在江西、江苏两省军队与敌鏖战的同时，上海及广东、湖南、安徽、四川等省也相继宣布独立。但因独立日期参差不齐，各省内部矛盾重重，讨袁军步调不一等种种原因，都先后归于失败。
上海方面 1913年7月16日，吴淞炮台官兵首先宣告独立。18日，革命党人陈其美宣布上海独立。这时，前松江镇守使钮永建也带领在松江独立的部队（水师陆师共五营）归附上海。这样，加上已经抵沪的刘福彪福字营和原驻军第三十七、六十一团①，上海讨袁军约有七千五百人左右①。驻沪讨袁军总司令陈其美认为兵工厂是军队的命脉，希望通过“磋商”和平接收江南制造局，但遭到驻防该局的袁军拒绝。随后即决定集兵进攻江南制造局。23日凌晨，钮永建等率六十一团、三十七团、松军、镇军及福字营向制造局发动进攻。
驻守制造局的袁军，有新从北方调来的海军警卫队三个营、北洋军第四师两个团①和原驻该局之水师一个营，共约一个师的兵力。袁世凯任命派驻上海的海军警卫队总执事郑汝成和驻沪海军总司令李鼎新为前敌指挥。郑、李躲在停泊于黄浦江的军舰上，指挥制造局守军抵抗沪军的进攻。由于袁军筑有坚固工事，火炮亦多，沪军虽日夜猛攻，终不能克。30日，一部军队退往闸北，为英军缴械；钮永建、刘福彪等率另一部军队撤往吴淞及宝山一带。
这时，郑汝成率舰至吴淞，海军总长刘冠雄也派四艘军舰到沪。8月2日，各舰环列吴淞江面，轮番轰击炮台。炮台守
军奋勇还击，重创旗舰“海圻”号。旋因刘福彪部企图投敌，虽被钮永建等查觉，将该部缴械，但沪军实力大为减弱。13日，袁军水陆夹击吴淞炮台。钮永建、居正率部放弃炮台，退往嘉定。不久，即解散军队，分赴海外。陈其美在作战失利后逃往日本。
安徽方面 7月17日，安徽宣布独立，众推柏文蔚为安徽讨袁军总司令。此时柏文蔚尚未回省，暂由安徽第一师师长胡万泰代理都督。不久，首鼠两端的胡万泰托故辞职，由宪兵司令祁耿寰代其主持军事。27日，柏文蔚返回安庆，就任都督，组织讨袁作战。
袁世凯闻讯，除命倪嗣冲率部进攻外，又电令河南都督张镇芳和屯兵郑州的护军一部“分道进攻”安徽。袁认为，“乘皖省乱党骤起，布置未定之时，如以大兵力捣其空虚，必可致胜”②。
8月7日，胡万泰宣布取消独立，率部围攻都督府。柏文蔚不敌，率二百余人撤至芜湖。数日后，柏见安徽讨袁形势急剧恶化，遂将指挥权交给驻芜湖的皖军第二旅旅长龚振鹏，自己乘鱼雷艇去南京。29日，芜湖在汤芗铭、胡万泰部水陆夹击下失陷。与此同时，在正陽、凤台等地与倪嗣冲、张镇芳部作战的皖军亦迭遭失利，安徽讨袁作战遂告失败。
广东方面 7月18日晚，广东都督陈炯明宣布独立，通电讨袁。陈任都督兼广东讨袁军总司令。当时，广东有两师一混成旅。陈炯明应欧陽武的请求，派驻韶关的一个旅往援江西，其余部队分为三个支队：原广东第一师师长钟鼎基为第一支队长，第二师师长苏慎初为第二支队长，第五旅旅长张我权为第三支队长。拟从8月1日起出师北伐。但这些部队的师旅长大都无意讨袁，有些与袁世凯早有勾结。
广东起事，北洋军鞭长莫及，袁世凯乃密令广西都督陆荣廷和广东副护军使龙济光率军攻粤，答应事成之后，以粤督相许。龙济光、龙觐光兄弟乐为效命。于是，袁封他们为广东正、副镇抚使，令其率军进攻广东。
8月4日，广东讨袁军中的炮兵团、辎重营等倒戈拥袁，炮轰都督府，陈炯明仓皇出走，钟鼎基、苏慎初、张我权等师旅长当即宣布取消独立，于是广东讨袁也遭失败。龙济光率桂军进驻广州后，建立了效忠于袁世凯的反动统治。
湖南方面 江西、江苏兴师讨袁后，湖南都督谭延闿迫于形势，也于7月25日宣布独立，响应讨袁。并应欧陽武之请，派兵一团往援江西。但该团踌躇不前，直至江西讨袁作战失败，才抵湘赣边界。8月14日，谭延闿见邻近各省讨袁作战先后失败，遂宣布取消独立。但袁世凯并不因此而对他宽容，10月7日，汤芗铭督湘，将谭解送北京，褫职判罪。后经黎元洪说情，才被特赦。
四川方面 四川在讨袁战争中行动最晚。8月4日，川军第五师师长熊克武率该师于重庆宣布独立。熊旋将所部编成四个支队，以龙光为第一支队司令，率部经永川、荣昌进取泸州；范榛为第二支队司令，扼守合川，防御北路；李树勋为第三支队司令，刘植藩为第四支队司令，分率所部防御南路。8日，四川都督胡景伊先派川东宜抚使王陵基率兵五营往攻熊部，继今川军第一、二、三、四师师长①各率所部围攻重庆。袁世凯也电令鄂、陕、滇、黔四省都督，“酌拨劲旅，会合兜剿”①。熊克武所部与敌接战月余，在泸州、内江、南充等地战斗相当激烈。终因寡不敌众，且又兵力分散，以致各路均告失利。9月10日，重庆北路要地合川又陷敌手。11日，熊克武见败局已定，遂潜离重庆，后流亡日本。
这一时期宣布讨袁的，还有福建第十四师师长许崇智，鄂军驻沙洋第三十二团团长刘铁，广西柳州巡防营统领刘古香等，但均在敌军的进攻或胁迫下，先后归于失败。