一五一二年夏，佛罗伦萨雷暴肆虐，威力之大为数十年难得一见。其中一次雷暴，雷击中该城西北边的普拉托门，城门塔楼上一面饰有金色百合花的盾徽应声脱落。佛罗伦萨每个人都认为，雷击预示有事情要发生。一四九二年，洛伦佐·德·美第奇死前就出现类似预兆。洛伦佐发烧躺在卡雷吉别墅里时，大教堂遭雷击，数吨大理石往该别墅的方向崩落。“我已是个死人。”据说洛伦佐一世得知大理石碎片如雨落下时如此大声说道。果然，三天后的耶稣受难主日（复活节前第二个星期日），他就去世了。
造成普拉托门受损的这次雷击，兆头同样明确。盾徽上的金色百合花是法国国王的徽章，因此佛罗伦萨每个人都认定这代表他们会因支持路易十二对抗教皇而受惩。城门有好几座，却偏偏打中普拉托门，意味着残酷报复将经由普拉托镇——佛罗伦萨西北方十余公里处、有城墙环绕的小镇——降临。
预言很快就应验，因为八月第三个星期，卡多纳率领的五千多名士兵就抵达普拉托城外。卡多纳计划先拿下普拉托，再进攻佛罗伦萨。这时佛罗伦萨共和国的统治者是皮耶罗·索德里尼，教皇和其神圣同盟盟邦决意拉下索德里尼，再将该城交回自一四九四年一直流亡在外的洛伦佐·德·美第奇诸子治理。一般预期拿下佛罗伦萨要比当年将本蒂沃里家族赶出波隆纳，或从阿方索·德·埃斯特手中拿下费拉拉容易。佛罗伦萨的指挥官们未实际带兵打过仗，部队兵额少又缺乏经验，绝不是卡多纳麾下训练精良又久经阵仗的西班牙部队的对手。卡多纳及其部队穿越亚平宁山山谷向南挺进，佛罗伦萨街头也陷入恐慌。
就在这恐慌弥漫下，佛罗伦萨开始仓促备战。该共和国军队的首领马基雅维利，从周遭乡村的小农和农场主里募集步兵，组成一支两千人的部队。他们手拿长矛，列队走出遭雷击的城门，前往增援普拉托。普拉托坐落在亚平宁山脉山脚的平原上，以出产淡绿色大理石而著称，佛罗伦萨大教堂向来用此大理石砌建外壁。普拉托也以藏有圣母玛利亚的紧身褡而广为人知。这件紧身褡是该城最著名的圣徒遗物，圣母玛利亚亲自将它送给圣托马斯，这时存放在普拉托大教堂的专门礼拜堂里。但几天后，此镇将会因另一件事，比拉文纳之役更惨绝人寰的事，而为人所知。
西班牙人于八月底，紧跟马基雅维利军队之后，抵达普拉托城墙外。卡多纳部队虽有数量优势，但乍看之下，战斗力并不强，炮兵部队弱得可怜，只有两门火炮，且都是口径小的小型轻便炮（falconet）。西班牙部队还补给不足，士兵经过八个月的风餐露宿，已疲惫不堪。更糟糕的是，有些西班牙人在乡间遭盗匪袭击。当时意大利道路上盗匪猖獗，极不安全。
卡多纳部队的围城战一开始就不顺利。刚开始轰墙，一门炮就裂为两半，致使他们只剩一门炮可用。又饿，士气又低落，他们立即向佛罗伦萨人提议停战，声称他们只是要劝佛罗伦萨共和国加入神圣同盟，攻击该共和国并非他们的本意。佛罗伦萨人收到消息后士气大振，拒绝停战，西班牙人只好再搬出唯一一门炮，轰击城墙。大出众人意料，经过一天炮轰，这门小型轻便炮竟在一座城门上轰出一道小裂缝。西班牙兵从这个洞涌入城里，马基雅维利的乌合之众没有抵抗，纷纷丢下武器，四处逃命。
接下来，借用马基雅维利悲痛的描述，出现了“悲惨不幸的情景”。[1]召来的士兵和普拉托人民困在大理石铺砌的普拉托街道上，惨遭西班牙长矛兵的屠杀。接下来几个小时，用另一位评论家的话，处处只见“哭泣、逃跑、暴力、劫掠、流血、杀戮”。[2]那一天，两千多人包括佛罗伦萨人和普拉托人——横尸城内。西班牙人几乎没有士兵死伤，拿下该城后，距佛罗伦萨城门顶多只剩两天路程。
“我想你该好好考虑是不是要放弃财产和其他所有东西，逃到安全地方，毕竟性命比财产重要得多。”[3]
九月五日，血洗普拉托不到一星期，紧张万分的米开朗琪罗这么写信给父亲。城内军民同遭屠杀，是十年前切萨雷·波吉亚残酷统治意大利半岛以来，意大利土地上发生的最令人发指的暴行。佛罗伦萨得知屠杀消息，既惊且惧。数天后，人在罗马的米开朗琪罗一得知这消息，就清楚认识到家人该采取什么行动，以躲开他所谓的这个已降临在其家乡的“浩劫”。他要鲁多维科赶快把新圣母玛利亚医院里的存款提出来，和家人逃到锡耶纳。“就像碰到瘟疫时的做法一样，抢第一个逃”，他如此恳求父亲。
米开朗琪罗写这封信时，佛罗伦萨的情势已开始趋缓。起初皮耶罗·索德里尼坚信自己能用钱打发掉西班牙人，让佛罗伦萨逃过一劫，粉碎美第奇家族重回佛罗伦萨的美梦。卡多纳欣然收下这笔钱，佛罗伦萨市民为保住性命财产付出了十五万补偿金，但他仍坚持索德里尼及其政权下台，转由美第奇家族接手。一群支持美第奇家族的佛罗伦萨年轻人，受西班牙人逼近的鼓舞，冲进领主宫，控制了政府。一天后的九月一日，索德里尼逃亡锡耶纳。洛伦佐的儿子朱利亚诺·德·美第奇，不经流血政变就入主该城。马基雅维利后来回忆道，索德里尼逃走前夕，领主宫曾遭雷击，在他眼中，这再度印证了凡天有异象必有大事发生的说法。
马基雅维利乐观看待美第奇家族重新入主。一两个星期后他写信道，“城内仍很平静，城民希望未来能如同洛伦佐一世在位时，那予人美好回忆的时代一样，有幸享有美第奇家族同样的帮助”。[4]不幸的是，新统治者立即拔除他的官职，然后以涉嫌谋反美第奇家族的罪名，将他打入监牢，还以吊坠刑（strappado）逼供。吊坠刑是一种酷刑，犯人双手反绑吊起，然后从平台上使其突然坠下，犯人通常因此肩胛脱位，受不了苦而招认。萨伏纳罗拉在同样的刑罚下就招认各种罪行，包括与朱利亚诺·德拉·罗维雷合谋推翻教皇亚历山大六世。但马基雅维利未屈服于拷问，拒不承认当局指控。几个月后获释，被逐出佛罗伦萨后他隐居在圣卡夏诺（不久前鲁多维科·博纳罗蒂任波德斯塔的城镇）附近的小农场，时年四十三岁。在这里，他白天以徒手捕捉歌鸫为乐，晚上则与当地人在小酒店里下古双陆棋。他还开始撰写《君主论》，阐述治国之术的愤世嫉俗之作，书中他尖刻宣称人都是“忘恩负义，善变，说谎者，骗子”。[5]
米开朗琪罗对美第奇家族归来的态度则保留许多。一四九四年，洛伦佐的儿子皮耶罗·德·美第奇遭佛罗伦萨人民驱逐时，米开朗琪罗因与该家族关系密切而逃到波隆纳，叫人不解的是，这次美第奇家族于近二十年后重新上台，他却同样害怕自己和家人遭不利影响。“无论如何别卷进去，不管是言语或行为”，他如此劝告父亲。对博纳罗托，他也提出类似的规劝：“除了上帝，别结交朋友或向他人吐露心事，也别论人长短，因为没有人知道会有什么后果。管好自己的事就好。”[6]
由马基雅维利在佛罗伦萨易主后所受的对待来看，米开朗琪罗有充分的理由要求家人这么小心谨慎。因此，博纳罗托告诉他佛罗伦萨如何盛传他公开抨击美第奇家族时，他忧心不已。“我从未说过他坏话”，他向父亲如此辩驳，但他坦承的确谴责过普拉托发生的暴行，而这时每个人都把这怪到美第奇家族头上。[7]他说，如果石头会说话的话，也会谴责血洗普拉托的暴行。
由于几个星期后就要返回佛罗伦萨，米开朗琪罗这时忽然担心到时候可能遭到报复。他要弟弟出去把这些恶意的谣言查个清楚。他告诉鲁多维科，“我希望博纳罗托帮忙去暗中查明，那个人是在哪里听到我批评美第奇家族的，以便知道谣言来自何处……我可以有所提防”。虽然自己很有声望（或许正因如此），米开朗琪罗仍坚信佛罗伦萨有敌人要抹黑他，制造他与美第奇家族为敌的假象。
米开朗琪罗这时候还有金钱上的烦恼。根据枢机主教阿利多西所拟的合约，他已几乎拿到应得的所有报酬（目前为止共两千九百杜卡特[8]），但他一如往常向教皇索要更多的报酬。他还努力向父亲要回私自挪用他银行存款的钱（两年来第二次）。话说鲁多维科收到儿子来信，催他从新圣母玛利亚医院提钱，作为逃到锡耶纳的盘缠后，尽管情势并未恶化到必须逃难，但他还是提出四十杜卡特，并且全部花掉。米开朗琪罗希望父亲还钱，并要他绝不可以再动用存款。不过不久之后他又被迫支付父亲另一笔意外的开销。佛罗伦萨人民为保有自由付给神圣同盟的补偿费，鲁多维科必须分摊六十杜卡特，但他只付得出一半，于是强要米开朗琪罗替他付另一半。
一五一二年十月，即普拉托遭血洗一个月后，米开朗琪罗写了一封自怨自艾的信给鲁多维科，信中表露了他这时候的沮丧（因父亲、因佛罗伦萨危险的政局、因自己无休无止的湿壁画工作）。“我日子过得很悲惨”，他以耶利米般的哀伤口吻向父亲诉苦，“繁重工作让我疲累，千般焦虑惹我烦忧，就这样，我这大概十五年来，从没有一刻快乐。而我做这一切，全都是为了帮你，虽然你从未认识到这点，也从不这么认为。愿上帝宽宥我们。”[9]
但就在这极度焦虑且沮丧加剧期间，米开朗琪罗画了几幅极突出、极精湛的纪事场景。夏天和秋初这段时间，他和他的团队花了许多时间在礼拜堂最西端，绘饰两面三角穹隅和这两者间的狭窄壁面。其中最早画成的是《哈曼的惩罚》（The Crucifixion of Haman），位于面对祭坛右边的三角穹隅上。这幅画手法非常纯熟，显示了米开朗琪罗登峰造极的湿壁画功力。
《哈曼的惩罚》取材自《旧约·以斯帖记》，刻画哈曼受惩背后曲折离奇、歌剧般的情节。哈曼是波斯国王亚哈随鲁的宰相，亚哈随鲁统领从印度到衣索匹亚的辽阔帝国，后宫嫔妃无数，却只养了七名太监服侍这些嫔妃。他最爱的女子是年轻貌美的以斯帖，而他不知以斯帖是犹太人。以斯帖的堂哥末底该在国王身边为仆，送她进宫之前已嘱咐她不可泄露自己犹太人的身份。末底该曾挫败两名太监欲杀害亚哈随鲁的阴谋，有保驾救主之功，但最近因为拒绝同其他仆人一样向宰相哈曼下跪，惹毛了哈曼。傲慢的哈曼于是下令杀光波斯境内的犹太人。哈曼奉国王之名下诏，“要将犹太人，无论老弱妇孺……全然剪除，杀戮灭绝，并夺他们的财物为掠物”（《以斯帖记》第三章第十三节）。不只如此，哈曼还开始建造75英尺高的绞刑架，打算用它来单独处死无礼的末底该。
西斯廷礼拜堂拱顶四个角落的三角穹隅和古铜色大奖牌一样，刻画了犹太人如何躲掉敌人阴谋而及时获救的故事。《哈曼的惩罚》就是绝佳的例子。哈曼所下的灭绝令，因以斯帖挺身而出而未得逞。以斯帖揭露自身犹太人身份后，自己可能也逃不过哈曼的血腥屠杀，但她不顾这危险，向国王亚哈随鲁坦承自己的民族出身。国王听后立即撤销灭绝令，将哈曼送上原为末底该所建造的绞刑架处死，随后并拔擢末底该为宰相，以对他先前救了国王一命表示迟来的感谢。
米开朗琪罗笔下的哈曼被钉在树上，并未遵循较常见的表现手法将他画成吊死在绞刑架上。因此，这位希伯来民族的大敌摆出的是更予人基督受难之联想的姿势。不过这样的描绘有圣经的依据，因为通俗拉丁文本圣经记载哈曼建造的是50腕尺的十字架，而非绞刑架。但米开朗琪罗几乎不懂拉丁文，因此想必他不是采用但丁《神曲·炼狱篇》的描述（哈曼也是被钉死在十字架上），就是受了某位学识更渊博的学者指点。[10]神学家很快就在这则故事里找到与耶稣基督的相似之处，指出这两个钉死于十字架的事件，都伴随以众人的获救。[11]因而用这幅描写通过十字架获救的画来装饰礼拜堂的祭坛壁极为贴切。
《哈曼的惩罚》费了超过二十四个乔纳塔，因构图生动有力，特别是裸身、四肢大张、靠在树干上的哈曼，而受到瞩目。惊叹不已的瓦萨里说，哈曼是拱顶上画得最好的人物，称它“无疑是美丽、最难画的”。[12]他这么说当然有其根据，特别是在它的难度方面，因为这幅画需要画许多初步素描，借以从中一再摸索哈曼那棘手的姿势。对米开朗琪罗的模特儿而言，这个姿势应该不好摆，就和利比亚巫女的姿势一样费劲且累人，因为必须同时双手外伸、头往后仰、臀部扭向一边、左腿弯曲、全身重量放在右脚上。这个姿势想必摆了几次相当长的时间，因为就现存的素描来看，《哈曼的惩罚》所遗留的素描张数高居顶棚上所有场景之冠。
米开朗琪罗拟好《哈曼的惩罚》构图后，并未像处理几英尺外《上帝分开昼夜》向上飞升的造物主一样，徒手转描，而是借助草图，以刻痕法将哈曼的轮廓巨细靡遗地转描到灰泥上。接着用四个乔纳塔为这个人物上色，就绘饰工程已进入尾声，特别是最近几个人物（包括前一个绘成的上帝像）都只花一个工作日来看，这速度是相当慢的。哈曼手臂、头的周遭如今仍可见到许多钉孔，说明当初为了将草图固定在凹形壁上及接下来将草图图案转描到湿灰泥壁上，米开朗琪罗的确费了工夫。
完成这幅棘手的场景后，拱顶上只剩下几平方英尺的区域有待米开朗琪罗上色。这些区域包括祭坛壁上的两面弦月壁、另一面三角穹隅，以及拱顶上与高坐在入口上方宝座上的撒迦利亚像遥遥相对的三角形壁面。米开朗琪罗将在三角形壁面画上乔纳像，他在拱顶上的最后一个先知像。至于另一面三角穹隅，他则画上《铜蛇》（The Brazen Serpent）——事后证明这比《哈曼的惩罚》还难画。
值得注意的是，就在即将完工之际，米开朗琪罗断然放弃了后半部拱顶所采用的简约手法，而在《铜蛇》里创造出有二十多名搏斗的人体、构图复杂的场景。这面三角穹隅的绘饰所耗费的时间超乎预期得长（不可思议地用了三十个乔纳塔，或者说约六个星期），米开朗琪罗未能在九月结束前完成整个工程、返回佛罗伦萨，这是原因之一。只有最早完成的两幅《创世纪》场景（三年多前完成），花了比这更长的时间。米开朗琪罗或许急于完工，但远大的创作企图叫他不能草草结束。
《铜蛇》取材自圣经《民数记》，描述以色列人漂流在旷野中又饿又渴，埋怨耶和华，耶和华听了大为不悦，派了长有毒牙的火蛇咬他们。以色列人因苦而抱怨，反倒引来更大的苦。幸存的以色列人请求摩西帮他们解除这可怕的天谴，于是耶和华让摩西造一条铜色的蛇，如杆子般立起来。摩西遵照吩咐造了铜蛇，挂在杆子上，“凡被这蛇咬的，一望这铜蛇就活了”（《民数记》第二十一章第九节）。米开朗琪罗笔下的黄铜色蛇，一如四肢大张、靠在树上的哈曼，带有钉死在十字架上的受难意象，因而让人想起耶稣所提供的救赎。耶稣本人甚至在《约翰福音》里做这样的比拟。他告诉尼哥底母：“摩西在旷野怎么举蛇，人子也必照样被举起来，叫一切信他的都得永生。”（《约翰福音》第三章第十四至十五节）
米开朗琪罗兴致高昂地完成了这面三角穹隅。这幅场景无疑很吸引他，因为难逃一死的以色列人和《拉奥孔》里被蛇缠身的众人十分相似。此前这一主题的纪事画并未真的画出蛇缠住众人身子的景象，反倒是着墨于摩西高举自己的黄铜像。[13]不过米开朗琪罗选择完全略去摩西，凸显以色列人难逃死劫的命运。因而这幅场景大体上在表现他最爱的主题之一，即肌肉贲张、身子扭转的搏斗场面，以这幅画来说，多名半裸的人物挤成一团，在毒蛇缠卷下痛苦挣扎。
这幅位于祭坛右边的三角穹隅湿壁画，其上痛苦挣扎的人物不仅让人想起拉奥孔和他的儿子们，还让人想起《卡西那之役》里的士兵和《人马兽之战》里半人半兽的怪物。《铜蛇》里某个以色列人的姿势，米开朗琪罗甚至是借用自《人马兽之战》。[14]由于画中充斥着众多难逃一死的人物，这幅画也让人想起《大洪水》。不过，《铜蛇》的处理手法（画在比《大洪水》更狭窄、弧度更大的壁面上）显示他的湿壁画功力经过脚手架上四年的历练，已有何等长足的进展。数具扭曲的人体表现了精湛的前缩手法。米开朗琪罗将此起彼伏的人体，条理井然地安置在上宽下窄的三角形画面里，并以鲜亮的橙、绿使这幅画成为拱顶上抢眼的焦点，整体构图就因这样的人体布局和鲜亮设色达到和谐的统一。
铜蛇的故事除了迎合米开朗琪罗的创作理念，还彰显了他的宗教信念。这幅画绘于普拉托大屠杀发生的前后，反映了他大体受萨伏纳罗拉形塑的信念，即人类为恶引来厄运和苦难，只有向上帝祈求宽恕，厄运和苦难才可能远离。他告诉父亲，正如同以色列人走入歧途而引来火蛇的劫难，佛罗伦萨人也是因为犯下罪恶，才招致卡多纳与其西班牙部队的入侵，他们是奉愤怒之神的命令前来执行天谴。他在血洗事件后、众人余悸犹存之际写信给鲁多维科，“我们必听顺上帝，信任上帝，通过这些降临身上的苦难认清自己行为的过失”。[15]这个论点完全呼应了萨伏纳罗拉所谓的佛罗伦萨将因自己的罪恶遭查理八世军队惩罚的看法。米开朗琪罗画这面三角穹隅时，脑海里很有可能回响着萨伏纳罗拉的话——“噢，佛罗伦萨，噢，佛罗伦萨，噢，佛罗伦萨，因为你的罪恶，因为你的残忍，你的贪婪，你的淫欲，你的野心，你将遭受许多试炼和苦难！”
米开朗琪罗本身的苦难（至少在脚手架上所受的苦难）在他写这封家书时已差不多要结束。完成《铜蛇》后，他接着画位于该场景下方的壁面，包括最后一对弦月壁。其中一面弦月壁刻画亚伯拉罕和以撒，姿态一如其他基督列祖像一样无精打采。[16]几天后的十月底，他又写了封信回佛罗伦萨。“礼拜堂的绘饰我已经完成”，他如此写道，语气极为平淡。他一如往常不因自己的成就喜形于色。他向鲁多维科哀叹道，“其他事情的发展令我失望”。[17]
[1] 马基雅维利：《马基雅维利：主要著作和其他著作》，第二卷，第893页。
[2] 圭恰尔迪尼《意大利史》，第262页。
[3] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第71页。
[4] 马基雅维利：《马基雅维利：主要著作和其他著作》，第二卷，第894页。
[5] 马基雅维利：《君主论》英译本（The Prince，London：Penguin，1999），第6页，译者George Bull。
[6] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第71，74页。
[7] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第81页。
[8] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第245页。
[9] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第75页。
[10] 但丁：《神曲·炼狱篇》第十七章第二十六节。
[11] 关于这一解读，可参阅哈尔特《中伊甸园的愈疮木：艾里奥多罗室与西斯廷顶棚》，第198页。