灵洗攻下新安，与刘神茂相呼应。元帝任命程灵洗为持节、通直散骑常侍、都督新安郡军事、云麾将军、谯州刺史，兼任新安太守，封他为巴丘县侯，食邑五百户。刘神茂被侯景打败，侯景的偏帅吕子荣进攻新安，程灵洗退守黟县、歙县。侯景失败后，吕子荣退走，程灵洗又占据新安。后来进军建德，生擒敌帅赵桑乾。按功劳授职为持节、散骑常侍、都督青州、冀州二州诸军事、青州刺史，增加食邑至一千户，将军、太守等职不变。
又命令程灵洗率领所部到扬州协助王僧辩镇防。迁任吴兴太守，尚未起程，王僧辩命令程灵洗跟随侯王真西去援救荆州。荆州陷落后，回到都城。高祖翦除王僧辩，程灵洗率所部赶来援助王僧辩，当晚在石头西门全力拼杀，形势不利，派使者招降程灵洗，很久才投降，高祖认为他非常重情谊。绍泰元年(555)，被授职为使持节、信武将军、兰陵太守，常侍不变，协助防守京口。平定徐嗣徽时，程灵洗立有战功，被授职为南丹陽太守，封为遂安县侯，增加食邑至一千五百户，镇守采石。
随周文育西讨王琳，于沌口战败，被王琳囚禁。翌年，和侯安都等人逃回。兼任丹陽尹，后来出任高唐、太原二郡太守，镇守南陵。陈书迁任太子左卫率。高祖驾崩，王琳的前军去到东部，程灵洗在南陵打败了他们，俘虏了他们的将士，并缴获青龙车十余乘。按照功劳被授职为持节、都督南豫州长江沿线诸军事、信武将军、南豫州刺史。侯王真等人在栅口打败王琳，程灵洗乘胜向北追击，据有鲁山。征召任左卫将军，其他职衔不变。
天嘉四年(563)，周迪再次进犯临川，以程灵洗为都督，从鄱陽别道攻打周迪，周迪又逃到山谷间。五年，迁任中护军，常侍职务不变。出任使持节，都督郢州、巴州、武州三州诸军事，宣毅将军，郢州刺史。废帝即位，晋号云麾将军。
华皎反叛，派使者招诱程灵洗，程灵洗杀了华皎的来使，用状告知。朝廷很赞赏他的忠心，增加他的守备力量，送给他一部鼓吹，真诚待他，派他的儿子程文季带领水军协助他防守。此时北周派将领长胡公拓跋定率领步兵、骑兵二万人，协助华皎围攻程灵洗，程灵洗环城固守。华皎退走后，才出军跟踪拓跋定，拓跋定没能渡过长江，携军投降。于是进攻北周的沔州，攻克了它，生擒其刺史裴宽。按照功劳晋号为安西将军，改封为重安县公，增加食邑至二千户。
程灵洗性情严厉急躁，对手下很苛刻，士兵犯有小罪，必定用军法惩罚，仓卒之间，便用棍子、鞭子抽打，但号令分明，和士兵同甘苦，大家也因为这依附他。他本性愛好农事，亲自勤劳耕种，至于水田、旱田耕种都适宜，清晨和晚间收割庄稼，即便是长期从事农活的人也赶不上他。歌女和小老婆都不闲着，督促她们全部纺织。至于平时用的财物，也不节俭吝啬。光大二年(568)，死于州中，时年五十五岁。追任为镇西将军、开府仪同三司，谥号忠壮。太建四年(572)，诏令配享高祖庙庭。其子程文季嗣爵。