成祖以洪武三年封燕王，十三年之国。二十三年同晋王讨乃儿不花，晋王怯不敢进，王倍道趋迤都山，获其全部而还。太祖大喜。是后屡帅诸将出征，并令王节制沿边士马，王威名大振。
《太祖本纪》：“三十一年五月戌午，都督杨文从燕王棣、武定侯郭英从辽王植备御开平，俱听燕王节制。”《纲目三编》以为《太祖实录》已经永乐间改修两次，所书为燕王张大之词，盖不足信，当是杨文从燕王、郭英从辽王，各受节制，非谓并辽王亦听燕王节制也。此皆嫌恶燕王之说，其实即经节制沿边诸军，岂遂为太祖许其篡立？此等处不足深辩，要之养其积威，故能驱所部为逆，又能慑制讨逆之军，所由来者渐矣。
三十一年闰五月，太祖崩，皇太孙即位，遗诏：“诸王临国中，毋得至京师。”王自北平人奔丧，闻诏乃止。
《纪事本末》：“洪武二十五年四月丙子，皇太子薨，皇太孙生而额颅稍偏，性颖聪，善读书。《史窃》：“君生顶颅颇偏，太祖抚之曰：‘半边儿月。’意不怿。而是时元妃生子雄英矣，后六年雄英蚤世，于是君为长，而读书甚聪颖，太祖始稍异之。”太祖每令赋诗，多不喜。一日令之属对，大不称旨，复以命燕王，语乃佳。郑晓《逊国记》：“太祖命帝赋新月，应声云：‘谁将玉指甲，抓破碧天痕？影落江湖上，蛟龙不敢吞。’太祖凄然久之，曰：‘必免于难。’钱谦益《历朝诗集》云叶子奇《草木子余录》载皇太子《新月》诗云云。所谓皇太子者庚申君之子也，野史以为懿文太子作，为不及享国之谶。而晓则以为建文作。考杨维桢《东维子诗集》，此诗为维桢作，则诸书皆附会也。”太祖常有意易储，刘三吾曰：‘若然，置秦、晋二王何地？’太祖乃止。”《史·刘三吾传》但云：“太子薨，上御东阁门，召对群臣，恸哭，三吾进曰：‘皇孙世嫡，承统，礼也。’太孙之立由此。”《明通鉴》谓诸书所说太祖欲立燕王，皆成祖改修之《太祖实录》如此。王鸿绪《史稿》尚从之；正史不然，书法谨严矣。
《齐泰传》：“皇太孙素重泰，及即位，命与黄子澄同参国政，寻进尚书，时遗诏诸王临国中，毋奔丧，王国吏听朝廷节制。《太祖本纪》遗诏中，省此句未载。诸王谓泰矫皇考诏，间骨肉，皆不悦。”
初高皇后崩，洪武十五年。太祖选高僧侍诸王，为诵经荐福，左善世宗泐举道衍，《姚广孝本传》：“长洲人，本医家子，年十四为僧，名道衍，字斯道，事道士席应真，尽得其阴阳术数之学。尝游嵩山寺，相者袁珙见之曰：‘是何异僧？目三角，形如病虎，性必嗜杀，刘秉忠流也。’道衍大喜。洪武中，诏通儒书僧试礼部，不受官，赐僧服还。经北固山，赋诗怀古，其侨宗沥曰：‘此岂释子语耶？’道衍笑不答。”燕王与语甚合，请以从。《纪事本末》：“诸王封国时，太祖多择名僧为侍，僧道衍知燕王当嗣大位，自言曰：‘大王使臣得侍，奉一白帽与大王戴。’盖白冠王，其文皇也。燕王遂乞道衍得之。”至北平，住持庆寿寺，出人府中，迹甚密，时时屏人语。惠帝立，削夺诸王，周、湘、代、齐、岷相继得罪，道衍遂密劝成祖举兵，成祖曰：“民心向彼，奈何？”道衍曰：“臣知天道，何论民心！”乃进袁珙及卜者金忠，于是成祖意益决。
《袁珙传》：“生有异禀，好学能诗，尝游海外洛伽山，珙，鄞人。遇异僧别古崖，授以相人术，先仰视皎日，目尽眩，布赤黑豆暗室中辨之；又悬五色缕窗外，映月别其色；皆无讹，然后相人。其法以夜中燃两炬，视人形状气色，而参以所生年月，百无一谬。洪武中，遇姚广孝于嵩山寺，谓之曰：‘公刘秉忠之俦也，幸自爱。’后广孝荐于燕王，召至北平，王杂卫士类已者九人，掺弓矢饮肆中，珙一见即前跪曰：‘殿下何轻身至此？’九人者笑其谬，珙言益切。王乃起去，召珙宫中谛视，曰：‘龙行虎步，日角插天，太平天子也，年四十，须过脐，即登大宝矣。’已见藩邸诸校卒，皆许以公侯将帅。王虑语泄，遣之还。及即位，召拜太常寺丞。所居鄞城西，绕舍种柳，自号柳庄居士，有《柳庄集》。”
《金忠传》：“忠，鄞人，少读书，善《易》卜。兄戍通州亡，忠补戍，贫不能行，相者袁珙资之。既至，编卒伍，卖卜北平市，多中，市人传以为神。僧道衍称于成祖。成祖将起兵，托疾召忠卜，得铸印乘轩之卦，曰：‘此象贵不可言。’自是出入燕府中，常以所占劝举大事，成祖深信之。燕兵起，自署官属，授忠王府纪善，守通州，南兵数攻城不克。已召置左右，有疑辄问，术益验，且时进谋画，遂拜右长史，赞戎务，为谋臣矣。”
按成祖之成大业，史多夸其为术士所推许，此即行险侥幸者所为，非有他功德可得天下，直由命相致之耳。
靖难之师，起于削藩，削藩之议，由来已久。
《史窃》：“太祖时政治严核，中外万几，太孙每奉裁决，济以宽大，中外欣欣爱戴，独诸王皆挟叔父之尊，多不逊服，太孙常以为忧。先是，太祖封诸王，辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃九国皆边虏，岁令训将练兵，有事皆得提兵专制，便防御，因语太孙曰：‘朕以御虏付诸王，可令边尘不动，贻汝以安。’太孙曰：‘虏不靖，诸王御之；诸王不靖，孰御之？’太祖默然，良久曰：‘汝意何如？’太孙曰：‘以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则变置其人，又其甚则举兵伐之。’太祖曰：‘是也，无以易此矣。’”此说太祖亦以为是。诚能行之，削藩前尚有事在，以德怀，以礼制，建文朝无暇为也，用高巍之说，则庶几矣。
《黄子澄传》：“惠帝为皇太孙时，尝坐东角门，谓子澄曰：子澄本以修撰为东宫伴读。‘诸王尊属拥兵多不法，奈何？’对曰：‘诸王护卫兵才足自守，倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭，大小强弱势不同而顺逆之理异也。’太孙是其言。比即位，命子澄兼翰林学士，与齐泰同参国政，谓曰：‘先生忆昔东角门之言乎？’子澄顿首曰：‘不敢忘。’退而与泰谋，泰欲先图燕，子澄曰：‘不然，周、齐、湘、代、岷诸王在先帝时，尚多不法，削之有名，今欲问罪宜先周，周王，燕之母弟，削周，是翦燕手足也。’谋定，明日入白帝，会有言周王不法者，遂命李景隆帅兵袭执之，词连湘、代诸府，于是废及岷王楩为庶人，幽代王桂于大同，囚齐王榑于京师，湘王柏自焚死。下燕议周王罪，燕王上书申救，帝览书恻然，谓事宜且止，子澄与泰争之，未决，出相语曰：‘今事势如此，安可不断？’明日，又入言曰：‘今所虑者独燕王耳，宜因其称病袭之。’帝犹豫曰：‘朕即位未久，连黜诸王，若又削燕，何以自解于天下？’子澄对曰：‘先人者制人，毋为人制。’帝曰：‘燕王智勇善用兵，虽病恐难猝图。’乃止。”此《传》文中“周王，燕之母弟，削周，是翦燕手足也”之语，为成祖改《实录》而不免漏笔。《诸王传》已称马后生太子及秦、晋、燕、周四王，今子澄云云，明明太子与秦、晋二王不与燕、周同母也。成祖以夺嫡之故，冒为嫡出，而没其所生之母，后更发见妃神主而后得其实。说详下。
子澄主用兵，以汉平七国乱为喻，汉惟得周亚夫而将之，子澄乃荐李景隆可大任，即何以敢与七国事并论也？此齐、黄之失也。《湘王柏本传》，有文武材，未著罪状，惧无以自明而自焚。亦太惨。既畏强藩，又授以口实，帝之当断不断，不失为仁者之过，任事者谋之不臧，则无以自解。周王被执，在洪武三十一年五月，至八月，帝欲释之，泰与子澄争久之，乃废为庶人，徙蒙化。又逮齐、代、岷诸王。明年四月，湘王自焚，齐王、代王废为庶人。六月，岷王废为庶人，徙漳州。七月，逮燕府官属，而燕王反矣。
成祖之决策称兵，早从道衍辈怂恿，即未削藩，亦必谋逆。
《姚广孝传》：“成祖意决，阴选将校，勾军卒，收材勇异能之士。燕邸，故元宫也，深邃，道衍练兵后苑中，穴地作重屋，缭以厚垣，密甃瓴甋瓶缶，日夜铸军器，畜鹅鸭乱其声。”
帝与齐、黄图燕，亦思所以弱之，即位之年，冬十一月，工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，察燕阴事。建文元年三月，都督宋忠、徐凯、耿帅兵三万屯开平、临清、山海关，调北平、永清二卫军于彰德、顺德。四月，太祖小祥，先是燕世子高炽及其弟高煦、高燧人临，至是王忧惧称病笃，乞三子归。齐泰欲遂收之，子澄曰：“不若遣归，示彼不疑，乃可袭而取也。”竟遣还。王喜曰：“吾父子复得相聚，天赞我矣。”六月，燕山护卫百户倪谅上变，告燕官校于谅、周铎等阴事，逮系至京，皆戮之。有诏责燕王，王乃佯狂称疾，走呼市中，夺酒食，语多妄乱，或卧土壤，弥日不苏。张昺、谢贵人问疾，王盛夏围炉摇颤曰：“寒甚！”宫中亦杖而行。长史葛诚密告昺、贵曰：“燕王本无恙，公等勿懈。”正月，王遣诚入奏事，帝密问燕邸事，诚具以实告，遣诚还燕，使为内应，至则燕王察其色异，心疑之。会燕王使护卫百户邓庸诣阙奏事，齐泰请执讯之，具言王将举兵状。泰即发符往逮燕府官属，密令谢贵、张昺图燕，使约长史葛诚、指挥卢振为内应。以张信为燕王旧所信任，密敕之，使执燕王，信叛附燕，以情告，王下拜曰：“生我一家者子也。”召道衍谋，令护卫指挥张玉、朱能等帅壮士八百人人卫。及逮官属诏至，秋七月，谢贵、张昺督诸卫士皆甲，围府第索所逮诸官属。王称疾愈，御东殿，伏壮士左右及端礼门内，召贵、昺付所逮者，贵、昺至，卫士甚众，及门，门者呵止之，贵、昺人，王曳杖坐，赐宴行酒，忽怒詈曰：“编户齐民，兄弟宗族尚相恤，身为天子亲属，旦夕莫必其命，县官待我如此，天下何事不可为乎？”护卫军前擒贵、昺，淬卢振、葛诚等下殿，皆斩之。命张玉等乘夜出，攻夺九门，黎明尽克。乃下令安集军民，三日，城中大定。都指挥彭二战死，余瑱走居庸关，马宣巷战不胜，走蓟州，教授余逢辰死之，参政郭资、副使墨麟、金事吕震等降于燕。宋忠自开平率兵三万至居庸关，不敢进，退保怀来。癸酉，燕王誓师，以诛齐泰、黄子澄为名，去建文年号，仍称洪武三十二年，署官属，以张玉、朱能、邱福为都指挥金事，擢先以张昺等疏草密报燕府之按察司吏李友直为布政司参议。上书称：“祖训云：‘朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之。’臣谨俯伏待命。”书奏，议讨燕，齐泰曰：“明其为贼，敌乃可克。”遂削燕王属籍，以伐燕布告天下。时太祖功臣存者已少，乃拜长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为副将军，帅诸将分道并进。时燕王既于七月初五日癸酉举事，是夜攻夺九门，次日甲戌，即出师，次通州，指挥房胜以城降。张玉请先定蓟州，免后顾忧。丙子，陷蓟州，马宣被禽，骂不绝口死。己卯，陷居庸关，余瑱退怀来依宋忠。甲申，陷怀来，宋忠、余瑱被执死，将校被俘不降死者百余人，其力斗阵殁者有都指挥彭聚、孙泰。
《宋忠传》：“时北平将士在忠部下者，忠告以家属并为燕屠灭，盍努力复仇报国恩。燕王侦知之，《纪事本末》：“王据鞍指挥有喜色。”急令其家人张故旗帜为前锋，呼父兄子弟相问劳，将士咸喜曰：‘我家固无恙，宋总兵欺我。’遂无斗志。”此北平将士，即忠前赴开平时所调燕府护卫精锐隶麾下以弱燕者，家在北平，即不以诳语为此蜚所轻，犹恐燕抚其家属以相招致，忠乃以意造言，欲劫制其人为已用，宜燕王闻之而喜矣。齐、黄以忠一军压燕之北，责任甚重，所调燕之护卫，以朝命燕不敢违，只可分燕之力，乃欲用以制燕之死命，又无他方略，徒以诳语冀欺之，是反助燕以倒戈内应之势耳。齐、黄命将如此，举北平城守之文武长官不能胜一燕府，举为图燕所布之军将，不能牵缀北平之后，以待朝廷讨伐之师，而是时军事一任齐、黄，其败事已可见矣。诸城守将降燕者固有之，然效死之士亦甚众，有此士气，奈不能用何！
蓟州既陷，遵化、密云继降燕，怀来陷，永平又降。时帝方锐意文治，日与方孝孺讨论《周官》法度，军事皆取决于泰、子澄。元年二月，更定官制，内外大小诸司及品级勋阶悉仿《周礼》更定。二年八月，承天门灾，改各门名端门、应门、皋门、路门，皆从方孝孺言。耿炳文师出，帝诫将士：“毋使朕有杀叔父名。”八月壬戌，及燕兵战于滹沱河北，败绩。帝再择将，子澄荐李景隆可大任，遂以景隆代炳文，赐斧钺俾专征伐，召炳文回。炳文老将，张玉觇之曰：“军无纪律，无能为。”代以景隆，燕王闻之曰：“李九江膏粱孺子，九江，景隆字，李文忠子也。寡谋而骄，色厉而馁，未常习兵见阵，辄予以五十万，是自坑之也。”时江阴侯吴高奉朝命与杨文、耿帅辽东之师围永平，王救永平，且撤卢沟桥之防，以诱景隆来攻北平。既解永平之围，又直趋大宁，劫宁王与其妃妾世子皆南下，收其所属精锐，尤以朵颜三卫士卒骁勇善骑射，为利所驱，敢与朝廷军士死斗。既免北平之后顾，又尽收战士助战，暂委北平由道衍等辅世子守坚城，以缀景隆，逮大宁师还，与守兵夹击，大败景隆。
《瞿能传》：“燕师起，从李景隆北征，攻北平，与其子帅精骑千余攻张掖门，垂克，景隆忌之，令候大军同进。于是燕人夜汲水沃城，方大寒，元年十一月。冰凝不可登，景隆卒致大败。”此景隆罪状之一。
景隆遁还德州，燕王出兵扬言攻大同，诱景隆赴救，围蔚州，指挥王忠、李远降燕，进攻大同，俟景隆已出紫荆关，即由居庸人边，南军不耐寒，冻馁死者甚众，坠指者十二三，弃镫仗于道，不可胜记。时已二年正月。四月，景隆复进兵，与燕战于白沟河，平安、瞿能等力战，斩燕将陈亨，亨故大宁降将。瞿能迫燕王，几获之，仅免，旋乘风反攻，杀瞿能父子于阵，景隆军又大败，自德州奔济南。燕军遂人德州，收府库，获粮百余万。山东参政铁铉督饷赴景隆军，会师溃，沿路收溃亡守济南，景隆奔就之，燕师追及，景隆六十万众尚存十余万，燕师击之，景隆复大败，单骑走。燕师围济南，铁铉力捍御不下，朝廷升铉为山东布政使而召景隆还，以左都督盛庸为大将军。帝赦景隆不诛，子澄痛哭争请诛景隆，副都御史练子宁执而数之朝，以哭请，卒不问，旋复任用之，忌盛庸，且间于帝，不得尽其用。《瞿能传》附杨本：“从景隆讨燕有功，景隆忌之，不以闻。寻劾景隆丧师辱国，遂以孤军独出，被禽，系北平狱，后被杀。”
《王度传》：“为山东道监察御史。建文时，王师屡败，度奏请募兵。小河之捷，奉命劳军徐州，还，方孝孺与度书：‘誓死社稷。’燕王称帝，坐方党谪戍贺县，又坐语不逊，族。度有智计，盛庸之代景隆，度密陈便宜，是以有东昌之捷。景隆征还，赦不诛，反用事，忌庸等功，谗间之，度亦见疏。论者以其用有未尽，惜之。”
燕王围济南三月，不下，决水灌城，铉约降，迎王人，及门，下铁板，伤王马首，未中，仍逸去。王怒，以炮击城，铉书高皇帝神牌悬城上，燕兵不敢击。铉复募壮士突击破燕，王乃撤围还。盛庸乘势复德州，兵势大振，擢铉兵部尚书赞理大将军军事，封庸历城侯。九月，庸总平燕诸军北伐。十月，燕兵袭沧州，克之。循河而南，至东昌，遇庸与铉等战，大败燕师，阵斩张玉。玉为燕将，最悍，后所谓靖难第一功臣者也。燕王数危甚，诸将奉帝诏，莫敢加刃，王知之，每奔北，独以一骑殿后，迫者不敢追。是谓东昌之捷，燕军再却还。三年二月，燕再出师，三月朔，次滹沱河，辛巳，与盛庸遇于夹河，阵斩燕将谭渊及其指挥董中峰等，庸军亦失都指挥庄得等骁将数人。
《成祖本纪》：“三月辛巳，与盛庸遇于夹河，谭渊战死，朱能、张武殊死斗，庸军少却，会日暮，各敛兵入营。王以十余骑逼庸营野宿，及明起视，已在围中，乃从容引马，呜角穿营而去，诸将以天子有诏‘无使负杀叔父名’，仓卒相顾愕眙，不敢发一矢。”此为《史本纪》明载之事，各书皆言成祖遇败，则恃帝有诏不相害，往往独身为殿以免，盖非虚也。惠帝既崇叔父于交战之时，何不先善全于削藩之始，以王师而卒败于叛藩，其失机固非一端也。
是日战互相胜负，东北风忽起，尘埃涨天，沙砾击面，燕兵在北，乘风纵击，庸大败走德州，吴杰、平安自真定引军与庸会，闻败引还，王诱与战，复败之。于是帝罢齐泰、黄子澄，谪外以解说于燕，而实使之募兵。燕王亦上书，求并撤吴杰、盛庸、平安之众，而后释兵就燕藩，方孝孺请且与报书往复，急令辽东诸将人山海关，攻永平，真定诸将渡卢沟桥，捣北平。五月，燕师驻大名，盛庸、吴杰、平安等分兵扼燕饷道。燕王再上书，帝欲罢庸等兵，孝孺阻之，乃囚燕使。王亦遣降将李远帅轻骑南下，焚王师粮，盖德州馈饷皆道徐、沛。六月，远令士卒易甲胄，杂南军中，插柳枝于背为识，过济宁、谷城，直至沛县，南军不之觉，凡粮艘所在尽焚之，军资器械俱烬，运军散走，京师大震，德州遂缺粮。远还，盛庸遣兵邀之，复为远伏兵所败。
中原千里，朝廷设官治理之地，燕师轻行其间，焚粮而返，如入无人之道，此明年燕王所以不转战于山东，直越境遂逼京师也。齐、黄庸碌，孝孺书生，帝仁柔非燕王比，此时而疏忽如此，复有李景隆蜚作奸于内，帝于稍能战之将不之信，号令有不能行，前所令攻袭北平之师先后错落，绝无期会，其败宜也。
七月，平安自真定乘虚攻北平，燕世子固守告急，是时方孝孺以门人林嘉猷尝人燕邸，知高煦谋倾世子状，言于上，为书与世子间之。高煦在军中，已知朝廷有去书，于王前言世子反，王大怒，则世子已遣使送朝使及所致书至，未启封也。王乃曰：“几杀吾子！”王遣将刘江援北平，而盛庸又檄大同守将房昭引兵人紫荆关，掠保定下邑，驻易州水西寨，据寨以窥北平。燕王在大名，曰：“保定失则北平危。”乃班师。九月，平安为刘江所败，王围水西寨，十日克之，乃还北平。十一日，辽东守将杨文始引兵围永平，略蓟州、遵化诸郡县，燕遣刘江往援，杨文败走。是时王称兵已三年，亲冒矢石，为士卒先，常乘胜逐北，亦屡濒于危，所克城邑，兵去旋复为朝廷守，三出三返，所据仅北平、保定、永平三郡而已。
以天下之全力，奉天子之命，讨一叛藩，至是始以真定之兵自南入，大同之兵自西入，辽东之兵自东入，而期会参差，各被击辄败退，中枢无能主兵事者也。
会诏有司系治中官奉使之不法者，先后奔燕，具言京师可取状。王乃慨然思临江一决，不复返顾，道衍力赞之。明年正月，乃直为批亢捣虚之计。
《宦官传》：“建文帝嗣位，御内官益严，诏：‘出外稍不法，许有司械闻。’及燕师逼江北，内臣多逃入其军，漏朝廷虚实。”据此则宦官入燕军，乃燕师临江时事，《本纪》则在三年之冬，以意度之，当从《宦官传》，此时非内臣漏虚实时也。朝廷虚实，燕自知之，六月已遣李远直下徐、沛焚粮，中原无备，固已大著，以后举动之散漫，岂能逃燕王之目？建文之政，若不轻弄兵，或能用将之贤者，其举动无不优于列帝。驭宦官严而为宦官泄其虚实，岂能咎其严驭？正惟守备虚而不实，足启戎心，宦官不泄，燕岂无侦探乎？
四年正月，燕王由馆陶渡河，徇徐州，平安军来蹑，击败之，又败铁铉军。四月，再与平安战，先败后胜，遂禽平安，置淮安不顾，直趋扬州。天子遣庆成郡主至军中，许割地以和，不听。六月，江防都督陈暄以舟师叛附于燕，遂自瓜州渡。盛庸以海艘迎战，败绩。既下镇江，遂次龙潭，天子复遣大臣议割地，诸王继至，皆不听。至金川门，谷王橞、李景隆等开门迎降，都城遂陷。下令大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣。己巳，即皇帝位，迁兴宗孝康皇帝主于陵园，仍称懿文太子，大诛奸党，夷其族。诏今年以洪武三十五年为纪，明年为永乐元年，建文中更改成法，一复旧制。