圣祖康熙元年，夏五月，叙平滇功，进封吴三桂亲王。初，世祖定鼎，东南时有不靖，因命定南王孔有德循广西，平南王尚可喜、靖南王耿仲明循广东，平南王吴三桂循四川及云南。及南方略定，命诸王各帅所部绿旗兵，留镇地方。时有德已死，无子，爵除，仲明亦卒，子继茂袭封，于是王云南，可喜继茂王广东，寻从继茂王福建。继茂卒，子精忠嗣，是为三藩并建之始。三桂西征，留长子应熊于京师，以固朝廷意。应熊旋尚主，居京师，朝政巨细，无所不悉。三桂以是包藏祸心，日伺衅以动。世祖宾天，三桂拥兵入临，前驱至燕者。人马塞途，居民走匿，朝廷恐其为变，令于京城外张幕设奠，三桂哭临成礼而去。
六年，秋七月，平西王吴三桂以目疾求解云贵两省事务，许之。帝亲政，欲实行中央集权之制，知藩镇强大非国家之利，阴为之备，而诸藩始不自安。三桂因上疏诡称目疾，疏辞两省事务以相尝试。帝令将该藩所管各项事务责令该督抚管理，其大小文官均由部题授。 九月，云贵总督卞三元，提督张国柱、李本深合词请命平西王吴三桂仍总管滇黔事务，优诏答曰：“该藩自以年国就衰，奏请改派。今若令王复理事务，非所示体恤。遇有军机重要，王自知料理也。”
十二年，春三月，命平南王尚可喜撤藩回辽。时之信失爱于父，可喜欲废之，而立之孝，因疏请归老辽东，留之信镇粤，冀得见帝自陈也。廷议虑之信拥众留粤，跋扈难制，因请令尽从全藩回籍。 秋七月，命靖南王耿精忠统帅藩兵来京候旨，平西王吴三桂移镇山海关外，精忠、三桂闻允撤粤藩，因亦同时疏请安插以探廷旨。时廷议请勿从滇藩，而尚书米思翰明珠、莫洛等则力主同撤。 冬十一月，吴三桂反于云南。时侍郎哲可肯等奉命输撤藩，在滇促行甚急，且时复凌辱其将吏，将吏皆怒，三桂乃下教会诸将曰：“今行期迫矣，朝廷之严谴不可逃也，惟事故君永历帝之陵寝在焉，可无别乎？”诸将皆再拜听命，于是卜日谒陵。先期复集诸将，谓之曰：“别故君当以故君之衣服见，诸君其预图之。”皆曰：“诺。”至日，各具汉官威仪，集陵下，三桂方巾素服，酹酒，山呼再拜，恸哭，伏地不能起。三军皆哭，声震如雷。人怀异志，将行，复称疾不起。抚臣朱国治驱之急，三桂坚卧不应，激诸将曰：“老夫与诸君有大勋于王室，章皇帝不以老臣为不肖，锡之藩封，载在盟府。今抚臣一外吏，相凌乃尔，一旦入圜门，付廷尉，我辈岂有生路耶？！”诸将忿然出，袭执抚臣杀之，三桂乃移檄远近，发兵反，自称天下都招讨兵马大元帅，以明年为周元年。贵州巡抚曹申吉，贵州提督李本深，云南提督张国柱皆起应之。云贵总督甘文焜闻变，自贵阳趋镇远，战败自杀。 十二月，命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统师赴荆州讨吴三桂。先遣都统巴尔布等，帅满洲旗兵守常德；都统珠满等，以步兵三千守岳州。都督尼雅翰、赫业席布根、特穆占、佟国瑶等，分驰西安、汉中、安庆、衮州、郧阳、汝宁、南昌诸要地，听调遣。又以滇蜀接壤，命西安将军瓦尔哈，帅骑兵赴川中。
十三年，春正月，吴三桂遣其大将马宝犯湖南，陷沅州常德，澧州、长沙、岳州相继降。同时四川巡抚罗森，提督郑怀麟，总后谭洪、吴之茂，以四川应三桂。 二月，抚蛮将军孙延龄，反于广西，以应吴三桂，三桂封为临江王。延龄为孔有德女四贞之婿，初授和硕额驸、内辅政大臣、都勒机昂邦，世袭一等阿思尼哈番。顺治十七年，授镇守广西将军，寻特进上柱国光禄大夫。三桂反，廷议以广西境邻贵州，授延龄为抚蛮将军，令严兵固守，至是叛，自称安远大将军。 三月，耿精忠据福建反，自称总统天下兵马大将军。裕民元年，分三路出寇，曾养性出东路，据浙之温台；白显忠出西路，据江西广信、建昌、饶州；马九玉出中路，据浙之金严、衢徽。又约台湾郑经、潮州刘进忠，内外夹击广东。帝使其弟聚忠赴闽招谕，至衢州，拒不纳。命内大臣希尔根为定南大将军，帅师讨之。 夏四月，赐吴三桂子应熊及长孙世霖死。时三桂新赴常德督兵，而令其从子应麟守岳州，布重兵于澧州石首华、容松滋间，为犄角，赴剿诸军。云集荆州，无敢遣一旅渡江与之角者。至是命贝勒尚善为安远靖寇大将军，助勒尔锦进图岳州。三桂乃分兵，一由长沙出江西，一由四川窥陕西。其出江西者，分扰袁州吉安境，与耿精忠之军合，陷三十馀城，声势张甚。 秋九月，命安亲王岳乐为定远平寇大将军，帅师赴广东。时潮州总后刘进忠暗通耿精忠，引闽兵入潮州，广西提督马雄、左江总兵郭义，俱降吴三桂，广西全省震动。 冬十二月，帝议亲征。时陕西提督王辅臣叛于宁羌州，劫杀经略莫洛，定西大将军贝勒董额退守汉中。帝切责统兵诸将帅，不遵指授，迁延观望，致有此变，因下亲征之议，后以群臣力谏，乃止。
十五年，春二月，尚之信叛降吴三桂，三桂授之信招讨大将军，封辅德亲王。先是之信之父可喜，因东西受敌，又内制于之信，力不支，乞师往援。诏以镇南将军舒恕、副都统莽依图，引兵赴之。之信闻师至，改帜易服以变，严兵守可喜府，移檄诸郡，出师侵犯江西。可喜寻以忧卒。 六月，抚远大将军都统图海等，击败王辅臣于平凉城北，辅臣降。 秋九月，康亲王杰书兵入闽，破马九玉之众于衢州。时白显忠顿兵广信，穷蹙乞降。 冬十月，杰书兵抵延平，耿精忠降。时精忠两路之师俱覆，又内迫于郑氏，闻延平已失，大惧，遣子显祚赴延平，迎师至福州。精忠帅所属文武出降，帝命还精忠爵，俾乃统其部众。 冬十二月，以额驸耿昭忠为镇阅将军，驻守福州。 是月，吴三桂遣其从孙琮引兵入桂林，擒杀孙延龄。延龄故与马雄有怨，雄既降附三桂，三桂以雄为东路总督。延龄与之共事，而畏其逼己，乃复萌反正之意。其妻孔四贞，日夜以恩德为言，劝其反顺，计已决矣。雄侦知之，