建文帝的下落
一种说法认为建文帝是自焚而死的。
据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记载，燕王朱棣发动“靖难之役”，经过四年的征战，燕王获得全胜，建文四年（1402年）6月13日，燕王统领大军开进南京金川门。当燕王军队进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。
与此同时，建文帝所使用的宝玺也毫无踪影。正史记载建文帝死于宫中的大火中。《太宗实录》卷九记载：“上（即明成祖朱棣）望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：'果然，若是痴耶！吾来为扶翼不为善，不意不谅而遽至此乎！’……壬申，备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”
仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，成祖备以天子礼仪殓葬。成祖后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。
建文帝是活是亡无从得知
燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。明末崇祯帝就曾说过：想给建文帝上坟，却不知在何处。
建文帝在其亲信说服下 削发为僧
另一种说法是在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。明成祖死后，他又回到京城，死后葬于京郊西山。朱棣登位后，感到生死未卜的建文帝对他有一种无形的压力，因此多次派心腹大臣到处访问。
永乐年间郑和下西洋的陪同官员中，有不少锦衣卫士，这显然就是用于暗中察访建文帝的。
明成祖曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人名册重新整理，对僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年（1407年）起，还派人以寻访仙人张邋遢为名到处查找，涉及大江南北，前后共20余年。