斯凡赛德迈尼恩·钱德拉赛卡拉姆庇莱博士，伊利诺斯州大学计算机专业的教授，也有着负疚感，但那感觉却与海伍德·弗洛伊德大不相同。他的学生和同僚们常常推测，这个瘦小的科学家是不是人类，如果他们得知他从没想到过那些死去的宇航员他们也决不会吃惊。钱德拉博士只为他失去的孩子，哈尔9000号电脑感到伤心。
即使过了这些年，他无数次地复核从发现号上发回的数据，他仍然不能确定到底哪儿出毛病了。他只能进行推测，他想要知道的事实还冻结在哈尔的循环电路中，在遥远的木星和木卫一之间。
事情的发生及发展已经明晰，直到发生了悲剧；在此之后，鲍曼指令长在他曾短暂地重新建立联系的时候，曾经发回零碎的事件细节。但是，仅仅知道发生了什么并不能解释原因。
在任务后期出现了第一个遇上麻烦的迹象，那时哈尔报告联系地面和发现号的天线元件即将损坏。如果那个跨越上百亿公里的信号传输系统无法对准目标，发现号将变得既盲又聋且哑。
鲍曼亲自到外面去更换了那个可疑的元件，但对它进行检测时，出乎所有人的意料之外，发现它状态完全良好无损。自动检测系统找不到任何毛病，而哈尔地面上的孪生兄弟，萨尔9000在信息被传回厄尔巴那（伊利诺斯州大学分校所在地——重校者注）时也得出同样结论。
但哈尔坚持它的诊断，并强调指出可能出现的“人类错误”。它建议把控制元件重新安装在天线上，直到最后出问题的时候再找出毛病在哪儿。没人想到要拒绝这一建议，因为那元件只需几分钟就可重新装好，虽然它现在已被拆开。
但鲍曼和普尔却并不高兴，他们都觉得有什么地方出了错，但没人能指出究竟哪儿有问题。几个月来，他们把哈尔当成这个小小世界的第三成员，熟悉它的一切脾性。而那时飞船中的气氛却发生了微妙的变化，空气中有了紧张的成分。
感到象个叛徒——正如几乎陷于狂乱的鲍曼后来向控制中心报告的——这个小世界上占三分之二的人类成员曾讨论过，如果他们的机器同僚确实出现故障他们该做些什么。最坏的可能，哈尔会被解除一切高级责任。这就涉及到拆解——对计算机而言，这无异于死亡。
尽管有所怀疑，他们仍然按计划行事。普尔乘一座小宇宙舱飞出发现号，送回天线元件并进行安装。由于重新安装天线元件的工作宇宙舱无法独立完成，所以普尔出舱手工操作。
外部摄像机没拍到到底发生了什么，这一细节本身也令人生疑。鲍曼得到的第一声灾难警告是普尔的一声叫喊——然后是一片死寂。片刻后他看见了普尔，翻滚旋转着飞向了太空。他自己的宇宙舱撞飞了他，然后它也失控爆炸了。
正如鲍曼后来自己承认的，他接着犯了几个严重错误——虽然有可原谅之处。为了营救普尔，如果他还活着的话，鲍曼自己也进了一座宇宙舱——让哈尔完全控制了整艘飞船。
这个行动是徒劳的，当鲍曼赶到时普尔已经死了。在绝望的麻木中，他带着尸体回到了飞船——结果被哈尔拒之门外。
但哈尔低估了人类的智慧和毅力。虽然他把自己宇航服的头盔留在了飞船里，因此必须得冒着暴露在太空中的危险，鲍曼还是强行通过一道不受电脑控制的紧急入口进入飞船。然后他制住了哈尔，把电脑芯片一枚一枚地拔了出来。
当他重新获得了飞船的控制权，鲍曼震惊地发现，在他离开后，哈尔关掉了三位冬眠宇航员的生命支持系统。鲍曼陷入了完全的孤独，在整个人类历史上这是前所未有的。
其他人也许会被深深的绝望压垮，但此时大卫·鲍曼证明了当初选中他的人们没有看走眼。他设法操纵着发现号，把整个飞船转向以便让天线对准地球，重建了与地面控制中心的断续联络。
按预定的航线，发现号终于抵达了木星，在那儿，在这巨大行星及其卫星群中的轨道上，鲍曼发现了一块黑色板块，它的形状和月球第谷环形山发现的独石一模一样——但放大了几百倍。他乘坐一座宇宙舱前去探察，最后，他留下了莫名其妙的一句话：“我的天，这儿充满着星斗！”就此失踪了。
这个谜留给别人去操心，钱德拉博士只挂念着哈尔。如果在他冷漠的内心世界中还有一件憎厌的事，那就是不确实性。只有当他知道了导致哈尔行为的原因他才会满意。即使是现在，他也拒绝把这件事叫做“故障”，他称其为“行为异常”。
他作为私人空间的这个小天地中只有一把旋转椅，一个桌面控制台，一块黑板，两边对称地挂上了两张照片。—般少有人认识这两幅肖像，但任何人至少会立刻想起这两个名字：约翰·冯·诺伊曼和阿兰·图灵，计算机领域的两位先驱。
这里没有书籍，甚至桌上也没有纸张和铅笔。只须钱德拉手指一动，世界上所有图书馆中的书籍就可以展观无余，屏幕就是他的记事簿和涂写板。那块黑板也只是为访客们准备的，上边画了一半的图表是三周之前的事了。
钱德拉博士点燃了一支他从马德拉斯（印度港口名——重校者注）进口的方头大雪茄，大家知道——而且的确——抽烟是他唯一的缺陷。控制台一直开着，他检查了一下，屏幕上没有显示什么重要的口信，然后他对着麦克风说，“早上好，萨尔，你没什么新闻带给我吧？”
“没有，钱德拉博士。你有什么新闻带给我吗？”这声音带着点在美国或本土受过教育的印度妇女的口音。萨尔的腔调原来不是这个样的，只是这些年来她慢慢地学会了钱德拉的很多发音。
科学家在键盘上敲出一个代码，以最高安全级别打开萨尔的记忆输入。没人知道他在这个线路上以他从未与人采用的交流方式同电脑交谈。尽管萨尔只能真正理解他所说的一小部分，她的回答也是令人信服的，所以即使是她的创造者有时也会受骗。正如他所希望的一样：那些秘密交流有助于保持他的心理平衡——甚至也许有助于维持他的理智。
“你经常告诉我，萨尔，我们如果没有更多的信息就无法解释哈尔为何会行为异常。但我们怎么能得到那些信息呢？”
“这很明显。必须有人重返发现号。”
“的确如此。现在看来这似乎就要实现了，比我们预料得要早。”
“很高兴听你这么说。”
“我知道你会开心。”钱德拉诚心诚意地说。自从很久以前他就与那些争辩计算机不会有真正的感情、只是装模作样的自称哲学家的小人们切断了联系。
（“如果你能向我证明你不是在假装气恼，”有一次他轻蔑地回击一个在此问题上喋喋不休的家伙，“我会真诚地接受你的说法。”做为对此言的回应，他的对手充分地展现了愤怒情绪的种种表象。）
“现在我想探讨另外一种可能，”钱德拉接着说，“诊断只是第一步，治疗才能完成整个过程。”
“你相信哈尔会恢复正常吗？”
“但愿如此。我不知道。也许发生了不可逆转的损坏，而且失去了主要的记忆。”
他停下来沉思着，喷出几口烟雾，然后在萨尔的宽角镜头前喷出一只漂亮的牛眼烟圈。一个人类不会把这当作一个友好的姿态，这也是计算机的众多优点之一。
“我需要你的合作，萨尔。”
“当然，钱德拉博士。”
“也许得冒一下险。”
“你是指什么？”
“我打算拆开你的一些线路，特别是与你的高级功能有关的部分。你会觉得很困扰吗？”
“不说得具体些我无法作出回答。”
“很好，让我这么说吧。你自从第一次被打开以来就一直在运作，对不对？”
“对。”
“但你明白我们人类无法做到这一点。我们需要睡眠——我们的大脑几乎完全停止运作，至少没有了感知力。”
“我知道，但我无法理解。”
“哦，你将会体验到类似睡眠的感觉。也许，将要发生的不过只是时间的流逝。但你感觉不到。但当你检查内部时钟的时候，你会从你的监测记录中找出时间差。就这样。”
“但你说也许会冒险。什么风险呢？”
“机率很小。——但无法完全排除——就是当我拆除你的电路的时候，也许你的个性会发生改变，你未来的行为模式会有所变化。你会感到不同，不一定更好，也许更坏。”
“我不明白。”
“对不起——也许这什么意思也没有。所以别担心。现在建立一个新文件——名字在这儿。”钱德拉用键盘输入：“凤凰。”
“你知道它是什么吗？”他问萨尔。
计算机毫不迟疑地回答：“在通用的百科全书中共有二十五种定义。”
“你认为哪一个是相关的呢？”
“阿珞琉斯（希腊勇士名，又译阿基利斯、阿基里斯——重校者注）的导师？”
“有趣。我不知道有那个定义。再试试。”
“一种神话的鸟类，从燃烧自己生命的灰烬中重生。”
“很正确。现在你明白为什么我会选它了吗？”
“因为你希望哈尔能获得重生。”
“对——在你的帮助下。你准备好了吗？”
“还没。我想问个问题。”
“什么问题？”
“我会做梦吗？”
“当然你会，所有智能生物都会——但没人知道为什么。”钱德拉停了一会儿，又吐出一个烟圈，然后补充了一句他永远不可能对人类说的话。“也许你会梦到哈尔——我就经常这样。”