陈水扁当选后，初期主打中间路线，慈湖、头寮保存如故。
不过2004年1月27日，蒋经国遗孀蒋方良与蒋纬国遗孀蒋丘如雪共同具名盖章，写信给“国防部长”汤曜明，希望让“两蒋”安厝至汐止五指山“国军公墓”，为“两蒋”移灵或奉安问题提出新说法。
当时正值2004年台湾大选前夕，“连宋配”一路看好，宋美龄则是在美国亡故，因此蒋家以不愿续耗台湾财力、物力并履行“两蒋”勤俭作风为由，提出让“两蒋”入土为安的构想，也是考量到国民党即将重新执政的大环境等因素，也凸显“两蒋”毕生以部属、军中同袍为重的精神。当时蒋方良还指定蒋纬国之子蒋孝刚为家属联系窗口，与“国防部”配合。
不过“三一九”的两颗子弹改变了整个局势，蒋家自然也把迁葬的念头冷了下来。反倒是陈水扁兴致勃勃地指示军方依家属意愿妥善办理，并于2005年4月完成移灵安葬大典。因此台湾“国防部”迅速编列新台币2700万元预算打造了五指山墓园“两蒋”墓区，号称“蒋陵”。
蒋陵为面积约825平方米的扇形墓园，匾额由秦孝仪手书。
“内政部”也编列新台币1200万元准备为移灵筹备工作招标，好让“两蒋”入土为安。陈水扁还在2005年7月1日，特派李元簇等21人为移灵奉安筹备委员，准备大张旗鼓地把“两蒋”安葬之事搞定。
整个墓园工程在台湾当局的催促下，只剩功勋石材刻字尚未完成，其余大致就备。2005年7月间，台湾官方已打算展开移灵作业，没想到一场大雨让通往“陵寝”的唯一道路发生50年来罕见的泥石流，花了10天才把道路打通，但提案移灵的徐乃锦又突然重病住院，4个月后离开人世。之后更因蒋家内部意见不一，蒋孝严甚至要求“两蒋”移灵不要在民进党执政时代举办，导致已完工的蒋陵持续延宕、闲置。