天启七年八月乙卯，帝崩，是为二十二日，丁巳，二十四日。信王即皇帝位，大赦天下，以明年为崇祯元年。熹宗崩之日，信王奉遗诏，即夕人临，居宫中，比明，群臣始至。时崔呈秀方改兵部尚书，夺情视事，比人临，内使十余传呼呈秀甚急，呈秀人与忠贤密谋久之，语秘莫得闻，或云：“忠贤欲篡位，呈秀以时未可止之也。”帝既即位于八月二十四日，至十月，乃罢崔呈秀。时阉党自危，杨所修、杨维垣、贾继春先后劾呈秀以尝帝，呈秀遂罢。又削浙江巡抚潘汝祯籍，以其建祠作俑。而阉党布在朝列，竟相持莫敢动。杨邦宪建祠疏至，帝阅而笑。忠贤辞建祠，辄允。乃仅于部属中得主事钱元悫、陆澄源各一疏，又嘉兴贡生钱嘉征一疏，论劾忠贤。帝召忠贤，使内侍读疏，忠贤震恐丧魄，急以重宝啖信邸太监徐应元求解，帝斥应元。以十一月甲子朔，命：“忠贤凤阳安置。”戊辰，初五。罢各边镇守太监。己巳，忠贤与其党李朝钦行至阜城，自缢。崔呈秀闻之，亦自缢。十二月，客氏及其子侯国兴、弟客光先与魏良卿皆伏诛，客氏诏赴浣衣局掠死，籍其家，良卿、国兴、光先皆弃市，家属无少长皆斩。客氏之籍也，于其家得宫女姙身者八人，盖将效吕不韦所为，帝大怒，命悉笞杀之。诏天下所建逆祠悉拆毁变价。逮陆万龄于狱，监候处决。崇祯元年正月，诏“中官非奉命，不得出禁门”。僇忠贤尸，寸磔，悬首河间。僇崔呈秀尸，悬首蓟门。
崇祯之处忠贤当矣，罢各边镇守，禁中官出禁门。创巨痛深，宜有此明断。乃未几又悉用阉，至日后并城迎闯之曹化淳，正为帝之所尊信者，帝犹自谓“非亡国之君”，此读史者所可论定也。
元年正月，大计天下吏。杨维垣以御史佐计，以东林与崔、魏并诋，并坚持三案。是时柄国者皆忠贤遗党，无敢颂言东林者。编修倪元璐首上疏一再驳正维垣，当局以互相诋訾两解之，而公论乃渐明矣。嗣是阁中阉党黄立极、张瑞图、施凤来陆续罢。立极先以山阴监生胡焕猷劾之，不自安求去。杨维垣犹论焕猷疑出东林指使，帝为除焕猷名下吏，亦允立极去。五月，从倪元璐言，毁《三朝要典》，焚其板。阉党侍讲孙之獬闻之，诣阁大哭，天下笑之。之獬后降清，入《贰臣传》。于是罹忠贤之祸者多赠官赐谥，东林始不负罪于世，而阉党犹持朝局，动以计陷右东林者。二年三月，始定逆案，分别磔、斩、秋后处斩及充军、坐、徙、革职、闲住各等罪名，共二百余人，诸奸亦多漏网者，维垣名在充军之列。
维垣于仇东林、翻逆案最力，为清流所深恶，然南都破后，能以一死了之；东林后辈，亦有降于闯军，列于清廷者。鼎革之际，事多难言，惟皦然不污者终以正人为多。
元年四月，起袁崇焕为兵部尚书，督师蓟辽。崇焕以忤忠贤去，忠贤诛，王之臣被劾罢，廷臣争请召崇焕，诏所司敦趣上道。七月至京师，召对平台，自任五年可复全辽，请勿令在朝诸臣以权力掣臣肘，以意见乱臣谋，帝悉从之，并假便宜赐尚方剑。崇焕又以前此熊廷弼、孙承宗皆为人排构，不竟其志，上言：“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正着，战为奇着，和为旁着之说。法在渐不在骤，在实不在虚，任而勿贰，信而勿疑。驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多，诸有利于封疆者，皆不利于此身者也，是以为边臣甚难。臣非过虑，中有所危，不得不告。”帝优诏答之。八月抵关，适宁远兵缺饷四月哗变，先靖其乱，即裁并诸镇，关内外止设二大将，祖大寿驻锦州，赵率教驻关门，身自居中驻宁远。请罢宁远及登莱巡抚不设，亦报可。二年六月，崇焕杀毛文龙。文龙镇东江，朝廷视为意外之兵，不能时给饷，文龙因得以自筹之说，假通商名，往来海上，多贩违禁物规利。建州所资于中国者，得之东江，而文龙亦多得建州所产参貂，赂遗朝贵，恒为阉党所乐袒庇。既拥厚利，所集刁健不逞之徙极众，建州亦颇有顾忌，而朝鲜亦赖以联中朝之声气。崇焕莅镇，疏请遣部臣理东江饷。文龙恶文臣监制，抗疏驳之，崇焕不悦。寻文龙来谒，接以宾礼，文龙不让，崇焕谋益决。至是以阅兵为名，泛海抵双岛，文龙来会。崇焕相与燕饮每至夜分，文龙不觉也。崇焕议更营制，设监司，文龙怫然。崇焕以归乡动之，文龙曰：“向有此意，但惟我知东事，东事毕，朝鲜衰弱，可袭而有也。”崇焕滋不怪，朝鲜最忠于明，明廷亦无谋袭朝鲜之意，而至末代之军人，则多以此为厚自封殖之计，李成梁有此计，故益欲联络清太祖，毛文龙亦然，皆以纠集徙党太众，思开一新国土，以自雄于海外耳。遂以是月五日，邀文龙观将士射。先设幄山上，伏甲士幄外，文龙至，其部卒不得人。崇焕曰：“予诘朝行，公当海外重寄，受予一拜。”交拜毕登山，因诘文龙违令数事，文龙抗辩，崇焕厉声叱之，命去冠带絷缚，文龙犹倔强，崇焕曰：“尔有十二斩罪，知之乎？祖制：大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核。一当斩。人臣之罪，莫大欺君。尔奏报尽欺妄，杀濒海难民冒功。二当斩。人臣无将，将则必诛。尔奏称：‘牧马登州，取南京如反掌。’大逆不道。三当斩。每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮。四当斩。擅开马市于皮岛，私通海外诸国。五当斩。部将数千人，悉冒己姓，副将以下，滥给劄付千，走卒舆夫尽金绯。六当斩。自宁远剽掠商船，自为盗贼。七当斩。强取民间子女，不知纪极，部下效尤，人不安室。八当斩。驱难民远窃人参，不从则幽之岛上，僵卧死者，白骨如莽。九当斩。辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中。十当斩。铁山之败，丧军无算，掩败为功。十一当斩。开镇八年，拥兵观望，不能恢复寸土。十二当斩。”数毕，文龙噤不能置辩，但叩头乞免。崇焕召谕其从官曰：“文龙罪状当斩否？”皆惶怖唯唯，中有称文龙数年劳苦者，崇焕叱退之，乃顿首请旨出尚方剑斩文龙于帐下。然后出谕其部卒曰：“诛止文龙，余无罪。”皆不敢动。分其兵为四协，以文龙子承祚及副将陈继盛等领之，犒军士，檄抚诸岛，尽除文龙虐政。还镇，以其状上闻，末言：“文龙大将，非臣得擅诛，谨席藁待罪。”上骤闻意殊骇，既念文龙已死，方任崇焕，乃优旨褒答。崇焕又上言：“文龙一匹夫，不法至此，以海外易为乱也，其众合老稚四万七千，妄称十万，且民多，兵不能二万，妄设将领千，今不宜更置帅，即以副将陈继盛摄之，于计便。”又虑部下为变，请增饷银至十八万。皆报可。
崇焕诛文龙一事，流传失实之记载不可胜举，至今人有为文龙抱屈，称崇焕忌才者。然《史》文明白，合之《实录》所见，于文龙之罪状无疑也。但《史》又言：“文龙专阃海外，有跋扈声，崇焕一旦除之，自谓可弭后患，然东江屹然巨镇，文龙死，势日衰弱，且岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者。”此为后来诋议诛毛为失计说之所由来。然此皆崇焕冤死后岛兵变化之事实，若使崇焕久任以处其责，何至视刘兴祚兄弟与陈继盛相屠杀，而卒令耿仲明、孔有德、尚可喜蜚遂为清廷佐命哉？诛毛部署不过三阅月，崇焕已中清太宗反间，明廷自坏长城，反信高捷、袁弘勋、史蜚，为阉党报仇，兴大狱，以妄杀文龙陷辅臣钱龙锡。易代以后，流闻语尚不实，则审慎读史者之少矣。
十月，建州兵毁边墙人犯，崇焕人援。谤者以崇焕先有与建州通和之意，谓其招虏胁和，将为城下之盟。清太宗又授计叛将高鸿中，于军中所获宦官二人前故作耳语，云：“今日撤兵，袁巡抚有密约，事可立就。”纵宦官归，以闻于帝。遂再召见于平台，诘杀文龙事，缚付诏狱。祖大寿骇而毁关东奔，犹于狱中取崇焕手书召大寿，得无叛去。时阁臣钱龙锡持正，不悦阉党。阉党王永光复用，为吏部尚书，引同党御史高捷、史，为龙锡所扼，遂以龙锡与崇焕屡通书，讦议和，杀文龙为龙锡主使，并罢龙锡。时起用孙承宗御建州兵，兵退。遂于三年八月磔崇焕，九月逮龙锡，十二月下龙锡狱。阉党借议和诛毛，指崇焕为逆首，龙锡等为逆党，谋更立一逆案，与前案相抵。内阁温体仁、吏部王永光主其事，欲发自兵部，而兵部尚书梁廷栋不敢任而止，仅议：“龙锡大辟，决不待时。”帝不信龙锡逆谋，龙锡亦悉封上崇焕原书及所答书，帝令长系。明年，中允黄道周申救谪外，而帝亦诏所司再谳，减龙锡死，戍定海卫，在戍十二年，两赦不原。其子请输粟赎罪，周延儒当国，尼不行，南渡后始复官归里卒。崇祯宰相五十人，龙锡尚为贤者，崇祯初与刘鸿训协心辅政，朝政稍清，两人皆得罪去。崇焕则以边事为己任，既被磔，兄弟妻子流三千里，籍其家无余赀，天下冤之。帝茫无主宰，而好作聪明，果于诛杀，使正人无一能任事，惟奸人能阿帝意而日促其一线仅存之命，所谓“君非亡国之君”者如此。二年之役，辽东大将赵率教、满桂遇建州兵，先后皆战死。