如果说米开朗琪罗是个邋遢而有时忧郁、孤僻的人，拉斐尔则正好相反，他是有教养人士的绝佳典范。当时无人不竖起大拇指称赞他彬彬有礼、性情温和、为人宽厚。就连以恶意诽谤他人名声而著称的诗人兼剧作家彼得罗·阿雷蒂诺（Pietro Aretino），也找不出坏字眼来批评他。他写道，拉斐尔的生活“阔绰不像一般老百姓，凡是有需要的文科学生，他都不吝给予精神和金钱上的帮助”。[1]教皇副文书之一的卡尔卡尼尼则盛赞拉斐尔虽有过人天赋，却“一点儿也不高傲；事实上，他为人和善有礼，不排斥任何建议，也乐于聆听他人意见”。[2]
与拉斐尔不是直接认识的瓦萨里也称赞拉斐尔品格高尚无瑕。他说在拉斐尔出现之前，大部分艺术家显得“有些粗俗，甚至野蛮”（米开朗琪罗无疑也在他此一评价之列）。[3]瓦萨里将拉斐尔和蔼、有礼的特质，归因于他是由母亲马姬雅·洽尔里一手带大，而未送到乡下由奶妈带大。瓦萨里认为，若是由奶妈带大，他很可能“在农民或一般人家里”，耳濡目染到“较不文雅甚至粗俗的生活方式和习性”。[4]拉斐尔在母亲亲自哺育下，发展出圣人般的高洁性格，据说连动物都乐于与他亲近（不由得让人想起来自翁布里亚山区而同样圣洁的人物——阿西西的圣方济，据说鸟兽也爱与他为伍）。除了讨人喜欢的性格，俊美的相貌更为拉斐尔增添魅力。修长的脖子、椭圆的脸、大大的眼睛、橄榄色的皮肤，非常俊秀，扁鼻、招风耳的米开朗琪罗相形之下更显望尘莫及。[5]
米开朗琪罗努力解决《大洪水》问题时，拉斐尔也开始在梵蒂冈教皇住所的绘饰工作。应聘与他合作的既不是佩鲁吉诺，也不是平图里乔（两者都曾是他师父），而是巴齐。这两人搭档实在叫人大出意外，因为巴齐这个人比米开朗琪罗更“古怪而匪夷所思”。他的湿壁画制作经验丰富，刚在锡耶纳附近的橄榄园山修道院花了五年时间完成以圣本笃生平为题的大型组画。他还是齐吉这个有钱的银行业家族最欣赏的艺术家。但比起画作，他不合流俗的怪异行径更为人所知。最古怪的行为无疑是他在家里养了多种动物，包括獾、松鼠、猴子、母矮脚鸡，以及他会教其讲话的渡鸦。他还一身奇装异服，例如凸花纹紧身上衣、项链、色彩浓艳的帽子，以及瓦萨里所大为不屑的、“只有小丑和江湖郎中才会穿戴的类似饰物”。[6]
巴齐小丑般的怪诞打扮，让橄榄园修道院的僧侣看得目瞪口呆，因而为他取了外号“疯子”（Il Mattaccio）。修道院以外，他则以“索多玛”（Sodoma）之名而为人所知。索多玛意为鸡奸者，据瓦萨里的说法，“他身边总有男孩子和脸上白净的小伙子为伴，而且对他们的爱有失礼俗”，[7]因此有了这个外号。若考虑到文艺复兴时期一般画家的性倾向，为何独独巴齐有这外号，就有点令人费解。在罗马，鸡奸者得受火刑处死，索多玛既然有个公然带有鸡奸者的外号，却不仅活得好好的，还功成名就，个中原因为何，实在叫人费解。无论如何，他不仅不排斥，还乐于使用这个外号，“以三行诗节隔句押韵法（terza rima）撰写以它为题的诗歌，并和着鲁特琴音，流畅唱出这些诗歌”。[8]
拉斐尔、索多玛受命绘饰的那间房间，距尤利乌斯寝室只有几步之遥。这间房间曾充作教皇法庭（Signatura Graziae et Iustitiae），因而在十六世纪下半叶有了“署名室”的称呼。但尤利乌斯当时打算用来作为私人藏书室。[9]他不是爱读书之人，却费心搜罗了二百二十卷的可观书籍，并凭借这些珍藏辟成名头颇为显赫的伊尤利亚图书馆。这些书籍由博学的人文主义学者托马索·因吉拉米（Tommaso Inghirami）保管，他也是藏书更丰富的梵蒂冈图书馆馆长。[10]
图书馆的装饰风格，自中世纪起就一直依循标准格式。拉斐尔应已从当时的多个图书馆，包括乌尔比诺公爵费德里戈·达·蒙特费尔特罗的图书馆，熟悉此类装饰的布局。图书馆的墙或天花板上，饰上四个寓言中的女性人物，分别代表图书分类的四大主题，即神学、哲学、法学、医学。画家通常还会加上在各特定领域卓然有成的男女人物肖像。署名室的装饰构图谨遵这项传统，但诗学取代了医学，这无疑是因为尤利乌斯偏爱诗人甚于医生。每面墙上各绘一幅场景阐述一个主题，墙上方的拱顶上则对应四主题，画上四名女神，女神画在圆形或方形框里。这种几何形外框构图正是尤利乌斯原属意在西斯廷礼拜堂顶棚上呈现的构图，后来摒弃未用，却在此得以实现。[11]绘饰时，书籍装箱，成排堆放在地板上。
这个构图在拉斐尔抵达罗马前就已定案，拉斐尔加入绘饰行列前，索多玛已开始在拱顶作画。但署名室绘饰工程初期的分工情形，就和西斯廷礼拜堂初期一样不详。瓦萨里在索多玛的传记里说，这位怪人艺术家花太多心思在养动物上，延宕了拱顶工作进度，教皇不满，才找来拉斐尔。不管是否属实，拉斐尔开始绘饰署名室顶棚角落的矩形画，最后完成了这四幅画中的三幅。[12]这四幅画均是3.5英尺宽，4英尺高，面积不算太大，有经验的湿壁画家用一个乔纳塔就可画完。
完成的第一幅是《伊甸园里的诱惑》（Temptation in the Garden）。拉斐尔应已从多处他人作品，包括马索里诺在佛罗伦萨布朗卡奇礼拜堂所绘的作品，熟悉了这个题材。在拉斐尔笔下，夏娃拿小果给亚当，蛇则盘绕在智慧树树干上，从粗枝后面探头看。蛇作女人相，长发，裸露胸脯（堪称是不带鳍而盘卷身子的美人鱼），符合中世纪厌恶女人的传统。
但夏娃这个形象比蛇还有意思。裸像是当时人们品评大艺术家水平高低的标准，而这幅场景正给了拉斐尔机会，在湿壁画上画出一对裸像。他笔下的夏娃赤身裸体，只有重点部位靠灌木枝叶遮住，臀部和肩膀分别转向不同方向，全身重量靠右脚支撑，使左半身拉长，右半身缩短。这种非对称姿势，通称“对应”（contrapposto），是起源于古希腊的人体表现手法，一个世纪前经多纳泰罗等雕塑家之手而重新勃兴。以多纳泰罗为例，他使人物的臀部轴线、肩膀轴线形成对比，以此营造出动态幻觉。拉斐尔这时很可能已见过多纳泰罗的早期著名作品——佛罗伦萨奥尔珊米凯列教堂外壁龛里的《圣马可像》（St.Mark）。不过，他的夏娃形象的创作灵感不是来自多纳泰罗，而是来自另一位艺术家的作品。过去四年，这位艺术家的影响力就像仰之弥高的巨像时时笼罩着他。
一五○四年拉斐尔搬到佛罗伦萨，以便欣赏米开朗琪罗和达·芬奇的湿壁画竞技。他们两人的宏大草图在新圣母玛利亚教堂一起展出时，拉斐尔和佛罗伦萨每个上进心切的艺术家一样，将两幅草图都依样画了下来。但当时，达·芬奇似乎比米开朗琪罗启发他更多，且他研究达·芬奇风格之仔细，比几年前他研究佩鲁吉诺的风格更甚。他所受的影响显然不仅来自《昂加利之役》，因为达·芬奇其他素描、画作的主题，很快也出现在他自己的作品里。达·芬奇的《圣母子与圣安娜》（Virgin and Child with Saint Anne）草图（一五○一年在佛罗伦萨首度公开展出），教他将人物以金字塔状布置，以此平衡构图，让成群人物显得紧凑且井然有序。拉斐尔在佛罗伦萨期间所画的许多幅圣母子画作均竭尽所能探索此一构图的不同布局，因而有艺评家称它们是“根据达·芬奇某一主题所做的种种变化”。[13]
同样，从大概绘于一五○四年左右的《蒙娜丽莎》（Mona Lisa）上，拉斐尔找到了肖像画的姿势典范，这体现在他所绘的一些佛罗伦萨人物肖像画上。肖像画通常以侧面像呈现画中人，此一手法有可能仿自古代奖章、钱币上的侧面人像。但达·芬奇笔下的乔康达夫人，脸几乎正对观者，双手交叠，背景处诡异的风景以空气透视法呈现。这种姿势的出现其实是一大创新，但因为后来在人像上屡见不鲜，致使今人不识其深远意义。拉斐尔于一五○六年替马达莲娜·斯特罗齐绘制肖像时，几乎全盘照用这种姿势。
约与《蒙娜丽莎》同时，达·芬奇在佛罗伦萨完成了另一件杰作，即遗失已久的《勒达与天鹅》（Leda and the Swan）。这件作品完成后立即被送往法国，一百五十年后被付之一炬，下令烧毁者据推测是路易十四的第二任妻子曼特侬夫人。这位令人敬畏的夫人，以多种倒行逆施的措施（包括大斋节期间禁止歌剧演出），改革凡尔赛宫廷的道德风气。达·芬奇的这件作品因被她认为有伤风化，而遭此噩运。不管是否有伤风化，这件今人只能通过仿作了解的作品是达·芬奇少有的裸像作品之一。裸身的勒达采取对应姿势，双手放在使劲高举的天鹅脖子上。
达·芬奇虽然很提防后辈艺术家，特别是米开朗琪罗，却似乎允许拉斐尔阅览他的一些素描，原因可能在于这位年轻艺术家与他的好友布拉曼特有交情。[14]无论如何，拉斐尔见到了达·芬奇为《勒达与天鹅》所绘的草图，并素描了下来，后来根据此作品，确立了署名室中夏娃的姿势。拉斐尔的夏娃其实并不是原样照搬达·芬奇的勒达，而是如镜中影像般左右对调其局部后呈现，这是艺术家为免遭人识破抄袭而常用的手法。
署名室顶棚上四幅矩形画的最后一幅，《阿波罗与玛尔叙阿斯》（Apollo and Marsyas），大部分艺术史家同意系出自索多玛而非拉斐尔之手。这幅画以音乐竞技为主题，对一五○八年至一五○九年冬的罗马而言是很贴切的题材，对索多玛而言，事实证明也是很适合发挥的题材。
玛尔叙阿斯与阿波罗较量音乐的故事，历来被包括希罗多德、奥维德等多人谈过。这场竞赛实力悬殊，一方胜算不大，一方拥有无上权力。阿波罗是大神，掌管包括音乐、射术、预言、医学在内的众多事物；玛尔叙阿斯属于西勒诺斯（级别较低的森林之神），即长相丑陋、类似萨梯（森林之神）的动物种族，在艺术家笔下，常被画成长着驴耳朵的样子。
根据神话，玛尔叙阿斯拣到阿西娜发明的笛子。话说阿西娜为模仿蛇发女怪美杜莎遇害后另两名蛇发女怪发出的凄切恸哭声，制作了这支笛子。它的确逼真再现了这悲伤的声音，但这位爱慕虚荣的女神用它来吹奏曲子时，从水中倒影发现自己长相变丑，愤而将它丢掉。玛尔叙阿斯有了笛子后很快就成为吹笛高手，于是自信满满地向阿波罗叫战，要以笛子挑战他的弦乐器里拉。玛尔叙阿斯此举实在鲁莽，因为阿波罗曾以大胆向他挑战射箭为由，杀了自己的孙子欧律托斯。阿波罗同意应战，但附加了可怕的条件，谁输了就任由对方处置。
结果一如预期。在众缪斯神作为裁判下，阿波罗和玛尔叙阿斯使出浑身解数，一时分不出高下，但阿波罗巧妙倒转里拉，继续弹奏，无法如法炮制的玛尔叙阿斯立即技穷。获胜的阿波罗随后行使他赢得的权利，将玛尔叙阿斯吊在松树上，活活剥皮致死。林中动物为他的惨死而号哭，泪水化作米安德河支流玛尔叙阿斯河。笛子随河水漂流而下，最后被一个牧童从水中拾起。牧童颇识时务，将笛子献给也掌管牛羊的阿波罗。玛尔叙阿斯的皮则成为博物馆展示品，据说古时候放在位于土耳其境内的凯莱奈展出。
千百年来，世人赋予这则神话多种诠释。柏拉图在《理想国》一书中说，这故事阐述了笛子所激起的阴沉、狂暴的激情如何为阿波罗较平静的里拉琴声所征服。基督教的道德家一样不同情玛尔叙阿斯的遭遇，认为这场竞赛如同一则寓言，说明了人类的狂妄自大如何在更高明者面前灰飞烟灭。
索多玛这幅画描绘的是阿波罗获胜的那一刻。阿波罗接受月桂冠，同时向落败的玛尔叙阿斯伸出食指左右摇动，轻蔑地啧啧感叹。玛尔叙阿斯被绑在柱子上，阿波罗的一名心腹站在他身旁，手拿着刀子在这位落败者鼻子下面，急切等着主子的命令，准备一刀割下。
索多玛画这幅画时，赫然发觉上天仿佛跟他开了个大玩笑，与才华洋溢的拉斐尔共事的他竟就像那位处于劣势的玛尔叙阿斯一样，那份嘲弄，想必是点滴在心头。在梵蒂冈工作的这些画家，不仅要和西斯廷礼拜堂的米开朗琪罗及其团队竞争，团队内彼此之间显然也在竞争。就像达·芬奇、米开朗琪罗所发现的，赞助者常在他们所聘的湿壁画团队里安排内部竞赛。举例来说，一四八○年代佩鲁吉诺和其团队绘饰西斯廷礼拜堂墙面时，教皇西克斯图斯四世决定颁奖给他认为最优秀的艺术家，结果却让众人跌破眼镜，竟由被认为是这里面最差的科西莫·罗塞利获得。
梵蒂冈这场竞赛的条件，在某种程度上，比西克斯图斯所定的条件更无情。索多玛和其他艺术家一样，已拿到五十杜卡特的报酬，作为他绘饰这个房间的前金。[15]这笔钱约相当于六个月的工资，因而他想必明白合约期满后，自己大概不会再获续聘，且深知教皇有意要他和拉斐尔以及其他艺术家一较高下，以在布拉曼特找来的众艺术家中，找出最胜任各室绘饰工作的湿壁画家。
索多玛就和玛尔叙阿斯一样，不久就落败了。《阿波罗与玛尔叙阿斯》是他为梵蒂冈宫所绘的最后一幅画，因为一五○九年初他就被拿掉职务，被拉斐尔取代，原因非常简单，拉斐尔在构图和执行上都比他出色。在索多玛还常采用干壁画法时，这位年纪较轻、较无经验的艺术家就已展现出出色的真正的湿壁画法功力。[16]
被请出梵蒂冈的不只索多玛，包括佩鲁吉诺、平图里乔、小布拉曼特、鲁伊希在内的该团队其他人也遭免去承制权，他们半完成的湿壁画则注定要被全部刮掉，以腾出空间让拉斐尔恣意挥洒。教皇惊叹于拉斐尔在署名室的表现，于是下令将梵蒂冈各房间的绘饰工作全交给这位来自乌尔比诺的画家，他与米开朗琪罗的对抗因此更为白热化。
[1] 引自戈尔齐奥（Vincenzo Golzio）著作《文献中、当时人记述中、该时代文学作品中的拉斐尔》（Raffeello nei documenti，nelle testimonianze dei contemporanei，e nella letteratura del suo secolo，Vatican City：Panetto & Petrelli，1936），第301页。
[2] 引自戈尔齐奥（Vincenzo Golzio）著作《文献中、当时人记述中、该时代文学作品中的拉斐尔》（Raffeello nei documenti，nelle testimonianze dei contemporanei，e nella letteratura del suo secolo，Vatican City：Panetto & Petrelli，1936），第281页。
[3] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第710页。
[4] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第711页。瓦萨里对拉斐尔教养的描述不可尽信，因为他把马姬雅·洽尔里的去世年份弄错了十年。
[5] 拉斐尔的俊秀相貌，千百年来引来众多探讨。数位德国生理学家仔细检查他自画像里的英俊脸庞，以找出有助了解他性格和过人天赋的线索。其中之一的卡鲁斯（Karl Gustav Carus）兴味盎然地谈到，“他官能的、动脉的、气体的性情特质”，正反映在他和谐的颅骨比例上。参见费舍尔（Oskar Fischel）著作《拉斐尔》英译本（Raphael，London：Kegan Paul，1948），第340页，译者Bernard Rackham。这颗比例匀称的头颅，或者据说是拉斐尔本人的头颅，在欧洲各博物馆展出数十年，直到1833年，有人到万神殿该画家的墓，开棺取出包括颅骨在内的遗骸，才揭露这场骗局。取出的骨骸送交罗马大学的临床外科教授检查，发现这位画家有个大喉。因此，拉斐尔除了已有的众多魅力之外，又多了磁性男中音的特点。
[6] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第422页。
[7] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第418页。
[8] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第418页。
[9] 没有确凿无疑的史料可以证明这间伊尤利亚图书馆与署名室有关系。大部分（但非全部）学者同意这两个场指的是同一个房间，而这大体是根据该房间的装饰图案推断出来的，因为该装饰似乎是配合图书馆而施设。欲了解明确支持此说的观点，可参见席尔曼的《梵蒂冈诸室：功用与装饰》（“The Vatican Stanze：Functions and Decoration”）一文，《不列颠学会公报》（Proceedings of the British Academy，London：Oxford University Press，1973），第379～381页。席尔曼以有力证据指出，尤利乌斯在位时，署名室位于隔壁房间，即今日称为火灾室的房间，第377页。
[10] 关于尤利乌斯私人图书室的藏书内容，可参见多雷斯（Léon Dorez）《教皇尤利乌斯二世的私人图书室》（La bibliothèque privée du Pape Jules II），《图书馆评论》（Revue des Bibliothèque），第6期，1986年，第97～124页。
[11] 关于这些象征性人物与下方墙上湿壁画内容之间的关系的研究，可参见龚布里希（Ernst Gombrich）的《拉斐尔的署名室与其象征手法之本质》（“Raphael’s Stanza della Segnatura and the Nature of its Symbolism”），收录于《象征形象：文艺复兴艺术之研究》（Symbolic Images：Studies in the Art of The Renaissance，London：Phaidon，1972），第85～101页。
[12] 最近在署名室进行的保护工作，未能探明究竟是拉斐尔和索多玛同时绘饰拱顶，还是索多玛绘饰拱顶时，拉斐尔开始绘饰墙面，然后在索多玛完成其区块时，再介入拱顶绘饰。关于这个问题，参见巴塔里尼（Roberto Bartalini）的《索多玛、齐吉家族、梵蒂冈诸室》（Sodoma，the Chigi and the Vatican Stanze），《勃林顿杂志》（Burlington Magazine，September 2001），第552～553页。
[13] 克拉克（Kenneth Clark）著作《达·芬奇》（Leonardo da Vinci，London：Penguin，1961），第34页。
[14] 没有证据显示拉斐尔和达·芬奇在佛罗伦萨或其他地方见过面，但一五○二年，达·芬奇以切萨雷·波吉亚之军事工程师的身份走访翁布里亚时，两人或许见过面。
[15] 关于索多玛的报酬，参见霍格伟夫（G.I. Hoogewerff）的文章“Documenti，in parte inediti，che riguardano Raffaello ed altri artisti contemporanei”，Atti della Pontificia Accadmia Roma di Archeologia，Rediconti 21（1945-6），第250～260页。
[16] 关于风格上的差异，可参见巴塔里尼的《索多玛、齐吉家族、梵蒂冈诸室》，第549页。