仁宗嘉庆元年，春正月，湖北荆州白莲教匪作乱，命巡抚惠龄剿之。白莲教者奸民，假持斎治病为名，伪造经咒画像，以惑众敛财，安徽刘松为教中领袖，事发被捕，遣戍甘肃。其徒刘之协、宋之清等，分赴川陕、湖北一带布教，久之，党日众，遂倡言劫运将至，以河南鹿邑王发生诡托明裔朱姓，为煽动流俗之计。事觉，皆伏诛，而刘之协乘间逃走，于是有旨大索。川县官奉行不善，逐户搜缉，辗转株连，奸民乘间煽之。而枝江聂杰人、宜都张正谟遂起而作乱，宜昌之长乐、长杨等县匪大起，皆以官逼民反为词，蔓延五省。时国家方以征剿苗匪治军为苦，贵州则石柳邓，湖南则石三保、吴半生、吴陇登、吴八月等。八月虽未久就获，其子廷义、廷礼仍负嵎自若。教匪事起，无兵应调遣，因令就近剿治。 三月，荆州总兵富志耶擒摄杰人于枝江，襄阳人姚之富与教匪齐林之妻王氏复起事。 冬十一月，教匪渡瀼河，逮提督永保治罪，以惠龄总统军事。时苗匪石三保、石柳邓、吴廷义等皆就获，吴陇登投诚。
二年，夏五月，解惠龄任，以陕督宜绵代之，以姚之富、李全、王延诏等，分三股，由白马石抢渡汉江。惠龄既不沿江截杀，又不追剿故也。寻改勒保总统军事。
三年，春二月，逮将军明亮下于狱，以匪首齐王氏窜走渡江，不能拦截故也。 夏六月，禠都统德楞职，以教匪高均德窜入川境故也。寻诸军逼匪三坌河，大破之，齐王氏、姚之富皆坠崖死。 秋七月，参赞勒额登保擒罗其清于方山坪，移师袭冉文俦于通江，斩之，川北两巨股皆平。同时总统勒保，击毙林亮功于梁万间，王三槐投诚，而勒保以生擒奏。三槐解至京，帝亲审讯，三槐有官逼民反之供，帝亦为之恻然。
四年，春正月，授勒保为经略大臣，各路均归节制。时帝知教匪之蔓延皆由统兵大臣承受和珅风旨，专以老师糜饷，杀胁从冒功赏为目的，因赐和珅自尽；以勒保任经略，罢逮失机及肇祸诸臣，分别治罪，更定剿抚方略，下哀痛之诏，行甭野之策，定绿营兵之优恤，开诸贼自新之路，自是大憝伏法，庙谟更新，始渐收讨贼之效。 秋七月，逮经略勒保，以明亮代之。勒保任经略半年馀，安坐达州，不图进取，致教匪取于楚省，日益猖獗。 八月，改命额勒登保为经略，以明亮不胜任故也。寻命尚书那彦城，以钦差大臣赴陕监明亮军，逮治提督庆成、陕抚永保。时三帅不和，师久无功，故有是命。
五年，春三月，内大臣德楞泰大败冉添元于四川之马蹄冈，擒之。添元横行川中，蹂躏数十州县，至是被获。寻又败贼于潼河，歼匪首雷士玉、孙嗣凤、张子璁等。 夏六月，河南布政使马慧裕捕获匪刘之协于叶县，送京师诛之。时甘肃各匪为诸军追遣，局促于汉北，数日灭。刘之协既诛，谕诸道将帅，布告群贼，又御制邪教说，宣示但治从逆，不治从教之旨，剧寇失反侧安，自是大局始稍稍镇定矣。
六年，春二月，陕西提督杨遇春大败贼于西乡之两河口，擒贼目王廷诏等十馀人送京师。时额勒登保经略有方，川陕十馀万贼埽除殆尽，所存者不过二万馀，皆散处边僻。
七年，冬十二月，额勒登保等奏报川陕馀匪肃清。时贼皆败馀，惟茍文明尚存残众二千馀，驰突甘陕。诸军百计剿捕，至七月间，斩文明于秦岭之花石崖。至是首逆已尽，残匪无几，额勒登保乃会同三省督臣，以大功戡定报闻。其馀孽分道埽荡，将及一年有奇，始克肃清。此次军事，阅时九载，糜费达二亿两，甫获葳功。而四川新兵之变，又纷起矣。
十一年，秋七月，陕西宁陕新兵作乱，命领侍卫内大臣德楞泰驰往办理。先是教匪之役，以额兵征发不便之故，各地增设乡勇，谓之新兵，以宁陕粮贵，每兵于例饷外，月给盐米银五钱，定议三年减一钱。时当实行减给之期，布政使朱勋以未奉部文，并四钱亦停发。新兵大哗，遂戕官劫库狱以叛。时提督杨遇春方入都，宁陕总兵杨芳调署提督，闻变，皆驰赴援。 冬十月，宁陕新兵蒲大芳等降。夺德楞泰职，戍杨芳于伊犁。先是川陕军中，二杨齐名，而芳尤得士心。新兵叛，先护送芳家属至石泉，而后举事。至是芳至军，请遇春按兵缓攻，而己单骑入贼垒，说其酋蒲大芳等来降。德楞泰令尽释归伍，而以叛兵震惧，兵威穷蹙乞命奏。帝震怒，责德楞泰专擅废法，夺其职，谓芳平日纵兵酿变，遣戍伊犁。使率降卒出关后，尽诛之。而文吏停饷激变，罪置不问。是役芳以招抚叛军万馀，有奇勋，而反获遣，闻者冤之。未几，遂有四川绥定、陕西西乡两次之兵变，虽不旋踵而定，亦见人心之至不平矣。
十二年，冬十二月，总统浙闽水师提督李长庚，大破海贼蔡牵于南澳洋面。蔡牵遁入安南海，长庚旋中弹死。牵与长庚，同为福建同安人，善捭闻，能用众。先是安南阮光平招纳濒海亡命，资以师船，令劫近海商船，输入其国，以佐国用。光平死，子福映新受中国封，受约束，杜绝海贼，于是艇匪之在闽者悉为牵所并，势甚猖獗，纵横海上七八年。虽数为长庚所败，然前后督臣玉德、阿林保皆满人，忌长庚功，百计掣其肘，故牵每败归后，啸聚转众。十年冬，复以百馀艘犯台湾，又联合土匪万馀攻府城，自称镇海王。翌年二月，长庚以浙师三千馀渡台，水陆并进，五战皆捷，困牵于鹿耳门，计日可擒。而牵散赕四百馀万，赂督标援兵，得以残舰三十馀突围出海。 帝逮治玉德，新督阿林保至，置酒款长庚，从容语之曰：“大海捕鱼，何时入网？海外事无左证，公但斩一酋，以牵首报，某即飞章报捷，而以馀贼归善后办理，则公受上赏，某亦邀次功。孰与穷年冒鲸波，幸万一哉？”长庚慨然曰：“石三保、聂人杰之事，长庚不能为。且久视海舶如庐舍，不畏险也，誓与贼同死，不与贼同生！”阿林保不悦，屡劾之。既不得逞，则屡飞檄趣战，责以逗挠。幕客劝长庚封章以奏，长庚砍舷怒曰：“大丈夫以死报国，不受唾面辱也！”至是整军进。下令皆持短兵，为必死计，与牵太战于黑水洋。牵穷迫仅馀三舟，几被擒者再。其奴林阿小识长庚，由运窗发火枪中长庚，遂死。而福建援将张见陛窥总督意，不战，遽引舟师退，牵得遁走安南。
十四年，秋八月，浙江提督邱良功、福建提督王得禄，合击蔡牵于渔山外洋，破之。牵抽水死，海道肃清。牵闻长庚死，自安南回棹，联合朱