曾国藩已经决定牺牲百姓，来满足列强的要求了。他的内心经过了一番纠结和斗争：“吾辈身在局中，岂真愿酷虐吾民以快敌人之欲？徒以边衅一开则兵祸联结，累岁穷年而未有已。”他没有被狂热情绪所左右，依然冷静地做出务实的选择。
1870年7月25日，曾国藩的《查明天津教案大概情形折》送抵北京。
在奏折中，曾国藩虽然将板子打在了天津百姓身上，但同时提出了五个“质疑点”，详细解释了谣言愈传愈盛、天津绅民“积疑生愤”的原因。他从中西方文化差异的角度为天津官民辩护。比如，曾国藩指出西式建筑均设有地窖，这些地窖和中国人的地窖并无区别，但因为不是本地匠人建造，以讹传讹，天津绅民最后相信“地窖深邃，各幼孩幽闭其中”。又比如，曾国藩提到天主教的施洗仪式。教民死后，神父“以水沃其额而封其目，谓可升天堂也”。习惯用哭丧来表达悲伤的中国人对此不可理喻，并且觉得洋人诡异、鬼祟。
应该说，《查明天津教案大概情形折》大致是公允、客观的。然而，慈禧太后看了奏折后，表示“此事如何措置，我等不得主意”，下令将奏折公开发布。发布之时，慈禧故意删除了曾国藩为天津官民辩护的五点意见，导致整个奏章都将责任推给天津百姓。奏折一公布，原本对曾国藩寄予厚望的舆论迅速转向，“卖国”、“投降”、“卑躬屈膝”等骂声劈头盖脸地向曾国藩扑去。
可见，慈禧并非“不得主意”，而是极富心机。她急令曾国藩去天津查办，将曾国藩推到前台，既为了解决棘手难题，又可让他替自己和朝廷承担所有的压力和指责，借此打击声望正隆的曾国藩和异军突起的湘军势力，可谓一箭双雕。慈禧轻轻地删除几段话，就把曾国藩钉在了“卖国”的耻辱柱上，洗刷了自己卖国的嫌疑，反衬出自己的“公正”与“爱国”来。至于之前催逼曾国藩查办天津官民的朝廷衮衮诸公，如今都三缄其口，任由曾国藩一个人陷入旋涡之中。曾国藩被身后的朝廷抛弃了！
曾国藩有口难言，无法自辩。他又不能说朝廷公布的奏折窜改了自己的意思，只好再一次“打碎牙齿和血吞”。亲友和幕僚则纷纷劝告曾国藩转换态度，讨好舆论。毕竟最终的处理结果还没有敲定，曾国藩还有奋力游出旋涡自救的机会。曾国藩沉默了。
9月，曾国藩还是奏报清廷，定首批“要犯”三十二人，其中十五人正法，十七人流徙；10月又将九名“要犯”上奏，其中正法五人，四人充军。曾国藩根据“一命抵一命”的原则法则，拿二十条中国人命给被杀的二十名法国人一个“交代”。朝野直斥此举荒谬。行刑之时，百姓万人围观，为就义之人壮行。市民高呼就义者“好汉”，“好汉”们也引吭高歌。屠刀一落下，举国哗然，可同时也堵塞了法国人的嘴。暗地里，曾国藩又派人一一抚恤死者家属[3]。地方官员张光藻、刘杰二人被革职发往黑龙江充军。曾国藩就写信给盛京将军、吉林将军，请求沿途予以照料；又写信给黑龙江将军，托付加意优待。此外，曾国藩还筹银一万余两，作为二人赎罪之费。
曾国藩自然料到自己忤逆民意大开杀戒，必将得罪舆论。但是他横下一条心，“但令大局不致从此决裂，即为厚幸；一身丛毁，实由智浅不能两全，亦遂不复置辩”。但是他没有料到，自己从此由道德圣人沦为举国口诛笔伐的对象。“诟詈之声大作，卖国贼之徽号竟加于国藩。京师湖南同乡尤引为乡人之大耻”，虎坊桥长郡会馆中悬挂的曾国藩“官爵匾额”被人击毁。湘籍士大夫集会，一致决定将曾国藩名籍削去，不承认他是湖南同乡。一个举子撰写了对联，刻薄挖苦曾国藩：“杀贼功高，百战余生真福将；和戎罪大，早死三年是完人”。湘军出身的王闿运对曾国藩也不理解，写信给曾国藩说：“国体不可亏，民心不可失，先皇帝之仇不可忘，而吾中堂之威望不可挫！宗社之奠安，皇图之巩固，华夷之畏服，臣民之欢感，在此一举矣。……倘中堂不能保昔日之威，立今日之谋，何以报大恩于先皇，何以辅翼皇上，何以表率乎臣工，何以惩乎天下后进之人！”在王闿运看来，曾国藩辜负皇恩与百姓，简直就是个士林败类、朝堂奸臣。
可是，激怒的同胞们似乎忘记了所有的措施都是经过朝廷“恩准”的。除了曾国藩这些无奈又严酷的措施，旁人身处他的位置又会如何作为呢？
曾国藩遭到了全国上下的唾弃，顷刻间从政治巅峰加速滑落。他的身体状况也更加糟糕，眩晕加重，每日有精力的时间越来越短。可是他还不能休息。天津教案尚未完全料清，朝廷又急令曾国藩调任两江总督。原来，前任两江总督马新贻被刺身亡。这被普遍认为是一起政治谋杀，两江地区出现动乱征兆。慈禧太后又要曾国藩去当救火队员，推他进入满布荆棘的前台……
曾国藩在两江总督任上极少对外交涉，也极少发表见解，每天除了养病，就是翻阅经书和史书。两年后（1872），曾国藩死在了任上。
时间往往是消除误解最好的工具。三十多年后，无论是中国人还是外国人都慢慢学会了如何理性相处。新一代的中国人意识到了西方文化和观念对中国发展的推动作用，付出一次次惨痛的“学费”后了解了“弱国更要讲外交”；而西方列强也认识到在中国简单粗暴地行事只能激化中外矛盾，有百害而无一利。进入20世纪后，西方列强政府明令禁止本国传教士在中国“包揽词讼”，要求在华侨民自律。法国政府则宣布放弃对在华天主教堂的保护权。在华教会势力深入中国村社，注意缓和与中国人的矛盾，教案在中国越来越少。