鸦片战争的失败，让天朝上国一下子蒙了。之后的二十年时间里（1840—1860），清朝始终不能接受战败的事实，更不知道应该如何与西方列强打交道。签订割地赔款的条约，道光皇帝内心痛苦万分。据记载：“传闻和局既定……一日夜未尝暂息。使者但闻太息声，漏下五鼓，上忽顿足长叹。”江苏布政使李星沅看到《南京条约》，顿时胸闷气短，惊呼：“我朝金瓯无缺，忽有此蹉跌，至夷妇与大皇帝并书，且约中如赎城、给烟价、官员平行、汉奸免罪，公然大书特书，千秋万世何以善后！”蛮夷女子和皇上在一张纸上共署名讳，皇上还要公开承认道歉赔款，怎不让自居天朝上国的大小臣工义愤填膺呢？在心底，清朝君臣压根没转过弯来，还想恢复朝贡体系。
但是，失败之后的清朝又没有能力与列强再起战端。国内爆发的太平天国运动和捻军起义等，让清朝倾注全力去镇压。欧洲列强本以为鸦片战争的胜利能让清朝打开门户，结果发现事事磕磕绊绊。清朝官府设置了种种障碍，阻碍外国商品进入中国，就连外国人在中国居留，到中国城镇游览，也成了奢望。后来，首任英国驻上海领事巴富尔以“居住方便”为由，从上海道台那拨了八百三十亩地作为英国居留地——当时在上海的英国商人和传教士总共只有二十五人。到1848年扩大到两千八百二十亩，此时上海的英国人虽有增加但总数还不足一百。此后1849年，仅有的两个法国商人得到了九百八十六亩的“法租界”，1863年七千八百九十五亩的辽阔地区成为了“美租界”。租界让中国丧权辱国，但当时的人们并没有意识到这一点，相反还相当配合。因为当时中国官民也不愿意外国人和自己住在一起，很愿意在郊区划一块地把外国人“关”起来。于是，各大口岸城市的郊区就出现了一个个“国中之国”——租界。
历史学家蒋廷黻说：“在鸦片战争以前，我们不肯给外国平等待遇；在以后，他们不肯给我们平等待遇。”鸦片战争让西方列强看清了中国虚弱的本质，之后遇到沟通困难或者利益难以满足的时候，列强不会首先想到和平解决，而倾向于诉诸武力了。于是，就有了第二次鸦片战争、有了火烧圆明园、有了甲午战争和八国联军侵华。在一次次的惨败面前，清朝一回回地重复虚弱的本质，直到彻底跌入殖民深渊。既然中国都如此悲惨了，东亚的朝贡体系很自然被西方国际体系所取代。
清王朝无力与列强硬碰硬，而且内忧外患不断的统治者还需要借助列强的支持来维护统治。比如需要洋人军官和兵器来“助剿”国内造反者、需要引入西方近代工商业来发展国内经济。“中外和好”是定局，但清王朝又不甘心无条件的、立刻接受西方的外交游戏规则，而是磕磕绊绊地走向西方设定的新世界。
开眼看世界较早的恭亲王奕䜣等于1861年初上奏“设总理各国事务衙门”，负责对外交涉事宜，朝廷颁谕同意“京师设立总理各国通商事务衙门”，比奕䜣等人的奏请多了“通商”二字，可见朝廷还想限制在通商上。奕䜣于是再次奏请在铸造关防时，略去“通商”二字，遂改名为“总理各国事务衙门”。奕䜣也好，列强驻华代表也好，都希望总理衙门能成为总揽对外事务的衙门。不想，总理衙门虽然设立了，朝廷还是不愿意蛮夷直接与皇上打交道，不愿意采纳西方外交规则，让中外平起平坐。
比如中外条约签订地都是天津而不是国都北京，有些国家原派代表到了北京，清政府仍坚持要他们到天津。清政府坚持与各国的交涉只能在国门天津而不能在国都北京进行。若想进京交涉，必须先在天津等候，由三口通商大臣先向总理衙门呈报，获得批准后方可进京，如果不经三口通商大臣同意而直接进京投谒总理衙门大臣，则肯定被拒。三口通商大臣就分了总理衙门的权力。这一职务后来改为北洋大臣。
同治九年（1870），裁撤三口通商大臣，所辖洋务划归直隶总督兼管，称“北洋大臣”。北洋南洋，本来是中国近海的划分俗语。以长江入海口为界，中国南北方近海差异明显，北方称为北洋，南方称为南洋。北洋大臣管辖当时山东、天津、辽宁等地通商和对外交涉，而江苏及其以南通商和对外交涉事务，则新设南洋大臣负责。这样，被迫打开国内的清朝，还是把外交降低为“地方事务”。南北洋大臣尤其是北洋大臣在事实上代替总理衙门，成为国家外交的总代表。
北洋大臣设置之年，恰好是李鸿章调任直隶总督，此后他占据直隶总督兼北洋大臣职位长达二十八年之久。李鸿章大办外交，兴建北洋海陆军，并大力创建近代事业，致使北洋大臣地位不断提高，职权不断扩大，把南洋大臣远远甩到了后面。在李的努力经营下，其活动范围迅速扩大，总理衙门反过来要向北洋大臣通报外交事务，听取他的意见和建议，许多驻外外交人员更是经常向他汇报，听取他的指示，李已俨然成为国家外交全局的主持人。外国人与他打交道越来越多，一位英国外交官说，北洋大臣李鸿章“甚至不想掩盖他实际上是中国的外交大臣这一事实”，“像现在这样组成、这样管理的总理衙门，只不过是李鸿章大学士在天津的衙门的一个分支机关”。李鸿章之后，又有袁世凯占据北洋大臣职务，把握外交实权。
至于在北京的总理衙门始终不是清朝的正式机构，而是一个临时的“衙门”。里面的办事人员，都是其他部门抽调过来的官员，全部是兼职，每个人都有自己的本职。因为在中国传统政治体制中，根本就没有“外交部”。天下都是皇帝的，哪来外交？直到《辛丑条约》，列强要求改总理衙门为外务部，位列各部之首。
外交机构如此，外交礼仪更是如此反复。外国使节嚷嚷着要常驻北京，清朝顶了几十年，最后没扛住，只好在第二次鸦片战争之后答应使节入京常驻。使节又要求觐见皇帝，这就引发了天朝尊严、觐见礼节等诸多问题。同治朝，外国使节要求大批大批地进紫禁城、见小皇帝。总理衙门大臣文祥和使节们商议礼节，外交手腕相当“高明”。外国公使要带很多随从入觐。文祥就带着外国人经过很多宫殿，穿过很多门，每经过一道宫门，就安排官员殷勤招待或者找些事情。外国使团每经过皇宫一道门就留下几个人应付。结果到了紫光阁，公使们发现身边只剩下翻译了。
列强鉴于清朝痴迷“天朝上国”的心理不愿平等对外各国驻华公使，特地在附件中带上了“觐见礼节说帖”。说帖规定清朝皇帝要在乾清宫正殿接见诸国使臣；诸国使臣呈递敕书或国书时，清朝皇帝必须以亲王乘轿的规格将使臣迎入大内，礼成后送回，来往都要派兵队前往使馆迎送；外国使臣所递敕书或国书，皇帝必须亲手接收；清朝皇帝宴请诸国使臣，应在大内之殿廷设备，皇帝要在座。上述内容既然是“要求”，就说明在实际交往中没有实现。清朝一个劲儿地想方设法避免外国公使和皇帝直接见面，不愿意中外平等相待。
外国政府从鸦片战争前后就开始争取平等利益问题，一直到1901年八国联军之后和谈，各国公使挟战胜余威用条约附件形式固定了下来。原本小事一桩的礼节问题要拖延半个多世纪才得以解决。
《辛丑条约》规定，总理衙门改为专门的外务部，位列各部之首；各国公使常驻北京，划东交民巷为“国中之国”；公使可以直见光绪、慈禧，不用跪拜……清王朝最终还是采纳了西方外交规则，完全融入了西方体系。至于朝贡体系中的藩属国（除日本外），早就先中国一步被西方列强殖民了。