隆庆六年五月庚戌，二十六日。穆宗崩。是日传遗诏，以冯保为司礼监。初保提督东厂，兼掌御马监事。时司礼掌印缺，保以次当得之，而阁臣高拱独荐陈洪，及洪罢，复荐孟冲，保以是怨拱。是时司礼之缺犹悬于阁臣之推荐与否，隆庆时阉权已较重于嘉靖间，然用否系于首辅之一言，相权固重于阉权也。自张居正欲倾拱而假阉为用，由此阉更鸱张。保以怨拱之故，乃与次辅居正深相结。初拱与居正相友善，并先后人阁。拱方修故辅徐阶郑，嗾言路追论不已，阶诸子多坐罪。居正从容为拱言，拱稍心动，而拱客构居正纳阶子三万金，拱以诮居正，居正色变，指天誓，词甚苦，拱谢不审，两人交遂离。会帝不豫，居正欲引保以为内助。帝疾再作，居正处分十余事，使小吏投保，拱知而迹之，吏已人，拱恚甚，面诘居正曰：“密封谓何？天下事不以属我曹而属之内竖，何也？”居正面发赤，干笑而已。帝崩于卯刻，忽巳刻斥司礼监孟冲而以保代之。礼科给事中陆树德言：“先帝甫崩，忽有此诏，果先帝意，何不传示数日前，乃在弥留后？果陛下意，则哀痛方深，万几未御，何暇念中官？”疏人不报。
六月甲子，初十日。太子翊钧即位，以明年为万历元年。诏祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔恤录。又建表忠祠于南京，祀徐辉祖、方孝孺等。庚午，十六日。高拱罢。冯保既掌司礼监，又督东厂，总理内外，势益张。帝登极时，保升立御座旁不下，举朝大骇。拱以主上幼冲，中官专政，条奏请绌司礼权，还之内阁。又命给事中雒遵、程文合疏攻保，而己从中拟旨逐之。使人报张居正，居正阳诺之，而私以语保，保诉于太后，谓拱擅权蔑视幼君，太后颔之。至是，召群臣人，宣两宫及上诏。拱意必逐保也，亟趋人，比宣诏，则数拱罪而逐之。拱伏地不能起，居正掖之出，僦骡车出宣武门。居正乃与高仪请留拱，弗许；请得乘传，许之。拱既去，于是居正遂为首辅。七月，尊皇后为仁圣皇太后，贵妃李氏为慈圣皇太后。旧制：天子立，尊皇后为皇太后，若有生母称太后，则加徽号以别之。是时冯保媚帝生母，风居正以并尊，居正不能违。慈圣移居乾清宫，抚视帝，内任保，而大柄悉委居正。万历元年正月，妖人王大臣之狱起。大臣者，浙中佣奴，以浮荡人都，与宫中小竖交昵，窃其牌帽巾服人乾清宫，为守者所执，诏下东厂究问，冯保欲缘此陷故辅高拱，令家人辛儒饮食之，纳刃其袖中，俾言拱怨望，与陈洪谋大逆，遂发缇骑驰械高氏奴，围拱里第。居正亦请诘主使，举朝汹汹，谓且逮拱。吏部尚书杨博、左都御史葛守礼诣居正力解，居正愤曰：“二公意我甘心高公邪？”奋人内，取厂中揭帖投博曰：“是何与我？”揭帖有居正窜改四字，曰“历历有据”。守礼识居正手迹，密纳诸袖，居正觉曰：“彼法理不谙，我为易数字耳。”守礼曰：“回天非相公不能。”居正奏缓其狱。博阴嘱锦衣沭大臣吐实，又以拱仆杂稠人中，令大臣识别，茫然莫辨也。会上命守礼偕锦衣都督朱希孝会决，加刑，大臣疾呼曰：“许我富贵，乃捞掠我邪？且我何处识高阁老？冯家仆教我。”希孝不敢鞫而罢。保惧，以生漆酒瘖大臣，移送法司，坐斩。拱获免。由是举朝多恶保，而不肖多因之以进。
高拱扼徐阶，居正倾高拱，三人皆良相，而恩怨权势之间相轧如此。惟徐阶之倾严嵩，则为世所美。而居正得志以后，则明于治国而昧于治身，其受报亦至酷，遂为万历初期政局之纲领。
元年二月，从居正请，御经筵。一日讲毕，上问：“建文果出亡否？”居正曰：“国史不载，但故老相传，披缁云游，题诗于田州，有‘流落江湖四十秋’句。”上太息，命录诗进。居正因曰：“此亡国事，不足观，请录皇陵碑及高祖御制集以上，见创业之艰，圣谟之盛。”先是，隆庆六车，帝登极后，居正于是冬进《帝鉴图说》，大要言前史所载兴亡治乱之迹，如出一辙，大抵以敬天法祖，听言纳谏，节用爱人，亲贤臣，远小人，忧勤惕厉，无不治者；反之则乱。因属讲官马自强稽古尧舜以来有天下之君，撮其善可为法者八十一事，恶可为戒者三十六事，每事前绘一图，取唐太宗以古为鉴之意名之。帝命图册留览，宣付史馆。至万历元年三月，进讲《帝鉴图说》时，至汉文帝劳军细柳事，因奏曰：“古人言：‘天下虽安，忘战必危。’今承平日久，武备废弛，文吏箝制卉员，不啻奴隶。夫平日既不能养其锋锐之气，临敌何以责其折冲之勇？嗣后将帅忠勇可任者，宜假以事权，俾得展布，庶几临敌号令严整，士卒用命。”于是乃诏内外官各举将才。
隆、万间军事颇振作，高拱、张居正皆善驭将。居正虽倾拱，初不改其所拔之材，若张学颜之受知于拱，《史》有明文，读之，想见宰相留意人材之美。《学颜传》：“俺答封顺义王，察罕土门汗语其下曰：‘俺答，奴也，而封王，吾顾弗如！’挟三卫窥辽，欲以求王。而海、建诸部日强，皆建国称汗。海西、建州两种女直，时海西强者为王台，建州强者为王杲。其云建国称汗，当是当时事实，然则建州国汗之称盖不始自清太祖矣。大将王治道、郎得功战死，辽人大恐。隆庆五年二月，辽抚李秋免，大学士高拱欲用学颜。或疑之，拱曰：‘张生卓荦倜傥，人未之识也，置诸盘错，利器当见。’侍郎魏学曾后至，拱迎问曰：‘辽抚谁可者？’学曾思良久，曰：‘张学颜可。’拱喜曰：‘得之矣。’遂以其名上。时为荆州道兵备副使。进右佥都御史，巡抚辽东。”学颜在隆庆时兴复辽镇，御破土蛮，入万历年，与李成梁筑六堡，斥地数百里，诛建州王杲，居正以倚任成大功。综万历初，居正当国之日，荐方逢时总督宣大军务，申明封贡约信，边境以安。其所用刘显、戚继光、凌云翼、李成梁、张佳允，皆一时敢战之将，应变之才尽在物色，而又发纵指示，明瞩万里，《史》称：“居正当国，究心于军谋边琐，书疏往复，洞瞩机要，委任责成，使得展布，是以各尽其材，事克有济。”语见谭纶、王崇古、方逢时、吴兑、郑洛、张学颜、张佳胤、殷正茂、凌云翼传赞。
张居正以一身成万历初政，其相业为明一代所仅有，而功罪之不相掩，亦为政局反复之由。读《居正传》可以尽万历初期之政，特详录之。其逐高拱而代为首辅，事已见前。为首辅之后，具见一时相业，即万历初之所以强盛也。
“帝虚已委居正，其实帝方幼冲，由太后主政。居正亦慨然以天下为已任，中外想望风采。居正劝帝遵守祖宗旧制，不必纷更，至讲学亲贤，爱民节用，皆急务，帝称善。大计廷臣，斥诸不职及附丽拱者。复具诏，召群臣廷饬之，百僚皆惕息。两宫既并尊，慈圣徙乾清宫抚视帝，大柄悉委居正。居正为政，以尊主权、课吏职、信赏罚、一号令为主，虽万里外，朝下而夕奉行。黔国公沐朝弼数犯法当逮，朝议难之，居正擢用其子，驰使缚之，不敢动。既至，请贷其死，锢之南京。漕河通，居正以岁赋逾春，发水横溢，非决则涸，乃采漕臣议，督艘卒以孟冬月兑运，及岁初毕发，少罹水患，行之久，太仓粟可支十年。互市饶马，乃减太仆种马，而令民以价纳，太仆金亦积四百余万。又为考成法，以责吏治。初部院覆奏，行抚按勘者，尝稽不报，居正令以大小缓急为限，误者抵罪，自是一切不敢饰非，政体为肃。南京小阉醉辱绐事中，言者请究治，居正谪其尤激者赵参鲁于外以悦保，而徐说保裁抑其党，毋与六部事。其奉使者，时令缇骑阴诇之，其党以是怨居正，而心不附保。”“居正喜建竖，能以智数驭下，人多乐为之尽。俺答款塞，久不为害，独小王子部众十余万，东北直辽左，以不获通互市，数入寇。居正用李成梁镇辽，戚继光镇蓟门，成梁力战却敌，功多至封伯，而继光守备甚设，居正皆右之，边境晏然。两广督抚殷正茂、凌云翼等亦数破贼有功。浙江兵民再作乱，用张佳胤往抚即定。故世称居正知人。然持法严，核驿递，省冗官，清庠序，多所澄汰，公卿群吏不得乘传，与商旅无别；郎署以缺少，需次者辄不得补；大邑士子额隘，艰于进取，亦多怨之者。时承平久，群盗猬起，至入城市，劫府库，有司恒讳之，居正严其禁，匿弗举者，虽循吏必黜。得盗即斩决，有司莫敢饰情。盗边海钱米盈数，例皆斩，然往往长系或瘐死，居正独亟斩之，而追捕其家属，盗贼为衰止。而奉行不便者，相率为怨言，居正不恤也。”“帝渐备六宫，太仓银钱多所宣进，居正乃因户部进御览数目陈之，谓：‘每岁入额不敌所出，请帝置坐隅，时省览，量入为出，罢节浮费。’疏上留中。帝复令工部铸钱绐用，居正以利不胜费止之。言官请停苏、松织造，不听，居正为面请，得损大半。复请停修武英殿工及裁外戚迁官恩数，帝多曲从之。帝御文华殿，居正侍讲读毕，以绐事中所上灾伤疏闻，因请振，复言：‘上爱民如子，而在外诸司营私背公，剥民罔上，宜痛钳以法，而皇上加意撙节于宫中，一切用度服御，赏赉布施，裁省禁止。’帝首肯之。有所蠲贷，居正以江南贵豪怙势，及诸奸猾吏民善逋赋，选大吏精悍者严行督责，赋以时输，国藏日益充，而豪猾率怨居正”。“帝初即位，冯保朝夕视起居，拥护提抱有力，小扞格，即以闻慈圣，慈圣训帝严，每切责之，且曰：‘使张先生闻，奈何？’于是帝甚惮居正。及帝渐长，心厌之。乾清小珰孙海、客用等导上游戏，皆爱幸。慈圣使保捕海、用，杖而逐之。居正复条其党罪恶，请斥逐，而令司礼及诸内侍自陈，上裁去留，因劝帝戒游宴以重起居，专精神以广圣嗣，节赏赉以省浮费，却珍玩以端好尚，亲万几以明庶政，勤讲学以资治理。帝迫于太后，不得已，皆报可，而心颇嗛保、居正矣。帝初政，居正尝纂古治乱事百余条，绘图，以俗语解之，使帝易晓。至是，复属儒臣纪太祖列圣《宝训》、《实录》，分类成书，凡四十：曰创业艰难，曰励精图治，曰勤学，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰谨祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宫闱，曰教储贰，曰睦宗藩，曰亲贤臣，曰去奸邪，曰纳谏，曰理财，曰守法，曰儆戒，曰务实，曰正纪纲，曰审官，曰久任，曰重守令，曰驭近习，曰待外戚，曰重农桑，曰兴教化，曰明赏罚，曰信诏令，曰谨名分，曰裁贡献，曰慎赏赉，曰敦节俭，曰慎刑狱，曰褒功德，曰屏异端，曰饬武备，曰御戎狄。其辞多警切，请以经筵之暇进讲。又请立起居注，纪帝言动与朝内外事，日用翰林官四员入直应制诗文及备顾问，帝皆优诏报许。”
《居正传》中叙其相业如此。而《传》文与居正之怙权得祸相杂，当明末议论，于居正之有功国家，非士大夫切已之事，省记而持公议者较少，惟升沉进退之际，挟旧怨以图报复者为数较多。故纪万历初事，可功可罪。以史传论，《明史稿》早成，其《居正传》即多挟诋毁成见。如戚继光之治兵，居正之任将，古今岂可多得？而当时继光之倚居正，自不得不加密，因而有馈遗以为好，亦出恒情。继光，名将，散财养士，土之依继光者极盛，其不能以避嫌而独远首相，与居正之不能法古名贤操守，居相位而不以纤芥累人以自累，此皆以圣贤望人，求全责备之意。《史本传》于张、戚之间，削去讥谤之语，已见公道之久而益明。当作《史稿》时，犹多采当时毁张之说。其叙边功云：“俺答款塞，久不为害，独小王子部众十余万，东北直辽左，以不获通互市，数入寇，然其人少弱，非久即退。而总兵李成梁悍勇善战，数拒却之，又数掩杀泰宁、福余诸属国以为功。居正张大其捷，帝数褒美，加恩辅臣，成梁至封伯。两广督抚殷正茂、凌云翼蜚亦以破贼功，爵赏亚辽左。戚继光镇蓟门，多挟南兵从，北人嫉之，继光惧，因兵部尚书谭纶购美姬进居正，他所摹画亦多得居正指，以是畀之事权，诸督抚大臣，唯继光所择，欲不利继光者即为徙去之。而成梁、正茂等亦皆媚居正。然数人故善用兵，功多，帝谓居正运筹力，而世亦称居正知人。”此段文笔甚佳，褒贬互用，其实所褒皆成贬矣，文士笔锋，古云可畏。试取《稿》与《正史》两相比对，可以了然。
居正综核名实，不避嫌怨，于其为国而不顾身家，只应尊敬，不当与怙权而得怨之说混而为一。兹分别言之。
居正以御史在外往往凌抚臣，痛欲折之，一事不合，诟责随下；又敕其长加考察。给事中余懋学请行宽大之政，居正以为风己，削其职。御史傅应桢继言之尤切，下诏狱杖戍。给事中徐贞明等群拥人狱视，具橐，亦逮谪外。御史刘台按辽东，误奏捷，居正方引故事绳督之，台抗章论居正专恣不法，居正怒甚，帝为下台诏狱，命杖百远戍，居正阳具疏救之，仅夺其职，已卒戍台。由是诸给事御史益畏居正，而心不平。当是时，太后以帝冲年，尊礼居正甚至，同列吕调阳莫敢异同，及吏部左侍郎张四维人，恂恂若属吏，不敢以僚自处。慈圣将还慈宁宫，谕居正，谓：“我不能视皇帝朝夕，恐不若前者之向学勤政，有累先帝付托。先生有师保之责，与诸臣异，其为我朝夕纳诲，以辅台德，用终先帝凭几之谊。”因赐坐蟒白金彩币。未几丁父忧，帝遣司礼中官慰问，视粥药，止哭，络释道路，三宫赙赠甚厚。户部侍郎李幼孜欲媚居正，倡夺情议，居正惑之，冯保亦固留居正。诸翰林王锡爵、张位、赵志皋、吴中行、赵用贤、习孔教、沈懋学辈皆以为不可，弗听。吏部尚书张瀚以持慰留旨，被逐去。御史曾士楚、给事中陈三谟等遂交章请留。中行、用贤及员外郎艾穆、主事沈思孝、进士邹元标互继争之，皆坐廷杖谪斥有差。时彗星从东南方起，长亘天，人情汹汹，指目居正，至悬谤书通衢。帝诏谕群臣：“再及者诛无赦。”谤乃已。于是使居正子编修嗣修与司礼太监魏朝驰传往，代司丧，礼部主事曹诰治祭，工部主事徐应聘治丧。居正请无造朝，以青衣素服角带人阁治政，侍经筵讲读，又请辞岁俸，帝许之。及帝举大婚礼，居正吉服从事，给事中李涞言其非礼，居正怒，出为金事。时帝顾居正益重，常赐居正札，称“元辅张少师先生”，待以师礼。居正乞归葬父，帝使尚宝少卿郑钦、锦衣指挥史继书护归，期三月，葬毕即上道。仍命抚按诸臣先期驰赐玺书敦谕。范“帝赉忠良”银印以赐之，如杨士奇、张孚敬例，得密封言事。戒次辅吕调阳等，有大事毋得专决，驰驿之江陵，听张先生处分。居正请广内阁员，诏即令居正推，居正因推礼部尚书马自强、吏部右侍郎申时行人阁。自强素迕居正，不自意得之，颇德居正。而时行与四维皆自昵于居正，居正乃安意去。帝及两宫赐赉慰谕有加礼，遣司礼太监张宏供张，饯郊外，百僚班送。所过地，有司饬厨传，治道路。辽东奏大捷，帝复归功居正，使使驰谕，俾定爵赏，居正为条列以闻。调阳益内惭，坚卧，累疏乞休不出。居正言：“母老不能冒炎暑，请俟清凉上道。”于是内阁、两都部院、寺卿、给事、御史俱上章，请趣居正还朝。帝遣锦衣指挥翟汝敬驰传往迎，计日以俟，而令中官护太夫人以秋日由水道行。居正所过，守臣率长跪，抚按大吏越界迎送，身为前驱。道经襄阳，襄王出候，要居正宴。故事：虽公侯谒王，执臣礼，居正具宾主而出。过南阳，唐王亦如之。抵郊外，诏遣司礼太监何进宴劳，两宫又各遣大铛李琦、李用宣谕，赐八宝金钉川扇，御膳饼果醪醴。百僚复班迎。人朝，帝慰劳恳笃，予假十日而后人阁，仍赐白金彩币宝钞羊酒，因引见两宫。及秋，魏朝奉居正母行，仪从煊赫，观者如堵。比至，帝与两宫复赐赉加等，慰谕居正母子，几用家人礼。居正自夺情后，益偏恣，其所黜陟，多由爱憎，左右用事之人多通贿赂。冯保客徐爵擢用至锦衣卫指挥同知，署南镇抚。居正三子皆登上第，苍头游七人赀为官，勋戚文武之臣多与往还，通姻好，七具衣冠报谒，列于士大夫，世以此益恶之。无何居正病，帝频颁敕谕问疾，大出金帛为医药资，四阅月不愈，百官并斋醮为祈祷，南都、秦、晋、楚、豫诸大吏无不建醮。帝令四维等理阁中细务，大事即家令居正平章。居正始自力，后惫甚不能遍阅，然尚不使四维等参之。及病革乞归，上复优诏慰留，称“太师张太岳先生”。居正度不起，荐前礼部尚书潘晟及尚书梁梦龙、侍郎余有丁、许国、陈经邦，已复荐尚书徐学谟、曾省吾、张学颜、侍郎王篆等可大用。帝为黏御屏。晟，冯保所受书者也，强居正荐之，时居正已昏甚不能自主矣。及卒，帝为辍朝，谕祭九坛，视国公兼师傅者。居正先以六载满，加特进，中极殿大学士；以九载满，加赐坐蟒衣，进左柱国，荫一子尚宝丞；以大婚加岁禄百石，录子锦衣千户为指挥金事；以十二载满，加太傅；以辽东大捷，进太师，益岁禄二百石，子由指挥金事进同知；至是赠上柱国，谥文忠，命四品京卿、锦衣堂上官、司礼太监护丧归葬。于是四维始为政，而与居正所荐引王篆、曾省吾等交恶。初帝所幸中官张诚见恶冯保，斥于外，帝使密诇保及居正。至是诚复人，悉以两人交结恣横状闻，且谓其宝藏逾天府。帝心动，左右亦浸言保过恶，而四维门人御史李植极论徐爵与保挟诈通奸诸罪。帝执保禁中，逮爵诏狱，谪保奉御居南京，尽籍其家，金银珠宝巨万计。帝疑居正多畜，心益艳之。言官劾篆、省吾，并劾居正，篆、省吾俱得罪，新进者益务攻居正，诏夺上柱国、太师，再夺谥，居正诸所引用者，斥削殆尽。召还中行、用贤等，迁官有差。刘台赠官还其产。御史羊可立复追论居正罪，指居正构辽庶人宪狱，庶人妃因上疏辨冤，且曰：“庶人金宝万计，悉人居正。”帝命司礼张诚及侍郎邱橓偕锦衣指挥、给事中籍居正家。
神宗天性好货，嗣此遂以聚敛造成亡国之衅。当时构居正及冯保之罪，惟言其多藏为最动帝听，此即知其失人君之度矣。宪事在隆庆三年，时尚以在嘉靖中奉道被宠，赐真人号，有淫虐僭拟诸罪状，宪烯树白纛曰讼冤之纛，副使施笃臣遂以建纛为王反，居正亦憾宪 ，主笃臣说以重宪罪，遂锢之高墙，后虽讼冤，辽国亦未复也。
诚等将至荆州，守令先期录人口，锢其门，子女多遁避空室中，比门启，饿死者十余辈。诚等尽发其诸子兄弟藏，得黄金万两，白金十余万两。其长子礼部主事敬修，不胜刑，自诬服寄三十万金于省吾、篆及傅作舟等，寻自缢死。事闻，时行等与六卿大臣合疏请少缓之，刑部尚书潘季驯疏尤激楚，诏留空宅一所，田十顷，赡其母。而御史丁此吕复追论科场事，谓高启愚以舜、禹命题启愚典南畿乡试，以“舜亦以命禹”命题。为居正策禅受。尚书杨巍等与相驳，此吕出外，启愚削籍。《明史稿》本传有云：“士大夫初谀以伊命五臣，其后拟之舜、禹，居正不为怪。则竟以舜、禹命题为罪状。”后言者复攻居正不已，诏尽削居正官秩，夺前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，谓：“当剖棺戮尸，而姑免之。”其弟都指挥居易、子编修嗣修俱发戍烟瘴地。终万历世，无敢白居正者。天、崇间国事日棘，任事无人，乃追思居正，累复官荫赠谥。至敬修孙同敞死节于南明，与瞿式耜同烈，第五子允修亦死张献忠之难。
综万历初之政皆出于居正之手，最犯清议者乃夺情一事，不恤与言路为仇，而高不知危，满不知溢，所谓明于治国而昧于治身，此之谓也。居正之卒在万历十年，明年追夺官阶，又明年籍其家，子孙惨死狼藉。其时代明之清室，清太祖已于万历十一年弄兵于塞外，蚕食坐大，遂移国祚。经过三十余年，中朝始竟不知有此事，后渐闻其强而羁縻之。至万历四十余年稍稍传说，已立国僭号，亦不以为意，直至人犯辽、沈，然后举国震惊。庙堂若有留心边事如居正其人，何至愦愦若此？故居正没而遂人醉梦期间矣。