正是对上述意义有了深切的理解，申时行更不能无愧于中。因为他所尽的心力，并未达到预期的效果，这有事实为证：1586年的新秋，23岁的皇帝降下谕旨，说他早晨起床后突然感觉头晕膨胀，需要停止早朝和出席经筵、日讲；而且所谓停止，又无时日的限制。12个月以后，这头晕脑胀，又奇妙地重复出现。更令人感到不安的是皇帝刚刚说完精力不支，宦官却传出了万岁爷在紫禁城内骑马驰骋的消息；接着又有人说他试马伤额，不想让廷臣看见。消息传开，礼部的一位官员就奏上一本，规劝皇帝保重玉体，并注意他身为天子的职责。不想一波方息，皇帝又来一套不能临朝的谕旨，据他自己说，其原因乃是心中火气过旺，服用凉药，凉药压火抵于足部，发生奇痒，因之搔破皮肤，行走不便。然而与此同时，宫内却又传出皇上饮酒过多，夜间游乐过度，与妃嫔交往过切如此等等的消息。

这自然会使申时行感到伤心。他曾写信给朋友诉苦，说他处于无可奈何的境地。他还写诗责备自己的无能：“王师未奏康居捷，农扈谁占大有年？衮职自惭无寸补，惟应投老赋归田！”意思说军队没有打胜仗，农民没有享丰年之福，可见他自己位居高官，对国事毫无贡献，自应退休，返里归乡。然则申时行并不真是一个容易灰心的人。在发完牢骚之后，他仍然抖擞精神，继续执行他首辅的职责，摊开奏本，用楷书端端正正地写上，请求陛下以社稷为重，保养玉体，但是经筵决不可长期停止，太祖洪武皇帝，经筵讲到70岁仍然坚持不息。他同时又和朋友通信，指出局势艰难，“上了否鬲，中外睽携，自古国家未有如此而能长治久安者”。

申时行是一个富有现实感的人，他懂得为臣之道。如果皇帝说他的问题在脚痒，首席大学士就一定要相信这问题在脚痒。更应该欣幸的是皇帝陛下竟用了这么多的语句细诉他的困难，这就不失为可喜的现象。所以看来皇帝的病源不深，早朝和经筵不致耽搁太久。好在新的讲官和展书官都已派定，只要皇帝能够出席，经筵可以立即继续举行。而且他还考虑，如果皇帝觉得早起困难，则不妨把早朝和经筵的时间稍稍推迟。这些问题都属于可以通融之列。

申时行之被任为首辅，似为一串意料之外的机缘所促成。

1582年张居正逝世之后，继任者为张四维。但是不出一年，第二位张阁老的父亲也不幸去世。当时自然不能再来一次“夺情”，张四维只能离职丁忧。在此离职期间，申时行代理首辅。但是张四维本人在居丧将要满朝的时候又突然患病，而且一病不起。以前较申时行资深望重的大学士马自强和吕调阳也已病死，这样，命运就把资格最浅的大学士申时行推到了最前面。

1587年，申时行官居首辅已4年。他自称未老先衰，其实精力正旺。他的父母去世多年，所以没有丁忧的顾虑。他为人温和谦让，没有几位前任那种趾高气扬的姿态。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”，就是说他胸中富有积蓄，但是不近悬崖，不树异帜。这一评价在恭维之中寓有轻视的意味。而申时行的温和谦让，却也始终没有能使他能在政治风浪之中置身事外。他以后被卷入争端，进退维谷，直到提出解呈11次之多，才能奉准退休。

申时行由张居正的推荐而入阁，表面看来，这一点对他关碍不深，因为1582年前后，在中枢出任要职的几乎全部为张居正的私人。申时行和张四维不同，他以才干取得张居正的信任，而不是以谄媚见用。在张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大前任的过失，作为自己执政的资本。其间差异既为同僚所深知，也为皇帝所了解。

申时行和其他绝大多数的大学士一样，出身于政府中执掌教育和文墨的部门。1562年，他在299名殿试及第的进士中名列第一，即得中状元，并按例授翰林院修撰。此后他在翰林院任职达15年，官至侍读，并升转兵部及礼部侍郎，在职仅7个月，即被命为大学士。他和张居正、高拱一样，未曾就任北京以外的官职。

难道一个人熟读经史，文笔华美，就具备了在御前为皇帝作顾问的条件？难道学术上造诣深厚，就能成为大政治家？25年前，翰林院修撰徐时行（当时他尚未姓申，仍袭用外祖徐姓）也曾对这些问题发生疑惑。但是今天的大学士申时行对此早已焕然冰释，理解了其中的精微奥妙。因为我们的帝国在体制上实施中央集权，其精神上的支柱为道德，管理的方法则依靠文牍。

多年的翰林生活更使申时行对这些问题的理解逐渐加深。翰林院的官员替皇帝撰写诰敕，诰敕的接受者总是孝子贤孙，同时也是眼光远大的父母或是能够周济邻里领导地方的正人君子。执掌文墨与教育的官员也向皇帝反复说明，为人君的职责是在使人民在丰年得以温饱，凶年不致填于沟壑。他们也要阐明三代以来的王道至今依然适用，即一个良好的政府务必选贤任能，同时在社会上提倡诚信与和谐。总而言之，道德至高无上，它不仅可以指导行政，而且可以代替行政。至于具体的技术问题，例如一个蛮夷酋长当抚当剿的得失，使黄河水道南移或北迁的利弊，边区茶马交易折换率的调整，等等，自然也很重要，但这是属于各地总督巡抚的范围，他们理应提出建议。按本朝传统，所有的建议仍当奏请皇帝批准。然则用人适当，各地总督巡抚都是众望所归，他们的建议，也必为上策佳计，所有奏请，必然会得到批准。所以归根结底，技术问题仍与道德问题不可分离。

翰林学士在执行职务期间，既已接受道德伦理的熏陶，而有条件精研各种档案，则为增进技术能力的捷径。在1578年被任为大学士之前，申时行参与修撰嘉靖和隆庆两朝实录和《大明会典》。这种编撰工作，必须要把历年所有因革的文件逐月逐日地排比整理并加检讨，正是训练培养内阁大学士的最好方法。现在的首辅申时行，被同僚一致誉为“老成”。这种概念与实际年龄无关。他52岁，比次辅许国小8岁，也比三辅王锡爵小一岁。他的老成来自长期处理各种人事经验；这种经验，使他深知我们这个帝国有一个特点：一项政策能否付诸实施，实施后或成或败，全靠看它与所有文官的共同习惯是否相安无扰，否则理论上的完美，仍不过是空中楼阁。这一帝国既无崇尚武功的趋向，也没有改造社会、提高生活程度的宏愿，它的宗旨，只是在于使大批人民不为饥荒所窘迫，即在“四书”所谓“黎民不饥不寒”的低标准下以维持长治久安。这种宗旨如何推行？直接与农民合作是不可能的，他们是被统治者，不读书，不明理，缺乏共同的语言。和各地绅士合作，也不会收到很大的效果，因为他们的分布地区过广，局部利害不同，即使用文字为联系的工具，其接触也极为有限。剩下唯一可行的就是与全体文官的合作，如果没有取得他们的同意，办任何事情都将此路不通。例如就在这1587年，山东省的三千农民，由于饥荒铤而走险，丛聚为盗；各地白莲教的信徒也大有增加。局势令人惊骇。但仅是惊骇于事无补，解决问题的关键仍在于全体文官的互相合作，互相信赖，以致于精诚团结，众志成城。如果不是这样，则全国1100多个县，其中万别千差，又何能由朝廷训令，使得1100多个县令个个做事符合机宜？所以说来说去，施政的要诀，仍不外以抽象的方针为主，以道德为一切事业的根基。朝廷最大的任务是促进文官之间的互相信赖与和谐。此亦即鼓舞士气，发挥精神上的力量。

在首辅申时行看来，纵使国步艰难，政府的办事能否收效，仍可以常识判断。如果各部院寺的文官几个月都见不到皇帝一面，他们就很难维持信心，认为皇帝陛下对各种事情仍能充分掌握。此念一开，他们即会怀疑他对是非善恶可能已经置之度外。信念既失，疑窦即生，他们就很难再尽忠竭力。这也就是“四书”劈头所述的“诚意”至此已经不能维持。这种情况，就是所谓“上下否鬲，中外睽携”，如果继续下去，铤而走险的农民决不会止于三千，白莲教徒也一定会越来越多了。

要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意。他宁可被目为大和事佬，甚至被批评为牺牲原则的政客，但他坚持他调济折衷的原则。他确实看透了国家为解决问题而设立文官，但国家的最大问题也就是文官。而奇怪的是，以张居正的精明练达，竟忽视了这样基本而简单的事实。

在本朝历史上除草创时期的洪武永乐两朝外，文官凌驾于武官之上，已成为绝对趋势。多数的武官不通文墨，缺乏政治意识，他们属于纯技术人员。即使是高级武官，在决定政策时，也缺乏表示意见的能力，偶或有所陈献，也绝不会受到文官的重视。

在申时行充当首辅的年代，全国文官的总数约为20000人，其中京官约占1／10。当他们朝会集合时，就出现一片令人眼目昏眩的现象。他们的朝服为苎丝罗绢所制，四品以上为红色，五品以下为蓝色。朝冠系纱制，侧带两翅；朝靴黑色，靴底边上徐以白色的胶漆。腰带并不紧束而是轻松地悬在腰间，上镶玉、犀角以及金银等方块，所以在阳光之下闪烁不已。

官员们的品级由“文官花样”表示。