一、英俄对中亚的争夺
1861年以后，沙皇俄国由于对农奴制度实行了改革，资本主义有了很大发展，迫切要求掠夺新的地盘，以便从国外攫取包多的财富，加速自己的发展，赶上和超过西欧资本主义列强，争夺世界霸权。由于克里米亚战争（1853—1856年）的失败，俄国企图独占黑海海峡和巴尔干半岛的野心遭受严重挫折，于是，把侵略扩张的矛头转向中亚和中国西部地区。1864年，俄国开始向邻近中国新疆的浩罕①发动军事进攻。同年，沙俄从中国西部边境割去四十四万多平方公里领土；但它并不以此为满足，妄想侵吞整个新疆。当时，英国已完成了吞并印度的计划，正在积极向北扩张，不仅力图占领中亚，而且还妄想把新疆置于它的殖民统治之下。因此，英俄两国在中亚和中国西部地区的对抗，以及中国反对英俄侵略扩张的斗争，不可避免地紧张和复杂起来。
二、阿古柏侵入新疆
新疆古称西域，历来属于中国。它地处我国西北边疆，绝大部分地区海拔千米以上。天山山脉由西向东，横亘中部，习惯上常称天山以南地区为南疆（或南路），天山以北地区为北疆（或北路），哈密、吐鲁番盆地一带为东疆（或东路）。南疆气候干燥，终年少雨，沙漠居其大半，人口聚居于塔里木盆地边缘的富饶地区，主要城市有喀什噶尔（今喀什）、英吉沙尔（今英吉沙）、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔（今焉耆），总称南疆八城。北疆气候湿润，多雨雪，水草丰盈，主要城市有巴里坤、古城（今奇台）、乌鲁木齐、玛纳斯、伊犁（今伊宁市西惠远）、塔尔巴哈台（今塔城）等。清朝政府平定了准噶尔贵族的叛乱之后，于1759年（乾隆二十四年）正式宣布西域改名新疆。三年后，清政府在伊犁设将军，统辖新疆一切事务，并在喀什噶尔设参赞大臣（归伊犁将军节制），统辖天山南路及葱岭以西诸地，从而加强了对新疆的统治。
新疆是我国维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克、回、蒙古、乌兹别克、俄罗斯、塔塔尔等十多个少数民族人民的聚居区。清乾隆以后，大兴屯垦，至同治初年，约有一百余万人，其中维吾尔族约占三分之二。由于地广人稀，宜于放牧（特别是北疆），居民以畜牧业为主。家畜以羊、马、牛为大宗，骆驼次之。
1864年（同治三年）夏，新疆的回、维吾尔等各族人民，在内地人民起义特别是陕甘回民起义的影响下，爆发了大规模的反对清王朝封建统治的起义，先后占领了库车、阿克苏、乌什、叶尔羌、乌鲁木齐、玛纳斯、塔尔巴哈台、喀什噶尔和伊犁等地。但是，这次起义不久就被当地封建主和宗教上层人物窃取了领导权，迅速改变了起义的性质。他们乘机实行封建割据，进行封建统治集团之间的混战，有的甚至勾结外国侵略者，进行分裂祖国的罪恶活动。当时，新疆地区出现了几个互不统属的封建割据政权，其中主要的有：以库车为中心的热西了和卓（即黄和卓）政权，以乌鲁木齐为中心、包括玛纳斯和吐鲁番在内的妥明（或称妥得璘）“清真王”政权，以和阗为中心的哈比布拉“帕夏”政权，以伊犁为中心的塔兰奇“苏丹”政权，以喀什噶尔为中心的回族金相印和柯尔克孜族思的克为头目的封建地主政权等。
思的克、金相印等占领喀什噶尔回城（今喀什市）后，久攻仍由清军控制的汉城（今疏勒）不下，便向英国支持的浩罕汗国乞援。同时，思的克为了利用宗教贵族的力量统治喀什噶尔一带人民，要求浩罕统治者将匿居于浩罕的新疆宗教贵族后裔张格尔①之子布素鲁克遣返喀什噶尔为王。当时的浩罕摄政王阿里姆·库里，决定派遣在军队中颇有名气的阿古柏“护送”布素鲁克前往喀什噶尔，乘机排除阿古柏这个政敌。1865年1月，阿古柏与布素鲁克纠集一批歹徒侵入我国境内。阿古柏善于玩弄陰谋权术，他被思的克迎入喀什噶尔回城以后，立即把思的克赶走，夺取了统治权。同年4月，阿古柏派兵攻占由思的克控制的英吉沙尔回城，随即又占领英吉沙尔汉城，守城清军二千人惨遭杀害。9月，困守喀什噶尔汉城的绿营守备何步云接受阿古柏的重金贿买，率清军三千人投降。喀什噶尔参赞大臣奎英等举家自荆不久，一伙在塔什干败于俄军的浩罕兵七千余人侵入南疆，到达喀什噶尔，进一步增强了阿古柏的势力。布素鲁克见阿古柏的权势不断扩大，密谋剪除他。但事机暴露，许多人因而被杀，布素鲁克也成了阿古柏的阶下囚。这样，阿古柏在不到一年的时间里，便成了喀什噶尔至英吉沙尔一带地区的最高统治者。
1866年秋，阿古柏侵略军攻占叶尔羌。年底，又用诱骗手段擒杀哈比布拉而据有和阗。1867年初，阿古柏将布素鲁克驱逐出新疆，于喀什噶尔自称“毕条勒特汗”（又译作“巴达吾来特汗”，意为“洪福之汗”），并悍然宣布成立伪“哲德莎尔国”②。同年夏，阿古柏率军东侵，夺占了热西丁和卓占据的乌什、阿克苏、库车、库尔勒等地。1870年10月，阿古柏军先后攻占妥明控制的达坂城和吐鲁番，妥明军头目马仲、马人得投降。11月下旬，阿古柏军又攻占乌鲁木齐，妥明投降。接着，又派兵袭取玛纳斯。之后，阿古柏返回南疆阿克苏新建的宫殿，俨然以全疆统治者自居。
1873年9月，陕甘回民起义军首领白彦虎从甘肃逃到新疆，不久在吐鲁番投降了阿古柏，与侵略者勾结在一起，进行危害祖国统一的罪恶活动。
阿古柏侵入新疆，建立起反动的“哲德莎尔”政权后，对新疆各族人民实行极其残暴的殖民统治。他将侵占地区划分为若干个维莱耶特（相当于州），其下又分为若干个阿克莎卡尔（相当于乡）。维莱耶特设阿奇木（相当于州长），阿克莎卡尔设谢尔卡尔（相当于乡长）。
在阿古柏的反动统治下，苛捐杂税名目繁多。广大农牧民在交纳宗教税、农业税、军税、附加税等种种赋税之后，只剩下收获的二分之一甚至四分之一。除了敲骨吸髓的剥削外，阿古柏还实行残酷的民族压迫，并利用宗教信仰进行殖民统治。他规定妇女不戴面纱不准上街，并强令“军民髡发，易回服”①；对于不愿信奉伊斯兰教的人，则肆意残杀。
阿古柏的军队（约五六万人）分为骑兵（吉杰特——意为“年青的兵士”）、步兵（沙尔巴兹——意为“勇敢的兵士”）和炮兵（托普奇）组成，还有部分抬槍兵。轻武器起先以火绳槍和燧石槍为主，后来装备了大批撞针槍，还有部分连发槍。炮兵大都使用克虏伯和阿姆斯特朗等较先进的火炮。这些轻重武器大多数来自英国和俄国，其中又以英国供给的为主。阿古柏为了巩固其反动统治，还在占领区内大量建筑碉堡和城池。
对于阿古柏建立的殖民政权，英俄两国从各自的侵略野心出发，都极力予以拉拢。阿古柏为了巩固自己的殖民统治，也积极投靠英国和沙俄，成为它们的走狗。因此，由于阿古柏入侵新疆而造成的我国西北边疆危机，实际上有着明显的英俄侵略和争夺的背景。
英国早在阿古柏入侵新疆之初，便经常以“经商”、“游历”、“传教”等为幌子，派遣间谍到新疆进行陰谋活动。从1868年开始，英国的商品、军火和特务，便从土耳其、印度等地不断涌进阿古柏占领区。1869年，阿古柏派人去印度接受了英国驻印度总督给予的一大批槍支弹药。1870年，以外交部官员福赛斯为首的英国特派使团，带着英国女王维多利亚（1819—1901）给阿古柏的亲笔信，经印度来到喀什噶尔，打算与阿占柏进一步勾结。适遇阿古柏在东路指挥进攻吐鲁番，因而福赛斯此行未能达到预期目的，但进一行密切了双方的关系。不久，阿古柏便派人前往印度“答礼”。1873年底，一个由三百人组成的庞大的福赛斯使团，第二次来到喀什噶尔，向阿古柏转交了英国女王的信件和英印总督送给的一万支步槍及若干大炮。经双方密谋，于1874年春签订了“通商条约”十二条，阿古柏给英国以在新疆驻使、通商和设领等特权，英国则承认阿古柏反动政权为“合法的独立王国”，公开进行分裂中国的罪恶活动。
对新疆凯觎已久的沙皇俄国，也陰谋假手阿古柏来达到侵占中国新疆的目的。在阿古柏侵入新疆之后不久，沙俄便吞并了浩罕的北方领土，并随着浩罕被肢解和布哈拉（中亚三汗国之一）军队在1866年被击溃，俄国的侵略矛头便直接指向新疆。阿古柏为了谋求沙俄对他入侵南疆的认可，于1866年非法与沙俄订立所谓“协议”，约定双方互不干涉对方的行动，互给对方入境追捕逃人的权利等。1867年，沙俄将尚未完全征服的中亚三汗国命名为“俄属土尔克斯坦”（亦称“西土尔克斯坦”），称我国新疆为“东土尔克斯坦”，其侵吞新疆的野心已暴露无遗。次年，沙俄先后派遣使者和军官至喀什噶尔，和阿古柏进一步勾结。由于此时沙俄在中亚的扩张已经得手，它要求阿古柏步中亚诸汗的后尘，向沙皇称臣纳贡，借以将阿古柏窃据的中国新疆南部地区纳入沙俄的统治范围。但沙俄的贪欲，引起了阿古柏的疑忌，使他进一步向英国靠拢，以谋求英国的更大支持。
三、沙俄强占伊犁
由于阿古柏进一步投靠英国，沙皇俄国政府恼羞成怒，积极图谋用武力强占伊犁地区，进而夺取整个新疆北部。因此，当阿古柏由南疆向北疆窜犯时，俄国土尔克斯坦总督考夫曼立即上奏沙皇，“列举各种理由，说明必须对伊犁进行占领，以保障边境安全和对抗阿古柏的意图”①。1870年秋，俄国派兵进驻特克斯河上游，侵占天山穆查尔特山口（冰岭），扼住伊犁通往南疆的交通要道；同时，派兵入据我国博罗胡吉尔（赛里木湖西）地区，对伊犁构成夹击之势。这是俄国用武力侵占伊犁并进一步侵略新疆的一个重大步骤。
伊犁位于伊犁河谷地中心，是我国西北边陲重镇，清政府统辖新疆南北两路的伊犁将军治所，即设于此。伊犁河横贯伊犁地区，自东向西注入巴尔喀什湖。伊犁既是通往中亚的要冲，又是新疆西部地区联系南北两路的枢纽，战略地位十分重要。沙皇俄国对我国伊犁地区垂涎已久，亟欲侵占。1871年夏，俄国土尔克斯坦总督考夫曼命科尔帕科夫斯基率兵近二千人，悍然进犯伊犁地区。伊犁人民同俄国侵略军浴血苦战了五十个昼夜，最后由于粮尽弹绝，加上地方割据政权上层人物的叛降，伊犁九城①被俄军侵占。同年冬，俄国又派军队由伊犁东进，企图夺取乌鲁木齐。俄军把前锋部队伪装成商队，带着大批驼马货物向东开进。新疆人民识破了敌人的陰谋，民团领袖徐学功预先在玛纳斯西八十里的石河子布置埋伏。当敌人进入伏击圈时，伏兵四起，歼敌数十名，并缴获驼马二千多匹（峰），迫使俄国侵略军狼狈逃回伊犁。
沙俄强占伊犁，也是向阿古柏炫耀武力，阻止其由玛纳斯继续向西北扩张。阿古柏在俄国的军事压力下，于1872年6月同俄国非法签订了“通商条约”五条。俄国承认阿古柏为“哲德莎尔元首”，阿古柏则同意俄国人可以在南疆自由通商和旅行，设置商务专员，并规定进出口税仅按2.5％征收等等，从而扩大了俄国对新疆的侵略特权。
沙俄强占伊犁地区后，撤销中国设在那里的一切机构，非法拘留和拷打清政府派去的官吏。同时，对占领区人民“横加赋敛，中户每年纳丁畜税银十数两，上户数十百两，最下亦须数两，兵役、通事人等供应需索在外，日朘月削，劳扰不堪”①。
对于阿古柏和沙俄的最黑暗最野蛮的统治，新疆各族人民不断地进行反抗斗争。例如，被阿古柏任命为乌鲁木齐阿奇木的马仲，就是因他充当侵略者的走狗、鱼肉人民而被民军所诛杀的。在伊犁，“所有满、绿、索伦、锡伯、察合尔、额鲁特各营，以及民人，并有晶河（今精河）土尔扈特贝勒等人众，均已同心能死，不降俄夷”②。新疆人民为了摆脱黑暗统治，为了维护祖国的统一、盼望中国政府早日出兵赶走侵略者，光复失地。