一、主力南下淮南与太平军联合作战
张乐行、龚得树等捻军首领鉴于在淮北屡战失利，南下三河尖后仍然受到清军的沉重压力，迫切希望取得太平军的支持和帮助。而太平天国继1856年内讧之后，石达开又率部出走，太平军的力量受到很大削弱，也迫切需要团结友军，共同对敌，因此，洪秀全决定实行联合捻军的方针，使其“能掌北门锁钥”，成为“南国之屏藩”。①正是这种共同需要，促成了两支农民起义军的联合。
在捻军第一次占领三河尖时，双方曾商谈过联合作战问题，因敌人进逼，捻军很快回师北上，故未能实现。1857年3月初，捻军自三河尖南围霍丘。在击败道员金光箸所率八百清军后，即由龚得树、苏添福率部南下迎接太平军。这时，太平军陈玉成、李秀成部在解桐城之围后，乘胜占领了舒城、霍山、六安，便北上会合捻军。两军在霍丘、六安交界处胜利会师。经过协商，捻军以“听封而不能听调用”为条件，接受太平天国的领导。张乐行被封为征北主将，其他捻军将领也各有封号；部队蓄发易帜，但仍然保持原有的领导系统和制度。为适应联合作战的需要，双方互派代表，随时联络会商。
（一）转战三河尖、正陽关
两军会师后，太平军和捻军各有十万左右，士气旺盛，军威大振，立即在淮河沿岸发起攻城作战。太平军薛之元②等部和捻军张乐行部围攻河南固始城；太平军陈玉成部和捻军韩奇峰等部于3月11日攻占霍丘东北的正陽关，13日东进包围寿州城；太平军李秀成、李昭寿③部和捻军龚得树、苏添福部于3月18日占领霍丘城，后又北渡淮河，围攻颍上城。
清廷得悉捻军南下后，曾多次谕令豫、皖清军扼要堵截，防止其与太平军会合。在此前后，清延还调整了攻捻前线的统兵将领，加强进攻起义军的力量：察哈尔都统西凌阿被召回北京；崇安被革去总兵职务；因围攻北伐太平军不力而被革职的胜保，又被授予副都统衔，并署理河北镇总兵，帮办攻捻事宜。此外，还命山西汾州营参将保衡、直隶密云都司马翰忠率部开赴安徽亳州，听候调遣；命徐州副都统德勒格尔率领马队南下怀远；命英桂将在湖北遣撤的陕甘官兵截留河南，参加攻捻。胜保抵达亳州后，即与英桂、袁甲三等会商，确定了首先防止捻军主力重返雉河集，“再行相机节节进剿”的作战方针。据此，由袁甲三督饬总兵朱连泰部约三千人及亳州地方团练于亳州一带，进剿留驻淮北的捻军；胜保以颍州为基地，率马步三千余人进攻南下的捻军，另有王庭兰、金光箸等部约二千人归其统辖，在淮河流域配合作战；负责三省剿捻事宜的英桂率河南清军千余人驻太和等地，策应胜保部，并保护清军后方粮道。
胜保因兵力过单，一再奏请清廷调兵支援。清廷责备他“由亳至颍，尚未与贼见仗，而调将请兵纷纷不已，……驻守颍州，不思急挫贼锋”，命令他“赶紧进兵，不得再有耽延”。①胜保只得硬着头皮率部南下。当时，太平军和捻军正三路出击，强攻坚城，以致力量分散，给了胜保以可乘之机。胜保于3月中旬南下后，首先集中兵力解固始之围。张乐行、薛之元等部因连日围攻固始不下，又见清军援兵赶至，便于3月下旬撤回三河尖。围攻寿州的陈玉成、韩奇峰部遭到金光箸部清军顽抗，也主动撤围（韩奇峰部退守正陽关，陈玉成部回守六安）。李秀成、龚得树等部于22日包围颍上后，虽几次轰塌城墙，但始终未能攻进城内。而胜保在解固始之围后，便率部回救颍上。在此情况下，李、龚所部也于5月3日撤至淮河南岸。至此，捻军和太平军第一次联合作战，未能取得理想的战果，即告结束。
捻军和太平军联合后出现的一个新情况，就是捻军在淮河流域的作战常常受到太平军长江中游战场形势的影响。由于安徽战场上的太平军既要抵御从湖北东进的湘军，又要牵制天京外围的清军，经常流动作战，而捻军基本上战斗在淮河流域一带，因而出现了捻军与太平军时而联合作战，时而单独作战的情况。为了阻击从湖北东进的湘军和鄂军，陈玉成于5月12日率数万太平军和部分捻军进入鄂东地区作战（9月中旬才折回皖境，驻太湖、潜山一带）。李秀成部则驻六安、霍山一带，随时准备东进，对付天京外围之敌。于是，在淮河沿岸独立作战的捻军，便采取守势，收缩兵力，挖壕筑垒，集中力量防守三河尖、正陽关、霍丘等据点。
太平军离开淮河沿岸后，胜保乘机向捻军发动进攻，第一个目标就是三河尖。三河尖周围河渠纵横，捻军跨河而阵，清军步骑兵不易展开，难于强攻。胜保便实行围困战法，控制通向三河尖的水陆通道，强令居民提前割麦，并在出产硝磺的地区设卡稽查，严禁出境，以断绝捻军的粮弹接济；同时，实行政治攻势，瓦解捻军士气。捻军坚守了六十余日，终因粮弹不济，于6月16日撤出三河尖，沿淮河东下正陽关。其后，由韩奇峰率部驻守正陽关，张乐行、龚得树则率部转移至霍丘。
胜保占领三河尖后，决定集中兵力先攻正陽关，得手后再攻霍丘。为防止正陽关、霍丘捻军西进固始，他命总兵邱联恩等会同王庭兰和固始知县张曜等扼守固始东部地区，自率步马数千人进攻正陽关，并令金光箸由寿州率炮船西进，配合进攻。金光箸见清军云集，有恃无恐，竟于6月25日首先攻关，结果遭到捻军伏击，兵败溃散。金光箸因坐船被捻军炮火击中，落水淹毙。这一仗打击了清军的气焰，使胜保所部不敢接近正陽关。8月，连降骤雨，河水猛涨，关外的捻军据点先后被清军攻占，关内粮食缺乏，形势危急，韩奇峰派人向霍丘求援。张乐行、龚得树率部往援正陽关，胜保趁霍丘城内捻军兵力空虚，派人收买了守城头目张金桂，旋于8月29日将该城占领。这时，扼守正陽关的捻军粮食已尽，只得杀马充饥，加之瘟疫流行，军民饥病而死者日增，处境异常困难。后李秀成从六安派出的援军五六千人赶到，击败关外清军，于10月12日接应关内捻军冲出重围，沿淠河南下，撤至六安。
（二）控制淮河中游
由于驻守镇江的太平军遭到围攻，天京外围形势吃紧，李秀成部于1857年10月中旬由六安、舒城一带东进救援。张乐行等率捻军一部配合太平军打通进军道路，待太平军绕过庐州（今安徽合肥市）以后，便又返回六安。11月，龚得树率部击败安徽布政使李孟群部清军，占领独山镇。李孟群率部反扑，占领霍山。后驻潜山、太湖的陈玉成部太平军前来支援，李部慌忙退走。
这时，捻军中的地域观念和宗派观念抬头，领导集团内部发生了意见分歧。蓝旗旗主刘永敬、刘天台等主张返回淮北家乡；张乐行、龚得树等则主张继续留在淮南，配合太平军作战。前一种意见对于联合抗清的大局显然是不利的。但张乐行、龚得树在处理内部分歧时，采取了错误的做法，竟于12月间将刘永敬、刘天台杀害，致使矛盾激化。不久，蓝旗首领刘天福、刘天祥、刘天月等率部由六安返回淮北，其他旗首如任乾、陆连科等也率部陆续北返宿州地区。从此，捻军便分别在淮南淮北两个战场作战。
1858年2月，太平军陈玉成部联合捻军韩奇峰等部约五万人再次围攻固始。守城团练顽强抵抗，胜保和李孟群也分别率部前往解围。捻军和太平军依托土垒，一面挖地道炸城，一面阻击援军。但战斗持续了两个多月，未能破城和击退援军。不久，湖北的清军又开始向东进攻，太平军和捻军遂于4月6日从固始撤围，返回六安。胜保和袁甲三分别率部由固始、正陽关向六安方向集中，伙同李孟群部围攻六安。这时，陈玉成部已向湖北进军，无力东顾；李秀成部正在皖东一带与清军鏖战，也无法西援。5月24日夜，六安捻军正同情军激战时，早被胜保收买的捻军头目许原如、杨邦本等偷开城门，清军蜂拥而入，张乐行、龚得树等率守军勇猛拚杀，突围出城。
六安失守后，张乐行、龚得树等乘淮河沿岸清军兵力空虚，沿淠河北上，渡过淮河。6月2日，在先行到达淮北的捻军配合下，一举攻占淮河北岸要地怀远城，全歼守军数百名。这时，集结在徐州以南、怀远以北的捻军有苏添福、李允、李大喜、张垄任乾、陆连科等部约八万余人。他们以怀远为基地，沿淮河东进，在当地捻军张隆等部配合下，于6月14日攻克临淮关，道员黄元吉所部清军千余人突围西逃。15日，捻军攻占凤陽府县两城，三千余名团练作鸟兽散。
捻军攻占怀远、凤陽后，切断了清军的水上交通，并使淮河南北两岸的抗清力量联接了起来，成为淮北清军南下的重大障碍。于是，太平军得以专力打击天京东西两面的清军，捻军也更便于与太平军配合作战，战略上处于比较有利的地位。
1858年9月，龚得树率部分捻军南下，协同太平军吴如孝部围攻定远城，牵制了部分清军，配合陈玉成、李秀成部太平军取得了击破江北大营的胜利。
1859年3月，陈玉成部在庐州西面的官亭击溃李孟群部清军后，乘胜东进，于同年夏先后攻占安徽天长、盱眙，进攻滁州、来安，迫使钦差大臣胜保①所部退守盱眙东北的蒋坝，切断了驻定远的安徽巡抚翁同书与胜保部的联系。捻军龚得树部万余人遂由怀远南下，配合太平军吴如孝部再次围攻定远。定远的东西粮道分别被捻军和太平军切断，翁同书在“官军久已绝食，兵勇皆啖草根充饥”，“待援不至，待饷不来”②的情况下，于7月17日弃城逃往寿州，所部纷纷溃散。捻军占领定远后，进一步扩大了淮南的控制地区，与庐州太平军的辖区联成了一片；同时打击了捻军内部在李昭寿、薛之元叛变后出现的投降暗流，逼使曾想献出凤陽和临淮关降清的张隆重又换上捻军的旗帜，不敢公开投敌，暂时稳定了内部。
（三）重返淮北
捻军控制淮河中游，切断了安徽清军的粮饷通道，加上淮北的捻军四出活动，引起了清廷的震惊。1859年10月底，清廷命袁甲三署理钦差大臣，接替胜保督办安徽军务，并告以“怀远一城居凤、颍之交，久为贼踞，亟宜迅图攻克，与翁同书一军合而为一，以便进攻淮南，兼顾北路”③。与此同时，胜保趁捻军主力集中于淮南，淮河北岸的怀远守军力量减弱之机，督令副都统穆腾阿和总兵滕家胜等率清兵三千余人乘机进攻怀远。从定远、庐州派出的捻军和太平军援军被阻于淮河以南。张乐行在外援无望的情况下，为保存实力，于11月8日退出怀远，率部南渡淮河，退守临淮关和定远。清军占领怀远后，立即折向临淮，在北岸扎营。胜保亦折回距临淮关三十余里的张家沟大营，以便就近督攻临准，后又进至距临淮关十五里的三汊沟驻扎。12月4日，袁甲三到达胜保大营，接署钦差大臣职务，并将大营移往张家沟。袁甲三迅速集结兵力，并将苗沛霖练勇八千人调往临淮，总兵力由三千余人猛增至一万余人。1860年1月上旬，袁甲三乘捻军配合陈玉成部太平军在潜山、太湖一带与湘军作战之际，督水师炮船和马步队进攻临淮关，连日发炮轰击，将关内炮台击毁。守关捻军与清军激战两昼夜，伤亡甚众，被迫于1月10日南撤定远。
1860年1月下旬，清廷对攻捻部署又作了调整：革去胜保钦差大臣的职务，调往河南，督办该省饱剿事宜，以副都统关保为其帮办；命云南提督傅振邦督办徐、宿一带攻剿事宜，以总兵田在田为帮办；袁甲三仍署理钦差大臣，督办皖省军务，除巡抚翁同书仍为帮办外，加派副都统穆腾阿帮办军务。
袁甲三在占领临淮关后，又督军围攻凤陽。张乐行率部往援，在凤陽南梁家冈遭苗沛霖团练和穆腾阿马队袭击，损失五六千人，被迫后退。2月13日，守卫凤陽县城的捻军首领张隆被袁甲三部总兵张得胜所诱擒。次日，守卫府城的首领邓政明为求活命，缴出全部槍炮马匹，并将十四名拒不投降的捻军将领捆送敌营杀害，致使凤陽府、县两城相继丢失。
清军攻占怀远、临淮、凤陽三城后，打通了淮河的航道，隔断了淮北捻军和淮南捻军及太平军的联系，张乐行、龚得树等在淮南只据有定远一个孤立据点，处于十分不利的境地。5月16日，袁甲三派兵夜袭定远，毁城外营垒九座。6月1日，龚得树率捻军一部出敌不意攻占定远以东的来安，企图调动袁军，但未达目的。定远捻军只得坚守待援。8月初，清军对定远形成合围。后太平军陈玉成部和吴如孝部分别从天长、庐州来援，捻军白旗旗主孙葵心也由河南固始率万余人赶来支援，夹击袁甲三部。袁见捻军和太平军势众，害怕造成“全军坐困，终成溃裂”①的危险局面，便慌忙将所部清军从定远撤退至淮河北岸。可惜太平军和捻军没有乘胜追击，将其歼灭。
定远解围后，捻军和太平军转攻凤陽、寿州，均未奏效。随后，龚得树、孙葵心率数万人随陈玉成部南下，谋解安庆之围。12月10日，太平军和捻军与敌大战于桐城西南之挂车河一带，孙葵心不幸牺牲。1861年3月，龚得树也在湖北罗田松子关中炮身亡。孙葵心在脱离张乐行领导期间，曾企图降清，但未成事实。后来转战河南、山东，屡败清军；返回淮南后，重与太平军协同作战，最后把鲜血洒在太平天国的战场上。龚得树是捻军中仅次于张乐行的重要首领，不仅作战勇敢，“所领黑旗队枭猛耐战，势与张落刑（乐行）相埒”②，而且较有政治头脑，是坚持与太平军联合作战的核心人物，他的牺牲，是捻军的重大损失。
1861年9月安庆失守后，陈玉成率部退守庐州，旋又遭清军围困。捻军在定远的孤立据点也难于长期坚守下去。而当时淮北捻军的力量还相当强大，河北、山东等省人民起义此伏彼起，陈玉成为了“广招兵马，早复皖城”，再援天京，先派太平军马融和部北上，继派捻军首领张乐行等率部北渡淮河，后又派扶王陈得才、遵王赖文光、启王梁成富、祜王蓝成春等率部向西北远征。张乐行和苏添福等将定远据点移交给太平军后，于12月间率全部人马返回淮北颍上地区。至此，捻军和太平军在淮河沿岸的联合作战宣告结束。
二、淮北捻军向河南、苏北、山东出击
张乐行、龚得树等率捻军主力于1857年春南下与太平军联合作战后，淮北只有少数捻军就地坚持斗争。1858年初，蓝旗等捻军从六安返回淮北，兵力骤增，声势复振。以后，各旗捻军进一步挖壕筑垒，依托圩寨，抗击清军和团练的进攻，并经常伺机袭击清军据点，使当时负责江苏、安徽、山东三拾剿匪”事宜的袁甲三发出了“兵疲粮尽，势处万难”①的哀叹。同年底，袁甲三向清廷建议由河南、山东出兵南下，与皖北清军联合攻剿淮北捻军。清廷表示同意，令新任河南巡抚恒福、山东巡抚崇恩“各就本境防军遴员统率，并力进剿，捣捻巢穴，以保北路完善之区”。②1859年初，袁甲三进一步提出豫军由亳州东进，山东军由永城南进，本部诸军由宿州西南进的分进合击计划。清廷令崇恩、恒福将要隘严为布置（防止捻军绕袭其后），即行发兵合剿。崇恩对此提出异议，他认为出境远征，有三不可胜：一是捻军众清军寡，地广数百里，难于合围；二是捻军以逸待劳，清军进攻则守垒不出，清军退却则伺机出击；三是如果清军日久不克，则饷缺兵哗，必为捻军所乘。清廷坚持原案，催促山东、河南迅即出兵合剿，但议未果行，淮北捻军便开始分道出击了。
（一）北舞渡、马埠、野猪冈歼灭战
1859年3月上旬，捻军二三万人在孙葵心、刘添福等率领下，集中于太和王市集，佯称西攻河南禹州（今禹县）。正驻鹿邑的总兵邱联恩（统率豫军六千余人）立即派兵防守豫皖交界的沈丘（今沈丘城）。3月14日，捻军突然进至河南商丘南面，次日分三路出击：一路进据商丘、宁陵交界的观音堂；一路西攻睢州城（今睢县）；一路由沟香集进占宁陵县城。21日，三路联合攻下睢州城，全歼知州王联升所率乡团，继又分兵西攻杞县。邱联恩急率三千余人赴援，与捻军战于睢州东南的张公堡。捻军失利，于23日退出睢州，经太康东北的杨庙西进吕潭一带。3月25日，捻军南下围攻西华城。26日，邱部追至，捻军又撤围西走，一部驻郾城东南的五沟营，主力驻舞陽以北的北舞渡。邱联恩命参将穆特布率部分清军往击五沟营捻军，自率三千人于3月29日赶到北舞渡。捻军早在该地沿沙河两岸设防，步队配置在吃虎桥附近，马队分扎两翼，操刀持矛，严阵以待。是日下午，邱联恩将步马分为三队，向吃虎桥进攻。捻军步队坚决抗击，两翼骑兵突起，将邱部紧紧包围。黄昏发起总攻，捻军将士们呼啸猛冲，刀劈矛刺，将被称为“邱老虎”的邱联恩杀死于吃虎桥头。邱的部将二十余人同时毙命，三千人马大部被歼，少数逃往许州（今许昌市）。捻军携带大批胜利品，经西华、商水、项城等地返回淮北。
1860年春，捻军首领孙葵心、刘天祥、王怀义等率淮北捻军三四万人，分两路再次向河南出击。一路经夏邑、虞城到达山东单县地区后，又西人豫境，进至禹州、密县等地；另一路经鹿邑、柘城进击太康、通许，直指开封。胜保和新任河南巡抚庆廉匆忙布置城守。4月7日，捻军与胜保部在离开封二十五里的白酒店遭遇，作战失利，折向陈留。当捻军二三万人由尉氏、鄢陵、扶沟等地东返时，其先头部队于5月4日在柘城、太康交界的马埠（今马铺）与奉命拦截的总兵王凤祥、副将王庆长等所部三千余人遭遇，被迫后退十余里。此时后队人马赶到，便整顿队伍，进行反击。敌军大部被歼，王凤祥、王庆长等被杀。于是，捻军胜利重返淮北。清廷责胜保“剿贼不力，畏葸无能”，将其调回北京，改由巡抚庆廉督办河南军务，副都统关保仍为帮办。
庆廉督办河南军务后，鉴于在防豫军不满四千，其余皆系统勇，加上关保两营，总计不过一万数千人，而张乐行、龚得树、孙葵心、王怀义、姜台凌等各部捻军不下数十股，每股各有数万人不等，宿、亳、蒙、怀、庐、寿一带及豫省边界所在皆有，便向清廷提出由豫军与袁甲三、傅振邦部清军合力攻剿，并由苗沛霖部练勇驻扎萧县、永城边境，“力扼西北，进剿东南”的作战方针，①得到清廷的批准。但就在这一方针提出不久，捻军又一次越过豫军防线，向河南大举出击。
1860年8月，蒙亳地区大雨成灾，捻军粮食供应发生困难，而河南秋收在望。捻军首领刘玉渊、雷彦、宋喜元、苏添才等便率四万余人，由亳州再次挺进河南。8月21日，捻军进攻薛庙清军大营，关保由鹿邑派兵往援。捻军立即绕攻鹿邑东关，迫使清军回顾城防，后在五里庙与敌军交战，杀游击罗忠保等多人。9月15日，捻军兵临陈州城下，因清军防守较严，便直薄周家口镇（今商水）。后因清军来援，南下商水（今旧商水）、上蔡、汝陽（今汝南）等地。庆廉命总兵承惠率八千余人追击，并令游击孙之友部为后援。但孙部为雷彦所率捻军牵制，无法前进。9月20日，承惠部进抵汝陽城南三十五里的野猪冈。捻军事先在此布阵，清军多次进攻，均被击退。激战间，一部分捻军迂回至大石桥，切断了清军的退路，正面的捻军又将清军分割为二，展开白刃格斗。结果，承惠等十余名清军将佐及大部士卒被歼，捻军再次取得了重大胜利。在北京的胜保后来哀叹：“野猪冈之役，全军遇伏，精锐胥亡，元气遂不可复。”②清廷因无正规军可派，只得命河南团练大臣毛昶熙等整顿和加强河南乡团。
（二）袭占苏北重镇清江浦
1860年2月，捻军首领李大喜、魏希之、张宗禹等率步队二万余人、马队万余人，在江苏萧县宝安山集中后，佯攻砀山，摆出北进山东的架势，忽又挥戈东进，在徐州越过黄河故道，经邳州（今邳县北邳城）再长驱南下，于18日占领桃源（今泗陽南），然后直趋苏北的政治中心和商业重镇清江浦（今清江市）。当时，河道总督庚长、漕运总督联英等正置酒观戏，昼夜不辍，闻捻军将至，才仓皇派兵堵御。2月21日，捻军击败都司德兴部清军三百人，乘胜进抵清江浦，庚长等逃往淮安。清廷闻清江浦失守，急忙调兵往攻。捻军在获得大量钱粮物资后，于3月5日撤离清江浦，返回淮北。
（三）进军山东，三败僧军
捻军在出击河南、苏北同时，还不断深入山东境内，打击清军。1860年9月下旬，张敏行、姜台凌等率四万余人由宿州北进至山东峄县（今峄城）、兰山（今临沂）等地。10月下旬，捻军又进至山东鱼台、金乡、巨野等地，26日直逼济宁城。旋又分兵三路：一路经汶上北进东平的戴庙，又经梁山南下占领巨野，后由定陶、曹县返回淮北；一路经滋陽（今兖州）北占宁陽，进围泰安不克，由大汶口南下曲阜等地；一路东北经泗水，转至新泰，攻占蒙陰，复由沂水、莒州（今莒县）、日照南下至赣榆、郯城地区。三路捻军在获得大量粮食牲畜后，胜利返回淮北。
清廷害怕捻军由山东进入直隶，危及京畿安全，便于1860年11月5日，即第二次鸦片战争结束不久，命科尔沁亲王僧格林沁（仍任钦差大臣）统带清军一万余人（内马队三千五百人、步队二千人、绿营兵五千人），由直隶开赴山东剿捻，命文渊阁大学士瑞麟以传郎衔帮办军务。清廷规定僧军的任务是，“前往剿办北路各匪，先由河间一带，次及山东、河南，权其缓急，以次进剿”①。12月17日，僧格林沁率部进驻济宁。
僧格林沁率部南下山东后，袁甲三曾向他指出：“河南之兵名为万余，多系新募，宿、徐之兵本不满万，近因饷缺，大加裁汰，所存无多，山东之兵又不能越境会剿，此贼所以到处窜突，如人无人之境也。”并向僧建议：“以山东兵为中路，由曹、单直趋虞、夏，以河南兵为右翼，以徐、宿兵为左翼，声势联络，互相策应。步步为营，与民寨相犄角，逐渐而进，不求速效。”②僧格林沁没有采纳袁的建议。他急功近利，孤军在山东境内作战，因而屡战屡败。
僧军进驻山东不久，亳东捻军四万余人（其中马队万余）在刘玉渊等率领下，又一次进入山东，经鱼台、金乡北上。僧格林沁急忙率骑兵二千余人前往追击，于12月25日由嘉祥驰赴巨野。时值大雪，军行甚疲。26日，僧军在巨野东南的羊山集与捻军接战。僧格林沁率主力从东面进攻，瑞麟率部从西南进攻。捻军分路抵御，首先将僧格林沁部击退，进而包围瑞麟部，将副都统格绷额等击毙。瑞麟突围逃到离金山二百余里的汶上。僧格林沁溜回济宁后，参劾瑞麟突围后“不在巨野扎营，复越过嘉祥、济宁退至汶上，……以致后路官兵涣散，实属怯懦无能”。③清廷革去瑞麟侍部职衔，饬令回旗，改由镶蓝旗蒙古都统西凌阿、工部右侍郎国瑞帮办僧格林沁军务，并将原先革职的副都统伊兴额和徐州镇总兵滕家胜的步骑三千人交僧调遣。不久，清廷又将陕西巡抚谭廷襄补授山东巡抚，令其带领步骑兵一千五百名增援山东。
僧格林沁在羊山集战败后，下令从河南的考城（今兰考东北）至山东鱼台的南陽湖长四百七十余里地段，浚壕筑垒，由曹、单、菏、城四县民团分段扼守，郓、巨、济、金、嘉、鱼六县民团闻警协守，企图遏阻捻军北上。但捻军向山东的进攻并未因此受阻。1861年1月底，捻军首领赵浩然、张敏行、李成等率黑、蓝、白三旗四万余人，由砀山、虞城进入山东，接着分兵两路：一路向曹县南部游动，一路进入巨野东南六十余里的羊山集。2月2日，僧格林沁及副都统舒通额分率骑兵包抄羊山南麓的捻军，捻军即北上嘉祥之纸坊，又南下至金乡以西、城武以东地区，后又北上菏泽东北之关李家庄，筑垒布阵，准备坑击追击的清军。2月20日，僧格林沁不顾部队连日奔驰和饥疲不堪，下令分南、北、中三路进攻。捻军以逸待劳，步队居中，马队从两旁抄袭，号角四起，奋勇迎战。清军南路的黑龙江马队及陕甘步队首先溃退，接着中、北两路也纷纷败逃。此战，捻军歼灭清军近千人，缴获槍炮马匹甚多。
僧军败讯接连传到京城，清廷斥责僧格林沁“奔驰数日，率饥疲之卒，当方张之寇，后路既无援兵，左右亦少策应，以致为贼所乘，勇往虽有余，惜尚未能持重也”，并告诫他“总不宜轻进，再蹈覆辙”。同时，命袁甲三委派得力将领与田在田、伊兴额等“合力兜剿，牵制后路”，使捻军“有所顾忌，不敢径行北趋”。①但是，捻军很快又深入山东腹地，迫使僧格林沁不得不再次率部迎战。同年3月，数万捻军突入曹、巨、郓境，挥戈北上，由东平之戴家庙、安山等处渡过运河。僧格林沁令副都统伊兴额及徐州镇总兵滕家胜率二千余人追击。捻军在汶上、东平之间的杨柳集利用村落布置伏兵，待机歼敌。3月17日，先在卧虎山与清军接仗，佯装败退，待清军追至杨柳集时，捻军伏兵四起，将敌人层层围裹。伊兴额、滕家胜几次突围，均未得逞，终被捻军斩杀，僧军伤亡惨重，溃不成军。
捻军在不到三个月的时间里，三败僧格林沁军，狠狠打击了僧军的嚣张气焰。此后，捻军利用“甚雨泥淖，高禾蔽野”的有利条件，与敌人周旋，使其“疲于奔救，刍粮不继，士马疲羸”。僧格林沁无可奈何地对其部下说：“不能再与野战，惟当严固直北藩篱。”便命西凌阿回军济宁，力扼北路，自统全军扼东平之安山，凭河而守。①于是，捻军在山东的活动区域日益扩大，一度进逼省城济南，山东巡抚谭廷襄龟缩城内不敢出战。捻军又转至胶州半岛，到达福山、烟台沿海地区。外国侵略者以军火接济清军，英、法海军还在烟台地区参与了屠杀捻军的勾当。
淮北捻军挺进河南、苏北、山东，推动了当地人民的武装起义，使上述地区先后爆发了捻党首领陈大喜领导的汝宁起义，郜永清领导的商丘金楼寨白莲教起义，苏皖边的幅军起义，菏泽地区的长槍会起义，曲阜、邹县、泗水等地的文贤教起义，鲁西的白莲教起义（其中宋景诗的黑旗军发展最快）。这些起义武装和淮北捻军互相配合，给清军和地方统治机构以沉重打击，客观上支持和配合了淮南的捻军和太平军。但是，由于淮北捻军向外出击的主要目的是为了获取生活资料，虽然歼灭了相当数量的敌人，但主要是击退敌人的追击和堵截，没有有计划地寻歼更多的敌人。特别是由于一再外出作战，致使淮北的基地反而有所缩校在这期间，一些重要捻军首领如宋喜元、任乾、陆连科、李大喜等的圩寨，相继被清军和苗沛霖团练攻占，任乾、陆连科、李大喜等先后牺牲，这就给尔后进行的保卫淮北基地的作战造成很大困难。
三、退出淮北，与西北太平军并肩战斗
1861年底，张乐行率领捻军白定远返回淮北后，进驻颍上，次年（同治元年）1月中旬开始，与太平军马融和部、原在颍州的捻军姜台凌部以及苗沛霖的团练①共同围攻颍州城，将安徽布政使贾臻困于城中。不久，胜保（1861年春曾奉命驰赴直隶、山东，督办防剿事宜）奉命由豫入皖，以解颍州之围，苗沛霖又接受招抚，配合清军袭击捻军和太平军。捻军、太平军在腹背受敌的情况下，于4月中旬撤离颍州，退入太和境内。5月中旬，陈玉成撤守庐州，率太平军三千余人北走寿州时，被苗沛霖诱捕，解送颍州胜保军营。尚在淮北的张乐行、马融和得此凶讯，率部往救，因被清军击败，未能成功。后清廷得悉陈得才、赖文光等率领的西北太平军已兼程向南进发，前来搭救，遂于6月4日将陈玉成杀害于河南延津县。陈玉成牺牲后，马融和率部西走河南，投奔西北太平军；张乐行则率部返回雉河集，同其他捻军一起，与夹攻淮北的清军展开了一场血战。
（一）雉河集失守，余部退出淮北
庐州失守，陈玉成牺牲，太平军在皖南的根据地丧失殆尽，使淮北捻军的处境更加困难。不久，僧格林沁率马步数千南下，并于1862年6月26日攻占了河南商丘县马牧集以南的金楼寨，镇压了白莲教起义军。原来对付皖南太平军的李续宜、袁甲三等部也转旗北上，协同僧军以及豫、苏、鲁清军共同对付淮北的捻军。
8月2日，清廷向科尔沁亲王僧格林沁、湖广总督官文、安徽巡抚李续宜、湖北巡抚严树森、河南巡抚郑元善、河南团练大臣毛昶熙、署漕运总督吴棠等文武将领发出了大举进攻淮北捻军的谕令。其具体部署是：僧格林沁部马步两万余人和李续宜部湘军万余人，南北对进，夹攻雉河集；袁甲三因病开缺后，其所部二万人由李续宜派员统领，从怀远向北进攻；吴棠扼守江苏清河、淮安，并由僧格林沁拨兵若干，并力扫荡邳州、宿迁、海州（今连云港市西南）、沭陽一带；由僧格林沁派员接统总兵田在田所部，防守南北要冲徐州、宿州地区；郑元善出新蔡，毛昶熙出归德，配合僧军向东进攻；官文、严树森派兵深入豫境，由正陽、息县援应；皖、豫等省的团练，分别协同各路清军进攻。
8月20日，清廷把各路攻捻清军统交僧格林沁调遣，不但令其统辖山东、河南军务，而且授权调遣直隶、山西和蒙、亳、徐、宿的防兵，节制直隶、山东、河南、山西各省督抚提镇以下各官，集军政大权于一身。鉴于僧军以往多次失利的教训，清廷告诫僧格林沁“务宜逐渐进取，步步为营，不可孤军深入”①。
张乐行等捻军首领在清军发动大规模的进攻面前，未能避实就虚，把捻军主力转移到山东或河南，结合当地农民起义军，袭击清军的后方，或攻敌必救之地，以调动和分散敌人；而是“悉其五旗首，集众二十万，陈雉河”②，依托圩寨打防御战，使自己处于被动挨打的不利地位。
10月18日，僧格林沁由河南夏邑移大营于黄仲集（今商丘南），随即分兵向亳州以北的庐庙、邢大庄发起攻击。捻军首领李廷彦率部抗击，因寡不敌众，坚守了十余天，庐庙、邢大庄先后失守。李廷彦被诱捕杀害。接着，僧格林沁命翼长全顺、承先、苏克金、恒龄和总兵常山保等率部南下，分别占领了丁花园、王路口、颜集、五马沟、岳楼、高阁、八里庄等圩寨。清军占领亳北地区之后，僧格林沁又于11月初督师进攻亳东地区。黑旗首领苏添福在刘集率部坚守圩寨，抗击清军。清军发炮猛攻，寨内房屋多被炸塌，苏添福于11月6日率部退守蒋集。20日，马村桥捻军来援，遭国瑞部清军阻击；随后，张乐行也由庙集率部驰援，27日在下张桥遭到清军翼长舒通额、苏克金部骑兵袭击，败退涡河南岸。以后，张乐行等部捻军又多次往援蒋集，均为清军所败。12月20日，捻军首领陈万福突围南走，其弟率部投降清军。1863年1月底，僧军攻占涡河南岸的韩楼，2月23日又攻占马村桥，苏添才率捻军余部退守雉河集。
一系列战斗的失利和圩寨的丢失，引起捻军队伍中某些动摇分子的叛变投敌。在僧军进攻亳北时，黑旗首领宋喜元等投敌叛变，并无耻地带领清军攻打捻军。2月26日，僧军包围张家瓦房，赵浩然又率部投降。随后，宿州、蒙城的一些捻军首领也纷纷投敌。接连数次率部进军大半个山东的捻军首领刘天祥，也向宿州知州英翰屈膝投降，充当清军鹰犬。但是，绝大多数捻军将领和战士，没有被僧军的猖狂进攻所吓倒，仍奋不顾身地与清军展开圩寨争夺战。
这时，苗沛霖根据僧格林沁“剿捻立功”①的指令，从背后袭击捻军，占领了一些捻军圩寨，进而配合僧军向雉河集推进。
张乐行在清军重兵围攻的艰危情况下，为了分散敌人的兵力，命张宗禹率部突围，由太和、颍州入豫东南与陈大喜等部会合；自己则率部东走宿州，拟北上与早已进入山东、苏北一带的李成、任化邦（又名任柱）等部会合，因在符离集遭清军阻拦，便又折回雉河集。
3月16日，僧格林沁移大营于亳州涡河北岸的庙集，随即命舒通额、苏克金等部向捻军发起进攻，于19日占领尹家沟、雉河集。张乐行等率部南走。20日，张村堡（今利辛西北）一战，捻军死亡将士一千余人。21日，再次失利，又伤亡二千余人，韩四万、刘玉渊、苏添福、苏添才等被俘遇害。3月23日夜，张乐行仅率二十余人逃至蒙城、宿州交界的西洋集，为叛徒李家英等出卖，不幸被捕，押往僧格林沁军营。不久，张乐行及其子张喜、义子王琬儿等被清军杀害。姜台凌、孙葵文等向清军乞降，结果仍被处死。
捻军在这次防御作战中，由于实行消极防御，结果受到了严重的挫折，不仅丧失了蒙、亳基地，而且张乐行等许多捻军重要首领以及将士二万多人英勇牺牲。蒙亳一带的捻军圩寨几乎全被摧毁，当地人民惨遭祸殃。雉河集到处是断壁残垣，一片凄凉景象。但是，捻军并没有被完全消灭，突围出去的张宗禹、任化邦等部以流动作战方式，继续坚持斗争。
（二）转战豫、鲁，调动打击清军
张宗禹、李成、任化邦等部捻军从蒙亳地区突围之后，分别转战于河南、山东等地，结合当地农民起义军，积极打击清军。
张宗禹等部捻军与豫东南捻军陈大喜部会合，活动于新蔡、汝陽、息县、罗山、光山一带。新任河南巡抚张之万命总兵张曜、余际昌率军追剿。1863年4月初，张宗禹、陈大喜率部进入湖北，总兵余际昌率豫军五千余人越境追击。捻军经麻城、罗田、蕲水（今浠水）进至蕲州、广济（今蕲春东南）一带。后由于湖北清军竭力堵截，而余际昌部豫军已撤回河南，捻军遂回军北上，于5月中旬复入河南，由光山、罗山、息县等地渡过淮河，5月26日在正陽县方寨设伏，重创跟踪追击的豫军，毙余际昌及游击以下官弁三十九人，使该部清军死伤过半。这一胜利，大大鼓舞了捻军士气，增强了坚持斗争的信心。
李成、任化邦等部捻军在山东幅军、教军等农民起义武装的配合和支援下，活动于兰山、费县、沂水、蒙陰、泗水等地，并进入曲阜、泰安，逼近省城济南。山东巡抚谭廷襄惶恐不安，忙向清廷告急：“东境外匪与内匪交讧，实属弗遑兼顾”，“贼边马已至汶、宁，湖路可达东平，山路可逼省会，事机危迫”①。当时活动于鲁西堂邑、冠县、馆陶（治今馆陶东北）、临清、高唐等地的宋景诗黑旗军，也威胁着清廷畿辅重地。这就迫使清廷不得不急调僧格林沁军由淮北返回山东。僧军转回山东后，在新任山东巡抚阎敬铭率领的防军配合下，疯狂地镇压各支农民起义军，使淄川的刘德培起义军，邹县、泗水、曲阜交界的文贤教军，以及宋景诗黑旗军都遭到重大损失。宋景诗在刘贯庄战败后，便参加了捻军。
当僧军于4月底北返山东后，蒙亳地区转入地下的捻军又纷起活动，开展各种形式的抗清斗争。与此同时，苗沛霖再次叛清②，于5月初占领颍上、怀远、寿州，围攻蒙城。不久，张宗禹、陈大喜等亦率军从豫南经颍州回到雉河集，惩办了出卖捻军领袖、为虎作伥的叛徒，并夺取了敌人的粮台，打击了敌人的嚣张气焰，鼓舞了当地人民的斗志，不少人踊跃参军。
蒙亳一带捻军的重新活跃以及苗练的再次反清，使正在围攻太平天国首都天京的曾国藩颇有后顾之忧，急忙上奏清廷，请求僧军再次南下进攻淮北。1863年11月9日，僧格林沁遵旨由直隶大名率军南下，经河南许州于11月下旬进抵安徽蒙亳地区，设大营于高炉集（今涡陽东南）。
张宗禹等得知僧军再次南下，即主动撤离雉河集，西走河南。僧军占领雉河集、西洋集一带后，便于12月6日向正在围攻蒙城的苗练发起进攻。在僧军和蒙城清军的夹击下，苗练四处败逃，苗沛霖在乱军中被杀。以剿捻起家、作恶多端的苗练武装从此烟消云散。清军在重占蒙亳地区后，大肆平毁圩寨，收缴武器。为加强对这一地区的控制，清廷把雉河集改为涡陽县，在县北的龙山镇驻扎一营清军，以防捻军再起。随后，僧军奉命进入河南，追击捻军。
（三）与西北太平军并肩作战，突破重围
张宗禹等率军西走河南后，准备进入陕西与西北太平军会合。这时，由扶王陈得才统率的西北太平军为解天京之围，正在东返途中。1864年4月下旬，陈部在河南西南部的淅川、内乡等地先后与捻军张宗禹、陈大喜、任化邦等部会师，众达数十万，随即分四路向东南进发。清廷为阻止西北太平军和捻军援救天京，令僧格林沁的马队及鄂军、豫军、皖军竭力烂击。不久，聚集于鄂、豫、皖交界地区的清军不下十万人。
太平军和捻军在东进过程中给了拦截的清军以应有的打击，但本身也受到一定损失。当得知太平天国的首都天京于7月19日失陷之后，“人心离散”，士气大挫，尽避后来在河南的罗山、光山和湖北的蕲水等地几次击败清军，但这些局部胜利并未改变被清军围追堵截的不利局面。11月5日，安徽霍山黑石渡一战，太平军和捻军损失惨重。接着，马融和等屈膝投敌，蓝成春被俘遇害，陈得才服毒自杀。其后，赖文光、邱远才等部太平军和张宗禹、任化邦、陈大喜等部捻军先后进入河南，经过合编和整顿，迎着险恶的局势，再接再厉地进行艰苦卓绝的斗争。
1857年到1864年，是捻军反清战争的关键时期。由于实行了与太平军联合作战的正确方针，张乐行、龚得树等部捻军主力得以控制淮河中游，镇守淮河腹地；淮北捻军的积极出击，也牵制了相当的清军，从而使淮南战场保持相对稳定，陈玉成、李秀成部得以在湖北和天京外围的往返征战中不致有后顾之忧。这些都是具有很大战略意义的。
这一时期，由于清军在安徽以及河南、山东、江苏等省的兵力比较薄弱，而捻军数量众多、占地较广，这就为捻军进一步壮大自己和扩大占领区提供了客观有利条件。1859年秋，河东河道总督黄赞汤、河南巡抚瑛棨、前山东巡抚崇恩在给清廷的奏折中指出：“皖捻滋事以来，窜扰河南、江南、山东三省，蔓延愈广，裹胁愈多，而攻剿数年，迄难扑灭者，则以官军兵分力弱，不足制其命而捣其巢也。”进而指出：“近日定远不守，捻、粤联为一片，南抵安庆、舒、桐，北通滕、峄、曹、单，东界徐、宿、青、陽，西邻归、陈、光、固，纵横千余里之内，实已民贼不分，而翁同书一军仅保寿州，胜保一军扼扎蒋坝，岌岌乎无驻师之地，徒恃傅振邦、关保两军，以区区之师，当数十股凶悍之众，前后左右，纷至沓来，虽毕力进攻，亦岂能制贼死命？”①这些描述说明了当时捻军确实处于非常有利的地位。但是，为什么时隔不久，捻军在淮南战场和淮北战场的作战均遭失利，最后不得不撤离蒙亳基地，突围他走呢？从作战指导方面考察，主要有以下原因：
一是雉河集会盟后，实际上没有建立起真正集中统一的领导和作战指挥。捻军主力南下六安后，张乐行、龚得树对内部的意见分歧处理不当，更增加了各股捻军的离心倾向，以致难于集中兵力对付进攻之敌，给了清军以各个击破的机会。
二是不重视歼灭清军的有生力量。淮南捻军在淮河中游占领几个城市后，便分兵守点，消极防御，不注意在流动作战中歼灭敌人，结果所占据点反被数量虽少但能集中兵力作战的清军各个攻占。淮北捻军热衷于向外出击以获取生活资料，丧失了更多地歼灭清军的有利时机；特别是没有把侧重点放在消灭盘踞淮北的清军上面，使自己有个稳固的后方，以致当僧军南下向雉河集等地大举进攻时，处于非常不利的被动境地。
三是在大军压境的情况下，蒙亳地区的各支捻军仍然据寨自保，各自为战，没有统一的防御部署和作战指挥，最后终于被清军各个攻破。张乐行等退守雉河集后，企图以武器装备低劣、内部组织很不严密的捻军与清军打堂堂正正的阵地战，而不是及时跳出清军的包围圈，这是很大的失策。后来，在节节失利的情况下，决定一些部队突围出走，才保存了一部分有生力量，得以继续坚持斗争。