1949年底，国共内战即将落幕，蒋介石于12月24日来到涵碧楼静思，他认为，国民党之所以在大陆惨败，是因为革命以党为基础，但他多年来致力军事与政治，“将党事委之他人”，以致败亡既速且惨，所以“今后不能不以党事为第一优先”。为了让党内有党问题一次铲平，蒋介石决定大动干戈，“彻底解散、重新组党”，目标锁定在非黄埔系的政军大佬及党内势力最雄厚的陈果夫、陈立夫兄弟与“CC派”。
相较于外界关注他何时复行视事的问题，蒋介石抱持着“缓图”的立场，而把注意焦点放在催促李宗仁来台以及国民党改造问题上。1949年12月30日，他在涵碧楼召集陈立夫、蒋经国、黄少谷、谷正纲、陶希圣、王世杰与国民党秘书长郑彦棻等人，连续两天讨论改造问题，他更在1950年元旦开年第一篇日记“提要”中写着“雪耻”，更写下“从前种种譬如昨日死，自后种种譬如今日生”两句警语。
蒋介石此时对外并不动声色，外人只看到他上午邀集党政幕僚到文武庙野餐，下午到涵碧楼开会，隔日上午则是在涵碧楼开会，下午泛舟湖上，似乎一派轻松，但事实上，情势可说外弛内张，通过改造案曝光，隐然释放党内将权力重组等信息。张群、吴忠信、张其昀等人也陆续抵达日月潭，表面上是跟蒋介石一同过年，事实上是为改造案做更密集沟通。蒋介石甚至在日记中直言，国民党如不改造，无异“自葬火坑，徒劳无功”。因此他要“湔雪全党过去之错误，彻底改正作风与领导方式”，“重整旗鼓，自力更生，以达成‘反共复国’之使命”。
因此1月2日、3日，大多数受邀前来的幕僚继续在涵碧楼研商改造具体方案，并由陈立夫担任主席。但当时陈果夫已重病不能视事，隐居台中，“CC派”唯陈立夫马首是瞻，与会者也心知肚明，如要纠正全党之弊病，自然就不可能绕过陈立夫与“CC派”这道门槛。
其实早在蒋介石下野避居溪口时期，他就曾当面对陈立夫等“CC派”人士发过脾气，直斥“共产党没有打败我，打败我的是自家的国民党”，更扬言从此不进中央党部，几乎让陈立夫下不了台。
尤其除了党内纠纷与派系争议，陈立夫曾于1948年受命赴美为共和党候选人杜威助选，在一片看好声中，杜威意外落选，国民党因而开罪杜鲁门与民主党，不但美国驻华大使司徒雷登曾直接要求蒋介石命陈立夫出国留学或解散“CC派”，1949年底，美方更直接转告赴美求援的国民党人士，陈立夫如不离台，别指望美援到位。不少国民党人士因此迁怒陈立夫，认为他要为一连串杜鲁门政府蓄意“去蒋”的动作负责。
◆蒋介石与妻子宋美龄在慈恩塔下留影。一对老夫妻，此时就像两个观光客。这一座新建造的塔，是否可慰其相思之情?
据陈立夫回忆，他当时在日月潭陪侍蒋介石“检讨国是与党事”时陈词，大陆失败是国民党历史上的大失败，“党、政、军三方面都要有人负责”，所以“党未办好及一切缺失，最好把责任推给我两兄弟”；他也建议，国民党改造应把他与陈果夫兄弟二人除去，由蒋经国主持。
对照陈立夫以退为进，并轻巧地想把责任分摊给“CC派”主持的党务、陈诚负责的军事与宋子文主管的财政头上，企图拉陈诚下水，“默然不语”的蒋介石已心有定见。他甚至语带威胁地对陈立夫说，国民党400多名“中央委员”见解分歧，无法集中力量对付共产党，因此“改造要旨，在湔雪全党过去之错误，彻底改正作风与领导方式，以改造革命风气；凡不能在行动生活与思想精神方面，彻底与共产党斗争者，皆应自动退党，而让有为之志士革命建国”。
陈立夫更没想到的是，蒋介石这次改造除了地方党部彻底换掉，连“中央”执行委员、“中央”监察委员都可以全数停权，甚至为一清耳目、澄清误解，蒋介石连党名都可以不要，在日月潭改造碰头会中，共提出6个更名方案，包括中国民主革命党、中国民主党、中国国民革命党、新中国国民党、中国国民新党等。蒋介石随即指示总裁办公室成立改造研议小组，针对会议结论提出具体推动方案。［不过相关消息陆续传开后，立刻引发“解散国民党”的联想，就连研议小组内，反对更改党名的人士更所在多有，不少人都担心可能让他人趁机沿用国民党法统，兹事体大。经过两个月密集讨论后，研议小组决定，国民党如需改名以建立新形象，建议改采“中国民主劳动党”，以扩大争取对象。倒是“中央委员”停权一事，研议小组内已几成共识。］蒋介石这次铁了心，他除了进行自我检讨与规划［1950年2月13日，正在筹划复行视事的蒋介石在日记中即写道：“此次复出主政，对于军政经济制度政策、人事组织以及本党改造方案皆未确定，恐蹈过去功亏一篑之覆辙，或不如过去之尚有所成也。故三十日之内必须积极准备，对于下列各项必须切实研究，有所决定也。”在下文中，蒋介石更用红笔勾出6个圆圈，每个圆圈后面是一项有待落实的要务，包括政府组织形式、干部会议纲领与人选、总体战实施程序与经济政策、监察制度与组织之实施、党的改造方针、台湾党政方针与人选。足见此时他对国民党改造工作的重视。］，并在2月间意有所指地对国民党中常会表示，之所以在胜利在望的情况下，落到今日这般田地，主要是因为把党务“交付给别人”，并且是宋子文“管理经济不当，使国家陷入混乱”所致。紧接着，党务改造研议小组方案曝光，形同清党，特别“CC派”能发挥相当大影响力的“中央委员”成了箭靶，项庄舞剑意味浓厚，立刻引发国民党内炮声隆隆。
当时多名“CC派”要角不但反对停止第六届“中央”执行委员会、“中央”监察委员会职权，在党内的谈话会中，也不赞成由总裁一人重新遴选“中央”改造委员会。部分人士甚至当着蒋介石的面，主张改革应由下而上，真正改变国民党体质，最好先由干部作成建议，再由蒋介石决定执行。
加上此时“CC派”在党内人事与政策上，若有似无地和蒋介石唱起反调，似乎重演国共内战时期党内秩序荡然的旧戏码，更使冲突越发严重。首先，蒋介石提名陈诚出任“行政院长”的决定原本已遭人讥笑斧凿痕迹过深，两人不堪其扰，但“CC派”除了对陈诚提出质疑，甚至由谷正纲出面，建议蒋介石用党内假投票方式摆平不同声浪。
“CC派”的做法让国际情势烦得焦头烂额的蒋介石勃然大怒，痛斥“无法无天”，是想重演行宪后首任阁揆提名，借假投票封杀张群的旧戏码，他甚至搬出不惜再度下野的筹划，反制“CC派”掣肘。紧接着，“CC派”不但没有稍加克制，而是通过“立法院”的势力，再度消极抵抗蒋介石指示，先是暂搁了与陈诚关系颇佳的刘健群接任“立法院长同意案”，更因为“行政命令授权案”，直接杠上原本想采取低姿态暂掩其锋的陈诚，陈诚多次愤怒地向蒋介石痛斥陈立夫其心可议，并不断要求请辞［“CC派”除了对蒋介石提名陈诚接任“行政院长”不表赞同，曾多次出言反对，遭陈诚痛斥“努力反对，殊为可恶”之外；陈诚接任阁揆后，又因为“行政命令授权案”杠上“CC派”。原来1949年之际，为杯葛李宗仁出任总统一职，让出任行政院长能有较大权限，不受李宗仁干预，国民党操控的立法院通过了一项提案，赋予行政院长超乎宪法的完全紧急权力，可用行政命令取代法律，但李宗仁赴美后已被“立法院”收回。陈诚就任后原希望获得相同的空白授权，“CC派”硬是否决“行政院”提案，让陈诚勃然大怒，公开批评“CC派”把持“立法院”，“行政院长”除陈立夫没人干得了，因此一再要求蒋介石同意他辞职，还指示“行政院”会中途散会。陈诚除了向蒋介石告状，甚至说出应该把陈立夫等人送到火烧岛拘禁的气话，情势格外紧张。］。一波波党内冲击让蒋介石怒不可抑，痛批陈立夫等人“不可救药”“不识大体”，甚至说，“从此了结，不再与问党事”。
1950年6月起，蒋介石为表不满，“中央”党部呈送公文一概不阅，原封退还，“中常会”也拒不出席，甚至停留在澎湖、高雄等地，国民党中枢乱成一团。表面看起来蒋介石似乎极其愤怒，与蒋经国讨论改造政党与整肃反动的决心，更在日记中自陈，“立夫‘CC派’对时局危亡的严重性，至今不仅毫无觉悟，且仍以过去大陆捣乱、助共、自杀之作风，专以争夺个人权利是务”，因此唯一救亡、死中求生之道，“不顾一切，先肃清内部、澄清政治、稳定基础”。
不过蒋介石也很清楚，改造等于要把整个党打破，牵涉到党工与党籍干部身家问题，必须做好彻底撕破脸的准备，但当时“军事未定”，解放军隔海炮击的威胁仍在，美国弃守台湾与蒋政权的局势已成，党务改造自无条件贸然实施。
◆ 1954 年“国民大会”召开第一届二次会议，通过国民党总裁蒋介石为第二任“总统”；关于蒋介石的连任，实则缺乏法律的依据。1948 年，蒋介石的总统之位是国民大会选出来的，而国大代表则由全国普选产生。蒋介石退守台湾后，再也无法在全国范围内举行“国代”选举，为延续其政权代表中国的“合法性”，只得以第二届“国大代表”无法产生为由，将第一届“国大代表”任期无限延长，成为“终身代表”。国民党当局在东拼西凑后，终于凑出了1624 名代表( 第一届国大应有代表2961人)，同时将“国民大会组织法”中有半数代表才能开会的门槛降低到了1/3，保证了1954 年蒋介石“合法”地蝉联“总统”。蒋介石终不是华盛顿，来台之后的“总统”头衔，一戴便是26 年。