孙先生殁，南中以大元帅之丧，不能用兵。奉军虽直下南京，又因孙传芳出师而撤退。段执政毫无力量。吴佩孚挟湖南当局之拥戴，率北洋沿江之余烬，直入武汉，全握萧耀南之权势。顾以吴重视齐燮元，孙传芳遂不能与吴连合一致。萧耀南与孙先生有默契，吴子玉固有所知，其第一师长陈嘉谟，更欲夺萧督军之位，进言于吴曰，此叛北洋之孙党也。未几，而萧耀南死。
萧之死出于突然，传者谓有人以十万金赂其左右装鸦片烟之小使，置毒药于烟枪中。萧吸之，毒发而死，全身现紫斑，累累然令人望之生畏。萧死，遂由陈嘉谟继升督军。时曹锟之弟曹钅英来吊丧，居署中花园五桂堂，瘾作，命人将萧督办常用老枪持来应用，连吸多口，奄然而逝，身现青紫同萧，枪中置毒可知矣。
萧死之前夕，卢师谛尚由河南潜至汉口，宿予家，后转日租界。使人阴告萧曰：“卢由豫至，有密语面谈。”萧令外交处长任某，约于夜间四时在汉口小公馆相晤。卢以为时尚早，先往观电影。吴部高级侦探有识卢者见之，阴觇卢后，见其入萧公馆，即以告吴子玉。吴左右乃曰：“萧不除，事权终难统一。”萧以此为人所算。
卢师谛谒萧之夕，萧告卢曰：“今非昔比，自孙先生殁，胡景翼死，一切计划俱化为乌有。予生命亦尚在不可知之数，尚能谈鄂、豫事乎？况岳西峰已与吴子玉有诺言矣，君宜早离鄂，免遭祸。”并问：“足下前所订组织建国政府之稿尚在否？”卢曰：“在上海。”萧曰：“密焚之，万勿示人。”知其事者乃云：“吴部下久欲处置萧衡山，卢夜来一见，更促其死。”
洎乎北伐军攻下武汉，搜集北洋军阀财产，波及萧氏。萧婿李玉珂来沪，求得建国政府密稿，由卢师谛盖印署名者，更将萧与孙先生往来经过，缮具文件，由方本仁转呈当局，得以免议。