地质调查所是民国五年（1916）正式成立的。在君不但是第一任所长，还是最初负责筹备创立的人。他的筹备工作，第一步是设立地质研究所来训练地质调查的人才，第二步是他自己实行作大小规模的地质矿产调查。这两步工作，我在上文已有叙述了。
地质调查所本身的光荣历史，是中国科学史的一个重要部分，应该有专家的叙述，我是没有资格作这种叙述的。我在这里只能依据我从旁的观察，略述丁在君对地质调查所的个人贡献。
在君的最大贡献是他对于地质学有个全部的认识，所以他计划地质调查所，能在很短时期内树立一个纯粹科学研究的机构，作为中国地质学的建立和按步发展的领导中心。葛利普先生说的最好：
丁博士心目中的地质学极为广泛，范围所及，非只构成地球的材料，如矿物及岩石等，且包容形成及改动此种材料的种种动力，以及其渐渐演变之程序；进而对于地球之形状构造及经过历史等，全体作为研究之对象；更涉及自亘古以来，地球陆面以上以及海水之内的生物；各种生物演进之程序，及足以影响其发展，分布之各种因素，如地理、气候等，均在范围之中。
他计划中国地质调查所，就是依据他所认识的地质学历史发展的过程和现今的广大范围，来训练人才，延揽人才，支配人才。例如他知道中国当时最缺乏的是古生物学专家，他就同北京大学商量，把葛利普先生从美国聘来，使他在二十多年之中教练出许多中国青年古生物学专家，使调查所创办的《中国古生物志》在十五年中成为全世界有名的科学刊物。陶孟和曾说，“仅就他对于地质学的发展一端来说，在君足可以称为学术界的政治家”。
在君的第二个最大贡献是他自己不辞劳苦，以身作则，为中国地质学者树立了实地调查采集的工作模范。他为《地质汇报》第一号写了一篇序，引德国学者李希霍芬的话：“中国读书人专好安坐室内，不肯劳动身体，所以他种科学也许能在中国发展，但要中国人自做地质调查，则希望甚少。”在君接着说，“现在可以证明此说并不尽然，因为我们已有一班人登山涉水，不怕吃苦。”在君说这话在民国八年，那个时候打开这个“登山涉水，不怕吃苦”的风气的人，当然是在君自己。翁咏霓（《独立评论》一八八期）说他自己在民国四年“跟着在君渡浑河，登玉带山，敲圆球腐蚀的辉绿岩，辨自南趋北的逆掩断层”；又说他“同年夏间往绥远调查，启行之前，在君指示测量制图的方法，采集化石的需要，谆谆善诱，使我明白地质工作之决不能苟且了事。”咏霓说：
在君先生的实地工作，不但是不辞劳苦，而且是最有方法。调查地质的人，一手拿锥打石，一手用指南针与倾斜仪以定方向，测角度，而且往往须自行测量地形，绘制地图。这种方法，在君先生都一丝不苟的实行，而且教导后辈青年也尽心学习。
所谓“不辞劳苦”，不但是咏霓说的“在君的习惯是登山必到峰顶，移动必须步行”，最好是在君的《漫游散记》里说的，他为了要看山，“不走近路，走远路；不走平路，走山路”——例如他在大雪山北边一带，走的就“真正是普天之下最难走的路！”他攀登古牛寨的最高峰，就得爬那“只好手足并用”的从没有路的路！
这样最不怕吃苦，又最有方法的现代徐霞客，才配做中国地质学的开山大师。
在君的第三件最大贡献在于他的真诚的爱护人才，热诚而大度的运用中、外、老、少的人才。他对朋友的热诚爱护，孟真说的最好：
凡朋友的事，他都操心着，并且操心到极紧张、极细微的地方，有时比他那位朋友自己操心还要多。
他对于同辈的地质学者，如翁咏霓，如章演存（鸿钊），特别是那位“两腿不能走动，手指也都肿胀，而工作比任何人多”的葛利普教授，真是十分真诚的爱护。对于许多青年的后辈，他的热诚，他的爱护，他的鼓励，都是最可以引起他们最大的向上努力，最纯洁的为学术努力的精神的。
我记得民国十八年九月我回到北平时，有一天在一个茶会上遇着在君，他的第一句话就是：“适之，你来，你来，我给你介绍赵亚曾。他是北京大学出来的地质学的天才，今年得地质学奖金的！”他说话时的热心、高兴，我至今还忘记不了。后来赵亚曾在云南调查地质，在昭通遇着土匪，被打死了，在君哭了好几次，到处出力为他的家属征募抚恤经费，他自己担负亚曾的儿子的教育责任。以后许多年之中，我常在丁家看见亚曾的儿子松岩跟着在君和他夫人一同歇夏，受着他们真恳的爱护。
在中国地质调查所的历史上，有好几位外国学者的重要工作、重要贡献，是不可磨灭的。古生物学的葛利普，是不用我重述了的。此外，如德国学者梭尔格，如瑞典学者安特生（J.G.Andersson），如法国学者德日进（TeihaddeChardin），都曾为地质学、古生物学，以及地质调查所主持提倡的史前考古学，做过重要的工作。其中当然要算安特生先生最有贡献，他不但做了重要的地质矿产的调查，并且发现了河南“仰韶的石器陶器”和他处的新石器时代文化，为中国史前考古学划开一个新时代。德日进先生在中国旧石器时代文化的发现和研究，都曾有重要贡献。
在君曾对我说，“中国政府从前花了很多的钱，聘了许多外国顾问，各部都有高薪的外国顾问，但因为各部的首领官都没有专门学识，所以从不知道那些外国人是饭桶，那些人真是专家学者，所以他们部里就是养着头等的专门人才，也都成了废物，不能给中国出力做点事。就像安特生，他是农商部的高薪顾问，从没有人会利用他这样的专家。后来我们的地质调查所成立了，安特生自己愿意来帮我们工作。我们不但能充分使用他做矿产地质的调查，他在调查地质的旅行中，发现了很重要的新石器时代的器物，他知道他们的重要性，但他自己不是史前考古学专家，不敢乱动，所以他回来做了一年的考古学研究，然后回到老地方去，才敢做有系统的采集和发掘。结果是我们调查所不但成了中国新石器时代的研究中心，并且因此获得瑞典国太子和政府的合作和帮助，并且因此获得全世界的学术人士更大的注意和重视。”在君谈这个故事很有趣，可惜我当时没有记录，现在只能追记这点粗枝大叶了。我追记这个故事，为的是要指出在君当日创立地质调查所，建立中国地质学，他的领导工作，除了训练领导许多中国青年地质学家之外，还有充分认识和充分利用外国专家学者的一个同样重要的方面。
我要引在君自述他认识梭尔格的故事，借此指出认识人才是能用人才的基本条件。在君说：
梭尔格原是柏林大学的助教，在京师大学（即后来的北京大学）的地质科教了三年书。所有他的中国同事都说他脾气不好，而且根本上看不起中国人。我和他谈了几次，看见他在西山的工作，觉得他是一位很可敬爱的学者，力排众议，请了他来（在地质研究所帮忙）。这一次（民国二年十一月，十二月）和他旅行了四十多天，我很虚心的请教他，他极热心的指导我，我们变成了极好的朋友。可见得外国的专家不能与中国人合作，不一定是外国人的过失。
这里说的有在君的两种美德：一是从人的工作上认识他的专门本领，一是他“很虚心的请教他，他也极热心的指导我”。这两种美德是在君所以能成为“学术界的政治家”的要素。
但是单读这一段，还不够懂得这个很美的故事的真相。话说丁在君于民国二年十一月十三日到了冈头村的井陉矿务局：
梭尔格已到微水去调查了。在矿上代理矿工程师的是一位戈尔登堡先生，他很佩服梭尔格。他说：“若是我们在中国的德国人都像他那样肯工作，那就为我们争气了。”
他又问我：还有一个德国人，也在北京大学教矿物，认识不认识？我告诉他：这位先生听说我请了梭尔格，就来自荐，说他刚从井陉工作回来。但是我看他拿来的一张井陉煤田地质图，好像是用李希霍芬的旧图放大的，所以我没有理他。
戈尔登堡先生拍着桌子叫道：“丁先生，你的眼力不差！我们因为北京大学地质科停办，这位同乡失了业，请他来这里工作，预备给他找一个位置。那知道他到矿三个星期，一天也不肯出去。末后他又偷偷的找了土娼来胡闹。我没有法子，只好请他走了。临走的时候，我看见他把李希霍芬的旧图放大，正不知道他有何用处。原来他是拿去骗你！”
我于是又知道所谓外国的专家不是可以随便乱聘的。（《独立》第十三号，页一八）
在君做地质调查所所长，前后不过六年。民国十年（1921）他就辞去所长，由翁咏霓继任。从此以后，他只是调查所的不支薪的顾问。但在君实际上从没有和调查所脱离关系。他始终继续担任《中国古生物志》的主编。葛利普先生曾说这个刊物：
丁先生之意欲使此刊物较之其他国家之同类出版物有过之而无逊色。全志分甲、乙、丙、丁四种：甲种专载植物化石，乙种记无脊椎动物化石，丙种专述脊椎动物化石，丁种则专论中国原人。第一册之出版，距今（民国二十五年，1936）不及十五年，而今日之各别专集已近一百巨册之多。此种大成绩，实非他国所能表现。
在君和他的朋友们创立和继续发展的地质调查所在很短的时间之内成为一个世界知名的纯粹科学中心。在纯粹的科学研究方面，这个机关不但建立了中国地质学和古生物学，并且领导了史前考古学的研究，成为新石器时代和旧石器时代研究的中心。北京附近周口店一区的系统的发掘，后来在民国十六年（1927）以下，陆续发现“北京原人”（SinanthropusPekinensis）四十多具的遗骨，也是地质调查所领导提倡的科学大成绩。因为周口店出现的材料太多，太重要，有专门研究的必要，所以调查所和北平协和医学校的解剖学系合作，得着美国洛克菲勒基金的帮助，成立了“新生代研究室”，专作中国新生代脊椎动物化石及人类化石的研究，第一任主任是步达生先生（DavidsonBlack）。在这个研究室的计划的实现，在君也是最出力的一个人。
在这些纯科学的研究工作之外，调查所当然还得顾到国家社会的矿业、石油、土壤等等实用方面的需要。在君个人曾参预龙烟铁矿厂的设计，和北票煤矿的开办。调查所兼办的地震台（在妙峰山脚的鹫峰寺），燃料研究室（浙江金叔初弟兄捐建的），土壤调查所等等，都是这个机构在那个政局很不安定，薪水不但很微薄而且往往领不到，实地调查的经费完全依靠私人或基金捐助的极困难时代努力的成绩。