六君子全部被害死，“六君子案”却不能算结束，因为此案的“肇始者”熊廷弼还没有处理。
六君子一死，熊廷弼当然也就活不成了，为什么呢？
明末有人说：“当时失封疆者，不独一熊也，杨镐、王化贞安坐福堂，而独杀一熊，熊不死于法，而死于局。”（《三朝野记》）这话说得不错。这里所说的“福堂”，是指刑部监狱，当时人认为刑部监狱与诏狱比起来，不啻是天堂。
熊廷弼难逃一死的原因，首先当然是魏忠贤收受贿赂不成，感到受了愚弄，因此他“誓速斩廷弼”。老魏一发火，谁还能有生路？
其次，就是六君子因“受贿”被拷掠死了，而“行贿人”岂有活下来的道理？因此熊廷弼必须死，一则是为了平息舆论，二则是为了灭口，让“封疆贿案”成为“服万世人心”的铁案。
其三，熊廷弼本人对“行贿案”的态度，也注定他必死无疑。熊廷弼是条好汉，不因杨涟、魏大中曾经力主要判他死刑而衔恨，反而在狱中写了一份揭帖（宣传单），力辩杨涟等人绝无受贿事，让人带出去广为传播。这个釜底抽薪的义举，激怒了魏忠贤，他焉能不死？
最后还有一条，就是直接促成熊廷弼掉脑袋的人，是阉党的冯铨。当时坊间有一部绣像小说（带插图的章回小说）《辽东传》刊行，里面专有一章是“冯布政父子奔逃”，写的是冯铨的老爸冯盛明当年临敌脱逃的事，大概是把胆小鬼嘻笑怒骂了一通。冯铨读了后，又羞又怒，疑心是熊廷弼指使人所撰，于是心生歹念，要把熊大人立马搞死。
本来阉党关于杀熊廷弼的舆论，是从六君子被逮入京时就开始发动的。先是实习御史门克新受魏忠贤指使，于五月初五上疏“请立诛熊廷弼”。可是在内阁票拟时，阁员们谁都不愿承担这个杀封疆大臣的恶名，于是建议推迟到秋后再说。
天启对此很愤怒，发回让内阁重议，内阁却以当下的行刑时间不合祖制为由，再次拒绝。
可是，熊大人必须得死，总要有个人出头来背这个恶名。
这个人，当然有！
到了八月二十一日，也就是杨、左、魏三人已经殒命后，冯铨趁着在文华殿讲筵之机，从袖中拿出一本《辽东传》呈给天启看。他说：“此书为熊廷弼所撰，流传市面，掩饰夸功，希图脱罪。天启翻开一看，文字很浅显，哪里会是进士出身的熊廷弼所撰，但是狼要吃羊，有个由头就行，管他娘的那么多！于是他下诏，让内阁速议处决。
内阁其他人仍是不愿沾边儿，冯铨恰好是八月份入的阁，就由他起草了诏书。按例，票拟文书入宫后，由王体乾先行审阅，王看完后说：“这明明是小冯欲杀熊家，与皇爷何干？”他建议，请皇帝御笔加入“卿等面奏”之语，把杀熊廷弼的责任推到内阁身上。
八月二十五日，皇帝修改过的诏旨下达，里面果然把进呈小说的情节详细写出，并且说是“卿等五员面献”，让内阁的人一个也脱不了干系。这道奏疏，对熊廷弼咬牙切齿，连“心怀不轨，辱国丧师，恶贯满盈，罪在不赦”等词语都用上了，命令立刻把熊廷弼给“决了”（《明熹宗实录》）。
天启为何对熊廷弼如此之恨？
因为熊廷弼遭遇的广宁之败、河西之失，是在天启二年，正是天启皇帝刚上任不久。这是一件很丢皇帝面子的事，天启耿耿于怀，总要找个人出气。他本来对熊廷弼寄予厚望，结果如此令人失望，他也就选中了熊廷弼来撒气。
第二个原因，是新上任的领导，往往对前任领导所信赖的重臣有很微妙的心理，不愿意重用、不放心使用，甚至要找个茬子干掉。新领导总愿意使用由自己发现、或自己提拔起来的干部。熊廷弼在第二次出山后，权力远不如万历年间，此外还有一个嘛也不懂的王化贞在掣肘。这就是“一朝天子一朝臣”在起作用。
最后还有一个原因是，天启也是一个很懂军事的人，对辽东方面的战略形势，他并不糊涂。可能是看出了熊廷弼“最后的奔逃”是在跟他赌气，因此不愿饶恕老熊。
皇帝有了处决令，魏忠贤心花怒放，但是他知道这熊大人可不是一般人。熊廷弼在辽东镇守多年，颇得人心，部将衷心拥护，万一有个不听邪的家伙带一帮死士来劫法场，那就麻烦了。于是，他让内阁议一个妥善的处决办法。内阁议来议去，也拿不出什么好办法——哼哼，最好就是不杀。
最终，还是魏忠贤的同乡、阉党内阁的黄立极说了一句：“半夜传旨，即能了结。”这一句话点醒了魏忠贤，就是这办法好！半夜下旨，也就意味着要立即处决，等不及天明拉到西市（明代刑场，在今北京西四）去了，只能秘密处决，干净利落。
大约在八月二十六日，凌晨的五鼓时分，有宦官手捧驾帖（提人手续），来到刑部监狱提熊廷弼。当时掌提牢的是刑部山东司的主事张时雍，他睡眼朦胧地一看来人，就知道熊大人今晚休矣！
张主事连忙叫来牢头，吩咐撒个谎，把熊老爷哄出来。
熊廷弼一听说要他出去一下，立刻就明白了：日子到了！他从容起身，沐浴梳洗，换了一套干净衣服，把一份早就写好的奏疏放在一个小布袋中，挂于胸前。这份奏疏，是一篇申辩文字，此外还有他对边防的一些建议。
忠心耿耿的人，死到临头也还是忠。国家固然是皇上说了算，但是国家并不等于就是皇上。天下的事，总有一种东西，是超越一家一姓而永恒的，那就是“青史”！是非黑白，瞒得了一时，大抵总瞒不过三十年！
熊大人雄才大略、正直一生，自信无愧于天地间。他抖抖衣服，稳步迈出了狱室。
一出门，他就大声说道：“我是大臣，必当拜旨，岂能草草从事！”
牢头将他引至庭中，见到张主事和宦官，他还想说话。
张时雍抢先说道：“芝岗（熊之别号），你失陷封疆，应得一死，还有什么话说呢？”
熊廷弼闻听此言，一怔，当下默然。
张时雍看见他胸前挂的小布袋，便问：“袋中何物？”
熊廷弼答道：“辩冤疏！”
张时雍冷笑说：“大人没读过《李斯传》？不知‘囚安得上书’？”
熊廷弼傲色不改平日，斜睨了张司官一眼：“是你未读过《李斯传》吧，此乃赵高之语！”
张时雍竟一时哑口无言。稍后，才回过神来，请熊大人将奏疏解下来，交给他暂时保存，天明后复命时将为他代奏。
熊廷弼解下布袋交给张时雍，轻喝一声：“拿笔来！”
接着，提笔书写绝命诗一首。诗曰：他日倘拊髀，安得起死魄？
绝笔叹可惜，一叹天地白！这诗的意思是说：他日若想重振雄风上沙场，一个死魂灵又怎能复活呢？绝笔之时只叹可惜了一腔抱负，这浩叹能令天地失去颜色！
高山仰止，庸碌小人即便攀梯又焉能及！
绝命诗写罢，掷笔，从容就戮。
熊廷弼气概凛然，挺立不跪。刽子手无法，只好迎面而砍，一刀只及颈半，又慌忙从另一侧补上一刀，状极惨烈！
可惜，熊廷弼临终前写的辩冤疏，因张时雍怕事，没有递上去，而是偷偷毁弃了，未能流传下来。
天启杀了熊廷弼，仍不解气，下诏传首九边（明朝北方的九大军区）。
传首九边，有何用？无非使将士寒心、仇敌雀跃而已！
从此熊大人身首异处，尸身弃于漏泽园。直至崇祯二年（1629），才允其子收拾骸骨头颅归葬。
熊大人归天后，正在前线御敌的袁崇焕闻讯，悲愤难抑，随即赋诗二首，哭熊经略。
其诗句曰：“才兼文武无余子，功到雄奇即罪名！”
是啊，功到雄奇即罪名。谁说古人都是愚忠呢，他们都能够看得清、看得透。
可是，看透了又能如何？
有个武弁叫蒋应阳，按捺不住，某日为熊大人喊冤。第二天，就有人在在乱草丛中发现他的尸身，疑是被东厂诛杀。太仓进士顾同寅、生员孙文豸作诗悼惜熊廷弼，为兵马司缉获，被斩。
最令人切齿的，是“死者长已矣”，却又不让你生者能偷生。天启下令，将熊氏家属驱逐出京，不得在京居留。紧接着，又有阉党梁梦环蹦出来，诬告熊廷弼生前曾贪污军资十七万两银！