之后蒋介石因为身体如江河日下，再也没有回到南部澄清湖等地度假。但即使蒋介石去世后，澄清楼依旧门禁森严，直到1991年才由省自来水公司第七区管理处收回管理权，开放民众参观。
目前澄清楼三楼保存蒋介石卧房原样，左墙挂了董其昌“无欲静虚”字书，二楼改为史料馆，存有日本政府在南京所递投降书、国民会议颁订的《中华民国训政时期约法》、“三七五减租”、孙文特任蒋中正为陆军军官学校校长的大元帅令，蒋介石手书的“新生活运动”训谕，以及蒋介石亲笔所写“千秋气节久弥著，万古精神又日新”对联一副，及“忠勇为爱国之本”《十二条青年守则》及墨宝等珍贵史料。
行馆一楼左侧是会议室，右侧是会客厅，正厅墙上悬挂蒋介石彩色肖像，两侧各有长形木质橱柜，上层为透明玻璃覆盖，橱柜上端墙上悬挂蒋介石与宋美龄、国外友人在澄清楼活动的黑白放大照片。原本是侍卫居住的传习斋则改为“救国团”青年活动中心，供青年活动住宿。
至于作战指挥中心也一度废弃近20年，从墙壁到器具几乎斑驳腐蚀殆尽。
最后由地方政府重新改装成水族馆，将通道改成水族箱，分深海稀有动物区、海洋珍稀展示区、海洋贝类区等不同区域，租给民间经营，并加注许多图解及说明后对外开放。
蒋介石心爱的钟楼则因敲钟不易，蒋介石去世后就未曾再响过，一直锁在顶楼直到民进党执政后才重新开启、响钟，作为一个新的景点。