罗马逐渐步入炎夏之时，拉斐尔看来仍将继续保持优势。米开朗琪罗和助手们回拱顶中轴，画更难且面积更大的《诺亚醉酒》（The Drunkenness of Noah）（顶棚上九幅《创世纪》故事画中最东面的一幅）后，先前画首批拱肩与弦月壁上基督列祖像的利落与自信，也随之消失。这幅画位于礼拜堂大门上方壁面，共用了三十一个乔纳塔，五六个礼拜完成，绘制时间比《大洪水》还长。
这位教皇当然不是有耐心之人。据瓦萨里的记述，建观景庭院时，尤利乌斯急得希望它“不用盖就立刻从土里冒出来”，[1]负责督造的布拉曼特为此压力甚大，连夜将建材运到工地，就着火把的光亮卸下。西斯廷礼拜堂的湿壁画，尤利乌斯同样急于完成，而米开朗琪罗进度缓慢，无疑令他不满。米开朗琪罗绘饰这面拱顶时，不断因教皇不耐地催促而恼火，偶尔还挨教皇的怒声斥责，两人关系因此每况愈下。孔迪维记录了这样一个例子。他写道，“有一天教皇问米开朗琪罗什么时候可以完成礼拜堂绘饰，教皇的催促妨碍到他的工作，他于是答道，‘我能的时候’。教皇听了大为光火，回道，‘你是不是要我把你从脚手架上丢下去’”。[2]
还有一次，据瓦萨里记述，教皇对米开朗琪罗的进度迟缓和回应放肆非常恼怒，用棍子痛打了他一顿。米开朗琪罗希望回佛罗伦萨过节，但尤利乌斯以他进展太慢，厉声驳回他的请求。“很好啊！但请问你什么时候可以完成礼拜堂工程？”“我会尽快完成，陛下。”米开朗琪罗答道。尤利乌斯听了，拿起棍子就打米开朗琪罗。“尽快完成！尽快完成！你是什么意思？我很快就会有办法要你完成。”
这段故事最后以教皇致歉收场。教皇要米开朗琪罗相信，打他是“出于好意，是关爱的印记”。教皇还很聪明地给了这位艺术家五百杜卡特，“以免他有什么意外之举”。[3]
五百杜卡特的赏赐可能是瓦萨里捏造的，因为尤利乌斯向来很小气。但棒打一事至少有几分真实。廷臣、仆人不合他意，常会挨到类似的“关爱的印记”，或者遭他推倒、拳打。[4]但教皇心情好时，靠近他也不一定就没事。收到前方传来捷报或其他好消息时，尤利乌斯会猛力拍打下属肩膀，因而有人说要靠近他得先穿上盔甲。
尤利乌斯令米开朗琪罗恼火之处，不仅在于强迫他回答何时可完工，还在于教皇想亲临现场看他作画。米开朗琪罗坚持不让自己的作品曝光，因此这一特权他特别不想答应。署名室的气氛则全然相反，尤利乌斯爱什么时候来看就什么时候来看，丝毫不受限制。拉斐尔绘饰的房间与教皇寝室只隔了两间房间（不到二十码），作为这面湿壁画主题的催生者之一，教皇想必花了很多时间在这间房间，查看拉斐尔的工作进度并提供建议。
在西斯廷礼拜堂，教皇甭想受到同样的优遇。据瓦萨里记述，尤利乌斯对米开朗琪罗的隐秘作风非常恼火，有一晚就贿赂助手们让他溜进礼拜堂一睹工程进度。米开朗琪罗早就怀疑教皇可能乔装打扮，混上脚手架偷看。因此，这一次，听到风声之后，他就躲在脚手架上，一看到有人侵入，就拿起木板往那人头上砸。尤利乌斯破口大骂，愤愤逃离现场，米开朗琪罗不由担心教皇震怒之后会怎么对付他。担心性命不保的他，于是从窗户爬出，逃回佛罗伦萨避风头，等教皇那著名的脾气消下来。[5]
这故事很可能有所夸大，甚至根本就是瓦萨里杜撰出来的。不过，不管如何可疑，终究是因为米开朗琪罗和赞助者之间已无好感，给了他人大做文章的机会。主要问题似乎在于米开朗琪罗和尤利乌斯两人的脾气实在相近。“他的急躁和脾气惹火每个跟他在一起的人，但他叫人生起的是害怕而不是恨，因为他的所作所为全从大处着眼，绝非出于卑鄙的自私心。”[6]被尤利乌斯折磨得身心俱疲的威尼斯大使如此形容他，而这段话用在米开朗琪罗身上大概也很贴切。尤利乌斯最常被人形容的个性就是“恐怖”。但尤利乌斯本人也用这个字眼来形容米开朗琪罗。在罗马，敢昂然面对他的人不多，而米开朗琪罗正是其中之一。
让米开朗琪罗及其团队备感吃力的《诺亚醉酒》，取材自《创世纪》第九章第二十至二十七节。这段插曲描述诺亚在大洪水退去后种了一园葡萄，然后过度沉溺于自己的劳动成果。“他喝了园中的酒便醉了，在帐篷里赤着身子”，圣经上这样记载。诺亚赤身裸体、不省人事地倒在地上，儿子含碰巧进来，看到父亲失态的模样，就到外边叫两名哥哥，还嘲笑这老人家。闪和雅弗对喝醉的大家长较为尊敬，拿件衣服倒退着走进帐篷，替父亲盖上，同时背着脸，以免看见父亲的丑态，保住父亲的尊严。诺亚酒醒后，得知小儿子曾嘲笑他，于是不留情面地诅咒含的儿子迦南。迦南日后不仅成为埃及人的祖先，还是索多玛、蛾摩拉城居民的先祖。
老父任由三个儿子摆布，还遭到其中一个儿子的无情嘲笑，这番情景和一五○九年春米开朗琪罗家中的情况十分相似。那时候米开朗琪罗写了封信给鲁多维科，“至敬的父亲，从你上一封信，我知道家中情形，也知道乔凡西莫内多么可恶。那一晚读你的信，我收到这十年来最坏的消息”。[7]
家庭问题再一次干扰了米开朗琪罗工作，而且问题又是出自那不受教的乔凡西莫内。自乔凡西莫内来罗马、生病，然后回羊毛店而让米开朗琪罗感觉如释重负以来，已过了将近一年。米开朗琪罗仍希望博纳罗托和乔凡西莫内好好做羊毛生意，前提是两人肯学乖，且用心学这门生意。但实际情形仍让米开朗琪罗大为失望。鲁多维科来信告知他们两人不学好后，他怒不可遏地回信给父亲，“我知道他们的所作所为让人大失所望，乔凡西莫内尤其糟糕，由此，我知道帮他根本是白费力气”。
乔凡西莫内到底犯了哪些错，惹得米开朗琪罗在信中又气又憎，如今仍不详。这错绝对比他在家里无所事事混日子还严重。他似乎偷了父亲鲁多维科的钱或东西，然后事迹败露时还打了父亲，或至少恐吓说要打父亲。不管是哪种错，人在罗马的米开朗琪罗一接到消息，就怒不可遏。“如果可以的话，接到信的那一天，我会骑上马赶过去，然后这时候，问题应该都已解决，”他要父亲放心道，“虽然没办法这么做，但我会写信好好教训他。”
而这真不是一封普通的信。他痛骂乔凡西莫内，“你是个畜生，而我也要用畜生的方式来对待你”。他的反应就如过去家里出了问题时一样，扬言要回佛罗伦萨，亲自摆平问题。“如果再让我听到你惹出一丁点儿麻烦，我会快马奔回佛罗伦萨，当面教训你犯了什么错……你别以为过了就算了。我如果真的回到家里，我会让你哭得一把鼻涕一把眼泪，让你知道自己是多么放肆无礼。”[8]
信的最后，米开朗琪罗语带哀怨地痛骂了弟弟一番，而老挨他骂的乔凡西莫内，想必早已习惯他的这种口气。米开朗琪罗写道：“二十年来，我走遍意大利各地，生活凄惨。我受过各种羞辱，吃过各种苦，被各种工作折磨得不成人形，冒过的生命危险数不胜数，一切只为了帮助家里。如今，就在我让家里开始有些改善的时候，你却偏偏要搞破坏，一个小时之内把我这么多年来历尽这么多艰辛挣来的成果毁掉。”
乔凡西莫内的恶行迫使米开朗琪罗重新评估他为家人的规划。他不想再帮这个年轻人开店立业，反倒信誓旦旦地对父亲说：“这混蛋不想有出息就让他去吧！”他谈到要拿走羊毛店的钱，转给当军人的幺弟西吉斯蒙多。接着，他要将塞提尼亚诺那块农地和佛罗伦萨三栋相接的房子租出去，租金则用来帮鲁多维科和一名仆人找个理想的房子住。他向父亲保证，“等拿到我要给你的东西，你就可以过得像上流人士一样”。至于他那些给赶出祖田和房子的兄弟，则只能自食其力。他甚至提到要把鲁多维科接来罗马同住，但后来又突然打消这念头。“季节不对，因为这里的夏天你挨不了多久”，他这么说，再度提及罗马不适人居的气候。
屋漏偏逢连夜雨，米开朗琪罗在六月病倒，原因大概是过于劳累，加上罗马有害的空气。病情最后非常严重，以致佛罗伦萨那边不久就接到消息说这位大艺术家已撒手人寰。为此，他不得不写信要父亲放心，说他已死的消息完全是不实的谣言。他告诉鲁多维科，“这件事不值得挂怀，因为我还活着”。[9]但他也告诉父亲，他的情况并不好。“我在这里过得不如意，不是很宽裕，工作繁重，却没人来帮我处理，且没钱。”
米开朗琪罗的第二幅巨幅湿壁画，和《大洪水》一样算不上很出色。他应已看过奎尔查在圣佩特罗尼奥教堂门廊的浮雕版《诺亚醉酒》，但他笔下的作品却比较类似于另一件他同样熟悉的作品，即吉贝尔蒂在佛罗伦萨天堂门上同主题的青铜浮雕。从米开朗琪罗从吉贝尔蒂作品汲取灵感来看，他仍大体上从雕塑而非平面构图的角度来思考，只注意勾勒个别人物，而忽略了人物在画面上的位置或人物间的互动。因此，《诺亚醉酒》里的四个人物，缺乏《圣礼的争辩》里人物的优雅与生动。后一作品里虽有数十位人物，但拉斐尔以生动的姿势、流畅的头手动作，使他们均活灵活现；与之相对，《诺亚醉酒》里的四人僵硬而凝滞，如某评论家所说的，是群“石人”。[10]
说到群像构图的栩栩如生，功力最高者当属达·芬奇。他的《最后的晚餐》通过意味鲜明的动作，例如扭曲的脸庞、皱眉、耸肩、手势、内敛的自信表情，展现出唤起所谓的“灵魂热情”的过人天赋。因为这些动作，人物活灵活现，整幅壁画有了整体性和强烈的戏剧性，而拉斐尔在署名室里也精湛捕捉了到这些特质。
吉贝尔蒂和奎尔查呈现的诺亚三儿子，均穿着飘飞的袍服，但在米开朗琪罗笔下，他们却和父亲一样赤身裸体。从故事的寓意来看，这种安排不免叫人吃惊。视裸身为羞的主题，使《诺亚醉酒》放在西斯廷礼拜堂大门上方，虽显奇怪却不失当。在这之前没有哪幅湿壁画有这么多的肉体呈现，更别提在如此重要的礼拜堂的拱顶上呈现。裸像虽在十五世纪期间光荣重返欧洲艺坛，但即使在米开朗琪罗创作生涯的巅峰之际，仍是颇受争议的艺术题材。如果说对古希腊罗马人而言，裸像是性灵美的象征，那么在基督教传统里，裸像几乎只限于在地狱里受折磨的裸身罪人。例如乔托在帕多瓦的斯科洛维尼礼拜堂《最后的审判》（The Last Judgement）里的裸像，与古希腊罗马艺术里高贵而理想化的人体大相径庭。这幅绘于一三○五至一三一一年的湿壁画，描绘了一群赤身裸体的人，承受中世纪人所能想象得到的某些最可怕的折磨。
直到十五世纪开头几十年（即挖掘、搜集上古艺术品的时代），多纳泰罗等佛罗伦萨艺术家重拾古典时代的审美典范，裸像才重获青睐。即使如此，裸像欣赏并非毫无限制。“大家应时时谨守礼法，心存正念，”阿尔贝蒂在其为画家所写的手册《论绘画》（一四三○年代问世）里如此呼吁，“人体上猥亵的部位，以及看了叫人难堪的所有部位，应以布或叶或手遮住。”[11]米开朗琪罗雕塑大理石像《大卫》时，忽略了这项要求，导致委制该雕像的大教堂工程局坚持加上二十八片无花果叶构成的华饰，以遮住私处。[12]
米开朗琪罗当学徒时，对着裸体模特儿作画已是画室最看重的练习之一。有志投身画坛者，刚开始先对着雕像、湿壁画画草样，接着晋升为素描真人模特儿，也就是轮流摆姿势，包括裸身的和穿衣的姿势，给同门师兄弟画素描，最后再对着模特儿上色作画、塑像。例如达·芬奇曾劝画家“要以自己作品里已定案的姿势，要人摆出同样的穿衣或裸身姿势”。他还相当体贴地建议道，只在暖和的夏季几个月才用裸体模特儿。[13]
米开朗琪罗绘饰西斯廷顶棚时，当然雇了裸体模特儿。即使画中有穿衣的人物，也是根据裸体模特儿画成素描。阿尔贝蒂提倡这一做法，呼吁艺术家“画裸像……再替它盖上衣服”。[14]当时人认为只有通过这种方法，才能描绘出逼真入微的人物形体和动作。米开朗琪罗以在吉兰达约门下学得的方法设计袍服。拿一块长布浸入湿灰泥里，然后放在支撑物上折成褶状。支撑物若非工作台，就是专为此用途而制的模型。灰泥干后，衣褶随之凝固定型，艺术家就可拿来作为绘制衣纹和起皱袍服的模型。[15]在吉兰达约门下，对着这些衣纹模型画素描是学习课程之一，素描成果随后汇集成册，作为吉兰达约作画时现成的图样范本。[16]米开朗琪罗可能图省事，以这其中的一本图样模板为依据，画了一些衣服，但根据他工作室自制的灰泥模型画成的衣袍，无疑也不少。
弦月壁上的某幅基督祖先像可以说明米开朗琪罗的做法。画中是个金发女子，左脚抬高，左手拿着镜子支在左大腿上，若有所思地望着镜子。湿壁画中这位年轻女子虽身穿绿色、橙色衣服，但在素描里明显一丝不挂，且光是大略瞄一下这张素描，也可看出画中人一点儿也不像女人，反倒是个腹部微凸、臀部下垂的老男人。拉斐尔以女人作模特儿，毫无顾忌，米开朗琪罗则不一样，不管画中人物是男是女，模特儿清一色用男性。
就算米开朗琪罗注意到达·芬奇暖和天气的建议，当他的模特儿想必有时还是得吃苦。顶棚上某些人物的姿势扭曲得很不自然，要模特儿摆出这样的姿势，即使是体态柔软至极者，大概也撑不久。这些叫人骇异的姿势如何摆出来、如何固定不动，以及摆出这些姿势的模特儿到底是谁，仍是米开朗琪罗工作习性上叫人费解的谜团之一。据说为了研究男人身体结构，他曾走访罗马的澡堂（stufe）。[17]这些地下水疗场被辟成一间间蒸汽浴室，原是为治疗风湿病、梅毒之类的疾病而兴起，但不久就成为妓女与寻欢客的流连之地。米开朗琪罗是否为了寻找模特儿和灵感而走访澡堂，我们不得而知，但从他找老人作为弦月壁上这位基督女祖先的模特儿，以及顶棚上无数人物的肥胖身躯来看，显然他不只是拿年轻弟子当模特儿。
米开朗琪罗时代的艺术家，还有另一种方法研究人体，即解剖尸体。艺术家之所以会感兴趣于肌腱、肌肉这些枝微末节，阿尔贝蒂的提倡是原因之一。他认为“画活生生的人物时，先描出骨头……接着添上肌腱、肌肉，最后替骨头、肌肉覆上肉和皮，会很有帮助”。[18]要掌握肉和皮如何包覆骨头、肌肉，艺术家就不能只是粗浅地了解人体如何组成。因此，达·芬奇主张解剖是艺术家必要的基本训练之一。他写道，画家若不了解身体结构，画出来的裸像不是像“装满干果的袋子”，就是像“一捆萝卜”。[19]第一位解剖尸体的艺术家，似乎是一四三○年左右出生，热衷刻画裸像的佛罗伦萨雕塑家安东尼奥·德尔·波拉约洛（Antonio del Pollaiuolo）。另一位热衷解剖的艺术家是西纽雷利，传说曾夜访墓地寻找人体器官。
这类骇人听闻的活动，或许是一则有关米开朗琪罗的谣言会在罗马传开的原因之一。传说他准备雕刻垂死基督像时，为研究垂死者的肌肉而将模特儿刺死。这种变态的艺术追求，让人想起约翰内斯·勃拉姆斯（Johannes Brahms）也曾遭受的恶意中伤。谣传这位作曲家曾勒死猫儿，以便将它们垂死的叫声编入交响乐里。话说回来，据说模特儿遇害被人发现后，米开朗琪罗逃到罗马东南方三十二公里处帕列斯特里纳的卡普拉尼卡村避风头。这则轶事无疑是杜撰的，[20]但也隐隐透露出米开朗琪罗这位喜怒无常、孤僻、追求完美而挑剔成性的艺术家，在罗马人心目中是怎样的一个人。
米开朗琪罗当然研究过尸体的肌肉，但不是死于他刀下的尸体。年轻时在佛罗伦萨，圣斯皮里托修道院院长毕奇耶里尼拨了医院里的一间房间供他使用，他在这里解剖过数具院长给他的尸体。米开朗琪罗这令人毛骨悚然的研究，得到孔迪维的赞扬。孔迪维叙述道，有次院长带他去看一具摩尔人的尸体，那是个“非常俊俏的年轻男子”躺在解剖台上。然后，米开朗琪罗就像个医生一样拿起手术刀，开始描述起“许多罕有听闻、深奥或许是从未有人知道的东西”。[21]
孔迪维的记述有时夸大不实，但这一段无此问题，因为米开朗琪罗的确是个杰出的解剖学家。今日的表面解剖学中有约六百则指称骨骼、腱、肌肉的术语。但据某项估计，米开朗琪罗的绘画、雕塑刻画了至少八百个不同的生理结构。[22]有人因此指控他捏造或歪曲人体结构。事实上，他的作品精确刻画了人体幽微难明的结构，以致五百年后，仍有些结构是医学解剖学所不知而必须予以命名的。少数地方他的确篡改了人体本有的结构，例如《大卫》的右手，他正确呈现了约十五处骨头和肌肉，却刻意拉长了小指展肌（abductor digiti minimi）的边缘，只为稍稍放大拿着用来打死哥利亚的石头的那只手。[23]
在西斯廷礼拜堂工作时，米开朗琪罗已暂时停止解剖尸体。据孔迪维所述，他是不得不然，“因为长期摸碰死尸大大坏了他的胃口，让他吃不进也喝不下任何东西”。[24]但在圣斯皮里托修道院恶心的研究，这时派上了用场，他对人体轮廓与结构无人能及的了解，开始在西斯廷礼拜堂拱顶上展现。
[1] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第663页。
[2] 孔迪维：《米开朗琪罗传》，第58页。
[3] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第二卷，第675页。
[4] 参见萧：《尤利乌斯二世》，第171页。
[5] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第二卷，第662～663页。
[6] 引自帕斯托尔：《教皇史》，第六卷，第214页。
[7] 《米开朗琪罗书信集》：第一卷，第50页。
[8] 《米开朗琪罗书信集》：第一卷，第52页。
[9] 《米开朗琪罗书信集》：第一卷，第49页。
[10] 德·托尔内：《米开朗琪罗》，第二卷，第25页。
[11] 阿尔贝蒂：《论绘画》英译本（On Painting，London：Penguin，1991），第76页，译者Cecil Grayson，编者Martin Kemp。阿尔贝蒂于1436年将此作品由拉丁文译为意大利文。
[12] 五百年后，米开朗琪罗的裸像作品仍引来争议。一九九五年，以色列王国建都耶路撒冷三千周年，耶城当局拒绝了佛罗伦萨致赠《大卫》复制像的好意，理由是该像一丝不挂。后来该城领袖勉强接受，但接受前该像已被套上内裤遮住私处。
[13] 达·芬奇：《绘画论》，第一卷，第67页，第106～107页。
[14] 阿尔贝蒂：《论绘画》，第72页。
[15] 这项技巧为达·芬奇师父维洛吉奥所创，后来为吉兰达约所运用。参见卡多冈（Jean K. Cadogan）所撰《再议吉兰达约素描的某些方面》（“Reconsidering Some Aspects of Ghirlandaio’s Drawings”），《艺术期刊》（Art Bulletin），第65期，1983年，第282～283页。
[16] 参见艾姆斯-刘易斯（Francis Ames-Lewis）所撰《吉兰达约工作室与吉兰达约早期当学徒时的衣纹“图样”-素描》（“Drapery “Pattern”-Drawings in Ghirlandaio’s Workshop and Ghirlandaio’s Early Apprenticeship”），《艺术期刊》（Art Bulletin），第63期，1981年，第49～61页。
[17] 劳讷（Lynne Lawner）著作《交际花列传：文艺复兴时期肖像》（Lives of the Courtesans：Portraits of the Renaissance，New York：Rizzoli，1986），第8～9页。
[18] 阿尔贝蒂：《论绘画》，第72页。
[19] 达·芬奇：《绘画论》，第129页。
[20] 没有确凿证据可以证明这件事为真实的，因为有助于拨开疑云的文献，即慈爱圣吉洛拉莫团（在各刑事案里担任公证人的宗教团体）的记录，不是遭部分或全部毁坏，就是失窃。如今，卡普拉尼卡村传说，米开朗琪罗在抹大拉圣母玛利亚教堂留下了绘画、雕刻各一件作品。但卡普拉尼卡有米开朗琪罗的作品这件事，当然不能作为他杀人的证据。