近代以后，洋务企业兴起。这些企业与传统的官营工商业不同，使用的是新式机器、雇佣了大量工人、按照西方工厂形式组织生产。这些新兴的企业依然受制于政府公权力，浸染了深厚的官场习气，非但没有逃脱国有企业的窠臼，行政化、官僚化反而更加严重了。
洋务企业主要有两类。第一类是纯粹的“官办企业”，比如江南织造局、轮船招商局、安庆军械所等。官府直接任命官员为企业负责人，按照官府组织形式配置管理层，根据官场的作息、习惯和标准来生产经营。比如“（江南）制造局积弊，再换一总办，即添用心腹委员三四十名，陈陈相因，有增无减，故司员两项，几至二百，实属冗滥”。第二类是“官督商办”的企业，名义上“商办”，实际经营管理大权依然操在官僚手中。官府委派一批官僚来企业“督办”、“会办”、“帮办”。
西方人考察中国近代企业时，常常奇怪工厂里有一些衣冠楚楚的人，在若无其事地闲坐、喝茶、聊天，此外还有更多的人为他们端茶倒水、听候使唤。不用说，这些人就是衙门派人“监督”、“帮助”企业经营的官员。这些人除了偶尔训斥工人外，从不过问企业经营，主要精力放在了迎来送往和“跑衙门”上。他们所争的是企业的级别：到底是朝廷直辖的企业，还是省级创办管理的，或是州府县的小企业？似乎进了高一级的企业，就进了更高一级的衙门，有更好的“官途”。企业被当成了攀比级别的机关、论资排辈的场所。
李宗仁年少的时候曾经去类似的企业——纺织习艺厂做过工，在晚年回忆录中向我们描绘了官办企业的内部情形：
这时候，各省正在试办“新政”，广西省新设奖励工商业的“劝业道”，并在桂林城内设立“省立公费纺织习艺厂”，招收二百学徒，学习纺织。……这习艺厂是由桂林城内原有的“考棚”改建的。建厂的目的是训练一班学徒用新式方法来改良旧式的木机织布。这在当时算是新式的工厂，规模很大，厂长似由劝业道道台自兼，训练也还认真。我们的厂长既是一位大官兼的，厂内自然也有些官场应酬。我记得厂中当局有时在厂内请客，规模极大。我们学徒只可从远处看去，那一派灯光人影、呼奴唤婢的场面，真是十分煊赫。
我在这厂内一共学了半年关于纺织的初步技术——从下水浆纱，到上机织布，我都学到了。光绪三十三年（1907）春初，我十六岁时，学习告一段落，我便回家了。政府设厂的初意，原为改良农村手工业，增加农民副业生产，我回家之后，大家都欢喜，就买了一部新式木机，从事织布。才过半年，由于家人对织布一事，无太大兴趣，也就算了。这时父亲又已应聘到姑丈家教馆，我便又跟着父亲到姑丈家读书，而姑丈对织布倒颇有兴趣，他在桂林买了一部木机，要我教表姐们织布。谁知我在习艺厂所学的，仅是一些皮毛，故浆纱时，把纱浆焦了，一旦上机，随织随断，弄得十分尴尬。后来我又曾应聘到别村李姓家里教织布，可是均告失败。
为什么国有企业在清朝末期爆发“衙门化”呢？
第一，清末出现的工商企业并不是在自然经济基础上产生的。它们资金需求量大、占地广、事务繁重，包括引进外国技术、官吏和人才等，到处需要与官场打交道。公权力很轻易就侵入了近代企业。
第二，此时中国社会已经被“官本位”思想彻底攻陷。有能力者，无不思得一官半职。官场冗员充斥，比如南京城里“驴多、婊子多、候补道多”，都能填补全国的道台职位了。衙门一旦发现了洋务企业这块新大陆，还不把它们当作安置冗员的出口、官员的蓄水池？江苏是洋务企业的聚居地，往往一家企业里有一名候补光禄卿、两名候补按察使、四五名候补道台和知府，至于候补的知县、县丞等就要数以十计了。同样，创办企业者也自觉不自觉地向衙门靠拢，看脸色，比级别，申请“红帽子”，自动行政化了。
第三，在官本位思潮冲击下，中国的私人工商业者不是将剩余资金投入再生产，而是拿来“投资”官场。稳妥之人拿钱来置地，转变为地主，然后花重金设置家塾，请最好的先生教导子弟，希望后代能够科举高中，踏入官场正途；急躁之人则拿赚来的钱捐官买官，直接在有生之年过过官瘾。总之，他们不是想着如何延续工商事业，而是急着和工商业洗刷干系，跻身社会“主流”。这也是为什么清末的近代事业大多官办，私人企业不强的重要原因。
官办或者“督办”的近代企业虽然不像传统国有企业那样兼具行政管理或者强制垄断的性质，但还是得到了朝廷的诸多扶持，比如减税免税、平价物资、注资贷款和某些程度的垄断。比如轮船招商局从初创时便享有从上海到天津的免税优惠，还享有运输漕粮的特权。在贷款方面，招商局得到了大量官款，到1879年清政府累计向它注资达一百九十二点八万两，而且李鸿章多次出面为该局请求缓息或免息。这种扶持加深了公权力对企业的控制，企业也产生了“等、靠、要”的思想，逐渐丧失了自主经营的能力。许多企业内部官僚作风严重，管理混乱不堪，任人唯亲、人员冗杂、扯皮推诿、营私舞弊等现象与官场无二。如轮船招商局的分局、各船、各栈负责人不是姓唐就是姓徐，内部人想干事必须打通关节，而那些唐姓或者徐姓的中层干部，又“皆不在其事，但挂名分肥而已”。企业效益低下，毫无生气，集历代国有企业弊病于大成。
国有企业时而爆出匪夷所思的丑闻，国有资产流失，举国哗然，最后也能按照官场的方式大而化小小而化了。开平煤矿集团是清朝最大的煤矿之一。主管的张翼原本在醇亲王府饲马，是两代醇亲王奕、载沣的亲信奴才。八国联军侵华期间，北方局势动荡，开平煤矿不稳，张翼忧心忡忡。英国人利用张翼不懂洋务，采取坑蒙拐骗的手法，骗得张翼将矿产以极低的价格卖给英国人，“得以保全”。舆论大哗。朝廷也逼张翼去伦敦诉讼，要求赎回开平煤矿。载沣监国后，张翼仗着载沣的信任，颠倒黑白，吹嘘自己“中外合办”煤矿的功劳，还进一步将开平附近地脉相接的矿产以及秦皇岛通商口岸附近土地，承平、建平等地金矿银矿，都交给英国公司经营。河北士绅联名反对，要求惩办卖国贼张翼。载沣念旧，加上老福晋在一旁说张翼的好话，他非但没有惩处张翼，还默认了张翼的卖国行为。清朝自办矿务以来，开平周边矿产获利最多，最后竟然被英国人侵吞，有识之士莫不扼腕叹息。
以上谈的都是国有企业，它们有级别，而私人工商企业从诞生起到清朝末年都没有级别，没有被官化。私人工商业者要想过过官瘾，只能自掏腰包买官帽戴戴，他们的企业并不能因此获得相应的级别。
清朝政府为了走出经济困境，鼓励私人企业发展。慈禧太后和大臣们认为最好的激励手段就是“赐官”，根据企业的资金额来赏赐创办者不同的顶戴。1903年，清政府颁布《奖励华商公司章程》，规定筹集资本五十万元以上者可获任商部五等议员，加七品顶戴；资金越多，品级越高，资金五千万元以上者“赏商部头等顾问官，加头品顶戴，特赐双龙金牌，准其子孙世袭商部四等顾问官，至三代为止”。
朝廷的动作不可谓不大，可惜门槛太高了，谁能有五千万以上的资金啊？就是有五十万的人也不多。何况当时卖官鬻爵大门已经洞开，官帽批发价持续走低，购买一个七品顶戴只要几千两银子就可以了，四品道台的标价也不到一万两。拥有数十万巨额资产的私人，早就官帽在头了，而且还多买了几顶，给儿子、侄子、孙子预备着。所以，清政府的奖励章程姿态大于实际，覆盖不到中小企业家，对大企业家又缺乏吸引力。
朝廷也许意识到了这个问题，在1907年修订奖励章程，大幅度降低了门槛，全场“四折优惠”，如最低门槛由五十万元降至二十万元，最高奖励由五千万元降为两千万元。同时，清政府颁布《华商办理农工商实业爵赏章程》，在“赐官”之外附带“封爵”。规定中国人投资实业两千万元、一千八百万元、一千六百万元以上的分别赏封一、二、三等子爵；投资一千四百万元、一千二百万元、一千万元以上分别赏封一、二、三等男爵；投资七百万元、五百万元以上分别赏三品卿、四品卿。最低门槛降低到十万元，凡达到者都赏给五品衔。为了吸引中小资本家，农工商部又制定了“部门规章”，推出七品、八品、九品三种“奖牌”，分别授予出资一万元至八万元的私人。总之是一定规模的企业一律“收编”，企业家都戴上官帽。
晚清官府往往做什么都挨骂，不过奖励章程却得到了私人企业家的好评。要知道，他们昨天还被认为“四民之末”、“为富不仁”、“无商不奸”，今天却被告知可以“加头品顶戴”、“赐双龙金牌”，不禁感慨：“今乃以子男等爵，奖创办实业之商，一扫数千年贱商之习，斯诚稀世之创举。”官帽对他们也有现实帮助，头戴官帽交际起来底气无端足了许多。县城里的那些芝麻小官，无端也不敢来找私人企业的麻烦了。所以，在理论和实践中，企业家都欢迎奖励章程——虽然他们的企业还是不能和国有企业相比。不过，古代企业走到这一步，算是彻底沦陷在官本位的泥潭中。