花石纲把东南一带闹得昏天黑地，出产花石多的地方，百姓遭殃也最重。睦州青溪（今浙江淳县）地方，出产各种花石竹木，朱勔的应奉局常常派差人到那里，搜刮花石。当地有个方腊，家里有个漆园。方腊平时靠这个园里的出产，日子勉强过得去。自从朱勔办了花石纲以后，方腊家也遭到勒索。方腊恨透那些官府差役，又看到当地农民兄弟受尽花石纲的苦，就决心把大家组织起来，造官府的反。
公元1120年的一天，几百个苦大仇深的农民聚集在方腊的漆园里，方腊激动地跟大家说：“国家好比一个家庭，如果一户人家，小辈整年劳动，好容易挣了一点粮食布帛，却被他们的父兄胡乱花费了。小辈稍为不称他们的心，就挨他们鞭打。你们说这应该不应该？”
大伙儿齐声回答说：“不应该！”
方腊又说：“那些做父兄的浪费还不算，又拿家里财物去向敌人讨好求情，你们说该不该？”
大伙儿愤怒地回答说：“哪有这种理儿？”
方腊流着眼泪说：“现在官府赋税劳役那么重，那些大官们还要敲榨勒索。老百姓好容易生产了些漆、纸，也被他们搜刮得精光。我们一年到头劳苦，结果一家老小受冻挨饿，连一餐饱饭都吃不上，你们看怎么办？”
大伙儿听到这里，都高声嚷起来说：“请您下命令吧！我们听您的。”
方腊受到农民的拥护，就打起杀朱勔的旗号，发动起义。方腊担任起义军的统帅，自称“圣公”。将士们带着各色头巾，作为标志。愤怒的起义将士，杀死那里的官吏，焚烧他们的住宅。青溪附近一带的百姓都被官府害苦了，纷纷响应方腊起义军。没到十天，起义军就聚集了几万人马。
当地官军将领派兵镇压，被起义军打得落花流水，两名宋将被杀死。起义军乘胜攻进青溪县，赶跑了那儿的县官。接着，又接连打下了几十座县城，很快打到了杭州。
警报传到东京，把宋徽宗吓昏了。宋徽宗赶快派童贯带领十五万官军到东南去镇压起义。
童贯到了苏州，知道花石纲引起的民愤太大，立刻用宋徽宗的名义下了一道诏书，承认错误，并且撤销了专办花石纲的“应奉局”，把朱勔撤职。
东南的百姓看到朝廷取消了花石纲，罢免了朱勔，总算出了一口气。哪儿知道童贯正在这时候，加紧部署镇压起义的兵力呢。
童贯集中各路大军进攻，方腊不得不退回青溪，据守在山谷深处的帮源洞坚持战斗。官军不知道山路，没法进攻。就在这个节骨眼上，起义军里出了奸细，给官军引路。官军终于摸到帮源洞，方腊没有防备，被俘虏了，没多久，被押解到东京，惨遭杀害。
方腊起义虽然失败了，但是给北宋王朝一次沉重的打击。这时候，在北方也爆发了大规模的起义，起义领袖宋江等三十六人从河北起兵，在青州、齐州、濮州（都在今山省）流动作战，打得官军心惊胆颤，一听到他们打来就跑。
在山东梁山泊，也发生渔民起义。据说宋江的起义军也到过梁山泊。后来民间流传的“梁山泊好汉”“一百零八将”的故事，就是根据他们的事迹发展起来的。到了元朝末年明朝初年，小说家施耐庵把梁山泊农民起义的传说加工写成长篇小说《水浒》（浒音hǔ），成功地塑造了林冲、鲁智深、武松等许多梁山英雄好汉的艺术形象，成为我国文学史上优秀长篇小说之一。