虎落平陽
不久，二世到甘泉宫欣赏摔跤和杂戏表演，赵高正巧有事出门，不在他的身边。李斯虽然还是不能见到天子，但是这次，他却想尽办法把奏章呈送到了二世面前。在奏章中，李斯揭发了赵高的罪行和放纵赵高揽权的潜在危险，内容大致是：“臣子与国君一样大权独揽，一山不能容二虎，这样国家就会有战乱的危险了；妻妾的地位如果与丈夫看齐，处处要求平起平坐，那么家庭就会失去和睦。如今，赵高独揽了朝廷大权，他的权势与陛下没有两样，这对陛下可不是一件好事。从前，司城子罕当了宋国的丞相，他亲自执行刑罚，用强硬的手段处理政务，要群臣亲近他，百姓害怕他，一年之后就夺取了王位。田常曾经是齐简公的臣子，他的爵位在国内无人可以匹敌，自家的财富竟然与公家相等。他施行恩惠，得到了百姓、大臣的拥护，然后暗中窃去了齐国的政权，先后杀害了大臣宰予、齐简公，最终成为国家的新主人。这些事情是天下所共知的。如今，赵高有邪婬的心肠、叛逆的行为，这就如同当年的司城子罕，而他的私人财富也好比当年的田常。赵高一并使用这两人的叛逆手段，窃夺了陛下的信任。陛下如果不提防他的野心，恐怕他早晚会叛乱的呀！”
二世回复李斯说：“丞相昏了头吧？赵高原本是个宦官，虽然生活安逸，却从未随心所欲，到处惹是生非，几次遇到危难还衷心耿耿，真心实意地为朕办事。他廉洁奉公、待人和善，自从进宫以来，就是因为忠诚可嘉，才得到先帝的提拔，因为讲信用才能拥有现在的禄位。朕确实认为他是贤良的人，而丞相却怀疑他，丞相是不是有什么不可告人的用心啊？况且朕年轻时就失去了父亲，没有什么大智慧，不懂得治理国家，而丞相也老了，恐怕也没法长久地辅佐朕处理朝政了。所以，朕不把国家托付给赵高又托付给谁呢？赵高为人清廉、勤力，对下能够了解民情，对上可以称合朕心，丞相不可以怀疑他。”
李斯还是不甘心，他再次呈递奏章，说道：“陛下的想法错了！赵高原本是个卑贱的人，根本不懂得治国平天下的大道理，他只知道没完没了疯狂地聚敛财物，耍弄权术独揽大权，现在他的权势地位仅次于陛下，因此，臣认为他对国家社稷是个危险。”二世没有回复李斯的这个奏章。因为他内心里已经深信赵高。他恐怕李斯私下里杀死赵高，于是就在赵高回宫以后，把李斯的这些话告诉给了他，提醒他提防丞相的迫害。赵高装出一副可怜、无辜的样子，流着眼泪对二世说：“丞相所忧虑的只有我赵高，臣死以后，恐怕丞相就要干田常所干的事情了。”说完，赵高竟然泣不成声，二世完全被赵高蒙骗了。心里十分痛恨李斯陷害自己的铁哥们赵高，便下定决心要处置他。于是，二世下诏，将丞相李斯下狱，交给郎中令赵高审理。
后悔莫及
李斯被关押在监狱里，受尽了赵高的严刑拷打。他仰天长叹，自言自语道：“唉！可悲啊！无道的昏君，我怎么能够为这种人出谋划策呢，这不是与虎谋皮吗！从前，夏桀杀死了关龙逢，商纣杀死了比干，吴王夫差杀死了伍子胥。这三个臣子，难道不忠吗？可是他们都不免一死。为忠心而送命，这可以说是侍奉错了君主。如今，我的智慧不比这三人，而二世的昏庸又超过了那三个昏君。我因为尽忠而被杀死，真是活该了。二世啊，你现在治理天下的方法，简直就是胡闹，就像小孩过家家一样。你杀害兄长而自立为皇帝，然后又杀害忠臣、尊崇下贱的宦官，大兴土木，横征暴敛。我并不是没有劝谏，只是你不肯听从。古代的明君，凡事都有节制，损害百姓利益的事情就不做。而如今，你有诸多暴行，无尽无穷，天下人是不会服从你的。现在，造反的人已经占据了半壁河山，可是你还是执迷不悟，继续任用赵高。看来，我朝的命数就要尽了，先王啊，我有负您的嘱托啊！”
当时，二世命令赵高负责李斯案件的审理工作，为他定好罪名，名正言顺地处理他。赵高责问李斯和他的儿子李由有关联络暴民谋反的情况，李斯大呼冤枉，结果赵高采用老办法，将李斯的宗族、宾客全部逮捕审问，牵连援引。赵高对李斯严刑拷打，李斯忍受不了痛苦，只好委屈地承认罪行。他之所以没有选择自尽，是因为他自负能言善辩，为国家立有大功，而确实没有谋反的动机，因此，希望得到机会上书辩解，最终被赦免。于是，李斯在监狱中上书二世，他在书中历数了自己对秦国做出的贡献，希望通过这种晓之以礼、动之以情的办法挽救自己和家人、朋友。但是，有一点是李斯所意料不到的，那就是，赵高在暗中操纵着一切，他一定会置自己于死地。果然，赵高命令监狱官把李斯的上书找个旮旯扔了，说道：“一个囚犯有什么上书天子的权利！”