刘裕的崛起，是因为孙恩之乱。
这样的内乱在东晋并非第一次，也不是最后一次，之前已有王敦之乱（322）、苏峻之乱（327），之后则有桓玄之乱（402）、卢循之乱（410）。乱世出英雄。北府的先驱郗鉴军团，西府的前身陶侃部队，就是在平定苏峻之乱时脱颖而出，使自己成为影响历史之力量的。
现在轮到刘裕。
公元399年，也就是北魏国王拓跋珪迁都平城并且称帝的第二年，孙恩之乱起。孙恩号称道教徒，其实是邪教组织和恐怖组织头目。在他的蛊惑和挟持下，数万民众倾家破产抛妻别子，甚至杀死被认为是累赘的婴儿，跟着他攻城略地杀人放火，一时间竟风起云涌。[9]
东晋政权的腐朽，世家子弟的无能，则在这场动乱中暴露无遗。孙恩起事时，会稽郡长官王凝之（王羲之次子）既不出兵也不防备，天天在密室里祈祷，还宣称请到了鬼兵数万把守要津。结果如何呢？城破被杀。[10]
难怪他的妻子谢道韫，死都看不起他。[11]
受命于危难之际的是北府，扭转战局的则是刘裕。尽管当时他只是北府小小的参军，却让貌似强大的孙恩一再溃败终至灭亡。这说明孙恩的邪教组织不过乌合之众，更说明东晋政权已病入膏肓。他们能躲过一劫，靠的竟是这位出身寒门的下级军官，堪称命悬一线。
然而东晋的无可救药却一再显示出来。实际上，孙恩之乱断断续续地拖延了两年多时间，并未居安的执政者却竟然毫不思危，反倒一如既往地骄奢淫逸。这些家伙除了勾心斗角，便是纸醉金迷，简直就是自取灭亡。
结果，孙恩还没死，桓玄就来了。
桓玄是桓温的小儿子，而桓温原本是要篡晋的，只是由于谢安等人的阻挠未能得逞，这一遗愿便只好由桓玄来完成（请参看本中华史第十一卷《魏晋风度》）。桓玄名为西府督帅，坐镇荆州，却其实占有了晋的三分之二。他与朝廷翻脸，皇室能够指望的就只有北府。
北府却倒向了桓玄。
倒戈是有原因的。之前，北府的督帅历来都由门阀士族担任，这时却已经换成行伍出身的刘牢之。刘牢之一生戎马为国驰驱，功勋显赫却并无政治头脑。当时，刘裕等人都极力反对勾结桓玄，刘牢之却大发脾气说：消灭桓玄易如反掌，但之后朝廷那帮家伙还容得下我吗？
原来，他更害怕功高震主。
这就是糊涂了。实际上当时的情况，是桓玄来势汹汹却没有名分，晋室正当防卫又力量不足，因此双方都要借重北府军，拉拢刘牢之。刘牢之如果有政治远见，历史就会是另一个样子。可惜他没有。[12]
看来，士族固然腐朽，武夫也未必中用。
收降了北府的桓玄却如虎添翼。他顺顺当当地接管了东晋朝廷，消灭政敌之后又要解除刘牢之的兵权。始料未及的刘牢之惊慌失措，决定前往广陵（今江苏扬州）起兵讨伐桓玄，问刘裕愿不愿意一起去。
刘裕断然拒绝。
已经在战乱中成长起来的刘裕直言相告：将军以劲旅数万望风而降，桓玄以新得之志威震天下，人心都已离开将军到桓玄那里去了，请问将军还到得了广陵吗？刘裕无法再追随将军，只能回京口（今江苏镇江）去。[13]
京口是北府的大本营。
当然，只有一江之隔的广陵也是北府的根据地，可惜却是老根据地。当年北府从那里移镇京口，就因为京口与建康并无大江阻隔，又能与广陵隔岸呼应。也就是说，刘裕要回的京口比牢之要去的广陵离桓玄更近，他们一个是迎难而上，另一个却其实是逃之夭夭。[14]
两种选择，高下立判。
刘牢之却不死心，又召集手下将领开会，没想到将领们一哄而散。众叛亲离的刘牢之只好北上，但刚刚离开建康就吓得自缢身亡，后来还被桓玄开棺戮尸。他的儿子则连哭丧都来不及，北上投降了鲜卑人的南燕。[15]
追随刘裕的是何无忌。
何无忌是刘牢之的外甥，也是刘裕的老朋友。牢之与刘裕分道扬镳，无忌左右为难。刘裕则态度明朗地对他说：跟我一起去京口吧！桓玄如果是忠臣，你我就共同辅佐他；不然，就干掉他！[16]
结果，桓玄果然被干掉。
跟孙恩一样，桓玄的兴起和灭亡都很迅速。从进入建康到兵败被杀，他一共只折腾了二十六个月，重要原因之一则是他冒天下之大不韪悍然称帝。元兴二年（403）十二月，桓玄逼晋安帝禅让，改国号为楚。于是，早就想消灭他的刘裕，便有了正当理由和强硬口实。[17]
三个月后，刘裕起兵。[18]
很难说刘裕的初衷是为了兴复东晋王室，还是实现个人野心，或者是为刘牢之报仇，但双方力量对比之悬殊却毋庸置疑。当时，北府将领大多被害，北府军也实际上不复存在，刘裕率领的联军其实只有一千七百人。靠这么一点兵力就去进攻桓玄，简直无异于以卵击石。[19]
然而双方的斗志也不可同日而语。手持长刀的刘裕身先士卒冲在最前面，敌营两员大将都死在他的刀下。与之相反，桓玄却闻风丧胆不战而走。当时一个部下拉住他的马笼头，请求与刘裕一战。桓玄只是用鞭指了指天，便急不择路地狼狈逃窜，他的结局其实已无悬念。[20]
次年（404）五月，桓玄被杀。
此后的历史就由刘裕来书写了，选择的路线则与当年的桓温神似，那就是先建功立业，再篡位称帝。于是短短十几年间，他先后灭南燕（410），灭西蜀（413），灭后秦（417），将东晋的王旗重新插到了长安城头。
这时就连北方的胡人，也知道刘裕下一步要干什么会干什么。匈奴胡夏国王兴奋地说：我看刘裕一定得胜，之后一定回朝，关中就是我的了。崔浩则对北魏皇帝说：王猛是苻坚的管仲，刘裕是晋室的曹操。灭秦之后他一定会回去篡位，秦国的地盘迟早是我们大魏的。[21]
刘裕之心，一如当年的司马昭。
套路也是一样的：先是封宋公，后是封宋王。这时距离成为宋帝，已只有一步之遥，刘裕却说不出口。他只好在寿阳（今安徽寿县）王宫装模作样宴请百官，宣称自己应该功成身退，准备交还爵位，养老京师了。
众人没听出言外之意，一片歌功颂德，只有一个名叫傅亮的高级官员出门以后才恍然大悟。他立即回过身去敲门求见，刘裕的宫门也应声而开。
傅亮进门就说：臣最好先回建康。
刘裕也不多说，只问：需要多少人送你？
傅亮说：几十个足够。
回到京城的傅亮很快就做了安排，甚至起草了禅位诏书让晋恭帝照抄，恭帝竟也欣然命笔。他对身边人说：桓玄之后，我晋朝就已经亡了，只是靠着宋王才又延续了近二十年。今日之事，朕心甘情愿。
公元420年六月，刘裕即皇帝位，国号宋。[22]
南朝开始了。
[9]见《晋书·孙恩传》、《资治通鉴》卷一百一十一。当时，孙恩军中妇女溺杀婴儿时会说：祝贺你早登仙堂，我随后就来找你。可见孙恩军实为邪教组织和恐怖组织。
[10]见《晋书·王凝之传》、《资治通鉴》卷一百一十一。
[11]见《晋书·列女传》、《世说新语·贤媛》。
[12]以上事见《宋书·武帝纪》，《晋书》之《桓玄传》、《刘牢之传》，《资治通鉴》卷一百一十二，观点请参看田余庆《秦汉魏晋史探微·北府兵始末》。
[13]见《宋书·武帝纪》、《晋书·刘牢之传》、《资治通鉴》卷一百一十二。
[14]关于京口的战略地位以及北府从广陵移镇京口的意义，请参看田余庆《秦汉魏晋史探微·北府兵始末》。
[15]见《晋书》之《刘牢之传》、《刘敬宣传》。
[16]见《宋书·武帝纪》、《晋书·何无忌传》、《资治通鉴》卷一百一十二。
[17]据《晋书·安帝纪》，桓玄进入建康，杀执政司马元显等人，是在元兴元年（402）三月；兵败被杀，在元兴三年（404）五月。
[18]据《晋书·安帝纪》，桓玄称帝，是在元兴二年（403）十二月二十九（壬辰）；刘裕起兵，则在次年二月二十三（乙卯）。
[19]见《资治通鉴》卷一百一十三。
[20]以上见《宋书·武帝纪》，《晋书》之《桓玄传》、《刘牢之传》、《刘毅传》、《何无忌传》，《资治通鉴》卷一百一十三。
[21]见《晋书·赫连勃勃载记》、《魏书·崔浩传》、《资治通鉴》卷一百一十八。
[22]见《宋书·傅亮传》、《晋书·恭帝纪》、《资治通鉴》卷一百一十九。