宋金和谈重启，完颜宗弼对赵构、秦桧二人明确提出：“你们朝夕请和，岳飞却正想图谋河北，必杀岳飞，才可议和。”
绍兴十一年（1141）七月间，秦桧开始了对岳飞的迫害。秦党的右谏议大夫万俟卨首先上章弹劾岳飞。万俟卨首先弹劾岳飞爵高禄厚，志得意满，生活颓废，不思进取。谁都知道岳飞根本就不是这样的人。后来，秦党又给岳飞强加上了“不战”和“弃地”的罪名，弹劾坚持抗金的岳飞不抗金，要求罢免岳飞的枢密副使职务。秦桧控制的御史台官何铸、罗汝楫等是接连弹劾岳飞，要求尽快处分。岳飞因此被罢官。秦桧要置岳飞于死地，还需要寻找更大的罪名。“消极抗金”的罪名是“杀”不死岳飞的。于是，一场政治谋杀展开了。
岳飞有个部下叫作王俊。王俊在绍兴五年（1135）就担任了湖南安抚司统制。岳飞进驻湖广的时候，王俊调入岳家军，只担任前军副统制。此后数年，王俊因为无功，岳飞一直没有给他升官。秦桧看出王俊对岳飞有不满心理，伙同张俊以观察使的职位引诱王俊，指使王俊出面“告发”张宪与岳云谋反。
谋反是大罪。现在有官员出面检举，张宪、岳云立马被逮捕入狱。岳飞随即受到牵连。十月，朝廷张榜宣布张宪一案“其谋牵连岳飞，遂逮捕归案，设召狱审问”，将岳飞逮捕入狱。岳飞入狱时长叹道：“皇天后土，可以证明我岳飞对朝廷的忠心。”
岳飞入狱后，赵构派大臣出使金朝，希望缔结和约。宋朝使臣在宗弼面前再三叩头，哀求议和。宗弼同意讲和。十一月，金朝使臣萧毅到江南册封赵构为宋国皇帝，并带来了最后的和议文本。宋朝向金称臣，赵构向金熙宗发誓：“臣赵构蒙大金朝恩典，才能够成为大金朝的藩属，臣世世子孙都谨守臣节。”每年金帝生辰或元旦，南宋都向金朝遣使送礼祝贺；宋朝每年向金朝进贡的白银和绢增加到二十五万两、匹；边界线从黄河南移，两国以东起淮河中流、西至大散关一线为界，地跨边界线南北的唐、邓、商、秦四州的大部分土地划给金朝；南宋不得随意更换宰相。
萧毅还带来了宗弼的一个“口信”：岳飞必须死！
赵构和秦桧加快了岳飞案件的“审理”进度。最开始负责审理工作的是大臣何铸。开堂审理时，岳飞撕开自己的衣裳，露出背上“精忠报国”四个大字给何铸看。何铸看到四个字字字深入肤理，又遍阅案宗没有发现确实的证据，知道这是一个冤案，顶住不办。秦桧马上撤掉何铸，改命万俟卨审理岳飞案件。万俟卨随即整理出了岳飞的“罪状”：岳飞和张宪等人虚报战功，窥探朝廷虚实，意欲谋反。万俟卨还逼迫孙革等“证人”指证岳飞时常抗旨。但是岳飞一案始终缺乏确凿的证据。
已赋闲的韩世忠跑去质问秦桧：“岳飞到底是犯了什么罪？”秦桧敷衍道：“岳飞和儿子岳云、部将张宪的罪过虽然尚未查明，但事体莫须有（或许有，也可能没有的意思）。”韩世忠愤愤地说：“朝廷以‘莫须有’三字处置岳飞，何以服天下？”
十二月，赵构下旨：“岳飞特赐死，张宪、岳云并依军法施行。”当天，大理寺执法官遵旨逼岳飞在供状上画押。一生光明磊落的岳飞在供状上写下八个字：“天日昭昭，天日昭昭！”岳飞服毒酒身亡，时年三十八岁。
民间传说则有所不同：转眼就到了寒冬腊月，秦桧一天独自在书房里吃橘子。他用手指划划橘子皮，若有所思。秦桧妻王氏看出秦桧想杀岳飞又不敢下决心的心思，讪笑着说：“老汉怎么一直没有决断呢！捉虎容易，放虎难哪！”秦桧听懂了王氏的意思，写了一张小字条交给狱吏。当日监狱就回报：岳飞、岳云、张宪三人已死。
岳飞死后，岳家被抄，家属流放岭南。幕僚六人株连被杀，多名部将罢官，支持岳飞出兵的李若虚也被羁管。和谈终于成功了，兵权也收了，内部基本稳定了，赵构大大松了口气。
无论是从个人作为、品行，还是从宋朝的法律各方面来说，岳飞都是冤死的。
岳飞不仅精忠为国，个人品行也毫无可批之处。岳飞出身寒微，飞黄腾达之后依然清廉自守。朝廷将岳家抄没后，仅得到金玉犀带数条及锁铠、兜鍪、南蛮铜弩、镔刀、弓、箭、鞍辔等军装，家用财产只有布绢三千余匹，栗麦五千斛，银钱十余万贯，书数千卷而已。而地位相当的张俊拥有田产六七十万亩，年收租米六十万斛。有一次，赵构驾临张家，张俊设宴接驾，饭桌上仅上等酒食果子等就有几百种；张俊又进献多种玉器，内有金器一千两，珠子六万九千余颗，玛瑙碗三十件，各种精细玉器四十余件，绫罗缎绵等一千匹，大批名贵古玩、书画等。另一个将领杨沂中，在西湖建造豪华住宅，竟然引西湖水环绕宅院四周，院里有私人歌手和舞女。武将大臣们竞相奢靡，岳飞可谓是个醒目的特例。大将吴玠见岳飞生活朴素，连个像样的女用人都没有，就挑选了几个漂亮的姑娘送到岳家，想结交岳飞。岳飞不接受姑娘，说：“现在难道是大将安乐享受的时候吗？”他又对那几个姑娘说：“我岳家生活清苦，你们如果生活不惯，可以自行离去。”吴玠听说后，更加敬佩岳飞。
岳飞和士卒同餐共饮，一杯酒、一小块肉都要分给部下。有的时候，酒太少了，他就加水，力争每个人都能尝到；每逢出师，如果士卒露宿街头，岳飞有房也不住，和大家一起露宿街头；遇到将士们婚丧嫁娶或者有个人困难、疾病，岳飞就和妻子一起亲自照顾，亲为调药。
岳飞从戎十余年，大小数百战，从未败北。张俊曾嫉妒地询问岳飞的用兵之术。岳飞说：“很简单，五个字：仁、信、智、勇、严，五者不可缺一。”张俊问：“‘严’字怎么解？”岳飞说：“‘严’，就是有功者重赏，无功者罚。”岳飞治军，部下凡立有战功的，即使是无名小卒，也论功行赏，从不遗漏。而对于儿子岳云，岳飞却违背了“严”字原则。平定杨幺、收复襄樊的时候，岳云功劳第一，但岳飞战后却把岳云从上报请赏的名单中钩掉了。最后还是朝廷按照铨叙的规定，任命岳云为武翼郎。后来，朝廷又特旨将岳云连升三级。岳飞力辞说：“士卒们斩将陷阵，立奇功才提一级。岳云只是我岳飞的儿子就得到高升，同军不同赏，我将何以服众？”因此，岳云始终没有得到提拔。
然而，作为政治人物，仅仅有功绩、品行出众是不够的。他们还要照顾到更多的内容。比如，岳飞出身普通农家，身上始终保持着单纯、真实、善良的农民品质。这放在农民身上是优点，但对拥兵一方的大将来说，却是缺点。他可能理解不了政治的复杂，进入不了政坛的幕后运作，同时不利于自我保护。岳飞的耿直、忠言，得罪了不少人，包括同为主战派的战友们。前述岳飞奉劝赵构早立太子的言行，也是单纯、耿直的表现，却破坏了岳飞在赵构心中的良好印象。此外，岳飞“敢爱敢恨”的个性，也不适应政坛。比如在“淮西兵变”前后，朝廷背信弃义，没有将淮西军队交由岳飞统辖，同时又没有听取岳飞有关人事的建议，导致了兵变和降敌的严重后果。岳飞气愤难当，以“居母忧”的名义擅自脱离军队，跑到庐山为母亲守墓。湖广前线的军政大事，岳飞擅自交给了亲信张宪。这够得上“擅离职守”、将公权力“私相授受”的罪名了。更严重的是，当赵构非但不予追究，还下诏让岳飞复职之后，岳飞愣是待在庐山上不下来，这就算是“抗旨”了。后来还是赵构发下狠话，加上地方官员苦苦哀求，岳飞这才去复职。
岳飞言行的最高准则是国家利益，他真正做到了“精忠报国”。同时，他和古代的臣民们一样，将国家和君王等同了起来。在他眼中，赵构就是国家。但是，皇帝和国家并不是一回事，皇帝的利益和国家的利益常常是不一致的。比如，收复失地符合国家的利益，却不符合赵构的利益；削弱前线军队，抑制前方将领，符合赵构的利益，却不符合动荡的南宋的国家利益。岳飞认识不到这一点，就会在“君王”与“国家”之间出现认知混乱，进而导致行为的矛盾，最终导致了个人悲剧。有人把它称为“愚忠”，我把它视为“君国困境”。只要君主专制依然存在，只要皇帝宣称“朕即是国家”，这种困境就不会破除。
话说金军听说岳飞死了，摆酒祝贺。这实际上是对岳飞的极高评价。
千百年来，岳飞都被视为“忠君报国”的楷模，接受一代代后来者的顶礼膜拜。但他面临的“君国困境”，千百年始终没有化解。岳飞式的能臣悲剧，也一再上演。以岳飞为榜样的明代于谦，就遭遇了同样的悲剧。挣扎在“忠君”与“爱国”之间的人，犹豫在“崇上”和“干事”之间的人，始终不绝于史，而且为数众多。