战时出任行政院长，明言不培植个人势力
七七事变发生的第二天，中国共产党中央委员会发出了《为日军进攻卢沟桥通电》。第三天，中国工农红军领导人毛泽东、朱德等致电蒋介石，要求红军开赴前线，对日作战。7 月15日，中共代表在庐山将《中共中央为公布国共合作宣言》交给蒋介石。17日，蒋介石才在庐山发表讲话，做出了“拼全民族之生命，以求国家生存”的抗战姿态。
9月22日，国民党中央通讯社发表了中共代表7月15日提交的《中共中央为公布国共合作宣言》，23日，八路军115师在晋西北伏击日军坂垣师团，取得了著名的“平型关大捷”。同日，蒋介石发表谈话，承认共产党合法化，第二次国共合作实现，抗日民族统一战线初步形成。
国内抗日高潮兴起，孔祥熙在海外再也休养不下去了，遂于国共合作实现的第二天，携家眷自意大利乘“维多利亚号”客轮起程回国。
孔祥熙到达马尼拉时，从菲律宾方面得到一份情报，日军不顾国际准则，准备中途登船，劫持孔祥熙这位中国国民党政府高级官员为人质。为防止意外，孔祥熙即在马尼拉改乘飞机，直飞香港。然后从香港换上了法国邮轮“海素号”，于10月18日到达上海吴淞口。
孔祥熙出国之时，国民党当局对他此次出访寄予厚望，希望他能够说动美、英、法、德诸国，向日本施加压力，延缓日本帝国主义侵华步伐。所以上海码头人声鼎沸，高官致词，鼓乐相送，好不热闹。然而，他未能承担起这样的重任，就在他在海外游说的时候，战争已经强加到了中国人民头上。如今，他回到上海时，日本鬼子对上海的进攻正在疯狂关头。孔祥熙不敢让轮船靠近码头登岸，遂由法国领事带一艘小船秘密靠近客轮，把孔祥熙一家偷偷接下来，在法租界的大马路码头乔装上岸。不要说没有盛大的欢迎场面，就连真实身份都不敢声张，两相比较，也只有吁嘘感叹。孔祥熙看到昔日繁华的大上海正在日军炮火下呻吟，到处弹痕累累，死尸横陈，满目疮痍，他悲怆、愤怒而又心寒，不敢停留，立即登上汽车，在中国上海守军的掩护下，直奔南京而去。
蒋介石指挥的淞沪作战失败，日军步步进逼南京，这座国民党的首都也眼看朝不保夕，高官富商们正匆匆做着撤退逃跑的准备。已复任行政院长的蒋介石还是为孔祥熙设宴接风，夸奖了几句出使有成之类的话。孔祥熙不敢领受，说了些弱国外交艰难，战争一起，靠人人跑、靠墙墙倒之类。
蒋介石大声说：“不！庸之兄此次出访成绩是很大的，起码打过招呼的国家不会一下子站到日本方面，为侵略者张目，这是一；其二，订购了一批武器和军火，这对我国抗战无疑会起到积极作用。”委员长嘉勉，其他人也就乘机恭维，说什么孔副院长有外交天才，在艰难之中取得成就，敬佩敬佩之类。然后推杯换盏，饮了几杯。
蒋介石指挥的淞沪会战失利，日军一举进逼南京，到12月13日，南京失守，如豺狼禽兽般的日本鬼子进入这座六朝古都，在松井石根的指挥下，日军进行了长达6周的灭绝人性的大屠杀，杀害中国军民30多万人。
国民党政府撤到了武汉，华北、华东战场日军步步进逼，连连得手，疯狂的日军侵华总部叫嚷要“3个月灭亡中国”。蒋介石眼看如此下去，不仅国将不国，委员长也将无立足之地，不得不集中精力用于军事方面。于是以“身为最高统帅，前方战事紧急”为由，提出辞去行政院长职务。
谁来接替行政院长职务呢？蒋介石思考再三，宋子文虽然同样有才，又在西安事变中出了力，但是他当年任财长时恃才傲物的劲头半分未减，如果出任院长，更难控制。而孔祥熙就不同了，一是西安事变期间，孔祥熙曾代院长，工作还算尽职，各方反映不错；二是孔祥熙为人随和，政敌不多，可能较好通过；三呢，是最主要的，就是孔祥熙历来惟蒋之命是从，极好操纵，他好像没有个人野心，不会窥视最高权力、对蒋构成威胁。于是想让孔祥熙继任行政院长。蒋介石先在党内征求意见，结果国民党元老派居正、于右任、覃振等也都支持孔祥熙出任。二陈的CC系势力虽旺，算来算去，自感资历尚浅，还轮不到院长地位，也就顺水推舟，表示拥护。CC系的算盘是，以对孔的支持换取孔的合作，以后联手抵制咄咄逼人的政学系和复兴分子。
1939年1月3日，孔祥熙正式在汉口就任国民党政府行政院长。
“哈哈，潘益民看相蛮灵嘛，果然是‘一人之下，万人之上’！”回到家的孔祥熙心里想着，却无人可以发番感慨，因为霭龄到香港去了，对于其他人，这话当然是不便说的。
“孔院长，这么大的喜事，是不是庆祝一下？”谭新光提议说。
“不不不，国家正在遭难，我不能不顾国家的灾难而对个人升迁表示高兴。”
“孔院长言之有理！其实我也不主张去搞什么庆祝，给人口实，授人以柄。我想说的是，孔院长这次拜相，既得到了元老派支持，也得到了CC系的拥护，应该乘答谢这些人之机，同他们建立密切联系，培植自己的羽翼，巩固政治势力。那么不出几年，在全国人的眼里，就不只是‘孔家财’，还会出现一个‘孔家党’，到那时，您就会成为一个权倾天下、跺一脚九州乱颤的伟人……”谭新光说得极富于煽动味，专等孔祥熙一高兴，给自己也封个什么大头衔。
“嘻！”孔祥熙立即变了脸色，“我孔某今天能够上来，完全靠的是蒋先生支持，我就知道死心塌地为蒋先生效劳。蒋先生哪天不信任我，我立即滚蛋！联合那班人有啥道理！”
谭新光嘿然而退，他拿不准这是孔祥熙踌躇满志的得意之语，还是发自内心的真实感受。
增税印钞票，全力维持战时财政
抗战开始，国民党庞大的政权机构已明显不适应战争状态下的实际情形，所以在孔祥熙上任前的1月1日，国民党政府就颁布了一个《调整中央行政机构令》，它规定：
一、凡工作因战事影响，不能继续进行之机关，暂行停办或裁撤；
二、凡工作因与战事无关，不必进行之机关，暂时停办或裁撤；
三、凡某一机关之工作与另一机关之工作性质重复者合并之；
四、凡工作有继续进行之必要之机关加强之；
五、凡工作有进行之必要，而尚无机关者创设之。
孔祥熙上任后，随即按照这些原则对政府机构进行了大规模的调整，撤并机构，裁汰冗员，区分职责。例如他把原来的行政院的实业部，军事委员会所属的第三部、第四部、资源委员会、工矿调整委员会、农产调整委员会，国民政府所属的建设委员会，全国经济委员会所属的水利部门等，共十几个部门，一并纳入一个新设的经济部。原来五花八门的这部那部这委员会那委员会，一下子变得清爽多了；机构重叠、职能交叉、遇事只知争利、有了责任互相推诿、谁也不肯负责的局面有了扭转。
“庸之兄，你搞得有一套嘞，现在机构真有了战时经济体制色彩，推行抗战的经济措施这下不愁没法实施了呀！”国民党元老居正由衷地夸奖孔祥熙。
“不敢不敢！孔某的办法都是蒋委员长出的，都是蒋委员长的英明决策！”孔祥熙出言谦逊。
背过脸去，居正就给人讲了：“这个老孔，本事是有的，可惜怎么总带着一股奴才腔！”林森说：“他就是这么个人，全靠这股奴才腔才爬上高位嘛！”
于右任大胡子说：“奴才腔？那要看跟谁，换了你这个元老试试，换了这个场合试试，他有厉害的时候哩！”
是的，孔祥熙为强化对战时经济的统治，不少时候也很有点沙皇般的铁腕。比如，前一年日本鬼子“八一三”进攻上海时，上海、南京等地立即出现了挤兑风潮。远在国外访问的孔祥熙得到消息，令各银行立即停业两天。到15日一开业，《安定金融办法》也出台了，它规定每户每周只能提取存款的5%，至多不能超过法币150元，防止了资金外逸。17日，又命令中央、中国、交通、农民4银行组成“四行联合办事处”，随后又改为“四行联合办事总处”，孔祥熙坐一处而牵全国金融的牛鼻子，说一不二，使抗战之初的金融得以稳定。
到1939年，蒋介石兼任了“四联总处”理事会主席，孔祥熙任副主席，他们两人就可以决定战时全国财政经济的一切问题。
1938年3月，华北伪联合准备银行成立，他们想方设法套购国民党政府的外汇，破坏抗战财政。孔祥熙当即规定一切外汇只能由中央银行在重庆办理，对日本帝国主义套购中国外汇的阴谋予以遏制。
国民党政府迁到长年浓雾笼罩的山城重庆之后，蒋介石的心情也被财政经济状况压得像蒙上了浓雾。终于他再也憋不住了，屈尊纡贵驾临孔祥熙的范庄别墅。
“庸之兄，现在前方的战争形势不妙，可我认为我们的经济形势更糟！有人反映订购武器弹药的经费不能及时到位。前方将士的薪饷经常发不了，一些政府部门甚至没有必要的办公费，都快要关门了！过去人们都说你是一位精明的理财家，但今天你得给我说说，这究竟是怎么搞的？”蒋介石气没喘匀就朝孔祥熙嚷起来。
“介兄，这你应该明白呀，去年全国的三税（关税、盐税和统税）加上特税，收入不过5亿元，可现在光每天军费开支就要500万元，一年下来就是18亿元！如果再加上政府部门的其他开支呢，5亿元怎么能够应付过来？”孔祥熙慢条斯理地说。
“当然你认为你很有道理，可我现在不要听那些数字，我要问你还有没有办法弄到钱，是用于支持抗战的钱！”
“弄到钱的办法我当然是有的，山西理财家的特点就是在最穷的地方筹到钱，但是这需要委员长的支持！”
蒋介石哈哈大笑：“先告诉我办法。”
“第一，实行《公库法》。战时国家财政，贵乎机动集中，统筹调度。在各省市县均建立公库，一切收入均集于公库，实物在各地，而账目和支配权则在中央，军队可在各地调用，而管理者却不能中饱私囊。说到底就是物在当地，而权在中央。”
“妙！”
“第二，增加税收。战时筹款办法有7种：借债、增税、发钞、募捐、动用战备储金、变卖产业、征发。而其中又应以增税为主。理由有四：一是增税永远不需偿还；二是备充公债基金，维持国家信用；三是有力出力，有钱出钱，负担公平；四是课奢侈品以重税，这是战时特殊政策，无人能说是非。”
“好主意！”蒋介石脱口而出。
“但是，增税也有缺点。”
“噢？增税是好事，咱们政府能多收钱，有什么缺点？”蒋介石不明白。
孔祥熙不得不解释：“增税手续繁琐，你总得给人说个理由，什么增，增多少，都得说个明白，而收入却较慢。这是一；其二，人民感受痛苦，影响作战意志；其三，产业负担较重，妨碍经济恢复。”
蒋介石挥挥手：“现在是要钱第一！没钱我们就得立即完蛋，就是饮鸩止渴也得饮，剜肉补疮也得剜！”
“好！有委员长这话我就放心干了。我打算用新三税代替旧三税。哪新三税？就是货物税、直接税、食盐战时附加税……”
“好了好了，具体办法我不要听，你只管去办。拿回钱来你就是好院长，我也是好委员长；拿不回钱来你就是笨蛋窝囊废，我也不认你什么连襟一担挑，也不认你过去功劳多大，你就下台滚蛋！你骂我什么王八蛋我也不管。”蒋介石直言不讳。
孔祥熙心里不悦，还得接着讲：“筹钱的第三个办法是举借内外债。借债的优点有五：一是得款迅速，可以应急；二是得款易多，便于支持战费；三是人民不感受压迫；四是利用游资，不伤国民经济；五是使后人分担战费……”
“高！你就去借债，越多越好！让子孙万世来负担，反正咱们只管借来花，百年之后一挺腿，后事管他娘！”蒋介石听得心花怒放。
“话是那么说，可借债也有弊端。一是不能长期持久。你想光借不还，谁还愿意借给你？二是战后财政难于整理。三嘛，易使社会信用膨胀，造成物价上涨。”
“那你不要管，只要能借到，就先借来用，其他事情以后再说嘛。”蒋介石大度得很。
孔祥熙点点头接着说：“筹款还有第四个办法，就是大量发行钞票。”
“你跟宋子文不是常跟我讲，发行一元钞票得有一元黄金或白银的准备吗？如果有黄金白银我还发愁什么经费？你这不是说和不说一样吗？”蒋介石迷惑不解。
“哈！那是平时说话，现在是紧急时刻。过去发行的钞票都是有黄金准备的，现在就顾不得了。政府要用钱，就让印刷厂印，然后拿来就去买东西……”
“那，那不乱了套？”蒋介石对这个办法不敢轻易表态。
“只要我们控制住数量，悄悄干，一时也显不出来。既可应急，又能刺激生产。好处是收入迅速，数额易多。”
“只要老百姓不起来造反，你就只管去干好了！”蒋介石也顾不了那么多了。
“委员长这么痛快，这维持战时财政我就有办法了！”孔祥熙满怀信心。
有了蒋介石的首肯，孔祥熙筹钱的路子立即宽了起来。四手并用，果然让蒋介石感到不再受钱掣肘。但是老百姓很快吃了苦。比如增税，在国民党统治区竟到了一把扫帚收1元税，一个粪箕收5角，一把锅刷收3角，农民自织一匹土布，要剪下2尺作税捐。在四川，竟到了一只鸡、一个蛋、一棵葱都有税的地步。国民党政府发行的债券也名目繁多，什么救国公债、建设公债、军需公债、国防公债、赈灾公债，不一而足。到1944年，已发行法币公债150亿元，外币公债3.2亿美元。加上发行中的营私舞弊、摊派不公，各种公债无一不信誉扫地。短短时间内，举借的外债有美国7亿多美元，苏联3亿多美元，英国1亿多英镑，还有德国、法国、比利时等一大堆。还本付息直把国家经济压得喘不过气来。滥印钞票更是灾患无穷。到1945年，国民党政府已经凭空滥印了比战前多出800多倍的票子，致使物价像脱缰的野马，狂奔如飞。法币1元钱的购买力，1938年顶战前6角，1939年就只顶2角8分，1940年只顶8分钱，1943年顶5厘，到1945年6月，就只顶5毫了。就是说战前1元钱的东西，这时用2000元还不一定能买来。这叫老百姓怎么活？孔祥熙理财虽然把蒋介石政府维持了下来，却让全国人民受到极大压榨，几乎断绝了生路。
恢复旧制，解决战时粮食供应
孔祥熙的四条筹款办法如同四只大耙子，把全国民众的钱都搂进了蒋介石政府的腰包，蒋介石自然眉开眼笑，对他嘉勉有加。可没过多久，蒋介石又把孔祥熙找到了他的黄山别墅。
这一次蒋介石不先开口，只管皱着眉头喝他的白开水。重庆的天气虽然湿热难耐，但这个样子却让孔祥熙浑身发凉。
“委员长……”孔祥熙战战兢兢，不知老蒋葫芦里要卖什么药，也不敢再像高兴时称他介兄了。
“噢。”蒋介石仍然满脸阴沉，还是不讲话。
孔祥熙站了起来：“委座，是不是我……”
“你坐，你坐。”
孔祥熙抖抖瑟瑟地屁股刚挨沙发，蒋介石把水杯“咚”地往桌上一摔，自己呼地站了起来，朝孔祥熙吼上了：“你的四条筹款办法，我都让党内和政府通过了，没说的吧？嗯？钱是多了，可当下是战时，我的军队是要吃粮食的！拿你的钱弄不到粮食，难道让军队吃你那花花绿绿的纸票子？嗯？你说你说，当年萧何给刘邦的前线送去的是粮食还是花纸头？”
这一下孔祥熙才明白今天老蒋为什么发火，原来要了票子还要实物，要就要呗，发什么邪火？孔祥熙干咳两声才慢吞吞开了口：“战时是应考虑实物供应，军民更是以粮为本。对此我已有想法，只是还不太成熟，多谢委员长提醒，一周之内，我保证把筹措粮食的办法拿出来。”
“失职，失职！身为行政院长，这么重大的事情自己不考虑，还要我来提醒！什么一周之内拿出办法，我让你一周不吃粮食等办法你等得及吗？三天，我要你三天就拿出办法来！”蒋介石大耍威风。
“好吧，那就三天。”孔祥熙憋着一肚子气走了出来。
“达令，孔圣人给你搞战时财政，抓那么多钱，多不容易！可你今天说话态度太糟糕，让人出力，总得好话好说嘛！”孔祥熙一走，美龄出来抱怨蒋介石。
“我让他占这么高的地位，他总得多出力才行！再说老孔这个人，不挤不出油，诈他一下，他的办法来得就快啦！”蒋介石犹自为自己的劣行狡辩。
“那不行，让人心里不愉快，总不是什么好事情。我看大后天你找个名目请客，把气氛搞好点，再让人家谈谈想法，谁不知道在这里大事小情最终都还得你拍板。你不说话再好的主意也实行不了嘞！”
“由你由你，我不管，反正我要他三天拿出办法来。”
孔祥熙果然有些办法，很快就提出了解决粮食问题的方案。他向蒋介石说：“抗战以来，物价飞涨，而粮赋仍以货币征收，战前的田赋标准根本买不到多少粮食，显然失当。这也是造成军民粮食供应不足的主要症结。为解决这个问题，我准备恢复旧制。”
“嗯，什么旧制？”
“一是1927年以前的旧制。1927年前，所有财政素无中央地方之分，一切收入均归中央。南京国民政府成立以后，才把田赋税划归各省。恢复旧制首先是恢复1927年前的旧制，把征收权收归中央……”
“好主意！这么大的权力为什么不归中央？嗯，这事早该办，你们，你们，到现在才提出来……”蒋介石又要指责，被美龄狠狠瞪了一眼，于是接着说，“你往下讲，往下讲！”
“二是恢复明朝嘉靖年间的旧制……”
“什么？恢复明朝旧制，你怎么不恢复周朝旧制？”蒋介石兜头拦住。
孔祥熙低下头不吭声了。
等了一会儿无人说话，蒋介石又催开了：“往下说啊！”
孔祥熙说：“你要不同意，这一条就算了。”
蒋介石说：“什么旧制我还没明白，你怎么知道我不同意？我说不同意了吗？”
宋美龄望着天花板：“今天谈话进行得很艰难，如果委员长心情不好，我看是不是先吃饭，以后找机会再谈啊？”
蒋介石知道美龄指的是什么，马上说：“不不不，我们接着谈，我对孔院长的建议很感兴趣，我想早点知道。”
孔祥熙这才接着说：“明朝嘉靖年以前，田赋征收的都是实物，即粮食油料等。嘉靖年间实行了‘一条鞭法’，将田赋实物税改为货币税，它的好处很多。但现在战争期间，粮食已经成为重要的战略物资，我的想法还是恢复征收实物，由政府直接控制……”
“好的好的，政府直接收取粮食才有用，要票子你的工厂就能印嘛……”蒋介石这回倒眉开眼笑。
孔祥熙的田赋征收办法一出台，各省县都设立了田赋管理处，省财政厅长和县长兼任处长。各征收点的设立以让农民往返不超过60里为原则。可谓征网密布。
孔祥熙规定原来田赋每元折稻谷2斗，不产稻谷之地折其他杂粮。不久又将1元折2斗改为折4斗。每到征粮季节，孔祥熙要求财政部派50人以上赴各省监督。各省则派200人以上到各县，各县市则全体出动。孔祥熙还在各地聘请通讯员1000多人，直接与财政部联系，对征粮秘密督察，遇有情况直接报告。这些措施，确保了各地征粮任务的完成。如1941年征粮4500多万石。1942年征收6600多万石，1943年征收6400多万石，1944年征收5400多万石，年年都超额征收。征收实物，军队的粮食供应上了，政府公务员也免费供粮，确实给蒋介石解决了极为头疼的大问题。