在粤省四周军事斗争激烈进行的同时，广东护法军政府内部的斗争也愈演愈烈。在桂系军阀和非常国会中的政学系①的干扰破坏下，护法军政府的处境日趋困难，终于到了难以为继的地步。
经济上，桂系军阀对军政府实行财政封锁。广东本为富裕省份，每年收入约在一千五百万元以上，居当时全国之首。孙中山曾期望：“若能就其中筹款数十万为国会经费，则国会之基础定矣”①。但是，桂系军阀控制着全省的财政收入，根本不让军政府插手，并分文不给。军政府所负担的国会议员的薪水、陈炯明所统粤军的军饷和各项行政开支，仅靠从海外华侨中募捐，以致“极为竭蹶”①。粤督莫荣新看到军政府经济拮据的窘状，幸灾乐祸地说：“孙某之政府，空头之政府也，彼无兵无饷，吾辈但取不理之态度，彼至不能支持之时，自然解散而去”①。充分暴露了他的险恶用心。
军事上，桂系军阀对服从军政府领导的军队进行分化打击和排挤。在这次护法战争中，军政府本身的军事力量屈指可数。当时，北京政府密探马凤池曾向段祺瑞报告说：“查孙文在粤另立政府，所恃陆军势力，只有张开儒、方声涛两师及林虎一旅。林逆远驻雷州，形势隔禁；实仅张、方之两师，可资召号；他则魏邦平之警察兵，可凑数耳”②。实际上，真正听从军政府号令的军队远少于该密探的报告。当时，林虎已死心踏地地为陆荣廷效命，方声涛也唯唐继尧之令是从，真正属于军政府管辖的只有程璧光的部分海军，张开儒所属部分滇军和陈炯明之粤军。就是这一点军队，还不断受到桂系军阀的拉拢、分化与打击。程璧光在1917年10月接受陆荣廷每月馈赠十万元军饷后，就投靠了桂系军阀，进而对孙中山的革命活动加以掣肘。军政府陆军总长张开儒坚决拥护孙中山，遵从孙中山的领导，却遭到莫荣新与政学系骨干李根源的诬陷。后来莫竟背着孙中山擅将张开儒囚禁，把驻粤滇军的领导权交给了李根源。军政府刚刚组建的二十营粤军，也不断受到莫荣新的打击和排挤，被调往攻闽战常这样，拥护军政府的部队，不是被桂系军阀拉走，就是被挤走或窃夺了领导权，使孙中山成了无兵可统、无将相随的空头元帅。
政治上，桂系军阀陰谋改组军政府，挤走孙中山。桂系军阀千方百计干扰破坏军政府行动的目的，是要赶走孙中山。当他们发现孙中山意志坚决，拒不离粤时，遂采取拉拢国会议员中的政学系成员，陰谋改组军政府的办法，剥夺孙中山的领导权。1918年1月，桂系军阀勾结滇、粤、湘等省军阀，拉拢非常国会中的政学系议员及革命党中持不同政见者，发起成立“西南各省护法联合会”，作为西南护法各省的统一组织，陰谋夺取护法战争的领导权，架空广州护法军政府。由于“联合会”不受军政府领导，并议定由岑春煊担任议和总代表，公然主张南北妥协，放弃武装斗争，因而遭到孙中山和国会中部分议员的坚决反对。
政学系议员和旧国民党中的不坚定分子如吴景濂、褚辅成之流，见以“联合会”取代军政府的陰谋难以得逞，又秉承桂系军阀的旨意，提出了改组军政府的主张，将大元帅制改为总裁合议制，借以排斥孙中山对护法战争的领导权。孙中山坚决反对改组军政府，指出军政府的大元帅制是符合民国约法中“元首政治”这一规定的，改变此制，“与约法相违背”。陈炯明、孙洪伊等也相继通电反对改组军政府。但是，在政学系的活动下，非常国会于1918年5月4日通过了《修正军政府组织法》，决定将大元帅制改为总裁合议制。孙中山当即向非常国会辞去大元帅职，并发表通电揭露西南军阀破坏护法运动的种种罪行，指出：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄。南与北如一丘之貉”①。5月20日，非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷和岑春煊七人为总裁，废除大元帅制。21日，推举岑春煊为主席总裁。同日，孙中山愤而离开广州，前往上海，表示与西南军阀决裂。自此以后，护法军政府完全为军阀官僚所控制，成了与北洋政府妥协的议和机构。
在南方护法军政府内部矛盾激化的同时，北洋政府内部直、皖两大派系之间的矛盾也在发展。1918年8月，吴佩孚等公开通电主张“和平”，反对段祺瑞的“武力统一”政策。护法军政府也复电赞成和平。此后，各地区的战争基本上均已停止。
1918年9月，冯国璋总统任期届满②，安福系③操纵国会，选举徐世昌为大总统。徐上台后，为了顺应国内外要求和平的空气，免去了段祺瑞国务总理职务。11月16日，对北军前线部队发布停战令，并倡议召开南北和平会议。1919年2月，南北政府代表开始在上海议和。双方代表表面上是讨论恢复约法和旧国会，实际上却在如何划分地盘等问题上进行新的角逐。