德宗光绪元年，春正月，英国翻译官马嘉理被杀于云南。先是，马嘉理领总理各国事务衙门护照，往缅甸迎印度派来逼将柏郎等，既得遇，折回云南，是时行至腾越厅属蛮允地方被戕。英人以为云贵总督岑毓英实主使之，交涉遂起。 二月，饬署云贵总督岑毓英将英国翻译官马嘉理被戕一案，确实查办。时谕军机大臣等：“英国注意云南等处已非一日，现欲借此开衅，以为要挟之计，亟应加意筹防。着岑毓英将此案确实查办，并著刘狱昭迅即回任，会同办理。一面遴派明干之员，带领得力弁兵前往，就近驻扎，借弹压土司为名，暗杜彼族不测之谋。或腾越一带，本有兵勇屯戍，即由该督抚密筹，不可遇涉张皇，亦不可稍涉疏忽。总期边衅可息，后患无虞，方为妥善。” 三月，饬云贵总督刘岳昭等，迅将马嘉理一案持平办理。时总督探闻英国欲派兵进滇，并闻驻京英使威妥玛出京时，驻京俄使布策与之密商。英兵进滇，俄兵亦由伊犁进，使中国首尾不能相顾。中国海关总税务司英人赫德亦称其国现派兵五千，由缅甸蓝贡海口至云南交界处所驻扎。总督悉据以闻，政府以所闻各节，虚实虽未可知，而亟应先事绸缪之计，诏饬督臣刘岳昭、抚臣岑毓英：“迅将此案确查，秉公办结”，并谓滇省之野人：“虽居铁壁关外，其地尚属中国，不得谓非中国管理。”“设马嘉理非野人所戕，而诿之野人；或实系野人所戕，而谓野人非王法所能及，势必如上年台湾番社之事，彼族即可派兵自办，遂其奸计”云。 夏五月，命湖广总督李瀚章往云南查办事件，著即迅速赴滇，将马嘉理被戕一案会同该督抚秉公讯结。 秋八月，饬四川总督吴棠、传知前侍郎薛焕迅速赴滇，帮同李瀚章办理马嘉理被戕一案。
二年，夏六月，命大学士直隶总督一等肃毅伯李鸿章为全权大臣，即赴烟台，与英国使臣威妥玛会商一切事务。先是，李瀚章等查办滇案，覆奏谓：“马嘉理前此道滇赴缅，沿途地方均妥为保护。后由缅返滇，中隔野人土司地界，该处向多匪徒与进价勾劫，其时腾越绅民，闻洋人带有洋兵多名，将入关内，是以集团自卫。而马嘉理自缅折回，未经知会地方，致匪徒乘机劫抢。因洋人施放手枪，毙其伙匪阿用一名，登时起意拒捕杀害马嘉理及其从人四名，地方官实无调兵阻止及指使戕害事。”而威妥玛返京，与总署王大臣会议，仍坚请将全案人证提京覆讯。王大臣不允，威妥玛遂于四月出京。诏李鸿章佚其到津时，与之互商。既与威妥玛至烟台，未即南下，诏李鸿章驰赴与议。 秋七月，李鸿章与威妥玛定约于烟台。鸿章抵烟台，至威妥玛处会商，仍坚执事由由岑毓英主使，倘中国不允将全案提京，彼已令观审员格维纳回英面陈，并将全案文卷证据赉送本国查核，一月内方有办法，此时即与议商，仍须咨请本国政府作主等语。鸿章反复与之驳诘，以滇案业经钦派大员往查，讯取供证确凿，若必欲将督抚大员提质，须将所得岑毓英指使文扎信据，或的确可靠见证交出查验，当据以请旨，否则中外各国皆无此办法。继威妥玛又以上年秋间，在部署议定办理滇案，优待驻京大臣，整顿通商事宜三大端，须一并办理，乃可结案，其人欲甚著，而所言甚肆。适俄、德、法、美、日、奥六国驻京使臣及英、德两国水师提督均在烟台，鸿璋故示整暇，往来无宴，并诣英、德两兵船阅操。会万寿节，鸿璋又邀请各公使、提督宴饮庆贺，极力与之联络。情谊方洽，于是各使臣公议，亦谓无确实凭据，提提京为非，威妥玛始允另议办法，旋订会议条款三端，专款一条，所谓《烟台条约》者也。摘录于下：
第一端，昭雪滇案。
一、威大臣拟有滇案奏稿底本，由李大臣或总理衙门具奏。惟于出奏之前，须将折本交威大臣阅看。
二，奏明奉旨发抄后，由部署将折件谕旨抄录知照，并通行各省，将此折件谕旨详细列入告示。限两年内，由英国驻京大臣随时派员分往各省，查看张贴告示情形。即由地方大吏派委妥员，会同前往。
三、所有滇省边界，与缅甸地方往来通商一节，应如何明定章程，于滇案议结折内一并请旨，饬下云南督抚。俟英国派官员赴滇后，即选派妥干大员会同商订。
四、自英历明正月一日
〈即光绪二年十一月十七日〉
起，以五年为限，由英国派员于滇省大理府或他处租宜地方一区驻防，察看通商情形，并随时可与该省官吏商办关于英国官民一切事宜。
五、所有在滇被害人家属，应给恤款，以及滇案用遇经费，并因各处官员于光绪二年以前办理未协，有应偿还英商之款，现定为关平银二十万两，由威大臣随时兑取。
六、俟此案议结时，奉有中国政府惋惜滇案玺书，应即钦派出使大臣前往英国。所有使臣衔名及随从人员均应先行知照威大臣，以便咨报本国。其国书底稿亦应先送阅看。
第二端，京外两国官员会晤礼节及审办案件交涉事宜。
一、现因两国官员往来会晤及文移往来一切事例，京外尚有未协之处，应由部署照会各国驻京大臣，会同商订礼节条款，总期中国官员看待驻居中国各口等处外国官员之意，与泰西各国交际情形无异，且与各国看待在外之中国官员相同。缘中国现有派员出使之举，此项章程亟应定明。
二、咸丰八年所定《中英条约》第十六款，所载：“英国民人有犯事者，由英国领事官或他项奉派官员惩办”等字样。查原约内汉文，以英国两字包括。前经英国议有细章，并添派按察司等员，在上海设立承审公堂，以便遵照合约办理。现英国业将前定章程修改尽善，中国亦在上海设有会审衙门，办理中外交涉案件。而所派委员审断案件，或因事权不一，或因顾忌嫌怨，往往未能认真审追，兹议由总署昭会各驻京公使，将通商口岸，应如何会同总署议定承审章程，妥为商办。
三、凡遇内地各省地方或通商口岸，有关系英人命盗案件，议由英国大臣派员前往该处观审。至中国各口岸审断交涉案件，两国法律既有不同，只能视被告者为何国之人，即赴何国官员处控告。原告为何国之人，其本国官员只可赴承审官员处观审。倘观审之员以为办理未妥，可以逐细辩论，底使可无向隅，各按本国法律审断，此即条约第十六款所载“会同”两字本意。以上向旨，两国官员，均当遵守。
第三端，通商事务。
一、议准以各口租界作为免收洋货釐金之处，并添开宜昌、芜湖、温州、北海四处口岸，作为领事官驻扎处所。及重庆可由英国派员驻寓，查看川省英商事宜。轮船未至重庆以前，英国商民不得在彼居处开设行栈。俟轮船能上驶后，再行议办。至沿江之大通、安庆、湖口、武穴、陆溪口、沙市等处，均系内地处所，并非通商口岸，按《长江统共章程》，不准洋商私自起下货物。今议通融办法，轮船准暂停泊，上下客商货物皆用民船起卸，仍照内地定章办理。除洋货半税单昭章查验免釐，其有报单之土货，只准上船，不准卸卖外，其馀应完税釐由地方官自行一律妥办。
二、新旧各口岸，除已定有各国租界，应无庸议，其租界未定各处，应由英国领事官会商各国领事官与地方官商议，将洋人居住处所尽定界址。
三、洋药一宗，威大臣议请本国准为另定办法，与他项洋货有别。令英商于贩运洋药入口时，由新关派人稽查，封存栈房或趸船，俟售卖时，洋人照则完税，并令买客一并在新关输纳釐税，以免偷漏。其应抽收釐税若干，由各省察勘情形酌办。
四、洋货运入内地，请领半税单照。各国条约内，原已订明，自当遵办。嗣后各关发给单照，应由总署核定尽一款式，不分华洋商人，均可请领，并无参差。洋商将土货由内地运往口岸上船，条约内亦有定章，英商完纳半税，请领单照，即可运往海口。若英商自置土货，该货若非实在运往海关出口，不得援照办理。所有应定章程，免致滋生弊端之处，威大臣即愿会同总署设法商办。至《通商善后章程》第七款，载明洋货运入内地，及内地置买土货等语，系指沿海、沿江、沿河及陆路不通商口岸，皆属内地，应由中国自行设法防弊。
五、咸丰八年，所定条约第四十五款，内载“英商若将完纳税项洋货复运外国，禀明海关监督，发给存票，他日均可持作已纳税饷之据”等语。原约并未定有年限，今订明三年为期，限满作废。
六、香港洋面粤海关，向设巡船，稽查收税事宜。屡由香港官宪声称此项巡船有扰累华民商船情事，现在议定，即由英国选派领事官一员，由中国选派平等官一员，由香港选派英官一员，会同查核定章遵办，总期于中国课饷有益，于香港地方事宜无损。
七、以上议准添开通商各口岸及沿江六处准起卸货物一节，应由李大臣奏请于半年后，开办各口租界，免洋货釐金，及洋药在新关并纳釐税两节。俟英国会商各国，再行定期开办，另议专条。现因英国酌议，约在明年派员由中国京师启行前往，遍历甘肃、青海一带地方，或由内地四川等处入岁以抵印度，为探查路程之意。所有应发护照，并知会各处地方大吏暨驻藏大臣公文。届时当由总署察酌情形，妥为办结。
十一年，夏五月，驻英使臣一等毅勇侯曾纪泽，与英首相兼外务尚书侯爵沙力斯伯里续订《烟台条约》专条十款成。洋药税釐并征，载在《烟台条约》，延搁数年，迄未开办。迭经总署与英使威妥玛商议，总以咨报本国为词，藉作延宕地步，至九年正月，以威妥玛回国，诏派纪泽与英部商办此事，期在必成。如李鸿章前议百一十两之数，并在进口时输纳，即可就此定议。纪泽屡与前外部尚书伯爵葛兰斐尔磋商，至本年二月，始克成议。会葛兰斐尔退职，沙力斯伯里以首相兼外部尚书，纪泽叠催订期尽押。英外部忽称印度部因中国内阁学士周德润奏参凤阳关违例收税事，索纪泽文据，担保此次所订专条不致为官吏所坏，卒致不行等语。纪泽申辩再三，最后具牍声明条约既定，不致有意外之勒索，英外部始订期是月初三日画押。计条约专条十款，所谓《烟台续约》者也。列于下：
一、《烟台条约》第三端第一、第二两节所拟办法，现在议定，应由两国国家日后再行商酌。
二、《烟台条约》第三端第三节所拟洋药办法，今议定，改为洋药运入中国者，应由中国海关验明，封存海关，准设具有保结之栈房，或封存具有保结之趸船内。必俟按照每百斤箱向海关完纳正税三十两，并纳釐金不过八十两之后，方许搬出。
三、现在议定，凡照上节所载正税、釐金两项安纳之后，该货主即可在具有保结之封存处所，限同海关，将洋药拆改包装。其货包每种式样尺寸，应由海关官员会同该口领事官预告酌定，听货主择用。如货主于此时请领运货凭单，海关即当照给，不取分文。其所请凭单，或每包一张，或数包一张，悉听货主之便。凡有此等运货凭单之洋药，运往内地之际，如货包未经拆开，暨包上之海关印封记、号码数均未擦损私改，即无须再完税捐等项。此等运货凭单，只准华民持用，而洋人牟利于此项洋药者，不许持用凭单运寄洋药，不许押送洋药同入内地。
四、现在议定，给发凭单章程，各口一律。
五、中国国家应许此等货包在行销洋药地方开拆者，如有应纳税捐等项，或当时所征，或日后所设，或由明收，或由暗取，均不得较土烟所纳税捐等项，格外加增，亦不得别立税课。如此等税损系照货价计课，即应将洋药与土烟价值相较均算，其较算之法，应于洋药之市价内扣除进口时所纳釐金。
六、现在议定，此次所定续增专条，应与一千八百七十六年九月十三日所定《烟台条约》视同一律，其实力郑重之处，亦与逐字载入《烟台条约》无异。此专条应于画押以后六个月开办施行，此指两国批准文据已在期内互换而言。倘期内未能互换，即自互换之日开办施行。
七、专条所载洋药章程，议定昭行四年。四年以后，两国如有欲废弃章程者，无论何时，皆可先期十二个月声明，一经通知，届期即为废纸。惟议定，倘查所发运货凭单，于海口运送洋药前往内地行销处所之时，仍不免其输纳一切税捐等项，则无论何时，英国即有废弃专条之权。倘续增专条，既经废弃，则洋药办法，仍应昭现在所行之《天津条约》所附章程办理。
八、续增专条，即经开办，如查其中有应行变通更改之处，两国国家即可会同商议酌改。
九、《烟台条约》第三端第七节所载派员查禁香港至中国偷漏之事，应即作速派员。
十、此次专条所改之《烟台条约》，暨此次议定续增专条，一并由两国朝廷批准文据，应在伦敦作速交换。定约大臣各奉本国国家之命，议定续增专条，画押盖印。此专条系在伦敦缮立汉文两分，英文两分，共为四分。