1975年4月5日深夜，蒋介石逝世于士林官邸，慈湖宾馆也步入历史。蒋家当夜即将蒋介石遗体移往台北“荣总”，进行一定防腐措施后，“荣总”连夜将遗体放入冰柜，自此到大殓期间，由6名侍卫官轮流守灵。宋美龄随后则回到士林官邸，蒋经国在这个过程中一直陪着宋美龄，直到把宋美龄送回房里才下楼返回七海官邸。至于蒋纬国则因为与儿子蒋孝刚去台中为养母姚冶诚扫墓，所以并没有回到士林官邸。
当时国民党除宣布台北市立即戒严外，也针对全岛发布30天宵禁，电视台彩色画面也转成黑白色调。隔天，国民党宣布一个月时间为“国丧期”，禁止娱乐、宴会及庆祝，军公教人员一律着素色服装、挂黑纱。
家属也从4月6日开始讨论陵寝问题，蒋经国很早去勘察桃园角板山与慈湖两处停灵地点。由于宋美龄指定要用铜棺，当时全世界只有美国一家公司生产，时间又特别赶，孔家大少爷孔令侃因此赶到这家公司的香港分公司订购，一度还没有着落，最后还是由华航专机于4月8日将铜棺运回台湾。铜棺长213厘米、宽76厘米、高60厘米，并在铜棺上方由木工临时用亚克力板制成透明防尘盖，供民众瞻仰遗容。
陵寝位置方面，据说起先提出日月潭慈恩塔、复兴乡角板山、慈湖和阳明山中兴宾馆四个地点，不过因为慈恩塔太远、中兴宾馆湿气太重先予排除，角板山虽是蒋介石深爱之地，但交通情况不佳，一路都是狭小弯曲山路，短短几天内拓宽不及，殡葬仪队根本无从行进。
所以蒋经国请示宋美龄后，才决定奉厝慈湖。此时，远居美国旧金山的爱女蒋孝章，协同夫婿俞扬和回台奔丧，让蒋经国的伤心稍减。甚至日后在他发表《守父灵一月记》文章时，也直称俞扬和为“婿”，等于化解了先前因为爱女婚姻风波中，对俞扬和的不满，三人之后还曾联袂到慈湖视察奉安地的安排状况。
4月9日，蒋介石大殓，化妆师当时提前把遗体从“荣总”冰柜中抬出来，等到冰慢慢退去，把水擦干后，才依照浙江老家习俗，自颈部以下全用丝棉裹起来。蒋经国为蒋介石穿上呢制的蓝色长袍及黑色马褂，胸前佩“采玉大勋章”与“青天白日”“国光”勋章。宋美龄则在棺木中放置了《圣经》《唐诗》《荒漠甘泉》，以及一本孙中山著的《三民主义》。蒋介石日常常用的礼帽、手杖也被放置在内，家人并在灵前哭祭。
之后，由继任“总统”的严家淦率众官员为蒋介石举行移灵礼，中午12点，灵柩由侍卫抬上灵车，随即在宪兵与三军仪仗队引导下，开往孙逸仙纪念馆供民众瞻仰5天，上百万人沿街跪拜，灵堂由白菊花、松树装置，居中是宋美龄所献的素色十字架。蒋经国自当天开始天天夜宿于灵堂后，并向致祭者答礼。
宋美龄隔日上午与蒋经国一同前往慈湖探勘陵寝用地与设施，蒋经国也指示蒋孝武与蒋孝勇留在慈湖，督导“荣工处”尽快完成陵寝布置工程，“荣工处”在短短12天内，将慈湖陵寝相关设施和周遭出入道路赶工完成。不过因为太赶，牌楼以及步入陵寝前记录蒋家家史的“蒋金紫园庙碑”，都是日后补做完成的。
慈湖湖畔也新栽了民众捐赠的600株名贵龙柏，以感念蒋介石的贡献。
同时由于蒋介石忌讳，原本慈湖宾馆内摆设与装潢未用黑色与墨绿色，如今为改成陵寝，外墙也赶砌上黑色大理石。慈湖宾馆正厅改为灵堂后，室内仅中央有一座大理石廓，左右一套红木桌椅，四周的长明灯、地毯与窗帘都改成肃穆的色调，不复往日的家居气氛。
最后的奉厝典礼，由郝柏村担任指挥官。4月16日凌晨，蒋经国赴士林官邸，与宋美龄一同前往孙逸仙纪念馆进行移灵安厝，蒋家四代全员到齐，文官均穿长袍马褂，武官均着军礼服。上午8点进行大殓，再将一部“四书”置入后，由宋美龄带领盖棺，并覆以国民党旗、青天白日旗后进行追思礼拜，于9点30分鸣礼炮后起行。
百余辆车载着蒋家人与文武百官开往慈湖，包括宪兵前导机车24辆、乐队车4辆、仪仗车10辆，之后跟着先导车、“国旗”车、“党旗”车、“统帅”车、奉令遗嘱车、勋章车、遗像车、牧师车、灵车、宋美龄座车、严家淦座车、家属车、治丧大员车、送殡车辆等，为了避免熄火，还安排了干冰沿途为引擎降温，最后沿着高速公路与省道，约12点40分抵达慈湖，随即举行安陵典礼。
宋美龄当日下午即返抵士林官邸，蒋经国、蒋纬国则留下守灵。
蒋介石奉厝于慈湖后，蒋经国将当地更名为“慈湖陵寝”，并设立慈湖陵寝管理处，负责接待管理维护。办公地点原打算设在头寮，但因地点偏僻，所以决定在慈湖入口增建房舍因应。
遭逢父丧的蒋经国，开始长时间守灵以表示哀思，有时星期六、日住一两天，有时下乡在附近就来慈湖陵寝住一晚，或是在灵堂静思。蒋经国也在这段时间，于慈湖陵寝完成了记录父亲往事与自己心情的“总统蒋介石哀思录”在报上发表，深受好评。到慈湖谒陵也成为各个单位学校每年必定的行程，从而使慈湖、大溪一带形成新的旅游景点。1984年间，板桥林家也正式把慈湖土地无偿捐赠给台湾省政府，了结了30年来无偿租用土地的局面。
慈湖陵寝保持高度的肃穆性，各项设施与布置也陆续完善，例如现今慈湖陵寝外草皮上，就可以看到一块圆圆的大石头，这是当年华侨为庆祝蒋介石78岁华诞致赠的陨石，上面刻着大大的“福”字，底下则刻着“寿”字，代表“福寿全归”。
◆蒋介石乘坐的藤编轿子
20 世纪50 年代，蒋介石行至百吉隧道口，因座车无法继续前进，改乘轿子，绕经慈湖地区，发觉此地景色神似故乡奉化溪口，给蒋介石留下难以磨灭的印象。由于慈湖地区多未经开发，道路崎岖，交通不便，这部藤编轿子便成为蒋介石的代步工具，随他在第二故乡中走走停停，反复思量“反攻大陆”的“国光计划”，希望实现回到大陆的心愿。
◆五福临门屏风
进入陵寝，有一屏风，桧木材质，出自大溪雕刻重镇，全部手工雕刻打造。深褐色的屏风正反两面各刻有蝙蝠5 只，象征五福临门、五福献寿。中间正反各为“福”“寿”二字，象征福寿双全。屏风又名“照壁”，在风水学上有挡煞作用。对风水颇为讲究的蒋介石，在其行馆、官邸当中，时常能够看见造型精美、颇有来历的屏风。它们大多保存下来，记录着蒋介石岁月的点点滴滴。