太平军攻占金陵后，迅速肃清了城内残敌，建立起新的社会秩序。1853年3月29日，天王洪秀全进入金陵，以两江总督衙门为天王府，并改金陵为天京，定为都城，从而正式建立起与清王朝南北对峙的太平天国农民革命政权。①
太平军对天京的防卫工作，进行了严密的部署。在全城遍设望楼②，派兵日夜观察警戒，白天和夜晚分别以旗帜和灯火为信号，一方有警，城内指挥机构能迅速得知，及时作出处置。城上分兵驻守，各段设有巡守将军，日夜巡防。在各城门外建立营垒，营墙上开设槍眼炮门，营外挖有一至数道深壕，内竖竹签、木栅，离营一里半左右设有警戒哨，战士携带兵器、海螺守卫，并规定有口令，每日更换。
为了更好地拱卫天京，太平军于3月下旬发兵二支：一支由指挥罗大纲、总制吴如孝率领，于3月31日占领镇江；一支由地官正丞相李开芳、天官副丞相林凤祥、春官副丞相吉文元率领，于3月22日克江浦，31日占仪征，4月1日占领扬州。镇江、扬州等地的占领，既屏蔽了天京的东面和北面，又切断了南北漕运，予清王朝以严重威胁。太平军占镇江后，原拟乘势攻取常州、苏州等地，由于向荣已率军追至金陵城外，乃停止东进，分军一部回援天京。
金陵城大而坚，形势险要。它地处江南富庶之区，供应充足，加之傍临长江，交通便利，利于水军活动。元末朱元璋领导的农民起义军，就是以金陵为基地进行灭元战争的。太平军胜利地占领金陵之后，正可效法朱元璋，据金陵以匡天下。况且太平军在转战两年多以后，不论在军事上、政治上，都需要建立一个有利的巩固的基地，以便继续发展。因此，洪秀全、杨秀清等决定久据金陵，是符合当时客观条件和主观需要的。但过早地宣布建都，却未必有利于尔后革命战争的发展。
清廷对太平军占领金陵后的军事行动，一时无法判明。它既怕太平军东下苏浙，占领其财赋之区，更害怕太平军北上豫鲁，进而威胁其京畿重地。在此情况下，咸丰帝严令向荣、琦善率所部迅速东下，截击、防堵太平军。3月28日，向荣部赶至金陵城外板桥，31日绕至城东二十里之沙子冈，4月7日移营孝陵卫，建立“江南大营”，共有兵勇一万七千余人。3月30日，琦善的先头部队四千人抵达江浦，4月4日攻陷浦口。16日，琦善、陈金绶率部进至扬州城外，扎营雷塘集、帽儿墩一带，建立“江北大营”，计有兵勇一万七八千人。清军建立江南、江北大营的目的，正是为了阻扼太平军向东、向北发展，并伺机夺取金陵。
太平军当时号称百万，实际上能战之兵不过十余万人。以这样一支部队对付近在咫尺的江南、江北大营，在兵力上自然处于压倒优势。但与全国八九十万清军相比，太平军仍处于劣势。其次，这时清王朝仍控制着全国政权和绝大部分人力、物力与财力；而太平天国仅控制金陵附近一隅，人力、物力、财力都极其有限。因此，就全国形势而言，敌强己弱的基本态势并未改变，太平军仍然处于被“围剿”的状态。可是，太平天国的领导者洪秀全等缺乏战略头脑，在面临重大战略转变（即由长驱直进、流动作战到奠都立业）的时候，过高地估计自己，过低地估计敌人，对形势作出了错误的判断，竟认为“我天王奉天伐罪，除暴救民，迅扫群魔，妖氛几颈①，因而在政治上和军事上都作出了一些不正确的决策，采取了一些不合时宜的措施。
一是大搞封官晋爵，加速了农民政权的封建化。太平天国的军制官制，在起义之初就粗具轮廓，在永安期间又作了增订。定都金陵后，洪秀全等为胜利所陶醉，大肆论功行赏。同时，扩充天王府和各王府的机构，增加礼仪、保卫和生活保障等各类人员。随着各王府的设立，天京城内大兴土木，建造宫殿。由于机构的扩充，各种礼仪称谓更形繁琐，内部的等级制度更加森严。天王洪秀全从此幽居深宫，更加神秘化，而军政实权则日益集中到东王杨秀清手中。总之，建都天京之后，太平天国上层的封建色彩与日俱增，领导集团日趋奢侈铺张，甚至腐化，以致日益脱离群众，内部矛盾也日渐突出。
二是对以后的军事行动作出了不正确的战略决策。太平天国定都金陵后不久，洪秀全等在骄傲轻敌的思想指导下，决定采取碧守天京，同时分兵北伐与西征的战略。①于是将全军分为三大支：东王为全军统帅，总管全部军事，领重兵留守天京，并在镇江、扬州等地分兵驻守，与天京互为犄角；二是编组北伐军，企图以劲旅疾趋北京；三是组成西征军，拟迅速夺取皖、赣、两湖等地。这个战略是不符合当时主客观条件的，它使太平军在多个遥远的战略方向和漫长的战线上分兵与强敌作战，往往顾此失彼，为清军提供了各个击破的机会。
三是不适当地将太平军的内部制度推广于金陵全城。建都金陵后，太平天国的领导者主观地将太平军内部的一套制度在广大群众中普遍推行。例如，将全城民众分别男行女行，实行男女分馆，夫妻分居。男子除参军者外，均分别编入诸匠营和百工衙，年老体弱者则入牌尾馆。妇女也大致与男子相同。这样一来，家庭制度实际上被废除了，全城民众全都过着军事供给制的生活。早先在太平军内部实行的圣库制度，也一度推广到金陵全城，城内各店铺的货物一概被收缴入库，商业也实际上被废除了。后由于种种不便，这些制度和规定才陆续有所更改。
当然，天京当局于1853年冬颁布的《天朝田亩制度》，则是太平天国革命的一个创举。这个文件对农民的理想社会作出了具体的规划。它是在早期太平军内部生活秩序的基础上，吸收了进驻金陵半年多来的社会实践经验而制成的。它既是太平天国的政治、经济纲领，也是以太平天国理想改造中国的蓝图。它否定封建土地制度，主张实行按人口平均分配土地，还对农村组织形式、农副产品的分配原则、司法制度、农村官吏的保举升迁以及社会生活等方面的问题（如婚丧、礼俗、教育、民事纠纷的处理等）作了规定。《天朝田亩制度》体现了广大农民群众渴望获得土地和改变贫富悬殊的社会现状的强烈愿望，也反映出在小生产基础上废除私有制、实行绝对平均主义的空想的农业社会主义思想。这个制度有它正确的进步的一面（在当时反封建的革命运动中有着强大的鼓舞作用），但也有它不符合社会发展规律的一面。《天朝田亩制度》基本上未能实行，其中部分内容如乡官制度等在太平军占领区实行了，而土地政策等则或未实行，或根据当时情况作了修改。
此外，天京当局还初步阐明了太平天国的对外政策。太平军挺进长江流域，特别是占领金陵后，引起了全世界的注意。英、法、美等国的驻华代表，接连前往天京，与太平天国的领袖们进行接触，企图摸清太平天国对待西方列强的态度。太平天国的领导者在与他们的交往中，初步阐明了自己的对外政策。总的看来，太平天国的领袖们对外国侵略者缺乏应有的认识。他们对外国人一概笼统地认为，“既系同拜上帝，皆系兄弟”①。但在与这些驻华代表的接触中，他们坚持了独立平等的立场，毫无媚外的表示。经济贸易方面，表示将实行对外开放政策。“平定时不惟英国通商，万国皆通商，天下之内兄弟也。立埠之事，候后方定，害人之物为禁。”②明确表明了严禁鸦片的态度。对外国人屡次提出的是否承认鸦片战争以来所签订的各种不平等条约问题，天京当局未予正面答复，这是比较策略的。由于革命形势的继续发展和太平天国初期采取较灵活的外交政策，西方列强在一段时间内采取了“中立”观望的态度，这就使太平天国革命获得了较为有利的国际条件。